# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.051 0.009 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.105 0.097 0.530 2 E 0.059 0.070 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.115 0.120 0.441 3 R 0.050 0.036 0.010 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.086 0.117 0.584 4 A 0.046 0.047 0.009 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.057 0.134 0.540 5 S 0.279 0.096 0.009 0.001 0.008 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.098 0.078 0.313 6 L 0.077 0.038 0.010 0.002 0.008 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.094 0.120 0.584 7 N 0.111 0.014 0.006 0.001 0.012 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.053 0.099 0.594 8 R 0.137 0.007 0.006 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.086 0.085 0.591 9 I 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.082 0.134 0.690 10 G 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.101 0.085 0.135 0.639 11 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.153 0.072 0.144 0.604 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.006 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.550 0.064 0.095 0.256 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.006 0.002 0.008 0.007 0.006 0.004 0.548 0.110 0.052 0.245 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.012 0.004 0.805 0.084 0.009 0.057 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.022 0.006 0.761 0.084 0.006 0.090 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.904 0.020 0.003 0.030 17 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 0.090 0.048 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.678 0.045 0.007 0.059 18 I 0.002 0.001 0.003 0.001 0.059 0.009 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.634 0.055 0.047 0.168 19 K 0.316 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.042 0.053 0.379 20 G 0.146 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.040 0.098 0.629 21 E 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.017 0.104 0.778 22 G 0.034 0.007 0.001 0.001 0.017 0.023 0.008 0.007 0.084 0.059 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.092 0.046 0.068 0.531 23 T 0.037 0.008 0.003 0.002 0.022 0.023 0.017 0.009 0.189 0.210 0.079 0.004 0.010 0.002 0.001 0.003 0.044 0.053 0.047 0.238 24 I 0.138 0.009 0.005 0.003 0.032 0.029 0.018 0.012 0.006 0.011 0.014 0.004 0.038 0.012 0.004 0.004 0.031 0.042 0.075 0.511 25 E 0.100 0.007 0.006 0.003 0.043 0.013 0.006 0.017 0.002 0.002 0.004 0.004 0.047 0.039 0.019 0.006 0.027 0.038 0.067 0.550 26 K 0.211 0.005 0.004 0.001 0.020 0.007 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.010 0.006 0.030 0.035 0.065 0.576 27 V 0.178 0.004 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.058 0.067 0.643 28 D 0.063 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.056 0.074 0.724 29 G 0.063 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.024 0.024 0.012 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.086 0.059 0.079 0.623 30 R 0.024 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.057 0.064 0.039 0.009 0.020 0.007 0.004 0.005 0.076 0.089 0.077 0.512 31 N 0.036 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.024 0.032 0.011 0.039 0.025 0.016 0.011 0.302 0.076 0.070 0.329 32 L 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.012 0.006 0.061 0.054 0.030 0.014 0.130 0.102 0.070 0.481 33 R 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.016 0.021 0.006 0.669 0.057 0.038 0.163 34 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.015 0.010 0.419 0.042 0.061 0.421 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.848 0.013 0.028 0.092 36 T 0.009 0.016 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.598 0.051 0.059 0.246 37 L 0.049 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.092 0.085 0.231 38 P 0.086 0.023 0.001 0.002 0.001 0.005 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.189 0.088 0.117 0.449 39 A 0.004 0.004 0.002 0.001 0.060 0.708 0.074 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.024 0.017 0.061 40 Y 0.007 0.018 0.098 0.005 0.227 0.014 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.071 0.102 0.368 41 D 0.901 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.010 0.055 42 E 0.502 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.040 0.436 43 D 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.065 0.893 44 G 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.015 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.079 0.091 0.648 45 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.382 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.065 0.044 0.222 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.020 0.042 0.004 0.034 0.006 0.001 0.001 0.121 0.051 0.078 0.613 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.136 0.171 0.029 0.003 0.483 0.056 0.021 0.085 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.069 0.170 0.032 0.284 0.073 0.035 0.296 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.929 0.015 0.007 0.030 50 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.729 0.141 0.011 0.095 51 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.065 0.026 0.076 52 R 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 