# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.243 0.128 0.027 0.008 0.357 0.011 0.020 0.069 0.043 0.042 0.053 2 E 0.127 0.171 0.049 0.024 0.276 0.036 0.053 0.115 0.043 0.047 0.058 3 R 0.241 0.085 0.029 0.013 0.261 0.012 0.024 0.114 0.045 0.092 0.086 4 A 0.092 0.202 0.074 0.027 0.221 0.035 0.046 0.146 0.048 0.071 0.038 5 S 0.188 0.158 0.067 0.013 0.309 0.010 0.016 0.095 0.037 0.057 0.050 6 L 0.073 0.072 0.022 0.009 0.096 0.018 0.044 0.309 0.247 0.072 0.039 7 N 0.046 0.085 0.066 0.036 0.076 0.041 0.126 0.253 0.151 0.084 0.037 8 R 0.116 0.073 0.055 0.024 0.110 0.025 0.075 0.188 0.094 0.177 0.062 9 I 0.061 0.239 0.121 0.056 0.114 0.057 0.084 0.077 0.050 0.105 0.035 10 G 0.114 0.077 0.097 0.165 0.112 0.047 0.024 0.047 0.043 0.184 0.092 11 K 0.080 0.152 0.127 0.062 0.148 0.050 0.060 0.098 0.099 0.092 0.032 12 D 0.156 0.154 0.071 0.019 0.303 0.017 0.038 0.038 0.033 0.108 0.062 13 V 0.326 0.100 0.012 0.003 0.473 0.005 0.016 0.007 0.012 0.010 0.036 14 Y 0.179 0.124 0.014 0.004 0.629 0.015 0.014 0.004 0.002 0.004 0.012 15 Y 0.302 0.039 0.003 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 16 M 0.165 0.057 0.003 0.001 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 17 Q 0.261 0.040 0.002 0.001 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 18 I 0.325 0.104 0.019 0.008 0.321 0.010 0.005 0.003 0.002 0.017 0.184 19 K 0.044 0.108 0.141 0.377 0.049 0.144 0.067 0.010 0.005 0.019 0.035 20 G 0.028 0.041 0.106 0.548 0.031 0.106 0.025 0.021 0.016 0.058 0.020 21 E 0.031 0.209 0.127 0.168 0.065 0.062 0.104 0.033 0.074 0.093 0.033 22 G 0.031 0.098 0.105 0.138 0.048 0.041 0.025 0.022 0.048 0.304 0.140 23 T 0.165 0.272 0.077 0.010 0.345 0.007 0.012 0.019 0.017 0.032 0.046 24 I 0.202 0.152 0.083 0.039 0.222 0.026 0.031 0.063 0.052 0.056 0.074 25 E 0.057 0.113 0.109 0.169 0.083 0.126 0.117 0.082 0.050 0.056 0.038 26 K 0.142 0.098 0.136 0.058 0.158 0.028 0.030 0.074 0.051 0.154 0.072 27 V 0.070 0.102 0.085 0.088 0.097 0.059 0.065 0.142 0.128 0.115 0.049 28 D 0.075 0.168 0.117 0.095 0.126 0.061 0.083 0.071 0.048 0.110 0.045 29 G 0.108 0.090 0.079 0.079 0.129 0.032 0.024 0.065 0.070 0.217 0.107 30 R 0.135 0.208 0.084 0.039 0.264 0.031 0.042 0.062 0.042 0.056 0.036 31 N 0.210 0.155 0.056 0.022 0.345 0.019 0.024 0.038 0.023 0.051 0.055 32 L 0.291 0.113 0.022 0.009 0.411 0.012 0.015 0.024 0.017 0.036 0.051 33 R 0.199 0.145 0.022 0.006 0.571 0.007 0.008 0.010 0.005 0.008 0.018 34 N 0.294 0.090 0.015 0.005 0.486 0.008 0.008 0.010 0.007 0.022 0.056 35 Y 0.203 0.171 0.031 0.004 0.528 0.005 0.006 0.007 0.005 0.011 0.029 36 T 0.373 0.080 0.013 0.004 0.432 0.006 0.009 0.005 0.005 0.023 0.051 37 L 0.050 