# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.018 0.228 0.426 0.013 0.097 0.030 0.005 0.005 0.004 0.026 0.018 0.052 0.004 0.005 0.007 2 E 0.013 0.131 0.144 0.258 0.005 0.302 0.004 0.029 0.004 0.002 0.019 0.026 0.049 0.001 0.005 0.010 3 R 0.013 0.052 0.027 0.374 0.023 0.140 0.007 0.005 0.016 0.006 0.248 0.028 0.041 0.004 0.002 0.014 4 A 0.027 0.203 0.147 0.291 0.004 0.020 0.005 0.017 0.004 0.001 0.028 0.195 0.041 0.002 0.007 0.008 5 S 0.004 0.016 0.039 0.078 0.007 0.639 0.014 0.004 0.008 0.003 0.012 0.025 0.133 0.003 0.004 0.009 6 L 0.011 0.044 0.032 0.037 0.010 0.016 0.008 0.008 0.001 0.001 0.712 0.011 0.087 0.007 0.005 0.011 7 N 0.012 0.104 0.024 0.065 0.007 0.029 0.006 0.017 0.013 0.003 0.014 0.593 0.072 0.007 0.021 0.010 8 R 0.010 0.011 0.102 0.038 0.129 0.018 0.332 0.004 0.005 0.003 0.035 0.008 0.117 0.129 0.008 0.050 9 I 0.046 0.062 0.158 0.060 0.010 0.029 0.029 0.230 0.006 0.002 0.019 0.019 0.055 0.005 0.235 0.034 10 G 0.017 0.032 0.068 0.049 0.065 0.128 0.054 0.013 0.156 0.155 0.036 0.023 0.041 0.028 0.011 0.123 11 K 0.438 0.123 0.074 0.155 0.001 0.020 0.002 0.043 0.012 0.002 0.045 0.023 0.019 0.001 0.027 0.017 12 D 0.029 0.344 0.226 0.250 0.001 0.018 0.003 0.001 0.052 0.003 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.061 13 V 0.100 0.023 0.390 0.476 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.002 0.062 0.315 0.613 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.003 0.014 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 M 0.001 0.001 0.025 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.007 0.969 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.003 0.001 0.299 0.607 0.085 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.001 0.248 0.001 0.234 0.027 0.080 0.001 0.398 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.001 0.033 0.001 0.114 0.134 0.105 0.007 0.018 0.166 0.352 0.053 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 21 E 0.235 0.197 0.063 0.210 0.002 0.013 0.001 0.163 0.032 0.005 0.025 0.026 0.002 0.001 0.023 0.002 22 G 0.014 0.029 0.154 0.352 0.006 0.059 0.003 0.003 0.164 0.115 0.015 0.042 0.008 0.001 0.002 0.035 23 T 0.302 0.057 0.139 0.320 0.021 0.088 0.005 0.006 0.002 0.001 0.012 0.020 0.020 0.002 0.001 0.004 24 I 0.006 0.047 0.118 0.395 0.089 0.177 0.018 0.026 0.003 0.003 0.065 0.013 0.028 0.007 0.004 0.003 25 E 0.006 0.167 0.033 0.294 0.051 0.136 0.013 0.118 0.014 0.008 0.040 0.067 0.025 0.008 0.012 0.007 26 K 0.025 0.071 0.029 0.193 0.061 0.116 0.031 0.052 0.111 0.026 0.125 0.047 0.046 0.006 0.016 0.047 27 V 0.054 0.051 0.100 0.073 0.141 0.032 0.216 0.035 0.017 0.017 0.097 0.047 0.031 0.060 0.008 0.019 28 D 0.038 0.075 0.102 0.070 0.009 0.086 0.013 0.315 0.028 0.008 0.025 0.038 0.034 0.003 0.144 0.012 29 G 0.030 0.042 0.079 0.079 0.031 0.049 0.035 0.012 0.179 0.108 0.092 0.031 0.044 0.018 0.006 0.164 30 R 0.427 0.065 0.103 0.137 0.004 0.024 0.004 0.045 0.010 0.003 0.024 0.082 0.033 0.002 0.031 0.007 31 N 0.024 0.103 0.266 0.202 0.013 0.140 0.019 0.009 0.040 0.018 0.021 0.030 0.041 0.005 0.004 0.065 32 L 0.103 0.094 0.222 0.448 0.017 0.021 0.012 0.010 0.006 0.002 0.021 0.010 0.015 0.002 0.007 0.009 33 R 0.012 0.035 0.167 0.592 0.005 0.122 0.005 0.012 0.006 0.004 0.005 0.013 0.012 0.001 0.002 0.006 34 N 0.021 0.125 0.109 0.693 0.002 0.011 0.002 0.002 0.010 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 35 Y 0.017 0.005 0.039 0.908 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 