# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.022 0.029 0.041 0.070 0.044 0.008 0.735 2 T 0.030 0.013 0.021 0.033 0.063 0.103 0.006 0.732 3 Q 0.051 0.015 0.027 0.070 0.094 0.054 0.006 0.684 4 K 0.098 0.024 0.056 0.098 0.152 0.095 0.009 0.466 5 F 0.064 0.024 0.060 0.089 0.114 0.058 0.004 0.586 6 T 0.030 0.040 0.083 0.166 0.256 0.107 0.006 0.311 7 K 0.011 0.007 0.013 0.013 0.030 0.019 0.001 0.905 8 D 0.034 0.033 0.034 0.027 0.058 0.329 0.013 0.472 9 M 0.435 0.045 0.023 0.027 0.029 0.101 0.030 0.311 10 T 0.068 0.129 0.045 0.025 0.036 0.334 0.009 0.355 11 F 0.017 0.102 0.041 0.040 0.080 0.104 0.003 0.614 12 A 0.012 0.224 0.052 0.048 0.119 0.184 0.002 0.358 13 Q 0.022 0.378 0.019 0.026 0.035 0.232 0.002 0.285 14 A 0.012 0.921 0.017 0.004 0.012 0.005 0.002 0.028 15 L 0.012 0.953 0.008 0.004 0.010 0.001 0.002 0.010 16 Q 0.057 0.881 0.006 0.006 0.011 0.002 0.013 0.024 17 T 0.176 0.664 0.005 0.003 0.009 0.003 0.075 0.064 18 H 0.272 0.319 0.019 0.009 0.011 0.032 0.137 0.199 19 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 20 G 0.029 0.022 0.047 0.013 0.013 0.111 0.008 0.758 21 V 0.190 0.045 0.025 0.008 0.007 0.139 0.005 0.581 22 A 0.068 0.269 0.024 0.034 0.045 0.055 0.004 0.502 23 G 0.038 0.374 0.046 0.022 0.035 0.071 0.003 0.413 24 V 0.052 0.535 0.020 0.024 0.031 0.045 0.005 0.289 25 L 0.017 0.890 0.013 0.010 0.037 0.003 0.002 0.027 26 R 0.030 0.846 0.012 0.022 0.045 0.003 0.005 0.039 27 S 0.057 0.766 0.013 0.011 0.018 0.007 0.022 0.107 28 Y 0.236 0.438 0.020 0.010 0.016 0.015 0.145 0.121 29 N 0.397 0.143 0.056 0.018 0.019 0.039 0.099 0.228 30 L 0.030 0.048 0.491 0.029 0.026 0.057 0.010 0.308 31 G 0.067 0.031 0.184 0.043 0.044 0.239 0.011 0.381 32 C 0.062 0.021 0.114 0.017 0.025 0.073 0.004 0.684 33 I 0.034 0.037 0.236 0.029 0.054 0.173 0.006 0.431 34 G 0.050 0.021 0.067 0.017 0.027 0.208 0.008 0.602 35 C 0.113 0.068 0.099 0.028 0.048 0.137 0.011 0.496 36 M 0.049 0.079 0.072 0.021 0.038 0.113 0.008 0.620 37 G 0.064 0.085 0.047 0.013 0.027 0.128 0.014 0.622 38 A 0.181 0.158 0.052 0.014 0.028 0.107 0.019 0.441 39 Q 0.111 0.232 0.056 0.016 0.028 0.099 0.018 0.440 40 N 0.131 0.263 0.054 0.011 0.025 0.063 0.023 0.430 41 E 0.146 0.304 0.045 0.014 0.017 0.119 0.013 0.342 42 S 0.039 0.241 0.011 0.005 0.007 0.259 0.006 0.432 43 L 0.040 0.520 0.020 0.005 0.014 0.063 0.006 0.333 44 E 0.011 0.610 0.010 0.003 0.006 0.126 0.003 0.233 45 Q 0.017 0.681 0.003 0.002 0.002 0.163 0.004 0.129 46 G 0.024 0.950 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 47 A 0.009 0.961 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 N 0.020 0.932 0.006 0.004 0.004 0.002 0.008 0.023 49 A 0.080 0.852 0.011 0.002 0.003 0.002 0.022 0.028 50 H 0.136 0.592 0.044 0.004 0.005 0.013 0.131 0.074 51 G 0.179 0.207 0.201 0.008 0.008 0.023 0.107 0.266 52 L 0.058 0.054 0.698 0.008 0.004 0.053 0.005 0.121 53 N 0.020 0.039 0.059 0.010 0.007 0.199 0.004 0.662 54 V 0.017 0.061 0.041 0.003 0.009 0.152 0.002 0.717 55 E 0.004 0.042 0.004 0.001 0.001 0.571 0.001 0.377 56 D 0.015 0.062 0.001 0.001 0.001 0.705 0.001 0.216 57 I 0.031 0.933 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.024 58 L 0.008 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 R 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 60 D 0.025 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 61 L 0.097 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.024 62 N 0.046 0.827 0.013 0.001 0.001 0.017 0.037 0.061 63 A 0.140 0.649 0.050 0.002 0.001 0.011 0.051 0.096 64 L 0.201 0.522 0.060 0.002 0.001 0.015 0.043 0.156 65 A 0.099 0.475 0.050 0.009 0.003 0.045 0.025 0.293