# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.259 0.281 0.089 0.104 0.027 0.027 0.008 0.028 0.007 0.001 2 T 0.237 0.252 0.295 0.088 0.030 0.036 0.032 0.003 0.022 0.002 0.003 3 Q 0.127 0.318 0.311 0.069 0.079 0.046 0.026 0.005 0.016 0.002 0.001 4 K 0.131 0.481 0.208 0.033 0.073 0.037 0.012 0.002 0.020 0.001 0.001 5 F 0.061 0.427 0.353 0.029 0.031 0.064 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 6 T 0.173 0.235 0.283 0.109 0.042 0.099 0.017 0.003 0.033 0.004 0.002 7 K 0.519 0.111 0.124 0.116 0.058 0.017 0.026 0.006 0.014 0.008 0.001 8 D 0.394 0.075 0.111 0.250 0.032 0.032 0.083 0.010 0.008 0.003 0.001 9 M 0.449 0.160 0.179 0.088 0.062 0.022 0.026 0.005 0.009 0.002 0.001 10 T 0.577 0.169 0.154 0.026 0.012 0.047 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 11 F 0.917 0.029 0.022 0.018 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 A 0.961 0.016 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.973 0.012 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.974 0.007 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.923 0.016 0.014 0.040 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.845 0.024 0.032 0.057 0.010 0.009 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 17 T 0.632 0.038 0.045 0.261 0.007 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 18 H 0.077 0.078 0.266 0.009 0.013 0.022 0.013 0.001 0.518 0.003 0.001 19 P 0.787 0.001 0.170 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 20 G 0.564 0.008 0.043 0.093 0.021 0.006 0.062 0.181 0.003 0.018 0.001 21 V 0.694 0.070 0.111 0.098 0.004 0.012 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 22 A 0.741 0.058 0.096 0.075 0.006 0.009 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 23 G 0.755 0.055 0.064 0.021 0.041 0.015 0.024 0.014 0.004 0.005 0.001 24 V 0.753 0.153 0.050 0.010 0.003 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 25 L 0.741 0.080 0.102 0.035 0.011 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 R 0.766 0.096 0.051 0.043 0.012 0.010 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 27 S 0.718 0.065 0.049 0.100 0.022 0.015 0.017 0.002 0.009 0.001 0.001 28 Y 0.156 0.035 0.033 0.734 0.022 0.004 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 29 N 0.048 0.029 0.060 0.063 0.023 0.043 0.604 0.085 0.029 0.014 0.001 30 L 0.123 0.185 0.466 0.110 0.018 0.029 0.049 0.002 0.014 0.002 0.001 31 G 0.178 0.070 0.286 0.090 0.062 0.049 0.062 0.100 0.010 0.088 0.005 32 C 0.151 0.256 0.324 0.107 0.033 0.086 0.007 0.002 0.031 0.001 0.001 33 I 0.272 0.224 0.196 0.231 0.016 0.024 0.016 0.001 0.016 0.001 0.002 34 G 0.121 0.041 0.099 0.066 0.216 0.027 0.060 0.177 0.012 0.180 0.002 35 C 0.150 0.210 0.366 0.063 0.063 0.046 0.021 0.003 0.069 0.006 0.003 36 M 0.508 0.058 0.283 0.071 0.017 0.019 0.016 0.002 0.010 0.006 0.009 37 G 0.383 0.061 0.141 0.085 0.116 0.019 0.051 0.079 0.011 0.052 0.002 38 A 0.509 0.140 0.193 0.068 0.039 0.018 0.007 0.003 0.017 0.004 0.002 39 Q 0.633 0.069 0.113 0.136 0.015 0.013 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 40 N 0.563 0.045 0.081 0.108 0.039 0.024 0.078 0.048 0.004 0.007 0.001 41 E 0.712 0.144 0.071 0.035 0.013 0.010 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 42 S 0.566 0.074 0.236 0.023 0.012 0.075 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 43 L 0.975 0.005 0.006 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.992 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.985 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.975 0.003 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.979 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.973 0.007 0.007 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.903 0.007 0.010 0.072 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 50 H 0.183 0.014 0.030 0.717 0.008 0.004 0.035 0.002 0.006 0.001 0.001 51 G 0.021 0.003 0.021 0.022 0.022 0.008 0.317 0.515 0.001 0.069 0.001 52 L 0.299 0.208 0.298 0.115 0.041 0.020 0.006 0.002 0.006 0.004 0.001 53 N 0.019 0.025 0.571 0.009 0.011 0.307 0.003 0.001 0.052 0.003 0.001 54 V 0.980 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.902 0.001 0.002 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 N 0.949 0.006 0.009 0.009 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.906 0.004 0.006 0.078 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.504 0.019 0.054 0.400 0.003 0.007 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 65 A 0.431 0.073 0.191 0.117 0.025 0.023 0.089 0.013 0.032 0.006 0.001