# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.810 0.120 0.057 0.011 0.002 0.001 0.001 2 T 0.760 0.174 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 3 Q 0.531 0.231 0.162 0.058 0.015 0.003 0.001 4 K 0.482 0.330 0.147 0.032 0.007 0.002 0.001 5 F 0.087 0.101 0.156 0.333 0.266 0.055 0.002 6 T 0.302 0.349 0.192 0.117 0.032 0.008 0.001 7 K 0.419 0.274 0.170 0.084 0.041 0.011 0.001 8 D 0.248 0.295 0.220 0.158 0.058 0.019 0.002 9 M 0.073 0.135 0.205 0.254 0.230 0.096 0.008 10 T 0.060 0.187 0.288 0.247 0.153 0.058 0.008 11 F 0.016 0.031 0.050 0.124 0.268 0.421 0.090 12 A 0.030 0.114 0.212 0.314 0.227 0.090 0.014 13 Q 0.073 0.246 0.308 0.230 0.094 0.040 0.009 14 A 0.021 0.040 0.084 0.192 0.333 0.285 0.045 15 L 0.020 0.036 0.062 0.169 0.337 0.322 0.055 16 Q 0.129 0.301 0.278 0.195 0.071 0.023 0.003 17 T 0.165 0.281 0.239 0.184 0.096 0.031 0.004 18 H 0.085 0.159 0.191 0.251 0.183 0.119 0.012 19 P 0.231 0.250 0.232 0.174 0.081 0.029 0.004 20 G 0.229 0.346 0.219 0.131 0.055 0.019 0.002 21 V 0.070 0.129 0.157 0.216 0.236 0.167 0.025 22 A 0.028 0.064 0.137 0.271 0.284 0.187 0.030 23 G 0.100 0.269 0.303 0.198 0.084 0.039 0.007 24 V 0.023 0.062 0.161 0.304 0.281 0.150 0.018 25 L 0.015 0.020 0.033 0.084 0.270 0.457 0.120 26 R 0.050 0.155 0.220 0.289 0.188 0.082 0.016 27 S 0.166 0.334 0.238 0.158 0.067 0.029 0.008 28 Y 0.038 0.096 0.142 0.281 0.247 0.167 0.029 29 N 0.143 0.232 0.217 0.190 0.107 0.080 0.032 30 L 0.051 0.081 0.094 0.186 0.270 0.246 0.071 31 G 0.121 0.167 0.171 0.212 0.165 0.115 0.049 32 C 0.071 0.078 0.081 0.125 0.179 0.269 0.198 33 I 0.108 0.084 0.077 0.121 0.159 0.224 0.227 34 G 0.122 0.134 0.116 0.162 0.153 0.161 0.152 35 C 0.113 0.094 0.097 0.134 0.165 0.212 0.185 36 M 0.112 0.096 0.087 0.123 0.173 0.221 0.188 37 G 0.097 0.097 0.084 0.133 0.160 0.229 0.198 38 A 0.097 0.082 0.115 0.133 0.183 0.254 0.136 39 Q 0.083 0.112 0.130 0.188 0.179 0.191 0.117 40 N 0.067 0.082 0.121 0.165 0.207 0.242 0.116 41 E 0.053 0.084 0.118 0.167 0.237 0.261 0.079 42 S 0.034 0.117 0.247 0.300 0.174 0.096 0.034 43 L 0.010 0.016 0.025 0.076 0.221 0.485 0.167 44 E 0.028 0.111 0.206 0.301 0.216 0.112 0.026 45 Q 0.045 0.179 0.239 0.276 0.148 0.085 0.027 46 G 0.017 0.036 0.067 0.155 0.260 0.357 0.109 47 A 0.020 0.032 0.049 0.130 0.239 0.373 0.157 48 N 0.079 0.201 0.218 0.250 0.149 0.079 0.023 49 A 0.098 0.163 0.205 0.216 0.174 0.110 0.033 50 H 0.042 0.080 0.102 0.187 0.239 0.297 0.054 51 G 0.111 0.258 0.272 0.190 0.104 0.055 0.009 52 L 0.055 0.095 0.173 0.288 0.238 0.138 0.012 53 N 0.097 0.240 0.243 0.205 0.137 0.068 0.010 54 V 0.037 0.081 0.154 0.282 0.280 0.153 0.013 55 E 0.302 0.419 0.200 0.062 0.013 0.003 0.001 56 D 0.086 0.360 0.303 0.185 0.054 0.012 0.001 57 I 0.005 0.009 0.036 0.158 0.569 0.215 0.008 58 L 0.012 0.060 0.217 0.394 0.244 0.070 0.003 59 R 0.390 0.405 0.177 0.023 0.004 0.001 0.001 60 D 0.101 0.390 0.305 0.155 0.044 0.005 0.001 61 L 0.024 0.037 0.073 0.249 0.434 0.177 0.005 62 N 0.236 0.344 0.261 0.121 0.033 0.005 0.001 63 A 0.604 0.285 0.077 0.027 0.006 0.001 0.001 64 L 0.475 0.282 0.138 0.070 0.030 0.005 0.001 65 A 0.435 0.238 0.171 0.107 0.038 0.011 0.001