# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.231 0.099 0.052 0.099 0.097 0.082 0.115 0.088 0.064 0.045 0.027 2 E 0.221 0.152 0.081 0.157 0.111 0.078 0.087 0.053 0.033 0.018 0.009 3 R 0.135 0.097 0.080 0.156 0.130 0.103 0.122 0.077 0.052 0.030 0.018 4 A 0.067 0.048 0.044 0.088 0.102 0.112 0.165 0.133 0.112 0.077 0.051 5 S 0.084 0.161 0.107 0.227 0.147 0.078 0.077 0.053 0.035 0.021 0.010 6 L 0.027 0.024 0.024 0.065 0.080 0.103 0.175 0.152 0.151 0.124 0.073 7 N 0.168 0.128 0.111 0.193 0.130 0.082 0.077 0.048 0.032 0.021 0.010 8 R 0.079 0.100 0.096 0.158 0.130 0.139 0.135 0.071 0.048 0.029 0.014 9 I 0.058 0.060 0.034 0.076 0.089 0.103 0.157 0.128 0.124 0.098 0.073 10 G 0.212 0.167 0.041 0.091 0.075 0.070 0.114 0.073 0.072 0.056 0.029 11 K 0.310 0.228 0.083 0.189 0.088 0.038 0.028 0.016 0.010 0.006 0.003 12 D 0.248 0.154 0.061 0.154 0.107 0.087 0.088 0.049 0.028 0.017 0.008 13 V 0.046 0.064 0.043 0.152 0.155 0.162 0.143 0.104 0.065 0.044 0.021 14 Y 0.009 0.019 0.019 0.040 0.053 0.148 0.232 0.166 0.154 0.119 0.041 15 Y 0.009 0.016 0.028 0.088 0.109 0.168 0.189 0.119 0.126 0.095 0.052 16 M 0.009 0.005 0.014 0.014 0.022 0.043 0.105 0.123 0.219 0.251 0.194 17 Q 0.016 0.044 0.062 0.226 0.242 0.135 0.132 0.070 0.042 0.021 0.010 18 I 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 0.018 0.068 0.112 0.209 0.270 0.303 19 K 0.057 0.264 0.133 0.282 0.155 0.053 0.027 0.014 0.008 0.005 0.003 20 G 0.341 0.190 0.065 0.123 0.075 0.063 0.072 0.037 0.019 0.010 0.005 21 E 0.555 0.188 0.033 0.106 0.051 0.026 0.020 0.011 0.005 0.003 0.002 22 G 0.295 0.106 0.030 0.070 0.065 0.083 0.125 0.084 0.069 0.049 0.024 23 T 0.123 0.232 0.102 0.233 0.130 0.082 0.049 0.025 0.013 0.008 0.003 24 I 0.028 0.038 0.028 0.052 0.064 0.141 0.202 0.132 0.142 0.113 0.060 25 E 0.272 0.223 0.095 0.175 0.103 0.050 0.040 0.024 0.010 0.005 0.002 26 K 0.283 0.185 0.080 0.187 0.094 0.058 0.054 0.032 0.016 0.009 0.004 27 V 0.112 0.069 0.028 0.081 0.086 0.111 0.150 0.120 0.100 0.089 0.055 28 D 0.265 0.275 0.071 0.166 0.099 0.047 0.038 0.023 0.010 0.005 0.002 29 G 0.219 0.134 0.072 0.156 0.121 0.095 0.090 0.058 0.029 0.018 0.009 30 R 0.162 0.083 0.051 0.115 0.113 0.105 0.135 0.093 0.066 0.047 0.030 31 N 0.118 0.138 0.064 0.194 0.151 0.103 0.112 0.065 0.031 0.017 0.007 32 L 0.024 0.031 0.036 0.080 0.102 0.140 0.159 0.133 0.125 0.110 0.059 33 R 0.047 0.056 0.054 0.118 0.128 0.150 0.211 0.113 0.068 0.039 0.016 34 N 0.074 0.126 0.143 0.264 0.160 0.092 0.070 0.035 0.018 0.012 0.006 35 Y 0.007 0.006 0.009 0.012 0.023 0.067 0.125 0.128 0.230 0.229 0.164 36 T 0.100 0.265 0.091 0.268 0.137 0.051 0.042 0.023 0.014 0.007 0.003 37 L 0.008 0.006 0.009 0.017 0.030 0.065 0.148 0.154 0.209 0.193 0.162 38 P 