# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.034 0.089 0.077 0.131 0.007 0.059 0.083 0.003 0.002 0.006 0.004 0.010 0.010 0.081 0.029 0.085 0.076 0.090 0.081 0.003 2 E 0.032 0.037 0.093 0.101 0.166 0.012 0.062 0.106 0.004 0.002 0.006 0.005 0.015 0.010 0.067 0.031 0.083 0.035 0.058 0.073 0.004 3 R 0.050 0.056 0.064 0.089 0.183 0.010 0.102 0.071 0.007 0.002 0.009 0.007 0.015 0.016 0.051 0.040 0.078 0.045 0.061 0.039 0.003 4 A 0.039 0.045 0.110 0.116 0.133 0.010 0.067 0.072 0.005 0.002 0.007 0.008 0.020 0.016 0.101 0.026 0.071 0.032 0.043 0.070 0.006 5 S 0.043 0.040 0.048 0.072 0.182 0.008 0.038 0.066 0.003 0.001 0.003 0.004 0.006 0.008 0.027 0.050 0.040 0.061 0.126 0.170 0.004 6 L 0.026 0.030 0.060 0.059 0.197 0.007 0.027 0.066 0.004 0.002 0.005 0.005 0.014 0.010 0.068 0.030 0.250 0.036 0.052 0.048 0.004 7 N 0.039 0.041 0.108 0.076 0.105 0.019 0.165 0.110 0.004 0.003 0.004 0.004 0.009 0.005 0.054 0.011 0.082 0.029 0.056 0.074 0.003 8 R 0.035 0.027 0.103 0.113 0.164 0.008 0.152 0.018 0.003 0.006 0.003 0.003 0.004 0.003 0.029 0.008 0.132 0.058 0.071 0.057 0.001 9 I 0.017 0.023 0.076 0.077 0.133 0.003 0.287 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.015 0.010 0.141 0.030 0.037 0.132 0.002 10 G 0.030 0.035 0.140 0.108 0.125 0.001 0.099 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.009 0.037 0.123 0.114 0.156 0.003 11 K 0.035 0.063 0.098 0.111 0.432 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.008 0.024 0.076 0.010 0.023 0.084 0.010 12 D 0.078 0.187 0.204 0.149 0.233 0.001 0.040 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.036 0.005 0.005 0.007 0.006 0.014 0.018 13 V 0.138 0.347 0.039 0.108 0.276 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.020 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 14 Y 0.256 0.475 0.061 0.096 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 15 Y 0.313 0.589 0.005 0.022 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 16 M 0.390 0.526 0.010 0.031 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 17 Q 0.278 0.612 0.010 0.030 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 18 I 0.381 0.381 0.018 0.046 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 19 K 0.297 0.292 0.063 0.135 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 20 G 0.153 0.108 0.134 0.186 0.337 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 0.002 0.005 0.003 0.003 0.015 0.001 21 E 0.032 0.053 0.152 0.311 0.177 0.001 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 0.057 0.023 0.008 0.050 0.001 22 G 0.052 0.061 0.129 0.041 0.364 0.001 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.002 0.019 0.140 0.006 0.017 0.001 23 T 0.055 0.040 0.304 0.103 0.425 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.014 0.014 0.023 0.001 24 I 0.035 0.029 0.042 0.075 0.751 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.006 0.012 0.028 0.001 25 E 0.076 0.048 0.130 0.345 0.267 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.001 0.027 0.007 0.018 0.032 0.001 26 K 0.040 0.047 0.090 0.324 0.239 0.001 0.062 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.003 0.057 0.020 0.029 0.065 0.001 27 V 0.043 0.041 0.157 0.108 0.246 0.001 0.121 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 0.087 0.074 0.033 0.062 0.001 28 D 0.027 0.028 0.238 0.173 0.181 0.001 0.097 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.004 0.067 0.031 0.029 0.107 0.001 29 G 0.056 0.070 0.073 0.056 0.560 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.018 0.063 0.017 0.024 0.001 30 R 0.081 0.093 0.292 0.185 0.228 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.020 0.003 0.016 0.006 0.012 0.032 0.003 31 N 0.081 0.114 0.101 0.142 0.451 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.016 0.005 0.009 0.012 0.008 0.016 0.006 32 L 0.130 0.154 0.125 0.102 0.342 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.023 0.003 0.033 0.008 0.011 0.006 0.006 0.008 0.006 33 R 0.113 0.156 0.224 0.257 0.138 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.015 0.002 0.037 0.006 0.004 0.009 0.006 0.005 0.006 34 N 0.197 0.153 0.059 0.047 0.421 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.021 0.004 0.022 0.008 0.009 0.007 0.005 0.005 0.003 35 Y 0.102 0.087 0.341 0.267 0.053 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.006 0.051 0.004 0.003 0.019 0.009 0.013 0.002 36 T 0.033 0.056 0.013 0.009 0.773 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.002 0.008 0.020 0.007 0.015 0.010 0.021 0.002 37 L 0.107 0.073 0.401 0.220 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 0.003 0.004 0.004 0.017 0.083 0.002 38 P 0.013 0.015 0.003 0.011 0.891 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 0.037 0.002 0.003 0.006 0.001 39 A 0.031 0.037 0.300 0.379 0.021 0.003 