# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.018 0.006 0.030 0.042 0.056 0.095 0.001 0.001 0.004 0.636 2 T 0.023 0.008 0.002 0.023 0.027 0.041 0.057 0.001 0.001 0.001 0.817 3 Q 0.060 0.008 0.002 0.040 0.050 0.110 0.049 0.001 0.001 0.003 0.677 4 K 0.039 0.010 0.002 0.070 0.047 0.080 0.162 0.001 0.001 0.003 0.585 5 F 0.122 0.016 0.005 0.047 0.075 0.130 0.090 0.002 0.001 0.005 0.507 6 T 0.053 0.024 0.012 0.101 0.074 0.113 0.144 0.002 0.001 0.006 0.471 7 K 0.046 0.013 0.003 0.019 0.021 0.035 0.070 0.001 0.001 0.005 0.787 8 D 0.032 0.005 0.002 0.024 0.007 0.018 0.378 0.001 0.001 0.012 0.522 9 M 0.645 0.012 0.008 0.018 0.016 0.016 0.125 0.001 0.001 0.012 0.147 10 T 0.017 0.058 0.004 0.020 0.016 0.017 0.464 0.001 0.001 0.002 0.402 11 F 0.019 0.118 0.008 0.055 0.043 0.071 0.242 0.001 0.001 0.004 0.440 12 A 0.012 0.281 0.002 0.054 0.038 0.143 0.158 0.001 0.001 0.003 0.307 13 Q 0.022 0.463 0.001 0.035 0.027 0.045 0.190 0.001 0.001 0.002 0.213 14 A 0.020 0.846 0.002 0.011 0.011 0.021 0.013 0.003 0.001 0.001 0.072 15 L 0.014 0.919 0.002 0.004 0.008 0.016 0.003 0.008 0.001 0.001 0.027 16 Q 0.036 0.885 0.004 0.003 0.004 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 0.033 17 T 0.132 0.660 0.022 0.004 0.003 0.007 0.006 0.087 0.001 0.001 0.078 18 H 0.195 0.522 0.060 0.002 0.010 0.010 0.017 0.060 0.001 0.001 0.122 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 20 G 0.031 0.020 0.017 0.006 0.006 0.019 0.161 0.002 0.001 0.001 0.738 21 V 0.387 0.117 0.010 0.005 0.002 0.002 0.103 0.002 0.001 0.005 0.366 22 A 0.066 0.464 0.006 0.015 0.010 0.014 0.059 0.002 0.001 0.001 0.365 23 G 0.028 0.399 0.008 0.029 0.021 0.032 0.105 0.002 0.001 0.002 0.375 24 V 0.028 0.619 0.001 0.035 0.011 0.019 0.042 0.003 0.001 0.001 0.240 25 L 0.017 0.859 0.002 0.022 0.011 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 0.056 26 R 0.020 0.866 0.004 0.014 0.012 0.021 0.008 0.013 0.001 0.001 0.041 27 S 0.078 0.749 0.009 0.013 0.007 0.012 0.009 0.036 0.001 0.001 0.085 28 Y 0.234 0.520 0.028 0.015 0.012 0.019 0.015 0.057 0.001 0.002 0.098 29 N 0.343 0.128 0.024 0.018 0.018 0.026 0.056 0.060 0.001 0.004 0.323 30 L 0.136 0.057 0.286 0.069 0.012 0.014 0.055 0.014 0.001 0.006 0.350 31 G 0.057 0.023 0.017 0.077 0.063 0.074 0.186 0.008 0.001 0.010 0.484 32 C 0.105 0.010 0.031 0.071 0.016 0.017 0.100 0.002 0.001 0.006 0.642 33 I 0.029 0.020 0.005 0.334 0.056 0.095 0.074 0.001 0.001 0.004 0.382 34 G 0.018 0.007 0.003 0.114 0.047 0.085 0.133 0.001 0.001 0.005 0.586 35 C 0.056 0.022 0.006 0.347 0.043 0.086 0.063 0.001 0.001 0.006 0.370 36 M 0.015 0.015 0.001 0.141 0.043 0.070 0.104 0.001 0.001 0.003 0.609 37 G 0.045 0.026 0.002 0.068 0.044 0.089 0.108 0.001 0.001 0.006 0.610 38 A 0.131 0.061 0.006 0.100 0.040 0.086 0.097 0.003 0.001 0.011 0.464 39 Q 0.119 0.099 0.006 0.031 0.023 0.037 0.196 0.004 0.001 0.005 0.480 40 N 0.137 0.103 0.009 0.022 0.013 0.028 0.107 0.004 0.001 0.005 0.571 41 E 0.097 0.102 0.006 0.016 0.013 0.028 0.156 0.003 0.001 0.006 0.573 42 S 0.067 0.097 0.004 0.005 0.004 0.006 0.347 0.002 0.001 0.003 0.464 43 L 0.062 0.335 0.008 0.006 0.004 0.008 0.124 0.002 0.001 0.002 0.449 44 E 0.013 0.513 0.003 0.004 0.004 0.010 0.145 0.001 0.001 0.001 0.305 45 Q 0.024 0.579 0.001 0.003 0.001 0.002 0.131 0.002 0.001 0.001 0.254 46 G 0.023 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.035 47 A 0.006 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 48 N 0.006 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 49 A 0.058 0.876 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.021 50 H 0.166 0.672 0.019 0.012 0.006 0.005 0.007 0.076 0.001 0.001 0.036 51 G 0.581 0.064 0.059 0.006 0.005 0.009 0.012 0.111 0.001 0.004 0.150 52 L 0.127 0.038 0.662 0.055 0.003 0.004 0.037 0.010 0.001 0.002 0.063 53 N 0.013 0.008 0.003 0.033 0.005 0.005 0.294 0.002 0.001 0.001 0.636 54 V 0.007 0.014 0.003 0.014 0.001 0.003 0.076 0.001 0.001 0.002 0.881 55 E 0.003 0.016 0.001 0.008 0.001 0.006 0.515 0.001 0.001 0.014 0.436 56 D 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.871 0.001 0.001 0.002 0.076 57 I 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.021 58 L 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 59 R 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 60 D 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.019 61 L 0.016 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 62 N 0.021 0.914 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.022 63 A 0.038 0.843 0.039 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.045 64 L 0.166 0.696 0.016 0.002 0.001 0.001 0.008 0.037 0.001 0.001 0.073 65 A 0.213 0.350 0.033 0.006 0.003 0.004 0.021 0.038 0.001 0.001 0.331