T 0.004 0.067 0.133 0.749 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 37 L 0.002 0.003 0.010 0.791 0.045 0.127 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 38 P 0.002 0.090 0.034 0.552 0.017 0.151 0.001 0.057 0.002 0.001 0.037 0.042 0.011 0.001 0.002 0.001 39 A 0.002 0.116 0.006 0.742 0.005 0.034 0.002 0.004 0.023 0.004 0.023 0.015 0.009 0.001 0.001 0.012 40 Y 0.026 0.078 0.204 0.553 0.007 0.024 0.009 0.006 0.006 0.003 0.012 0.028 0.025 0.002 0.003 0.015 41 D 0.001 0.003 0.005 0.003 0.016 0.938 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.063 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.818 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 43 D 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.796 0.001 44 G 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.844 45 V 0.984 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.013 0.080 0.774 0.072 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.001 0.229 0.028 0.735 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.002 0.002 0.053 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.114 0.870 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.001 0.007 0.002 0.988 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.001 0.004 0.002 0.842 0.022 0.125 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.194 0.006 0.651 0.011 0.099 0.001 0.024 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.002 0.036 0.004 0.564 0.041 0.255 0.001 0.009 0.013 0.011 0.052 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.011 0.200 0.039 0.240 0.042 0.192 0.006 0.048 0.006 0.005 0.095 0.103 0.008 0.002 0.002 0.001 55 K 0.008 0.148 0.044 0.245 0.029 0.122 0.017 0.040 0.038 0.015 0.141 0.080 0.045 0.003 0.012 0.015 56 K 0.024 0.032 0.042 0.070 0.073 0.202 0.039 0.026 0.011 0.018 0.149 0.150 0.123 0.023 0.005 0.012 57 E 0.022 0.146 0.051 0.060 0.011 0.043 0.015 0.090 0.009 0.005 0.209 0.114 0.139 0.014 0.054 0.019 58 N 0.008 0.019 0.015 0.029 0.004 0.088 0.006 0.010 0.031 0.021 0.075 0.379 0.266 0.006 0.020 0.022 59 D 0.022 0.012 0.015 0.008 0.005 0.029 0.006 0.003 0.003 0.003 0.135 0.127 0.596 0.017 0.006 0.012 60 H 0.010 0.023 0.013 0.012 0.001 0.010 0.002 0.009 0.002 0.001 0.108 0.224 0.562 0.003 0.016 0.007 61 K 0.006 0.036 0.047 0.024 0.001 0.012 0.037 0.001 0.006 0.001 0.012 0.060 0.627 0.013 0.004 0.112 62 L 0.019 0.010 0.157 0.034 0.001 0.014 0.029 0.002 0.001 0.001 0.011 0.008 0.668 0.001 0.014 0.029 63 N 0.006 0.025 0.130 0.029 0.074 0.078 0.160 0.004 0.003 0.004 0.021 0.032 0.252 0.155 0.003 0.023 64 K 0.049 0.074 0.042 0.158 0.003 0.036 0.007 0.140 0.003 0.001 0.113 0.035 0.164 0.007 0.159 0.008 65 Y 0.005 0.235 0.121 0.144 0.001 0.008 0.005 0.001 0.124 0.008 0.003 0.020 0.032 0.003 0.004 0.286 66 A 0.346 0.013 0.231 0.379 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.011 67 F 0.004 0.027 0.773 0.187 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 68 L 0.001 0.009 0.024 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.003 0.041 0.951 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.008 0.982 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.012 0.004 0.941 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.052 0.002 0.855 0.023 0.056 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.038 0.003 0.105 0.017 0.802 0.001 0.020 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.003 0.120 0.004 0.049 0.024 0.071 0.002 0.010 0.009 