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 0.002 0.007 0.018 0.029 0.032 0.001 40 Y 0.008 0.016 0.019 0.015 0.834 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.005 0.013 0.019 0.014 0.024 0.001 41 D 0.058 0.034 0.121 0.356 0.064 0.001 0.008 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.003 0.027 0.026 0.096 0.149 0.002 42 E 0.006 0.004 0.089 0.185 0.255 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.423 0.003 0.002 0.010 0.001 43 D 0.002 0.007 0.008 0.021 0.005 0.001 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.008 0.001 44 G 0.028 0.015 0.036 0.008 0.125 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.672 0.014 0.022 0.001 45 V 0.030 0.040 0.412 0.164 0.287 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.006 0.010 0.029 0.001 46 K 0.044 0.081 0.025 0.031 0.787 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 47 K 0.035 0.036 0.104 0.762 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 Q 0.140 0.299 0.014 0.093 0.373 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 0.003 0.004 0.012 0.001 0.005 0.001 0.002 0.013 49 I 0.333 0.299 0.125 0.099 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.016 0.008 0.023 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.020 50 T 0.190 0.309 0.030 0.034 0.344 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.028 0.011 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 51 F 0.219 0.327 0.060 0.062 0.156 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.038 0.018 0.074 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 52 R 0.177 0.173 0.043 0.135 0.246 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.036 0.025 0.101 0.016 0.002 0.003 0.004 0.006 0.007 53 S 0.099 0.096 0.094 0.218 0.226 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.011 0.123 0.025 0.019 0.011 0.013 0.023 0.002 54 T 0.051 0.064 0.066 0.094 0.218 0.003 0.085 0.009 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.005 0.095 0.027 0.051 0.076 0.046 0.094 0.001 55 K 0.038 0.032 0.099 0.072 0.190 0.004 0.039 0.022 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.054 0.018 0.106 0.111 0.076 0.127 0.001 56 K 0.013 0.011 0.054 0.072 0.139 0.005 0.035 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.011 0.271 0.037 0.088 0.174 0.001 57 E 0.005 0.005 0.027 0.039 0.079 0.011 0.103 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.005 0.477 0.037 0.039 0.053 0.001 58 N 0.006 0.005 0.029 0.050 0.046 0.010 0.210 0.121 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.145 0.089 0.122 0.140 0.001 59 D 0.007 0.005 0.025 0.023 0.084 0.006 0.101 0.090 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.335 0.108 0.094 0.099 0.001 60 H 0.003 0.003 0.035 0.024 0.032 0.016 0.229 0.149 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.005 0.300 0.041 0.039 0.103 0.001 61 K 0.004 0.005 0.022 0.017 0.058 0.016 0.363 0.119 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 0.007 0.152 0.121 0.055 0.037 0.001 62 L 0.007 0.008 0.081 0.059 0.067 0.005 0.074 0.095 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.032 0.026 0.086 0.060 0.162 0.219 0.001 63 N 0.010 0.010 0.057 0.041 0.102 0.004 0.050 0.093 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.015 0.156 0.053 0.116 0.247 0.001 64 K 0.009 0.016 0.035 0.071 0.093 0.006 0.132 0.106 0.004 0.001 0.003 0.004 0.011 0.005 0.019 0.018 0.383 0.017 0.023 0.041 0.002 65 Y 0.079 0.110 0.057 0.059 0.108 0.010 0.198 0.198 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.031 0.007 0.022 0.043 0.030 0.023 0.002 66 A 0.112 0.155 0.076 0.128 0.197 0.004 0.028 0.140 0.002 0.001 0.005 0.006 0.010 0.008 0.023 0.015 0.027 0.012 0.021 0.022 0.007 67 F 0.128 0.252 0.050 0.148 0.199 0.002 0.021 0.063 0.002 0.002 0.006 0.006 0.016 0.012 0.025 0.020 0.011 0.007 0.007 0.006 0.016 68 L 0.195 0.446 0.040 0.094 0.078 0.001 0.011 0.032 0.001 0.001 0.006 0.006 0.016 0.007 0.023 0.007 0.003 0.002 0.004 0.003 0.024 69 R 0.273 0.421 0.030 0.105 0.086 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.005 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 70 L 0.258 0.414 0.025 0.094 0.112 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.006 0.018 0.011 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 71 Y 0.178 0.369 0.081 0.177 0.080 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.025 0.011 0.022 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 72 V 0.255 0.283 0.028 0.061 0.276 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.019 0.007 0.012 0.010 0.001 0.012 0.004 0.006 0.011 73 D 0.226 0.189 0.113 0.096 0.224 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.013 0.006 0.046 0.007 0.006 0.018 0.013 0.029 0.002 74 Q 0.051 0.048 0.077 0.124 0.390 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.070 0.010 0.103 0.016 0.021 