# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.023 0.037 0.075 0.095 0.115 0.087 0.514 2 E 0.037 0.050 0.049 0.093 0.137 0.105 0.057 0.471 3 R 0.054 0.029 0.045 0.073 0.109 0.108 0.074 0.507 4 A 0.024 0.030 0.058 0.085 0.111 0.103 0.044 0.547 5 S 0.231 0.116 0.026 0.037 0.058 0.081 0.131 0.319 6 L 0.099 0.033 0.046 0.033 0.055 0.100 0.137 0.497 7 N 0.112 0.019 0.033 0.049 0.064 0.116 0.063 0.545 8 R 0.069 0.006 0.028 0.048 0.088 0.113 0.051 0.597 9 I 0.027 0.004 0.024 0.025 0.042 0.156 0.034 0.689 10 G 0.094 0.011 0.033 0.046 0.088 0.159 0.088 0.481 11 K 0.012 0.009 0.032 0.038 0.069 0.172 0.035 0.632 12 D 0.004 0.005 0.077 0.148 0.386 0.081 0.060 0.240 13 V 0.002 0.003 0.081 0.160 0.504 0.040 0.064 0.146 14 Y 0.001 0.001 0.070 0.358 0.514 0.007 0.021 0.029 15 Y 0.001 0.001 0.049 0.371 0.472 0.008 0.044 0.054 16 M 0.001 0.001 0.061 0.533 0.356 0.007 0.012 0.029 17 Q 0.001 0.001 0.069 0.342 0.512 0.010 0.011 0.054 18 I 0.019 0.001 0.036 0.353 0.357 0.035 0.031 0.168 19 K 0.151 0.001 0.029 0.144 0.138 0.068 0.061 0.409 20 G 0.051 0.003 0.009 0.060 0.115 0.060 0.030 0.672 21 E 0.041 0.002 0.007 0.049 0.098 0.079 0.022 0.701 22 G 0.010 0.002 0.015 0.279 0.236 0.050 0.014 0.395 23 T 0.014 0.002 0.014 0.132 0.253 0.052 0.031 0.502 24 I 0.073 0.002 0.008 0.125 0.070 0.085 0.042 0.595 25 E 0.032 0.003 0.015 0.109 0.162 0.069 0.022 0.588 26 K 0.048 0.004 0.004 0.022 0.059 0.065 0.027 0.770 27 V 0.123 0.005 0.008 0.113 0.059 0.093 0.044 0.554 28 D 0.013 0.008 0.017 0.071 0.146 0.088 0.026 0.631 29 G 0.031 0.006 0.015 0.076 0.172 0.099 0.049 0.552 30 R 0.007 0.004 0.038 0.326 0.325 0.048 0.034 0.218 31 N 0.007 0.003 0.043 0.193 0.440 0.037 0.056 0.222 32 L 0.022 0.002 0.044 0.260 0.252 0.047 0.072 0.301 33 R 0.006 0.001 0.080 0.287 0.487 0.021 0.014 0.103 34 N 0.018 0.002 0.053 0.149 0.179 0.071 0.063 0.466 35 Y 0.002 0.001 0.061 0.305 0.409 0.040 0.010 0.171 36 T 0.028 0.024 0.037 0.097 0.162 0.104 0.069 0.478 37 L 0.061 0.027 0.027 0.206 0.235 0.082 0.061 0.301 38 P 0.033 0.052 0.031 0.097 0.146 0.091 0.070 0.480 39 A 0.014 0.019 0.040 0.117 0.183 0.132 0.082 0.414 40 Y 0.009 0.014 0.073 0.051 0.096 0.091 0.066 0.601 41 D 0.861 0.021 0.001 0.003 0.002 0.007 0.067 0.039 42 E 0.257 0.033 0.003 0.005 0.006 0.051 0.050 0.594 43 D 0.006 0.006 0.003 0.005 0.011 0.105 0.017 0.847 44 G 0.024 0.010 0.017 0.020 0.050 0.101 0.077 0.700 45 V 0.019 0.006 0.029 0.366 0.166 0.079 0.057 0.279 46 K 0.016 0.003 0.044 0.054 0.103 0.056 0.080 0.644 47 K 0.007 0.003 0.118 0.277 0.248 0.060 0.045 0.242 48 Q 0.003 0.003 0.260 0.080 0.306 0.040 0.024 0.284 49 I 0.003 0.001 0.125 0.521 0.130 0.036 0.022 0.162 50 T 0.004 0.003 0.427 0.144 0.210 0.030 0.055 0.127 51 F 0.026 0.005 0.109 0.128 0.203 0.081 0.052 0.396 52 R 0.096 0.010 0.102 0.120 0.155 0.064 0.051 0.402 53 S 0.042 0.009 0.037 0.059 0.087 0.081 0.029 0.656 54 T 0.011 0.006 0.049 0.032 0.074 0.135 0.051 0.642 55 K 0.023 0.016 0.036 0.023 0.038 