# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.037 0.008 0.112 0.061 0.120 0.043 0.002 0.001 0.006 0.554 2 E 0.032 0.023 0.004 0.096 0.085 0.126 0.082 0.003 0.001 0.003 0.546 3 R 0.087 0.033 0.007 0.099 0.053 0.140 0.046 0.002 0.001 0.007 0.527 4 A 0.082 0.041 0.011 0.185 0.088 0.151 0.102 0.003 0.001 0.005 0.333 5 S 0.049 0.033 0.004 0.056 0.079 0.096 0.239 0.005 0.001 0.011 0.428 6 L 0.071 0.063 0.021 0.103 0.035 0.090 0.052 0.002 0.001 0.007 0.557 7 N 0.013 0.033 0.001 0.033 0.031 0.042 0.531 0.003 0.001 0.004 0.310 8 R 0.415 0.018 0.005 0.024 0.009 0.014 0.309 0.003 0.001 0.035 0.168 9 I 0.231 0.324 0.007 0.072 0.033 0.044 0.071 0.006 0.001 0.008 0.203 10 G 0.138 0.081 0.014 0.061 0.071 0.121 0.131 0.020 0.001 0.019 0.345 11 K 0.096 0.045 0.069 0.098 0.045 0.057 0.052 0.003 0.001 0.010 0.526 12 D 0.014 0.009 0.002 0.041 0.152 0.161 0.102 0.003 0.001 0.006 0.511 13 V 0.107 0.004 0.011 0.061 0.149 0.269 0.115 0.002 0.001 0.026 0.256 14 Y 0.010 0.004 0.002 0.076 0.385 0.464 0.018 0.001 0.001 0.001 0.040 15 Y 0.002 0.001 0.001 0.041 0.377 0.535 0.006 0.001 0.001 0.001 0.036 16 M 0.002 0.001 0.001 0.027 0.494 0.450 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.014 0.431 0.523 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 18 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.454 0.495 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 19 K 0.001 0.001 0.001 0.011 0.379 0.552 0.007 0.001 0.001 0.001 0.050 20 G 0.007 0.001 0.001 0.016 0.208 0.309 0.073 0.001 0.001 0.014 0.371 21 E 0.040 0.001 0.004 0.011 0.049 0.088 0.202 0.001 0.001 0.033 0.572 22 G 0.062 0.001 0.005 0.008 0.037 0.053 0.304 0.001 0.001 0.064 0.465 23 T 0.108 0.002 0.008 0.009 0.060 0.075 0.307 0.001 0.001 0.030 0.402 24 I 0.010 0.006 0.002 0.012 0.086 0.139 0.101 0.001 0.001 0.005 0.640 25 E 0.014 0.007 0.001 0.013 0.181 0.320 0.100 0.001 0.001 0.006 0.358 26 K 0.045 0.014 0.002 0.011 0.071 0.127 0.115 0.001 0.001 0.007 0.607 27 V 0.082 0.014 0.003 0.015 0.058 0.086 0.085 0.001 0.001 0.007 0.649 28 D 0.045 0.012 0.003 0.014 0.064 0.079 0.146 0.002 0.001 0.015 0.620 29 G 0.104 0.010 0.009 0.021 0.044 0.073 0.084 0.001 0.001 0.015 0.639 30 R 0.085 0.018 0.010 0.038 0.130 0.177 0.195 0.001 0.001 0.010 0.336 31 N 0.036 0.009 0.002 0.042 0.170 0.246 0.079 0.002 0.001 0.009 0.405 32 L 0.044 0.012 0.004 0.046 0.173 0.273 0.045 0.001 0.001 0.005 0.397 33 R 0.022 0.011 0.002 0.087 0.266 0.337 0.084 0.001 0.001 0.003 0.186 34 N 0.028 0.007 0.001 0.058 0.211 0.255 0.051 0.002 0.001 0.006 0.381 35 Y 0.029 0.005 0.002 0.093 0.275 0.458 0.021 0.001 0.001 0.002 0.114 36 T 0.016 0.004 0.002 0.054 0.143 0.356 0.039 