# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.254 0.093 0.032 0.208 0.034 0.057 0.074 0.055 0.056 0.040 2 T 0.184 0.181 0.060 0.022 0.299 0.017 0.022 0.056 0.047 0.055 0.057 3 Q 0.134 0.229 0.030 0.009 0.349 0.015 0.026 0.078 0.065 0.031 0.036 4 K 0.202 0.147 0.045 0.006 0.389 0.008 0.035 0.063 0.021 0.037 0.048 5 F 0.185 0.267 0.069 0.015 0.221 0.011 0.017 0.037 0.022 0.072 0.085 6 T 0.056 0.397 0.173 0.046 0.184 0.017 0.012 0.057 0.028 0.009 0.021 7 K 0.005 0.026 0.020 0.017 0.008 0.054 0.219 0.471 0.143 0.029 0.007 8 D 0.036 0.032 0.017 0.005 0.041 0.004 0.026 0.161 0.070 0.531 0.077 9 M 0.055 0.438 0.015 0.002 0.303 0.005 0.010 0.108 0.026 0.019 0.019 10 T 0.131 0.311 0.051 0.003 0.252 0.004 0.006 0.175 0.018 0.016 0.033 11 F 0.027 0.017 0.003 0.002 0.029 0.002 0.003 0.747 0.136 0.026 0.008 12 A 0.003 0.007 0.004 0.002 0.006 0.006 0.009 0.865 0.091 0.006 0.002 13 Q 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.918 0.044 0.009 0.001 14 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.814 0.133 0.034 0.002 15 L 0.002 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.015 0.699 0.249 0.015 0.003 16 Q 0.005 0.009 0.004 0.002 0.014 0.007 0.047 0.670 0.175 0.063 0.003 17 T 0.021 0.031 0.036 0.007 0.026 0.015 0.175 0.288 0.079 0.312 0.011 18 H 0.149 0.252 0.089 0.005 0.341 0.003 0.007 0.050 0.021 0.023 0.060 19 P 0.007 0.016 0.006 0.003 0.010 0.007 0.015 0.515 0.391 0.027 0.005 20 G 0.009 0.017 0.013 0.004 0.010 0.012 0.039 0.602 0.164 0.120 0.009 21 V 0.024 0.055 0.019 0.004 0.032 0.005 0.014 0.663 0.098 0.074 0.011 22 A 0.010 0.018 0.009 0.003 0.012 0.004 0.007 0.861 0.056 0.015 0.005 23 G 0.005 0.019 0.005 0.002 0.010 0.002 0.005 0.891 0.055 0.004 0.002 24 V 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.935 0.042 0.003 0.001 25 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.880 0.089 0.012 0.001 26 R 0.002 0.004 0.003 0.001 0.006 0.007 0.030 0.739 0.174 0.031 0.002 27 S 0.017 0.014 0.008 0.006 0.020 0.011 0.136 0.622 0.082 0.074 0.010 28 Y 0.012 0.611 0.189 0.012 0.066 0.009 0.030 0.031 0.016 0.016 0.007 29 N 0.074 0.012 0.014 0.020 0.029 0.015 0.009 0.033 0.032 0.410 0.350 30 L 0.077 0.279 0.094 0.034 0.151 0.024 0.040 0.087 0.086 0.089 0.039 31 G 0.074 0.105 0.095 0.074 0.108 0.050 0.042 0.101 0.083 0.180 0.088 32 C 0.131 0.087 0.057 0.028 0.146 0.036 0.060 0.156 0.141 0.107 0.051 33 I 0.062 0.114 0.070 0.050 0.110 0.054 0.085 0.173 0.094 0.146 0.042 34 G 0.056 0.114 0.152 0.130 0.071 0.031 0.023 0.082 0.065 0.207 0.068 35 C 0.061 0.291 0.139 0.029 0.197 0.012 0.015 0.142 0.067 0.028 0.019 36 M 0.036 0.058 0.031 0.013 0.054 0.023 0.067 0.453 0.186 0.058 0.019 37 G 0.062 0.070 0.049 0.019 0.069 0.019 0.054 0.285 0.129 0.184 0.060 38 A 0.064 0.189 0.068 0.025 0.136 0.020 0.034 0.264 0.102 0.066 0.032 39 Q 0.038 0.101 0.054 0.019 0.067 0.030 0.068 0.395 0.123 0.079 0.025 40 N 0.064 0.049 0.020 0.008 0.071 0.008 0.019 0.406 0.148 0.157 0.050 41 E 0.023 0.136 0.032 0.009 0.086 0.019 0.036 0.511 0.093 0.039 0.014 42 S 0.110 0.115 0.030 0.003 0.137 0.004 0.010 0.472 0.050 0.043 0.026 43 L 0.007 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.781 0.179 0.011 0.003 44 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.922 0.062 0.003 0.001 45 Q 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.941 0.032 0.007 0.001 46 G 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.938 0.035 0.008 0.001 47 A 0.004 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.881 0.082 0.005 0.002 48 N 0.008 0.004 0.003 0.002 0.008 0.003 0.037 0.840 0.076 0.017 0.003 49 A 0.016 0.013 0.012 0.010 0.014 0.013 0.156 0.669 0.060 0.030 0.007 50 H 0.006 0.499 0.182 0.051 0.027 0.037 0.069 0.055 0.024 0.035 0.014 51 G 0.035 0.011 0.008 0.014 0.016 0.005 0.004 0.027 0.019 0.490 0.370 52 L 0.023 0.521 0.093 0.007 0.191 0.019 0.026 0.053 0.023 0.026 0.017 53 N 0.151 0.422 0.094 0.001 0.254 0.002 0.002 0.024 0.005 0.014 0.031 54 V 0.007 0.013 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.516 0.431 0.016 0.004 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.912 0.080 0.002 0.001 56 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.027 0.005 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.040 0.013 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.060 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.047 0.003 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.944 0.026 0.015 0.001 61 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.799 0.161 0.021 0.001 62 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.758 0.202 0.012 0.001 63 A 0.004 0.008 0.005 0.001 0.007 0.004 0.048 0.652 0.167 0.101 0.003 64 L 0.028 0.053 0.023 0.004 0.035 0.011 0.094 0.487 0.155 0.100 0.011 65 A 0.050 0.081 0.032 0.012 0.067 0.021 0.073 0.362 0.155 0.106 0.041