# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.591 0.193 0.105 0.070 0.031 0.008 0.001 2 E 0.632 0.237 0.080 0.036 0.012 0.003 0.001 3 R 0.427 0.244 0.181 0.103 0.033 0.011 0.001 4 A 0.349 0.210 0.200 0.157 0.062 0.019 0.002 5 S 0.431 0.278 0.143 0.086 0.043 0.017 0.002 6 L 0.262 0.168 0.172 0.198 0.134 0.059 0.007 7 N 0.414 0.277 0.149 0.089 0.050 0.019 0.002 8 R 0.339 0.294 0.184 0.111 0.049 0.020 0.002 9 I 0.202 0.151 0.179 0.215 0.161 0.080 0.012 10 G 0.253 0.201 0.198 0.173 0.116 0.052 0.007 11 K 0.367 0.283 0.177 0.101 0.049 0.020 0.003 12 D 0.329 0.293 0.160 0.114 0.072 0.029 0.005 13 V 0.124 0.212 0.202 0.217 0.154 0.079 0.012 14 Y 0.025 0.061 0.098 0.184 0.316 0.271 0.044 15 Y 0.023 0.058 0.114 0.188 0.264 0.294 0.059 16 M 0.016 0.034 0.074 0.150 0.291 0.366 0.069 17 Q 0.043 0.139 0.256 0.261 0.197 0.095 0.010 18 I 0.023 0.059 0.131 0.271 0.341 0.166 0.009 19 K 0.225 0.362 0.231 0.124 0.049 0.008 0.001 20 G 0.379 0.348 0.146 0.090 0.031 0.005 0.001 21 E 0.586 0.302 0.079 0.025 0.007 0.001 0.001 22 G 0.479 0.291 0.143 0.071 0.015 0.001 0.001 23 T 0.507 0.321 0.127 0.038 0.007 0.001 0.001 24 I 0.345 0.234 0.255 0.136 0.027 0.003 0.001 25 E 0.740 0.210 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 26 K 0.690 0.241 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 27 V 0.409 0.222 0.219 0.120 0.028 0.004 0.001 28 D 0.666 0.254 0.060 0.016 0.003 0.001 0.001 29 G 0.485 0.290 0.142 0.063 0.016 0.003 0.001 30 R 0.211 0.238 0.268 0.186 0.078 0.017 0.001 31 N 0.177 0.358 0.217 0.152 0.073 0.021 0.001 32 L 0.040 0.127 0.215 0.305 0.208 0.100 0.006 33 R 0.024 0.085 0.184 0.305 0.262 0.133 0.007 34 N 0.070 0.246 0.328 0.225 0.096 0.032 0.003 35 Y 0.014 0.031 0.069 0.205 0.384 0.258 0.038 36 T 0.029 0.181 0.213 0.288 0.193 0.090 0.006 37 L 0.013 0.047 0.103 0.247 0.316 0.258 0.016 38 P 0.076 0.279 0.329 0.200 0.088 0.027 0.001 39 A 0.042 0.091 0.177 0.291 0.265 0.127 0.007 40 Y 0.045 0.092 0.246 0.314 0.231 0.069 0.003 41 D 0.269 0.298 0.247 0.138 0.042 0.006 0.001 42 E 0.729 0.238 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 43 D 0.788 0.194 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 44 G 0.597 0.241 0.109 0.043 0.010 0.001 0.001 45 V 0.593 0.279 0.095 0.028 0.005 0.001 0.001 46 K 0.607 0.300 0.071 0.017 0.004 0.001 0.001 47 K 0.214 0.296 0.240 0.179 0.062 0.008 0.001 48 Q 0.142 0.358 0.280 0.155 0.055 0.011 0.001 49 I 0.027 0.062 0.160 0.294 0.352 0.101 0.004 50 T 0.064 0.271 0.316 0.234 0.097 0.018 0.001 51 F 0.023 0.055 0.131 0.247 0.375 0.163 0.005 52 R 0.129 0.334 0.312 0.166 0.050 0.009 0.001 53 S 0.221 0.252 0.261 0.184 0.068 0.014 0.001 54 T 0.340 0.262 0.223 0.139 0.031 0.005 0.001 55 K 0.566 0.253 