0.001 0.001 0.004 0.380 37 L 0.011 0.002 0.001 0.052 0.335 0.441 0.021 0.001 0.001 0.002 0.134 38 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 39 A 0.011 0.001 0.001 0.021 0.218 0.518 0.029 0.001 0.001 0.001 0.201 40 Y 0.094 0.004 0.001 0.044 0.128 0.289 0.048 0.001 0.001 0.003 0.390 41 D 0.025 0.007 0.001 0.016 0.404 0.299 0.066 0.001 0.001 0.004 0.180 42 E 0.031 0.011 0.002 0.013 0.021 0.042 0.071 0.001 0.001 0.006 0.802 43 D 0.008 0.006 0.001 0.006 0.016 0.028 0.626 0.002 0.001 0.007 0.301 44 G 0.479 0.002 0.004 0.004 0.013 0.019 0.097 0.001 0.001 0.155 0.226 45 V 0.243 0.016 0.031 0.010 0.027 0.033 0.302 0.001 0.001 0.015 0.322 46 K 0.007 0.009 0.007 0.013 0.108 0.139 0.104 0.001 0.001 0.008 0.605 47 K 0.022 0.006 0.001 0.017 0.290 0.455 0.035 0.001 0.001 0.004 0.170 48 Q 0.054 0.016 0.001 0.028 0.193 0.328 0.033 0.002 0.001 0.002 0.343 49 I 0.030 0.004 0.001 0.027 0.411 0.426 0.007 0.001 0.001 0.001 0.093 50 T 0.005 0.005 0.001 0.051 0.329 0.485 0.016 0.001 0.001 0.003 0.103 51 F 0.005 0.003 0.002 0.049 0.328 0.472 0.012 0.001 0.001 0.001 0.127 52 R 0.003 0.003 0.001 0.079 0.206 0.530 0.041 0.001 0.001 0.002 0.134 53 S 0.016 0.004 0.001 0.041 0.119 0.251 0.101 0.001 0.001 0.005 0.460 54 T 0.027 0.008 0.001 0.037 0.112 0.176 0.164 0.001 0.001 0.006 0.469 55 K 0.074 0.007 0.003 0.022 0.045 0.065 0.144 0.001 0.001 0.012 0.627 56 K 0.073 0.021 0.002 0.021 0.046 0.058 0.205 0.001 0.001 0.007 0.565 57 E 0.055 0.031 0.005 0.020 0.035 0.080 0.241 0.002 0.001 0.009 0.522 58 N 0.046 0.104 0.003 0.010 0.055 0.084 0.214 0.004 0.001 0.014 0.465 59 D 0.129 0.070 0.018 0.009 0.016 0.030 0.077 0.002 0.001 0.016 0.632 60 H 0.052 0.059 0.008 0.006 0.012 0.011 0.452 0.002 0.001 0.008 0.390 61 K 0.164 0.046 0.008 0.008 0.010 0.017 0.323 0.003 0.001 0.021 0.400 62 L 0.090 0.388 0.009 0.015 0.040 0.067 0.103 0.003 0.001 0.007 0.278 63 N 0.055 0.309 0.006 0.014 0.080 0.095 0.090 0.009 0.001 0.007 0.337 64 K 0.123 0.199 0.012 0.018 0.026 0.051 0.049 0.006 0.001 0.005 0.511 65 Y 0.104 0.191 0.006 0.023 0.089 0.142 0.090 0.013 0.001 0.007 0.336 66 A 0.101 0.057 0.014 0.032 0.238 0.410 0.021 0.004 0.001 0.009 0.112 67 F 0.016 0.060 0.015 0.043 0.231 0.500 0.015 0.003 0.001 0.002 0.115 68 L 0.005 0.009 0.003 0.022 0.469 0.468 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 69 R 0.002 0.011 0.001 0.021 0.412 0.507 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 70 L 0.008 0.002 0.001 0.013 0.459 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 71 Y 0.004 0.003 0.001 0.015 0.404 0.528 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 72 V 0.003 0.003 0.001 0.014 0.434 0.474 0.007 0.001 