0.526 0.189 0.017 0.166 0.007 0.006 0.008 0.006 0.007 0.019 38 P 0.152 0.182 0.053 0.016 0.241 0.028 0.049 0.087 0.063 0.055 0.074 39 A 0.106 0.265 0.075 0.009 0.275 0.008 0.014 0.073 0.037 0.097 0.040 40 Y 0.089 0.280 0.055 0.016 0.271 0.022 0.031 0.080 0.027 0.098 0.030 41 D 0.082 0.195 0.461 0.010 0.159 0.003 0.006 0.041 0.024 0.006 0.013 42 E 0.007 0.006 0.009 0.011 0.005 0.042 0.066 0.574 0.245 0.027 0.007 43 D 0.002 0.684 0.129 0.047 0.012 0.029 0.074 0.011 0.005 0.006 0.001 44 G 0.014 0.003 0.005 0.021 0.005 0.006 0.002 0.004 0.011 0.595 0.335 45 V 0.033 0.576 0.087 0.004 0.235 0.003 0.006 0.013 0.010 0.021 0.013 46 K 0.437 0.053 0.004 0.003 0.472 0.004 0.007 0.002 0.002 0.004 0.013 47 K 0.088 0.420 0.072 0.010 0.352 0.015 0.018 0.004 0.003 0.003 0.013 48 Q 0.321 0.021 0.001 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 49 I 0.240 0.042 0.002 0.001 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 50 T 0.324 0.046 0.003 0.001 0.550 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.067 51 F 0.326 0.116 0.017 0.008 0.371 0.011 0.006 0.006 0.006 0.023 0.110 52 R 0.170 0.147 0.060 0.044 0.281 0.034 0.035 0.030 0.022 0.078 0.098 53 S 0.176 0.184 0.082 0.023 0.276 0.016 0.018 0.048 0.042 0.077 0.056 54 T 0.105 0.181 0.067 0.023 0.231 0.023 0.040 0.110 0.084 0.087 0.051 55 K 0.148 0.144 0.052 0.017 0.208 0.020 0.039 0.097 0.082 0.134 0.059 56 K 0.091 0.191 0.112 0.029 0.155 0.021 0.045 0.154 0.088 0.075 0.041 57 E 0.042 0.072 0.054 0.053 0.062 0.061 0.147 0.254 0.123 0.105 0.026 58 N 0.124 0.158 0.118 0.019 0.248 0.014 0.022 0.102 0.050 0.109 0.035 59 D 0.058 0.061 0.037 0.017 0.086 0.022 0.022 0.321 0.241 0.093 0.042 60 H 0.029 0.168 0.066 0.022 0.075 0.032 0.072 0.316 0.140 0.059 0.020 61 K 0.076 0.074 0.034 0.013 0.092 0.013 0.032 0.247 0.106 0.226 0.086 62 L 0.115 0.132 0.047 0.008 0.170 0.014 0.031 0.246 0.084 0.104 0.047 63 N 0.116 0.121 0.071 0.050 0.159 0.046 0.038 0.223 0.076 0.058 0.042 64 K 0.059 0.149 0.063 0.016 0.108 0.023 0.065 0.321 0.126 0.051 0.019 65 Y 0.072 0.040 0.026 0.030 0.070 0.029 0.061 0.220 0.138 0.205 0.109 66 A 0.154 0.249 0.045 0.004 0.313 0.010 0.037 0.059 0.046 0.039 0.044 67 F 0.288 0.122 0.010 0.006 0.405 0.013 0.034 0.028 0.009 0.026 0.059 68 L 0.309 0.070 0.006 0.001 0.576 0.003 0.010 0.004 0.004 0.002 0.015 69 R 0.223 0.065 0.004 0.001 0.671 0.006 0.007 0.004 0.001 0.002 0.016 70 L 0.343 0.046 0.003 0.001 0.570 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.025 71 Y 0.306 0.058 0.010 0.003 0.495 0.006 0.008 0.007 0.003 0.017 0.086 72 V 0.177 0.198 0.059 0.045 0.309 0.032 0.020 0.031 0.015 0.046 0.069 73 D 0.166 0.169 0.094 0.029 0.305 