0.105 0.042 0.717 56 K 0.472 0.080 0.008 0.010 0.007 0.047 0.119 0.256 57 E 0.075 0.102 0.009 0.007 0.011 0.084 0.030 0.683 58 N 0.071 0.177 0.005 0.005 0.009 0.071 0.038 0.625 59 D 0.188 0.182 0.011 0.011 0.014 0.076 0.193 0.324 60 H 0.072 0.188 0.013 0.033 0.024 0.108 0.097 0.465 61 K 0.068 0.151 0.020 0.025 0.040 0.107 0.091 0.499 62 L 0.127 0.159 0.026 0.026 0.040 0.119 0.070 0.433 63 N 0.143 0.241 0.015 0.018 0.032 0.106 0.097 0.348 64 K 0.037 0.153 0.023 0.030 0.101 0.121 0.066 0.469 65 Y 0.013 0.096 0.062 0.071 0.246 0.106 0.062 0.345 66 A 0.005 0.026 0.082 0.200 0.465 0.037 0.070 0.115 67 F 0.004 0.014 0.105 0.209 0.385 0.025 0.120 0.138 68 L 0.004 0.007 0.063 0.359 0.474 0.011 0.034 0.048 69 R 0.005 0.004 0.077 0.343 0.416 0.018 0.049 0.088 70 L 0.004 0.001 0.046 0.390 0.449 0.018 0.022 0.071 71 Y 0.007 0.001 0.050 0.275 0.432 0.044 0.030 0.162 72 V 0.012 0.001 0.040 0.190 0.279 0.072 0.023 0.382 73 D 0.110 0.007 0.023 0.053 0.065 0.089 0.125 0.526 74 Q 0.072 0.008 0.008 0.012 0.020 0.089 0.051 0.740 75 D 0.130 0.025 0.006 0.012 0.013 0.061 0.067 0.688 76 D 0.160 0.037 0.004 0.011 0.013 0.074 0.075 0.626 77 N 0.041 0.024 0.008 0.022 0.021 0.095 0.047 0.741 78 S 0.139 0.063 0.007 0.043 0.059 0.071 0.074 0.544 79 K 0.141 0.032 0.007 0.025 0.028 0.081 0.079 0.607 80 N 0.020 0.016 0.019 0.073 0.066 0.106 0.048 0.651 81 E 0.026 0.017 0.020 0.042 0.106 0.082 0.041 0.666 82 I 0.158 0.009 0.018 0.043 0.027 0.103 0.085 0.558 83 S 0.056 0.014 0.034 0.062 0.063 0.101 0.058 0.613 84 S 0.032 0.010 0.007 0.006 0.025 0.083 0.036 0.800 85 I 0.023 0.010 0.061 0.107 0.079 0.133 0.045 0.542 86 E 0.005 0.005 0.157 0.117 0.257 0.051 0.048 0.359 87 V 0.011 0.007 0.055 0.155 0.099 0.100 0.043 0.531 88 K 0.011 0.015 0.228 0.166 0.154 0.065 0.031 0.330 89 S 0.146 0.201 0.028 0.023 0.046 0.053 0.184 0.318 90 Y 0.220 0.132 0.024 0.018 0.032 0.067 0.095 0.412 91 E 0.024 0.173 0.044 0.131 0.095 0.056 0.050 0.427 92 E 0.038 0.256 0.042 0.020 0.052 0.073 0.073 0.447 93 I 0.083 0.137 0.062 0.079 0.038 0.096 0.109 0.395 94 Q 0.322 0.139 0.019 0.013 0.025 0.043 0.070 0.368 95 K 0.385 0.065 0.003 0.003 0.005 0.037 0.071 0.431 96 A 0.008 0.038 0.005 0.004 0.003 0.101 0.021 0.820 97 D 0.004 0.332 0.004 0.002 0.003 0.057 0.012 0.586 98 L 0.033 0.766 0.003 0.002 0.002 0.017 0.048 0.130 99 P 0.048 0.898 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.022 100 E 0.037 0.887 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.047 101 K 0.035 0.732 0.026 0.001 0.002 0.017 0.106 0.079 102 V 0.193 0.514 0.024 0.004 0.007 0.032 0.094 0.132 103 K 0.289 0.058 0.035 0.007 0.007 0.045 0.207 0.353 104 D 0.112 0.034 0.016 0.010 0.014 0.105 0.041 0.668 105 K 0.026 0.008 0.008 0.003 0.007 0.098 0.016 0.836 106 F 0.015 0.008 0.036 0.027 0.024 0.133 0.021 0.737 107 T 0.020 0.004 0.042 0.020 0.052 0.085 0.043 0.733 108 I 0.020 0.002 0.045 0.030 0.024 0.110 0.040 0.730 109 K 0.021 0.003 0.235 0.021 0.038 0.109 0.055 0.519