0.116 0.048 0.015 0.002 0.001 56 K 0.616 0.264 0.084 0.028 0.006 0.001 0.001 57 E 0.717 0.249 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 58 N 0.206 0.209 0.264 0.240 0.070 0.011 0.001 59 D 0.414 0.284 0.193 0.083 0.023 0.004 0.001 60 H 0.634 0.287 0.061 0.015 0.003 0.001 0.001 61 K 0.308 0.436 0.181 0.060 0.015 0.002 0.001 62 L 0.040 0.064 0.148 0.327 0.344 0.073 0.003 63 N 0.074 0.253 0.289 0.247 0.105 0.031 0.001 64 K 0.228 0.359 0.212 0.127 0.054 0.019 0.001 65 Y 0.106 0.231 0.296 0.254 0.087 0.024 0.002 66 A 0.009 0.032 0.068 0.155 0.380 0.313 0.043 67 F 0.007 0.033 0.101 0.196 0.274 0.293 0.095 68 L 0.004 0.014 0.028 0.087 0.242 0.457 0.167 69 R 0.007 0.049 0.156 0.304 0.306 0.158 0.021 70 L 0.002 0.011 0.027 0.062 0.287 0.523 0.087 71 Y 0.007 0.048 0.141 0.226 0.310 0.238 0.030 72 V 0.017 0.064 0.181 0.342 0.289 0.102 0.006 73 D 0.110 0.241 0.342 0.217 0.073 0.015 0.001 74 Q 0.504 0.284 0.122 0.066 0.021 0.003 0.001 75 D 0.697 0.243 0.038 0.016 0.004 0.001 0.001 76 D 0.458 0.254 0.175 0.089 0.021 0.003 0.001 77 N 0.607 0.237 0.109 0.038 0.008 0.001 0.001 78 S 0.717 0.225 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 79 K 0.338 0.218 0.217 0.158 0.057 0.011 0.001 80 N 0.493 0.260 0.148 0.068 0.025 0.005 0.001 81 E 0.576 0.305 0.081 0.027 0.008 0.002 0.001 82 I 0.199 0.167 0.256 0.244 0.106 0.027 0.001 83 S 0.412 0.290 0.162 0.088 0.036 0.011 0.001 84 S 0.585 0.267 0.097 0.036 0.012 0.003 0.001 85 I 0.479 0.251 0.142 0.090 0.030 0.007 0.001 86 E 0.243 0.391 0.207 0.102 0.041 0.015 0.001 87 V 0.061 0.081 0.190 0.315 0.252 0.095 0.005 88 K 0.224 0.381 0.225 0.112 0.046 0.011 0.001 89 S 0.195 0.291 0.192 0.181 0.103 0.035 0.002 90 Y 0.048 0.089 0.218 0.335 0.227 0.080 0.003 91 E 0.247 0.392 0.170 0.105 0.070 0.016 0.001 92 E 0.154 0.411 0.272 0.112 0.042 0.008 0.001 93 I 0.039 0.062 0.196 0.421 0.238 0.043 0.001 94 Q 0.433 0.362 0.140 0.047 0.017 0.002 0.001 95 K 0.673 0.256 0.051 0.016 0.003 0.001 0.001 96 A 0.725 0.238 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 97 D 0.444 0.443 0.086 0.024 0.002 0.001 0.001 98 L 0.082 0.103 0.290 0.326 0.179 0.020 0.001 99 P 0.259 0.265 0.264 0.160 0.048 0.005 0.001 100 E 0.784 0.203 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.451 0.365 0.122 0.053 0.007 0.001 0.001 102 V 0.112 0.116 0.261 0.279 0.190 0.040 0.001 103 K 0.372 0.310 0.215 0.083 0.017 0.002 0.001 104 D 0.709 0.259 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 105 K 0.129 0.194 0.243 0.283 0.115 0.035 0.001 106 F 0.169 0.120 0.212 0.251 0.186 0.060 0.003 107 T 0.541 0.344 0.084 0.022 0.007 0.002 0.001 108 I 0.344 0.178 0.175 0.180 0.092 0.028 0.003 109 K 0.457 0.232 0.147 0.096 0.048 0.018 0.002