0.217 0.268 0.160 0.227 0.090 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 39 A 0.036 0.017 0.024 0.052 0.084 0.088 0.175 0.193 0.141 0.109 0.080 40 Y 0.025 0.038 0.025 0.073 0.095 0.119 0.183 0.156 0.126 0.106 0.054 41 D 0.055 0.243 0.117 0.169 0.110 0.099 0.119 0.042 0.028 0.015 0.005 42 E 0.401 0.211 0.148 0.145 0.057 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 43 D 0.789 0.136 0.020 0.033 0.011 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 G 0.375 0.145 0.034 0.086 0.070 0.049 0.073 0.060 0.050 0.036 0.022 45 V 0.114 0.160 0.070 0.161 0.145 0.136 0.120 0.055 0.023 0.013 0.004 46 K 0.068 0.153 0.337 0.247 0.101 0.051 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 47 K 0.017 0.035 0.074 0.084 0.096 0.221 0.273 0.124 0.046 0.024 0.006 48 Q 0.048 0.115 0.143 0.307 0.169 0.090 0.062 0.040 0.016 0.008 0.003 49 I 0.008 0.003 0.011 0.009 0.017 0.061 0.167 0.184 0.222 0.212 0.106 50 T 0.030 0.164 0.246 0.364 0.137 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 51 F 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.017 0.074 0.126 0.196 0.225 0.340 52 R 0.105 0.190 0.242 0.278 0.137 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 53 S 0.055 0.025 0.041 0.063 0.081 0.112 0.235 0.168 0.109 0.071 0.041 54 T 0.129 0.162 0.105 0.209 0.139 0.081 0.072 0.048 0.026 0.018 0.010 55 K 0.171 0.160 0.062 0.125 0.097 0.095 0.150 0.071 0.039 0.021 0.008 56 K 0.444 0.161 0.109 0.148 0.065 0.027 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 57 E 0.404 0.228 0.060 0.113 0.070 0.041 0.044 0.022 0.010 0.006 0.003 58 N 0.105 0.210 0.045 0.113 0.105 0.088 0.101 0.085 0.064 0.047 0.035 59 D 0.343 0.163 0.043 0.110 0.118 0.077 0.075 0.040 0.017 0.009 0.004 60 H 0.584 0.107 0.084 0.103 0.048 0.028 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 61 K 0.192 0.173 0.096 0.243 0.138 0.064 0.059 0.021 0.009 0.003 0.002 62 L 0.003 0.004 0.005 0.008 0.016 0.024 0.066 0.101 0.211 0.264 0.299 63 N 0.016 0.094 0.138 0.255 0.236 0.116 0.073 0.040 0.017 0.012 0.004 64 K 0.018 0.063 0.308 0.241 0.147 0.097 0.065 0.035 0.014 0.008 0.003 65 Y 0.047 0.043 0.094 0.184 0.171 0.164 0.160 0.082 0.031 0.017 0.007 66 A 0.003 0.005 0.013 0.019 0.027 0.069 0.187 0.173 0.228 0.187 0.089 67 F 0.002 0.006 0.028 0.055 0.092 0.124 0.167 0.132 0.163 0.145 0.086 68 L 0.001 0.002 0.012 0.007 0.012 0.030 0.083 0.095 0.243 0.307 0.207 69 R 0.003 0.013 0.046 0.108 0.182 0.197 0.210 0.101 0.074 0.041 0.025 70 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.015 0.048 0.103 0.189 0.283 0.341 71 Y 0.005 0.013 0.027 0.080 0.129 0.200 0.226 0.131 0.097 0.067 0.024 72 V 0.004 0.005 0.010 0.014 0.021 0.055 0.153 0.134 0.248 0.218 0.138 73 D 0.110 0.185 