# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.039 0.005 0.064 0.058 0.081 0.115 0.006 0.001 0.129 0.445 2 E 0.060 0.083 0.003 0.066 0.067 0.103 0.098 0.010 0.001 0.063 0.446 3 R 0.054 0.049 0.005 0.045 0.045 0.056 0.100 0.004 0.001 0.181 0.459 4 A 0.022 0.070 0.005 0.047 0.069 0.083 0.113 0.005 0.002 0.049 0.535 5 S 0.231 0.190 0.004 0.025 0.032 0.066 0.063 0.017 0.002 0.064 0.306 6 L 0.131 0.042 0.015 0.024 0.030 0.046 0.099 0.021 0.011 0.069 0.513 7 N 0.214 0.031 0.008 0.015 0.040 0.059 0.091 0.005 0.002 0.054 0.482 8 R 0.187 0.012 0.006 0.020 0.031 0.054 0.078 0.004 0.002 0.060 0.546 9 I 0.030 0.003 0.004 0.014 0.025 0.033 0.172 0.002 0.001 0.039 0.678 10 G 0.121 0.003 0.004 0.007 0.036 0.057 0.101 0.002 0.001 0.032 0.636 11 K 0.034 0.002 0.001 0.016 0.065 0.074 0.134 0.001 0.001 0.032 0.641 12 D 0.007 0.001 0.001 0.024 0.076 0.162 0.119 0.001 0.001 0.035 0.575 13 V 0.001 0.001 0.001 0.023 0.193 0.349 0.100 0.001 0.001 0.019 0.314 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.122 0.266 0.437 0.026 0.001 0.001 0.016 0.132 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.053 0.324 0.436 0.022 0.001 0.001 0.014 0.150 16 M 0.001 0.001 0.001 0.059 0.372 0.483 0.015 0.001 0.001 0.009 0.061 17 Q 0.002 0.001 0.001 0.083 0.324 0.471 0.011 0.001 0.001 0.015 0.094 18 I 0.025 0.001 0.001 0.143 0.263 0.243 0.041 0.001 0.001 0.044 0.239 19 K 0.091 0.001 0.001 0.048 0.141 0.085 0.056 0.001 0.001 0.053 0.523 20 G 0.111 0.002 0.001 0.031 0.037 0.028 0.050 0.002 0.001 0.016 0.722 21 E 0.016 0.001 0.001 0.004 0.044 0.021 0.040 0.001 0.001 0.013 0.860 22 G 0.007 0.002 0.001 0.006 0.175 0.155 0.068 0.001 0.001 0.027 0.558 23 T 0.021 0.004 0.001 0.008 0.178 0.263 0.049 0.001 0.001 0.042 0.433 24 I 0.089 0.004 0.001 0.008 0.165 0.165 0.047 0.002 0.001 0.052 0.467 25 E 0.035 0.002 0.001 0.005 0.146 0.186 0.056 0.001 0.001 0.025 0.543 26 K 0.080 0.003 0.001 0.006 0.061 0.085 0.049 0.001 0.001 0.023 0.690 27 V 0.101 0.003 0.002 0.012 0.076 0.055 0.089 0.001 0.001 0.058 0.603 28 D 0.014 0.004 0.001 0.021 0.085 0.096 0.109 0.001 0.001 0.028 0.640 29 G 0.040 0.007 0.001 0.016 0.084 0.109 0.081 0.002 0.001 0.033 0.628 30 R 0.012 0.001 0.001 0.016 0.213 0.274 0.080 0.001 0.001 0.045 0.357 31 N 0.011 0.003 0.001 0.057 0.195 0.310 0.054 0.001 0.001 0.038 0.329 32 L 0.011 0.001 0.001 0.024 0.199 0.267 0.068 0.001 0.001 0.036 0.393 33 R 0.004 0.001 0.001 0.102 0.371 0.297 0.040 0.001 0.001 0.012 0.173 34 N 0.019 0.001 0.001 0.055 0.147 0.248 0.061 0.001 0.001 0.023 0.445 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.035 0.343 0.304 0.086 0.001 0.001 0.006 0.226 36 T 0.020 0.005 0.001 0.059 