# TARGET T0469 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0469.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.9914 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.272 0.145 0.145 0.139 0.112 0.087 0.048 0.024 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 2 T 0.330 0.177 0.176 0.112 0.081 0.054 0.033 0.014 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.230 0.139 0.125 0.141 0.127 0.100 0.059 0.035 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 4 K 0.221 0.176 0.158 0.148 0.117 0.083 0.042 0.026 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 5 F 0.088 0.050 0.061 0.105 0.148 0.142 0.128 0.125 0.067 0.039 0.022 0.015 0.008 0.002 6 T 0.184 0.169 0.166 0.150 0.116 0.087 0.054 0.036 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 7 K 0.185 0.099 0.104 0.133 0.131 0.136 0.091 0.049 0.038 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 8 D 0.104 0.123 0.165 0.172 0.163 0.123 0.075 0.037 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 9 M 0.189 0.125 0.103 0.130 0.143 0.108 0.079 0.058 0.030 0.018 0.008 0.004 0.003 0.001 10 T 0.074 0.112 0.109 0.166 0.171 0.144 0.096 0.076 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 11 F 0.016 0.015 0.022 0.053 0.098 0.146 0.207 0.206 0.124 0.047 0.045 0.010 0.007 0.003 12 A 0.063 0.130 0.148 0.222 0.192 0.123 0.061 0.030 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.366 0.254 0.213 0.082 0.036 0.033 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.029 0.039 0.055 0.146 0.197 0.206 0.156 0.106 0.040 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 15 L 0.029 0.040 0.050 0.116 0.188 0.202 0.182 0.119 0.047 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 16 Q 0.359 0.263 0.180 0.095 0.047 0.035 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.350 0.176 0.174 0.126 0.077 0.059 0.021 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 H 0.102 0.090 0.128 0.191 0.194 0.162 0.079 0.029 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 P 0.236 0.154 0.179 0.155 0.126 0.076 0.042 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.412 0.207 0.143 0.101 0.067 0.034 0.019 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.086 0.067 0.073 0.130 0.168 0.162 0.129 0.091 0.051 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 22 A 0.057 0.058 0.081 0.126 0.164 0.164 0.144 0.104 0.052 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 23 G 0.310 0.166 0.143 0.129 0.097 0.065 0.038 0.025 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 24 V 0.071 0.060 0.073 0.132 0.172 0.149 0.122 0.103 0.055 0.031 0.016 0.010 0.005 0.002 25 L 0.039 0.030 0.036 0.068 0.119 0.148 0.182 0.163 0.097 0.043 0.046 0.014 0.010 0.004 26 R 0.150 0.143 0.142 0.169 0.154 0.109 0.057 0.037 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 S 0.362 0.200 0.133 0.093 0.069 0.063 0.037 0.015 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 28 Y 0.056 0.055 0.075 0.154 0.210 0.199 0.112 0.070 0.037 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 29 N 0.205 0.161 0.162 0.135 0.112 0.106 0.054 0.026 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 30 L 0.117 0.074 0.069 0.110 0.145 0.144 0.122 0.090 0.058 0.032 0.021 0.012 0.006 0.002 31 G 0.149 0.106 0.109 0.120 0.136 0.112 0.099 0.065 0.051 0.027 0.018 0.006 0.002 0.001 32 C 0.065 0.037 0.055 0.072 0.107 0.112 0.123 0.122 0.095 0.082 0.062 0.036 0.021 0.009 33 I 0.060 0.042 0.042 0.066 0.090 0.114 0.112 0.121 0.115 0.088 0.073 0.047 0.022 0.009 34 G 0.093 0.070 0.077 0.109 0.128 0.112 0.110 0.099 0.071 0.063 0.031 0.023 0.008 0.007 35 C 0.045 0.030 0.032 0.047 0.076 0.099 0.125 0.128 0.130 0.105 0.097 0.050 0.025 0.012 36 M 0.059 0.042 0.059 0.070 0.113 0.124 0.128 0.119 0.100 0.080 0.057 0.028 0.015 0.008 37 G 0.073 0.054 0.058 0.087 0.122 0.116 0.126 0.116 0.091 0.070 0.043 0.026 0.011 0.007 38 A 0.084 0.059 0.061 0.076 0.103 0.116 0.115 0.112 0.103 0.079 0.046 0.028 0.014 0.005 39 Q 0.112 0.084 0.097 0.125 0.150 0.135 0.114 0.077 0.051 0.030 0.015 0.006 0.002 0.002 40 N 0.075 0.062 0.079 0.112 0.151 0.145 0.124 0.101 0.069 0.043 0.021 0.010 0.004 0.002 41 E 0.199 0.119 0.096 0.118 0.138 0.107 0.087 0.059 0.035 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 42 S 0.145 0.132 0.133 0.153 0.140 0.112 0.076 0.052 0.029 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 43 L 0.044 0.030 0.035 0.068 0.122 0.155 0.175 0.157 0.101 0.051 0.038 0.012 0.008 0.003 44 E 0.103 0.131 0.155 0.185 0.156 0.118 0.069 0.039 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 45 Q 0.405 0.187 0.142 0.093 0.062 0.053 0.025 0.013 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.060 0.061 0.068 0.135 0.183 0.183 0.126 0.085 0.049 0.025 0.011 0.008 0.004 0.001 47 A 0.064 0.043 0.057 0.082 0.134 0.149 0.166 0.143 0.068 0.036 0.035 0.012 0.007 0.003 48 N 0.218 0.162 0.136 0.149 0.128 0.085 0.051 0.033 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 49 A 0.173 0.117 0.112 0.134 0.134 0.111 0.081 0.057 0.040 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 50 H 0.064 0.047 0.064 0.109 0.188 0.183 0.152 0.090 0.052 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 51 G 0.190 0.165 0.184 0.146 0.117 0.093 0.046 0.025 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 52 L 0.379 0.149 0.085 0.110 0.112 0.066 0.041 0.035 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 53 N 0.147 0.153 0.171 0.177 0.143 0.097 0.054 0.026 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.021 0.028 0.058 0.137 0.218 0.208 0.159 0.091 0.060 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 55 E 0.507 0.262 0.151 0.042 0.019 0.011 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 D 0.375 0.352 0.191 0.048 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.010 0.018 0.024 0.103 0.181 0.237 0.219 0.141 0.053 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 58 L 0.010 0.047 0.082 0.237 0.296 0.175 0.088 0.040 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.722 0.199 0.057 0.012 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.197 0.207 0.262 0.168 0.086 0.061 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.019 0.022 0.043 0.109 0.199 0.227 0.207 0.118 0.039 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 62 N 0.216 0.222 0.196 0.166 0.111 0.055 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.717 0.146 0.077 0.028 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.116 0.085 0.088 0.173 0.213 0.163 0.092 0.039 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 65 A 0.144 0.094 0.133 0.154 0.181 0.130 0.085 0.041 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001