0.001 0.001 0.062 73 D 0.004 0.003 0.001 0.015 0.280 0.546 0.039 0.001 0.001 0.001 0.111 74 Q 0.025 0.003 0.003 0.017 0.096 0.320 0.072 0.001 0.001 0.009 0.453 75 D 0.022 0.009 0.001 0.006 0.039 0.060 0.322 0.001 0.001 0.008 0.531 76 D 0.058 0.009 0.003 0.005 0.014 0.026 0.318 0.002 0.001 0.021 0.545 77 N 0.115 0.033 0.006 0.007 0.009 0.012 0.235 0.001 0.001 0.020 0.562 78 S 0.085 0.024 0.009 0.005 0.008 0.010 0.514 0.002 0.001 0.015 0.328 79 K 0.165 0.062 0.008 0.009 0.013 0.022 0.270 0.002 0.001 0.017 0.431 80 N 0.060 0.178 0.005 0.010 0.070 0.071 0.168 0.004 0.001 0.011 0.423 81 E 0.223 0.090 0.011 0.014 0.051 0.070 0.169 0.010 0.001 0.010 0.351 82 I 0.128 0.265 0.018 0.026 0.088 0.102 0.083 0.007 0.001 0.008 0.276 83 S 0.044 0.092 0.005 0.023 0.057 0.105 0.092 0.011 0.001 0.006 0.565 84 S 0.074 0.039 0.012 0.023 0.031 0.042 0.070 0.008 0.001 0.015 0.689 85 I 0.314 0.031 0.039 0.030 0.027 0.021 0.122 0.003 0.001 0.016 0.398 86 E 0.066 0.019 0.007 0.049 0.039 0.053 0.249 0.004 0.001 0.010 0.504 87 V 0.066 0.023 0.010 0.092 0.100 0.239 0.053 0.001 0.001 0.007 0.409 88 K 0.018 0.027 0.004 0.083 0.182 0.253 0.113 0.001 0.001 0.005 0.314 89 S 0.013 0.012 0.001 0.019 0.032 0.076 0.095 0.001 0.001 0.003 0.748 90 Y 0.022 0.020 0.002 0.035 0.041 0.084 0.070 0.001 0.001 0.003 0.722 91 E 0.022 0.023 0.002 0.017 0.041 0.047 0.349 0.001 0.001 0.006 0.491 92 E 0.120 0.039 0.002 0.018 0.016 0.025 0.304 0.002 0.001 0.006 0.467 93 I 0.217 0.270 0.002 0.025 0.074 0.062 0.029 0.001 0.001 0.002 0.318 94 Q 0.039 0.394 0.003 0.010 0.050 0.052 0.107 0.007 0.001 0.005 0.333 95 K 0.068 0.261 0.010 0.013 0.018 0.031 0.053 0.005 0.001 0.002 0.539 96 A 0.088 0.352 0.003 0.008 0.017 0.030 0.122 0.015 0.001 0.003 0.363 97 D 0.367 0.113 0.018 0.005 0.004 0.007 0.084 0.034 0.001 0.013 0.354 98 L 0.229 0.213 0.063 0.007 0.005 0.009 0.112 0.014 0.001 0.002 0.346 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 100 E 0.008 0.022 0.001 0.003 0.002 0.006 0.060 0.001 0.001 0.001 0.895 101 K 0.158 0.164 0.003 0.003 0.003 0.004 0.074 0.003 0.001 0.003 0.585 102 V 0.207 0.351 0.001 0.003 0.002 0.004 0.030 0.003 0.001 0.001 0.398 103 K 0.093 0.609 0.002 0.004 0.005 0.008 0.055 0.005 0.001 0.001 0.217 104 D 0.115 0.671 0.002 0.003 0.005 0.005 0.020 0.006 0.001 0.001 0.172 105 K 0.150 0.713 0.005 0.003 0.004 0.005 0.011 0.015 0.001 0.002 0.094 106 F 0.198 0.596 0.042 0.012 0.018 0.017 0.007 0.015 0.001 0.002 0.093 107 T 0.108 0.316 0.036 0.038 0.048 0.072 0.024 0.026 0.001 0.003 0.329 108 I 0.056 0.133 0.148 0.052 0.072 0.090 0.018 0.007 0.001 0.002 0.421 109 K 0.026 0.071 0.008 0.086 0.118 0.136 0.081 0.008 0.001 0.004 0.462