0.119 0.153 0.062 0.001 0.001 0.013 0.568 37 L 0.017 0.002 0.001 0.016 0.264 0.214 0.099 0.001 0.001 0.025 0.363 38 P 0.013 0.007 0.001 0.023 0.051 0.156 0.095 0.001 0.001 0.019 0.635 39 A 0.002 0.001 0.001 0.011 0.155 0.473 0.071 0.001 0.001 0.020 0.266 40 Y 0.011 0.001 0.001 0.031 0.097 0.269 0.066 0.001 0.001 0.035 0.487 41 D 0.820 0.002 0.001 0.004 0.021 0.010 0.010 0.002 0.001 0.015 0.116 42 E 0.193 0.002 0.001 0.003 0.013 0.009 0.040 0.002 0.001 0.025 0.711 43 D 0.019 0.003 0.002 0.004 0.021 0.017 0.041 0.001 0.001 0.017 0.876 44 G 0.040 0.001 0.003 0.005 0.092 0.054 0.049 0.001 0.001 0.047 0.708 45 V 0.007 0.001 0.001 0.009 0.323 0.240 0.081 0.001 0.001 0.040 0.299 46 K 0.010 0.001 0.001 0.008 0.099 0.167 0.057 0.001 0.001 0.062 0.596 47 K 0.001 0.001 0.001 0.018 0.410 0.390 0.036 0.001 0.001 0.013 0.131 48 Q 0.002 0.001 0.001 0.036 0.141 0.477 0.041 0.001 0.001 0.028 0.273 49 I 0.001 0.001 0.001 0.038 0.520 0.300 0.031 0.001 0.001 0.011 0.100 50 T 0.001 0.001 0.001 0.419 0.154 0.235 0.021 0.001 0.001 0.054 0.115 51 F 0.002 0.002 0.001 0.178 0.294 0.237 0.056 0.001 0.001 0.029 0.201 52 R 0.013 0.006 0.001 0.301 0.133 0.184 0.053 0.002 0.001 0.063 0.245 53 S 0.011 0.007 0.001 0.132 0.122 0.171 0.086 0.001 0.001 0.049 0.421 54 T 0.013 0.013 0.003 0.193 0.063 0.101 0.093 0.002 0.001 0.118 0.401 55 K 0.055 0.039 0.004 0.052 0.058 0.058 0.106 0.008 0.001 0.056 0.563 56 K 0.383 0.062 0.003 0.020 0.019 0.022 0.058 0.006 0.001 0.080 0.346 57 E 0.043 0.059 0.002 0.011 0.007 0.012 0.091 0.005 0.001 0.039 0.731 58 N 0.108 0.205 0.004 0.009 0.009 0.021 0.084 0.012 0.001 0.062 0.485 59 D 0.109 0.097 0.004 0.004 0.008 0.009 0.078 0.007 0.002 0.198 0.484 60 H 0.062 0.351 0.006 0.007 0.028 0.019 0.062 0.004 0.001 0.062 0.398 61 K 0.042 0.306 0.011 0.009 0.013 0.033 0.063 0.012 0.004 0.150 0.357 62 L 0.080 0.241 0.030 0.014 0.022 0.047 0.089 0.013 0.009 0.095 0.359 63 N 0.236 0.372 0.003 0.004 0.017 0.030 0.028 0.005 0.001 0.022 0.282 64 K 0.048 0.387 0.003 0.009 0.025 0.061 0.045 0.003 0.001 0.024 0.394 65 Y 0.014 0.138 0.007 0.030 0.038 0.115 0.127 0.002 0.001 0.105 0.424 66 A 0.020 0.050 0.008 0.124 0.189 0.403 0.042 0.002 0.001 0.064 0.098 67 F 0.023 0.032 0.001 0.244 0.113 0.288 0.042 0.002 0.001 0.070 0.183 68 L 0.004 0.012 0.001 0.143 0.347 0.367 0.021 0.001 0.001 0.014 0.092 69 R 0.002 0.006 0.001 0.094 0.188 0.624 0.011 0.001 0.001 0.019 0.057 70 L 0.002 0.003 0.001 0.224 0.353 0.323 0.015 0.001 0.001 0.017 0.064 71 Y 0.003 0.002 0.001 0.085 0.484 0.348 0.011 0.001 0.001 0.024 0.043 72 V 0.010 0.002 0.001 0.150 0.381 0.256 0.030 0.001 0.001 0.033 0.136 73 D 0.090 0.007 0.003 0.080 0.161 0.127 