# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.018 0.653 0.011 0.008 0.028 0.002 0.002 0.041 0.080 0.014 0.086 0.049 2 E 0.013 0.025 0.481 0.018 0.015 0.057 0.005 0.004 0.076 0.073 0.025 0.080 0.128 3 R 0.028 0.032 0.219 0.017 0.074 0.168 0.014 0.010 0.099 0.052 0.046 0.047 0.197 4 A 0.023 0.016 0.230 0.059 0.102 0.215 0.009 0.007 0.055 0.069 0.064 0.077 0.072 5 S 0.016 0.017 0.243 0.012 0.072 0.150 0.005 0.004 0.050 0.088 0.151 0.087 0.104 6 L 0.013 0.021 0.342 0.015 0.074 0.110 0.004 0.004 0.028 0.090 0.120 0.027 0.152 7 N 0.009 0.010 0.429 0.026 0.038 0.055 0.002 0.001 0.014 0.195 0.078 0.110 0.032 8 R 0.014 0.016 0.253 0.011 0.075 0.084 0.003 0.001 0.014 0.150 0.162 0.039 0.178 9 I 0.029 0.022 0.276 0.020 0.069 0.065 0.004 0.002 0.010 0.094 0.204 0.068 0.138 10 G 0.042 0.011 0.295 0.037 0.033 0.026 0.005 0.002 0.014 0.145 0.089 0.141 0.161 11 K 0.061 0.008 0.271 0.048 0.014 0.014 0.005 0.001 0.012 0.108 0.073 0.122 0.263 12 D 0.134 0.004 0.132 0.051 0.006 0.004 0.005 0.001 0.008 0.053 0.033 0.290 0.278 13 V 0.361 0.002 0.048 0.033 0.002 0.002 0.015 0.002 0.010 0.012 0.007 0.127 0.379 14 Y 0.569 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.022 0.001 0.006 0.002 0.001 0.280 0.093 15 Y 0.747 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.056 0.162 16 M 0.818 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.099 0.053 17 Q 0.812 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.087 0.070 18 I 0.486 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.148 0.332 19 K 0.180 0.003 0.096 0.074 0.002 0.001 0.012 0.002 0.015 0.025 0.036 0.253 0.303 20 G 0.036 0.004 0.098 0.030 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.216 0.310 0.158 0.134 21 E 0.019 0.010 0.104 0.013 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.175 0.439 0.076 0.144 22 G 0.045 0.024 0.277 0.009 0.019 0.003 0.002 0.001 0.003 0.146 0.129 0.135 0.206 23 T 0.060 0.050 0.253 0.005 0.010 0.006 0.005 0.002 0.013 0.048 0.016 0.395 0.138 24 I 0.060 0.093 0.156 0.006 0.012 0.007 0.008 0.002 0.009 0.021 0.015 0.053 0.559 25 E 0.033 0.036 0.225 0.040 0.009 0.006 0.005 0.001 0.007 0.060 0.044 0.458 0.076 26 K 0.016 0.017 0.240 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 0.003 0.127 0.152 0.045 0.359 27 V 0.011 0.008 0.139 0.023 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.196 0.454 0.071 0.064 28 D 0.018 0.009 0.147 0.020 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.212 0.396 0.081 0.080 29 G 0.062 0.019 0.237 0.014 0.023 0.014 0.004 0.001 0.003 0.172 0.115 0.089 0.247 30 R 0.154 0.018 0.200 0.023 0.015 0.022 0.009 0.002 0.007 0.057 0.040 0.242 0.212 31 N 0.241 0.008 0.063 0.024 0.005 0.009 0.013 0.002 0.006 0.019 0.011 0.250 0.349 32 L 0.413 0.003 0.031 0.051 0.004 0.005 0.019 0.001 0.004 0.007 0.006 0.149 0.308 33 R 0.430 0.001 0.015 0.037 0.002 0.003 0.015 0.001 0.003 0.005 0.004 0.343 0.140 34 N 0.432 0.001 0.012 0.017 0.002 0.002 0.012 0.001 0.002 0.002 0.004 0.060 0.455 35 Y 0.337 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.005 0.004 0.519 0.090 36 T 0.343 0.003 0.034 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.005 0.006 0.074 0.496 37 L 0.183 0.002 0.067 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.006 0.001 0.612 0.112 38 P 0.203 0.003 0.087 0.019 0.002 0.003 0.009 0.001 0.007 0.009 0.004 0.094 0.559 39 A 0.220 0.009 0.045 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.005 0.007 0.005 0.571 0.123 40 Y 0.179 0.020 0.055 0.007 0.005 0.004 0.008 0.001 0.005 0.009 0.006 0.057 0.644 41 D 0.042 0.012 0.366 0.007 0.014 0.003 0.002 0.001 0.003 0.035 0.025 0.248 0.243 42 E 0.005 0.001 0.032 0.010 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.068 0.786 0.024 0.035 43 D 0.001 0.001 0.012 