# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.028 0.022 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.159 0.010 0.078 0.644 2 E 0.026 0.022 0.004 0.002 0.016 0.032 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.255 0.007 0.090 0.516 3 R 0.023 0.014 0.006 0.001 0.006 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.004 0.005 0.143 0.008 0.051 0.709 4 A 0.034 0.019 0.006 0.003 0.002 0.004 0.007 0.005 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.003 0.456 0.008 0.127 0.300 5 S 0.036 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.014 0.004 0.006 0.008 0.008 0.005 0.097 0.012 0.165 0.594 6 L 0.054 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.002 0.009 0.010 0.008 0.002 0.167 0.013 0.047 0.647 7 N 0.022 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.009 0.003 0.017 0.006 0.002 0.001 0.121 0.011 0.372 0.394 8 R 0.382 0.016 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.005 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.031 0.066 0.147 0.296 9 I 0.176 0.230 0.003 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.035 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.018 0.078 0.375 10 G 0.084 0.066 0.013 0.003 0.009 0.003 0.007 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.037 0.110 0.512 11 K 0.109 0.026 0.041 0.005 0.002 0.004 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.028 0.133 0.536 12 D 0.070 0.005 0.011 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.009 0.071 0.509 13 V 0.049 0.005 0.007 0.003 0.011 0.006 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.378 0.005 0.094 0.427 14 Y 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.001 0.014 0.049 15 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.722 0.001 0.047 0.200 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.042 0.012 0.876 0.001 0.008 0.033 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.067 0.218 0.072 0.016 0.500 0.001 0.023 0.091 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.034 0.004 0.087 0.019 0.004 0.005 0.651 0.001 0.026 0.157 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.162 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.462 0.001 0.085 0.191 20 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.001 0.120 0.630 21 E 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.100 0.010 0.348 0.506 22 G 0.283 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.107 0.167 0.395 23 T 0.188 0.018 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.003 0.037 0.042 0.285 0.382 24 I 0.017 0.011 0.014 0.003 0.108 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.015 0.004 0.003 0.112 0.006 0.071 0.566 25 E 0.009 0.008 0.002 0.001 0.113 0.271 0.071 0.007 0.004 0.012 0.039 0.005 0.060 0.021 0.008 0.004 0.041 0.004 0.068 0.254 26 K 0.016 0.005 0.002 0.001 0.003 0.017 0.010 0.006 0.016 0.029 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.050 0.005 0.051 0.772 27 V 0.048 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.130 0.033 0.013 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.078 0.012 0.179 0.461 28 D 0.087 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.026 0.218 0.571 29 G 0.105 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.040 0.166 0.584 30 R 0.186 0.022 0.043 0.008 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.051 0.183 0.376 31 N 0.040 0.024 0.008 0.003 0.017 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.009 0.142 0.562 32 L 0.037 0.019 0.015 0.003 0.099 0.086 0.049 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.012 0.077 0.446 33 R 0.043 0.021 0.004 0.002 0.010 0.062 0.041 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.487 0.007 0.082 0.220 34 N 0.043 0.033 0.010 0.001 0.003 0.004 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.007 0.105 0.399 35 Y 0.034 0.028 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.704 0.008 0.029 0.169 36 T 0.030 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.525 0.011 0.072 0.317 37 L 0.025 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 0.605 0.004 0.051 0.266 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 39 A 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.070 0.360 0.293 0.024 0.053 0.005 0.025 0.138 40 Y 0.167 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.007 0.094 0.026 0.003 0.001 0.118 0.007 0.058 0.469 41 D 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.791 0.066 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 0.058 42 E 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.115 0.694 43 D 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.504 0.435 44 G 0.557 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.278 0.023 0.121 45 V 0.239 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.016 0.410 0.198 46 K 0.004 0.001 0.032 0.001 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.030 0.810 47 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.613 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.217 0.001 0.006 0.027 48 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.001 0.054 0.708 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.001 0.006 0.031 50 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.662 0.001 0.098 0.230 51 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.818 0.001 0.021 0.155 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.781 0.001 0.086 0.126 53 S 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.338 0.002 0.122 0.520 54 T 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.338 0.004 0.154 0.459 55 K 0.044 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.133 0.005 0.152 0.649 56 K 0.079 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.061 0.014 0.212 0.593 57 E 0.061 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.007 0.295 0.503 58 N 0.061 0.140 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.013 0.224 0.483 59 D 0.120 0.082 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.024 0.101 0.565 60 H 0.029 0.068 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.314 0.542 61 K 0.239 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.519 0.166 62 L 0.315 0.434 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.006 0.025 0.173 63 N 0.045 0.264 0.012 0.001 0.020 0.008 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.331 0.008 0.102 0.191 64 K 0.092 0.127 0.009 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.017 0.037 0.541 65 Y 0.192 0.105 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.026 0.059 0.274 66 A 0.172 0.026 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.617 0.021 0.030 0.098 67 F 0.048 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.745 0.003 0.045 0.133 68 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.004 0.020 69 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.001 0.016 0.055 70 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.907 0.001 0.011 0.066 71 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.017 0.848 0.001 0.019 0.073 72 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 0.037 0.019 0.715 0.001 0.038 0.159 73 D 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.041 0.008 0.035 0.080 0.014 0.011 0.324 0.003 0.128 0.341 74 Q 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.007 0.002 0.005 0.002 0.153 0.002 0.110 0.699 75 D 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.010 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 0.007 0.341 0.512 76 D 0.182 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.205 0.521 77 N 0.063 0.033 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.014 0.325 0.523 78 S 0.067 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.514 0.346 79 K 0.252 0.036 0.022 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.043 0.148 0.470 80 N 0.099 0.036 0.011 0.003 0.030 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.033 0.014 0.220 0.511 81 E 0.260 0.010 0.019 0.003 0.021 0.020 0.046 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.029 0.174 0.370 82 I 0.251 0.039 0.012 0.010 0.009 0.039 0.019 0.015 0.009 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.229 0.012 0.051 0.292 83 S 0.029 0.027 0.003 0.001 0.003 0.005 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.005 0.173 0.507 84 S 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.004 0.067 0.811 85 I 0.103 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.405 0.022 0.104 0.328 86 E 0.061 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.007 0.126 0.461 87 V 0.013 0.008 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.291 0.003 0.060 0.602 88 K 0.008 0.006 0.002 0.002 0.006 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.754 0.003 0.055 0.141 89 S 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.003 0.114 0.739 90 Y 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.004 0.033 0.606 91 E 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.005 0.446 0.355 92 E 0.217 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.015 0.283 0.416 93 I 0.165 0.273 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.007 0.058 0.292 94 Q 0.035 0.227 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.007 0.250 0.352 95 K 0.034 0.074 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.008 0.038 0.789 96 A 0.089 0.123 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.022 0.097 0.620 97 D 0.276 0.082 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.037 0.099 0.473 98 L 0.230 0.158 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.097 0.456 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 100 E 0.011 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.063 0.861 101 K 0.076 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.053 0.754 102 V 0.240 0.341 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.027 0.367 103 K 0.207 0.559 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.021 0.171 104 D 0.142 0.511 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.018 0.019 0.263 105 K 0.238 0.434 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.049 0.007 0.234 106 F 0.248 0.372 0.022 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.054 0.012 0.170 107 T 0.117 0.082 0.017 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.346 0.026 0.061 0.337 108 I 0.029 0.041 0.109 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.268 0.009 0.041 0.479 109 K 0.018 0.025 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.003 0.001 0.510 0.006 0.075 0.329