0.059 0.004 0.001 0.060 0.408 74 Q 0.203 0.009 0.003 0.035 0.040 0.037 0.079 0.005 0.001 0.076 0.512 75 D 0.045 0.013 0.002 0.010 0.017 0.019 0.096 0.003 0.001 0.029 0.766 76 D 0.052 0.017 0.004 0.012 0.025 0.026 0.093 0.003 0.001 0.081 0.687 77 N 0.054 0.033 0.006 0.016 0.043 0.041 0.099 0.006 0.001 0.074 0.627 78 S 0.245 0.096 0.002 0.007 0.028 0.042 0.071 0.016 0.001 0.037 0.454 79 K 0.141 0.017 0.003 0.006 0.020 0.033 0.084 0.004 0.001 0.123 0.566 80 N 0.014 0.007 0.006 0.023 0.073 0.114 0.121 0.001 0.001 0.107 0.534 81 E 0.031 0.010 0.004 0.026 0.049 0.094 0.111 0.002 0.001 0.054 0.618 82 I 0.189 0.005 0.003 0.017 0.059 0.062 0.140 0.006 0.001 0.067 0.451 83 S 0.053 0.009 0.001 0.034 0.055 0.095 0.106 0.002 0.001 0.028 0.617 84 S 0.008 0.003 0.001 0.020 0.016 0.045 0.089 0.001 0.001 0.017 0.800 85 I 0.003 0.002 0.001 0.068 0.209 0.181 0.136 0.001 0.001 0.028 0.373 86 E 0.014 0.012 0.001 0.134 0.118 0.223 0.076 0.002 0.001 0.046 0.375 87 V 0.006 0.004 0.001 0.045 0.104 0.107 0.119 0.001 0.001 0.037 0.576 88 K 0.006 0.012 0.001 0.113 0.135 0.193 0.076 0.001 0.001 0.056 0.408 89 S 0.038 0.127 0.001 0.107 0.061 0.111 0.067 0.005 0.001 0.055 0.428 90 Y 0.125 0.184 0.003 0.028 0.029 0.031 0.069 0.013 0.001 0.086 0.429 91 E 0.024 0.129 0.001 0.017 0.082 0.146 0.091 0.003 0.001 0.038 0.469 92 E 0.040 0.079 0.005 0.034 0.019 0.067 0.065 0.002 0.002 0.131 0.556 93 I 0.027 0.029 0.028 0.040 0.060 0.046 0.139 0.008 0.006 0.073 0.546 94 Q 0.718 0.062 0.004 0.007 0.005 0.007 0.017 0.045 0.003 0.015 0.118 95 K 0.742 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.001 0.019 0.198 96 A 0.003 0.012 0.001 0.003 0.002 0.003 0.084 0.001 0.001 0.007 0.886 97 D 0.007 0.080 0.001 0.006 0.002 0.007 0.070 0.002 0.001 0.030 0.794 98 L 0.059 0.366 0.003 0.007 0.004 0.003 0.104 0.027 0.002 0.086 0.339 99 P 0.118 0.733 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.002 0.025 0.091 100 E 0.075 0.731 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 0.001 0.031 0.135 101 K 0.076 0.445 0.020 0.004 0.001 0.006 0.041 0.016 0.013 0.082 0.295 102 V 0.300 0.135 0.049 0.008 0.007 0.014 0.056 0.023 0.021 0.091 0.297 103 K 0.239 0.018 0.018 0.006 0.006 0.010 0.054 0.009 0.011 0.082 0.548 104 D 0.075 0.009 0.005 0.008 0.018 0.021 0.092 0.002 0.001 0.026 0.743 105 K 0.014 0.002 0.001 0.005 0.005 0.011 0.081 0.001 0.001 0.015 0.866 106 F 0.008 0.001 0.001 0.023 0.047 0.045 0.136 0.001 0.001 0.014 0.726 107 T 0.007 0.001 0.001 0.049 0.028 0.063 0.100 0.001 0.001 0.018 0.733 108 I 0.003 0.001 0.001 0.023 0.034 0.037 0.121 0.001 0.001 0.010 0.771 109 K 0.041 0.004 0.001 0.102 0.055 0.070 0.100 0.001 0.001 0.033 0.594