# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.178 0.138 0.063 0.114 0.105 0.094 0.129 0.079 0.051 0.032 0.017 2 T 0.252 0.184 0.087 0.176 0.113 0.066 0.058 0.030 0.019 0.010 0.005 3 Q 0.189 0.075 0.075 0.109 0.104 0.106 0.150 0.088 0.056 0.031 0.018 4 K 0.154 0.247 0.152 0.252 0.113 0.040 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 5 F 0.009 0.006 0.010 0.014 0.025 0.043 0.128 0.157 0.209 0.213 0.186 6 T 0.064 0.216 0.187 0.268 0.138 0.062 0.030 0.016 0.010 0.007 0.003 7 K 0.072 0.123 0.165 0.210 0.151 0.104 0.086 0.046 0.025 0.013 0.006 8 D 0.206 0.132 0.101 0.175 0.125 0.096 0.078 0.044 0.022 0.013 0.007 9 M 0.067 0.032 0.037 0.065 0.069 0.100 0.191 0.157 0.134 0.092 0.056 10 T 0.060 0.133 0.095 0.211 0.184 0.108 0.098 0.058 0.028 0.017 0.009 11 F 0.003 0.005 0.011 0.015 0.030 0.038 0.114 0.161 0.227 0.215 0.182 12 A 0.043 0.036 0.070 0.151 0.176 0.171 0.182 0.083 0.050 0.027 0.012 13 Q 0.042 0.068 0.221 0.272 0.163 0.090 0.082 0.033 0.017 0.008 0.004 14 A 0.002 0.002 0.008 0.010 0.018 0.044 0.103 0.120 0.235 0.249 0.208 15 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.028 0.091 0.105 0.248 0.292 0.216 16 Q 0.015 0.047 0.278 0.232 0.174 0.110 0.073 0.031 0.022 0.014 0.005 17 T 0.027 0.064 0.185 0.174 0.147 0.161 0.127 0.056 0.031 0.019 0.009 18 H 0.025 0.038 0.022 0.052 0.060 0.110 0.210 0.168 0.141 0.110 0.065 19 P 0.347 0.125 0.049 0.108 0.087 0.071 0.089 0.057 0.033 0.021 0.013 20 G 0.268 0.187 0.121 0.172 0.103 0.060 0.043 0.022 0.012 0.007 0.004 21 V 0.043 0.062 0.038 0.076 0.091 0.096 0.165 0.133 0.128 0.102 0.065 22 A 0.024 0.025 0.016 0.055 0.085 0.138 0.210 0.155 0.137 0.098 0.057 23 G 0.115 0.151 0.215 0.249 0.123 0.066 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 24 V 0.008 0.008 0.018 0.038 0.061 0.106 0.193 0.166 0.170 0.125 0.107 25 L 0.002 0.003 0.006 0.010 0.016 0.019 0.052 0.102 0.203 0.260 0.326 26 R 0.016 0.028 0.065 0.122 0.154 0.168 0.203 0.099 0.077 0.047 0.020 27 S 0.054 0.120 0.255 0.254 0.136 0.077 0.048 0.024 0.016 0.011 0.007 28 Y 0.028 0.021 0.022 0.050 0.067 0.120 0.209 0.167 0.145 0.108 0.064 29 N 0.228 0.199 0.058 0.144 0.086 0.068 0.082 0.053 0.041 0.026 0.016 30 L 0.028 0.022 0.028 0.050 0.062 0.088 0.140 0.141 0.167 0.137 0.137 31 G 0.180 0.152 0.094 0.158 0.124 0.083 0.086 0.051 0.036 0.021 0.014 32 C 0.021 0.025 0.027 0.051 0.060 0.073 0.140 0.138 0.182 0.148 0.134 33 I 0.029 0.032 0.025 0.071 0.090 0.092 0.138 0.168 0.143 0.116 0.096 34 G 0.103 0.105 0.060 0.141 0.108 0.101 0.126 0.085 0.085 0.055 0.030 35 C 0.021 0.015 0.019 0.047 0.067 0.065 0.130 0.181 0.168 0.141 0.146 36 M 0.056 0.058 0.045 0.104 0.103 0.093 0.132 0.134 0.119 0.096 0.060 37 G 0.053 0.051 0.050 0.112 0.114 0.100 0.166 0.119 0.114 0.071 0.050 38 A 0.036 0.031 0.036 0.069 0.086 0.079 0.130 0.146 0.148 0.126 0.113 39 Q 0.086 0.117 0.079 0.180 0.149 0.098 0.117 0.069 0.055 0.033 0.017 40 N 0.072 0.060 0.060 0.109 0.116 0.118 0.165 0.100 0.091 0.065 0.043 41 E 0.041 0.027 0.045 0.085 0.105 0.126 0.192 0.142 0.111 0.075 0.052 42 S 0.070 0.197 0.125 0.209 0.136 0.077 0.085 0.044 0.030 0.019 0.010 43 L 0.003 0.003 0.008 0.014 0.029 0.043 0.116 0.142 0.228 0.208 0.205 44 E 0.135 0.091 0.135 0.203 0.149 0.108 0.091 0.040 0.026 0.015 0.006 45 Q 0.018 0.045 0.174 0.226 0.161 0.139 0.130 0.054 0.031 0.016 0.007 46 G 0.003 0.005 0.013 0.017 0.028 0.051 0.117 0.142 0.220 0.205 0.198 47 A 0.002 0.002 0.006 0.010 0.020 0.034 0.103 0.141 0.227 0.246 0.208 48 N 0.016 0.049 0.257 0.221 0.178 0.111 0.083 0.039 0.026 0.014 0.007 49 A 0.019 0.036 0.096 0.115 0.142 0.135 0.172 0.119 0.074 0.055 0.037 50 H 0.025 0.024 0.018 0.042 0.055 0.091 0.192 0.180 0.170 0.124 0.080 51 G 0.385 0.189 0.057 0.137 0.081 0.046 0.052 0.025 0.015 0.008 0.005 52 L 0.067 0.015 0.027 0.040 0.067 0.076 0.146 0.144 0.150 0.137 0.131 53 N 0.028 0.582 0.078 0.134 0.073 0.046 0.031 0.013 0.008 0.006 0.002 54 V 0.005 0.015 0.008 0.038 0.088 0.183 0.276 0.153 0.132 0.063 0.039 55 E 0.952 0.022 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.044 0.067 0.129 0.357 0.195 0.107 0.077 0.016 0.005 0.002 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.040 0.200 0.332 0.402 58 L 0.001 0.002 0.010 0.038 0.113 0.236 0.367 0.135 0.059 0.032 0.007 59 R 0.001 0.007 0.946 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.008 0.018 0.129 0.191 0.235 0.194 0.165 0.049 0.007 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.030 0.091 0.228 0.296 0.342 62 N 0.086 0.066 0.232 0.192 0.193 0.091 0.087 0.034 0.011 0.005 0.002 63 A 0.025 0.055 0.767 0.105 0.032 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.108 0.080 0.100 0.091 0.125 0.123 0.219 0.096 0.035 0.015 0.009 65 A 0.405 0.150 0.054 0.073 0.053 0.046 0.082 0.063 0.041 0.021 0.011