0.006 0.687 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 75 D 0.012 0.185 0.017 0.057 0.019 0.052 0.007 0.031 0.010 0.006 0.063 0.521 0.005 0.008 0.006 0.002 76 D 0.018 0.078 0.129 0.043 0.015 0.123 0.029 0.063 0.036 0.009 0.101 0.084 0.074 0.011 0.146 0.040 77 N 0.052 0.090 0.098 0.036 0.015 0.054 0.026 0.023 0.023 0.014 0.166 0.081 0.123 0.014 0.031 0.153 78 S 0.121 0.069 0.062 0.026 0.015 0.144 0.029 0.036 0.014 0.008 0.071 0.200 0.117 0.034 0.031 0.023 79 K 0.032 0.076 0.180 0.049 0.009 0.050 0.025 0.036 0.029 0.006 0.141 0.050 0.152 0.013 0.107 0.048 80 N 0.067 0.087 0.142 0.140 0.002 0.038 0.005 0.017 0.030 0.009 0.036 0.165 0.150 0.002 0.027 0.083 81 E 0.118 0.090 0.236 0.150 0.005 0.056 0.022 0.002 0.016 0.003 0.012 0.017 0.105 0.004 0.002 0.163 82 I 0.046 0.027 0.477 0.183 0.016 0.086 0.063 0.004 0.002 0.001 0.019 0.007 0.052 0.004 0.005 0.007 83 S 0.005 0.190 0.111 0.141 0.009 0.374 0.014 0.044 0.003 0.003 0.028 0.026 0.034 0.004 0.006 0.008 84 S 0.016 0.303 0.027 0.321 0.008 0.092 0.008 0.017 0.041 0.005 0.069 0.021 0.018 0.006 0.012 0.036 85 I 0.092 0.104 0.275 0.340 0.001 0.008 0.002 0.006 0.026 0.001 0.022 0.068 0.013 0.001 0.014 0.027 86 E 0.030 0.025 0.640 0.256 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 87 V 0.020 0.003 0.197 0.211 0.023 0.522 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 88 K 0.001 0.854 0.014 0.116 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.004 0.005 0.003 0.267 0.001 0.685 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.014 0.091 0.205 0.048 0.005 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.545 0.013 0.016 0.001 0.001 0.002 91 E 0.004 0.076 0.012 0.373 0.002 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.468 0.010 0.001 0.001 0.001 92 E 0.010 0.087 0.228 0.420 0.004 0.057 0.012 0.001 0.004 0.001 0.006 0.023 0.109 0.001 0.001 0.037 93 I 0.008 0.033 0.252 0.474 0.005 0.050 0.012 0.004 0.001 0.001 0.019 0.004 0.122 0.001 0.002 0.012 94 Q 0.001 0.010 0.004 0.018 0.004 0.887 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.020 0.046 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.009 0.036 0.004 0.001 0.001 96 A 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.907 0.043 0.001 0.009 0.001 97 D 0.003 0.013 0.020 0.006 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.014 0.529 0.001 0.002 0.398 98 L 0.018 0.001 0.246 0.004 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.700 0.001 0.002 0.007 99 P 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.325 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.632 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.773 0.015 0.204 0.001 0.001 0.001 101 K 0.001 0.007 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.703 0.001 0.001 0.008 102 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.001 0.001 104 D 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.968 0.003 0.003 0.009 105 K 0.005 0.019 0.043 0.020 0.002 0.007 0.056 0.001 0.004 0.001 0.004 0.008 0.454 0.155 0.020 0.201 106 F 0.046 0.007 0.416 0.039 0.001 0.006 0.043 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.234 0.006 0.171 0.022 107 T 0.018 0.046 0.374 0.166 0.014 0.035 0.025 0.005 0.005 0.006 0.007 0.007 0.129 0.023 0.007 0.132 108 I 0.094 0.027 0.071 0.512 0.050 0.056 0.037 0.017 0.004 0.002 0.021 0.008 0.057 0.027 0.007 0.010 109 K 0.007 0.093 0.150 0.244 0.059 0.196 0.029 0.069 0.008 0.005 0.034 0.015 0.054 0.009 0.018 0.009