0.075 0.054 0.290 53 S 0.025 0.007 0.001 0.001 0.003 0.016 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.061 0.125 0.461 54 T 0.016 0.011 0.003 0.001 0.006 0.008 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.117 0.130 0.568 55 K 0.061 0.031 0.003 0.001 0.006 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.062 0.176 0.599 56 K 0.232 0.028 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.042 0.100 0.548 57 E 0.096 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.091 0.723 58 N 0.448 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.070 0.053 0.315 59 D 0.121 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.132 0.086 0.568 60 H 0.094 0.141 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.076 0.096 0.482 61 K 0.041 0.081 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.012 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.037 0.085 0.102 0.600 62 L 0.065 0.108 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.060 0.064 0.150 0.520 63 N 0.331 0.232 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.029 0.097 0.055 0.240 64 K 0.067 0.308 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.106 0.112 0.358 65 Y 0.013 0.100 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.140 0.086 0.337 66 A 0.008 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.730 0.066 0.030 0.106 67 F 0.003 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.085 0.030 0.152 68 L 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.031 0.009 0.052 69 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.881 0.042 0.007 0.057 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.879 0.021 0.015 0.074 71 Y 0.007 0.002 0.002 0.001 0.010 0.020 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.823 0.034 0.013 0.063 72 V 0.009 0.006 0.004 0.002 0.022 0.025 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.472 0.070 0.078 0.270 73 D 0.063 0.010 0.006 0.002 0.031 0.019 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.077 0.104 0.471 74 Q 0.157 0.014 0.004 0.001 0.023 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.068 0.091 0.551 75 D 0.106 0.013 0.002 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.051 0.096 0.697 76 D 0.092 0.013 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.058 0.086 0.708 77 N 0.125 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.038 0.081 0.689 78 S 0.197 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.036 0.020 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 0.065 0.068 0.518 79 K 0.111 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.018 0.017 0.013 0.003 0.010 0.004 0.002 0.002 0.018 0.077 0.098 0.596 80 N 0.029 0.012 0.004 0.001 0.006 0.006 0.004 0.005 0.011 0.014 0.015 0.005 0.019 0.016 0.010 0.004 0.069 0.103 0.131 0.536 81 E 0.033 0.007 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.007 0.002 0.011 0.010 0.013 0.006 0.094 0.052 0.149 0.582 82 I 0.217 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.010 0.011 0.008 0.004 0.081 0.064 0.116 0.463 83 S 0.093 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.073 0.041 0.133 0.640 84 S 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.033 0.101 0.655 85 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.033 0.122 0.536 86 E 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.582 0.038 0.061 0.287 87 V 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.410 0.026 0.092 0.439 88 K 0.019 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.003 0.002 0.494 0.039 0.061 0.312 89 S 0.054 0.479 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.079 0.052 0.208 90 Y 0.066 0.555 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.073 0.048 0.180 91 E 0.062 0.539 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.069 0.035 0.145 92 E 0.061 0.352 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.039 0.060 0.339 93 I 0.114 0.256 0.034 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.093 0.062 0.251 94 Q 0.281 0.247 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.088 0.048 0.263 95 K 0.319 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.062 0.055 0.470 96 A 0.013 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.045 0.126 0.703 97 D 0.011 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.101 0.740 98 L 0.066 0.339 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.071 0.104 0.389 99 P 0.062 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.009 0.039 100 E 0.045 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.027 0.113 101 K 0.057 0.575 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.101 0.036 0.190 102 V 0.438 0.367 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.038 0.032 0.090 103 K 0.109 0.025 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.212 0.094 0.510 104 D 0.083 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.052 0.080 0.639 105 K 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.022 0.108 0.743 106 F 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.047 0.131 0.569 107 T 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.027 0.092 0.682 108 I 0.024 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.019 0.121 0.747 109 K 0.087 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.037 0.110 0.599