0.058 0.001 75 D 0.014 0.022 0.142 0.103 0.118 0.002 0.177 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.082 0.005 0.179 0.047 0.024 0.073 0.001 76 D 0.008 0.006 0.070 0.068 0.103 0.002 0.258 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.135 0.140 0.074 0.111 0.001 77 N 0.007 0.007 0.093 0.037 0.244 0.003 0.072 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.005 0.136 0.180 0.044 0.144 0.001 78 S 0.009 0.006 0.070 0.078 0.151 0.002 0.036 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.082 0.045 0.184 0.310 0.001 79 K 0.006 0.006 0.039 0.052 0.179 0.002 0.039 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.005 0.431 0.034 0.040 0.124 0.001 80 N 0.009 0.007 0.082 0.051 0.046 0.016 0.396 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 0.002 0.170 0.035 0.033 0.072 0.001 81 E 0.005 0.007 0.034 0.021 0.129 0.009 0.376 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.012 0.006 0.128 0.098 0.059 0.072 0.001 82 I 0.008 0.006 0.108 0.047 0.068 0.003 0.065 0.030 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.028 0.013 0.109 0.103 0.218 0.177 0.001 83 S 0.004 0.004 0.054 0.044 0.125 0.005 0.102 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.009 0.341 0.017 0.052 0.190 0.001 84 S 0.005 0.009 0.031 0.034 0.077 0.012 0.443 0.017 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.022 0.017 0.052 0.129 0.059 0.080 0.001 85 I 0.010 0.008 0.058 0.029 0.165 0.006 0.099 0.018 0.002 0.001 0.007 0.004 0.009 0.011 0.066 0.067 0.093 0.070 0.121 0.154 0.002 86 E 0.008 0.012 0.301 0.092 0.085 0.005 0.024 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.123 0.042 0.030 0.054 0.100 0.088 0.004 87 V 0.009 0.011 0.048 0.026 0.305 0.003 0.024 0.016 0.002 0.001 0.007 0.005 0.009 0.013 0.044 0.197 0.032 0.058 0.131 0.055 0.004 88 K 0.004 0.006 0.227 0.102 0.027 0.002 0.011 0.008 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.011 0.399 0.008 0.021 0.008 0.031 0.114 0.002 89 S 0.002 0.003 0.009 0.027 0.135 0.001 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.189 0.030 0.021 0.113 0.419 0.002 90 Y 0.002 0.004 0.031 0.045 0.044 0.002 0.028 0.038 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.165 0.049 0.485 0.025 0.019 0.045 0.001 91 E 0.012 0.016 0.114 0.053 0.069 0.015 0.253 0.258 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.041 0.017 0.064 0.025 0.017 0.029 0.001 92 E 0.027 0.022 0.037 0.030 0.119 0.027 0.226 0.269 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.028 0.008 0.038 0.078 0.047 0.023 0.001 93 I 0.013 0.013 0.092 0.084 0.097 0.017 0.053 0.336 0.003 0.001 0.003 0.002 0.009 0.004 0.042 0.014 0.081 0.033 0.032 0.069 0.001 94 Q 0.010 0.016 0.023 0.036 0.096 0.008 0.064 0.295 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.010 0.124 0.046 0.116 0.117 0.001 95 K 0.004 0.003 0.022 0.037 0.040 0.006 0.068 0.166 0.021 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.007 0.495 0.015 0.036 0.052 0.001 96 A 0.001 0.001 0.007 0.006 0.008 0.021 0.605 0.108 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.094 0.048 0.020 0.072 0.001 97 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.008 0.461 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.142 0.218 0.050 0.039 0.001 98 L 0.001 0.001 0.027 0.016 0.011 0.002 0.016 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.112 0.087 0.192 0.410 0.001 99 P 0.001 0.001 0.009 0.007 0.029 0.001 0.006 0.148 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.301 0.022 0.161 0.300 0.001 100 E 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.003 0.015 0.383 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.550 0.004 0.008 0.017 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.020 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.007 0.010 0.004 0.001 103 K 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.005 0.017 0.857 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.080 0.005 0.004 0.003 0.001 104 D 0.003 0.002 0.008 0.012 0.008 0.019 0.196 0.598 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.106 0.005 0.012 0.011 0.001 105 K 0.002 0.004 0.006 0.014 0.022 0.020 0.610 0.102 0.016 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.070 0.085 0.013 0.012 0.001 106 F 0.004 0.004 0.023 0.015 0.030 0.007 0.234 0.067 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.037 0.103 0.132 0.139 0.169 0.001 107 T 0.003 0.006 0.177 0.073 0.063 0.005 0.041 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.072 0.039 0.067 0.158 0.105 0.148 0.003 108 I 0.008 0.016 0.029 0.016 0.298 0.004 0.033 0.025 0.007 0.001 0.005 0.003 0.008 0.010 0.024 0.208 0.058 0.049 0.093 0.097 0.006 109 K 0.006 0.007 0.193 0.111 0.022 0.002 0.011 0.018 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.013 0.443 0.007 0.031 0.013 0.046 0.058 0.003