0.154 0.240 0.136 0.071 0.058 0.024 0.012 0.006 0.004 74 Q 0.266 0.160 0.122 0.156 0.092 0.065 0.073 0.034 0.017 0.009 0.005 75 D 0.353 0.180 0.060 0.117 0.081 0.059 0.062 0.042 0.022 0.015 0.010 76 D 0.171 0.181 0.064 0.141 0.116 0.085 0.098 0.069 0.037 0.024 0.015 77 N 0.337 0.152 0.087 0.138 0.102 0.059 0.054 0.037 0.016 0.011 0.006 78 S 0.237 0.203 0.107 0.162 0.091 0.065 0.063 0.036 0.019 0.011 0.006 79 K 0.172 0.164 0.065 0.163 0.130 0.085 0.094 0.066 0.032 0.019 0.010 80 N 0.336 0.123 0.057 0.116 0.095 0.068 0.078 0.060 0.034 0.020 0.012 81 E 0.306 0.205 0.089 0.175 0.100 0.043 0.040 0.023 0.011 0.005 0.003 82 I 0.087 0.079 0.037 0.078 0.089 0.085 0.131 0.120 0.115 0.098 0.081 83 S 0.216 0.235 0.064 0.157 0.126 0.065 0.063 0.038 0.019 0.011 0.006 84 S 0.408 0.166 0.076 0.148 0.084 0.044 0.035 0.020 0.010 0.005 0.003 85 I 0.206 0.084 0.051 0.111 0.104 0.108 0.139 0.091 0.057 0.033 0.017 86 E 0.143 0.219 0.070 0.251 0.144 0.064 0.058 0.029 0.014 0.005 0.003 87 V 0.014 0.009 0.013 0.019 0.031 0.048 0.115 0.134 0.202 0.217 0.200 88 K 0.064 0.132 0.179 0.264 0.192 0.077 0.048 0.024 0.012 0.006 0.003 89 S 0.051 0.197 0.176 0.212 0.120 0.080 0.080 0.044 0.022 0.013 0.005 90 Y 0.030 0.020 0.024 0.065 0.105 0.170 0.230 0.149 0.109 0.062 0.035 91 E 0.576 0.118 0.090 0.091 0.044 0.025 0.034 0.014 0.006 0.002 0.001 92 E 0.030 0.046 0.166 0.230 0.189 0.119 0.129 0.054 0.023 0.011 0.005 93 I 0.011 0.006 0.018 0.014 0.028 0.050 0.155 0.142 0.206 0.231 0.139 94 Q 0.023 0.238 0.269 0.250 0.110 0.050 0.036 0.015 0.006 0.004 0.001 95 K 0.025 0.118 0.312 0.233 0.131 0.086 0.054 0.025 0.009 0.005 0.001 96 A 0.633 0.095 0.100 0.082 0.038 0.021 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 97 D 0.334 0.210 0.117 0.166 0.082 0.040 0.031 0.014 0.004 0.001 0.001 98 L 0.006 0.042 0.023 0.017 0.032 0.062 0.152 0.148 0.181 0.192 0.145 99 P 0.100 0.102 0.099 0.175 0.220 0.130 0.121 0.035 0.012 0.004 0.002 100 E 0.839 0.040 0.107 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.061 0.074 0.119 0.336 0.228 0.083 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 102 V 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.015 0.071 0.143 0.236 0.312 0.203 103 K 0.006 0.022 0.324 0.248 0.223 0.112 0.043 0.015 0.004 0.002 0.001 104 D 0.002 0.016 0.907 0.059 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.006 0.012 0.060 0.101 0.152 0.164 0.262 0.163 0.048 0.022 0.008 106 F 0.013 0.005 0.008 0.005 0.009 0.031 0.146 0.156 0.256 0.258 0.113 107 T 0.032 0.113 0.531 0.249 0.061 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.076 0.033 0.153 0.052 0.081 0.076 0.190 0.136 0.085 0.069 0.048 109 K 0.131 0.169 0.094 0.155 0.136 0.097 0.113 0.056 0.030 0.013 0.006