0.014 0.019 0.044 0.026 0.071 0.064 74 Q 0.058 0.086 0.058 0.029 0.086 0.023 0.041 0.279 0.208 0.099 0.033 75 D 0.054 0.111 0.054 0.028 0.107 0.035 0.078 0.264 0.109 0.132 0.028 76 D 0.097 0.147 0.053 0.016 0.159 0.016 0.027 0.233 0.104 0.106 0.041 77 N 0.035 0.053 0.060 0.030 0.049 0.030 0.045 0.391 0.161 0.107 0.040 78 S 0.073 0.083 0.054 0.014 0.094 0.020 0.042 0.339 0.120 0.126 0.033 79 K 0.043 0.201 0.060 0.020 0.079 0.023 0.050 0.306 0.128 0.064 0.026 80 N 0.030 0.052 0.041 0.057 0.039 0.049 0.057 0.257 0.181 0.177 0.058 81 E 0.118 0.114 0.048 0.009 0.171 0.010 0.039 0.160 0.068 0.211 0.054 82 I 0.156 0.214 0.078 0.015 0.270 0.014 0.024 0.094 0.042 0.051 0.042 83 S 0.091 0.188 0.104 0.046 0.170 0.055 0.064 0.130 0.064 0.049 0.038 84 S 0.157 0.104 0.048 0.019 0.193 0.020 0.039 0.137 0.090 0.122 0.072 85 I 0.084 0.288 0.076 0.018 0.254 0.024 0.041 0.091 0.052 0.044 0.027 86 E 0.226 0.132 0.019 0.004 0.473 0.007 0.012 0.030 0.015 0.041 0.042 87 V 0.335 0.079 0.015 0.004 0.420 0.006 0.008 0.031 0.019 0.027 0.055 88 K 0.092 0.211 0.091 0.060 0.221 0.093 0.076 0.055 0.020 0.042 0.039 89 S 0.091 0.398 0.143 0.008 0.280 0.003 0.004 0.018 0.008 0.023 0.024 90 Y 0.084 0.047 0.009 0.003 0.106 0.006 0.025 0.284 0.356 0.039 0.040 91 E 0.028 0.165 0.039 0.011 0.098 0.031 0.064 0.387 0.132 0.035 0.011 92 E 0.225 0.112 0.008 0.001 0.374 0.002 0.011 0.185 0.025 0.041 0.017 93 I 0.159 0.196 0.019 0.002 0.364 0.005 0.012 0.164 0.030 0.029 0.022 94 Q 0.089 0.174 0.058 0.018 0.169 0.035 0.037 0.251 0.090 0.032 0.049 95 K 0.022 0.038 0.009 0.004 0.027 0.009 0.040 0.488 0.306 0.044 0.014 96 A 0.005 0.027 0.018 0.015 0.011 0.024 0.133 0.350 0.282 0.119 0.016 97 D 0.050 0.143 0.087 0.008 0.102 0.009 0.045 0.170 0.056 0.279 0.052 98 L 0.028 0.580 0.143 0.006 0.079 0.007 0.008 0.040 0.018 0.067 0.025 99 P 0.024 0.447 0.235 0.012 0.074 0.003 0.006 0.131 0.050 0.007 0.011 100 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.714 0.263 0.003 0.001 101 K 0.002 0.012 0.003 0.001 0.004 0.001 0.015 0.753 0.095 0.110 0.003 102 V 0.008 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.488 0.453 0.023 0.007 103 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.060 0.636 0.282 0.012 0.001 104 D 0.008 0.014 0.006 0.001 0.013 0.004 0.103 0.613 0.193 0.043 0.002 105 K 0.050 0.060 0.024 0.002 0.070 0.006 0.178 0.271 0.143 0.163 0.032 106 F 0.117 0.306 0.074 0.005 0.305 0.010 0.018 0.062 0.033 0.036 0.034 107 T 0.246 0.092 0.019 0.004 0.342 0.007 0.027 0.055 0.021 0.089 0.097 108 I 0.209 0.182 0.059 0.008 0.351 0.010 0.024 0.033 0.024 0.045 0.054 109 K 0.080 0.275 0.129 0.042 0.263 0.037 0.048 0.045 0.024 0.024 0.032