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.896 0.006 0.013 44 G 0.004 0.002 0.113 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.347 0.043 0.022 45 V 0.067 0.019 0.412 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.008 0.235 0.191 46 K 0.162 0.011 0.080 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 0.006 0.006 0.065 0.648 47 K 0.178 0.002 0.022 0.106 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.638 0.040 48 Q 0.405 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.044 0.505 49 I 0.557 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.335 0.074 50 T 0.631 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.044 0.002 0.006 0.001 0.001 0.104 0.202 51 F 0.492 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.021 0.004 0.012 0.001 0.001 0.227 0.226 52 R 0.293 0.004 0.071 0.039 0.003 0.004 0.025 0.004 0.041 0.012 0.008 0.197 0.297 53 S 0.081 0.011 0.221 0.011 0.014 0.010 0.010 0.003 0.039 0.069 0.049 0.182 0.302 54 T 0.024 0.018 0.356 0.014 0.019 0.015 0.004 0.002 0.020 0.146 0.106 0.104 0.173 55 K 0.013 0.024 0.492 0.005 0.037 0.035 0.001 0.001 0.006 0.171 0.086 0.049 0.080 56 K 0.004 0.025 0.405 0.004 0.066 0.103 0.001 0.001 0.004 0.156 0.186 0.018 0.030 57 E 0.002 0.025 0.274 0.004 0.095 0.152 0.001 0.001 0.002 0.145 0.273 0.011 0.015 58 N 0.001 0.014 0.363 0.004 0.098 0.139 0.001 0.001 0.001 0.135 0.225 0.007 0.012 59 D 0.001 0.008 0.218 0.004 0.150 0.159 0.001 0.001 0.001 0.144 0.298 0.006 0.010 60 H 0.002 0.014 0.169 0.003 0.119 0.193 0.001 0.001 0.001 0.153 0.317 0.016 0.011 61 K 0.005 0.042 0.241 0.002 0.108 0.235 0.001 0.001 0.003 0.075 0.228 0.009 0.052 62 L 0.005 0.052 0.498 0.004 0.038 0.110 0.001 0.001 0.006 0.126 0.063 0.055 0.044 63 N 0.003 0.011 0.666 0.007 0.016 0.040 0.001 0.001 0.003 0.112 0.060 0.021 0.061 64 K 0.003 0.005 0.111 0.025 0.082 0.107 0.001 0.001 0.002 0.125 0.500 0.020 0.020 65 Y 0.014 0.004 0.128 0.036 0.066 0.048 0.001 0.001 0.005 0.146 0.473 0.024 0.054 66 A 0.125 0.004 0.204 0.026 0.014 0.016 0.006 0.002 0.017 0.089 0.018 0.257 0.222 67 F 0.373 0.002 0.032 0.011 0.001 0.005 0.051 0.007 0.033 0.006 0.003 0.062 0.414 68 L 0.659 0.001 0.007 0.029 0.001 0.003 0.069 0.013 0.012 0.002 0.001 0.161 0.042 69 R 0.753 0.001 0.004 0.020 0.001 0.003 0.049 0.012 0.010 0.001 0.001 0.057 0.090 70 L 0.750 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.065 0.007 0.016 0.001 0.001 0.078 0.076 71 Y 0.723 0.001 0.010 0.014 0.001 0.003 0.055 0.006 0.018 0.001 0.001 0.075 0.092 72 V 0.449 0.005 0.055 0.007 0.002 0.003 0.014 0.002 0.021 0.008 0.004 0.225 0.205 73 D 0.077 0.009 0.313 0.018 0.005 0.012 0.006 0.001 0.030 0.087 0.049 0.113 0.279 74 Q 0.010 0.011 0.222 0.005 0.030 0.032 0.001 0.001 0.004 0.211 0.376 0.032 0.065 75 D 0.004 0.016 0.218 0.004 0.063 0.035 0.001 0.001 0.003 0.218 0.381 0.034 0.023 76 D 0.003 0.026 0.259 0.002 0.103 0.054 0.001 0.001 0.002 0.213 0.298 0.012 0.027 77 N 0.001 0.024 0.296 0.003 0.069 0.054 0.001 0.001 0.001 0.218 0.318 0.008 0.009 78 S 0.002 0.028 0.312 0.004 0.076 0.067 0.001 0.001 0.001 0.198 0.289 0.009 0.014 79 K 0.003 0.024 0.267 0.009 0.139 0.076 0.001 0.001 0.001 0.218 0.224 0.012 0.027 80 N 0.006 0.025 0.298 0.011 0.151 0.077 0.001 0.001 0.002 0.180 0.183 0.037 0.029 81 E 0.011 0.042 0.335 0.007 0.094 0.063 0.002 0.001 0.005 0.113 0.190 0.032 0.103 82 I 0.009 0.032 0.549 0.015 0.042 0.025 0.003 0.001 0.012 0.108 0.116 0.041 0.047 83 S 0.006 0.017 0.376 0.065 0.039 0.018 0.003 0.001 0.013 0.252 0.139 0.046 0.025 84 S 0.005 0.017 0.460 0.020 0.022 0.015 0.002 0.002 0.028 0.215 0.129 0.032 0.051 85 I 0.021 0.010 0.503 0.036 0.021 0.011 0.012 0.013 0.056 0.112 0.040 0.051 0.113 86 E 0.040 0.011 0.114 0.009 0.007 0.010 0.053 0.024 0.290 0.042 0.019 0.318 0.063 87 V 0.039 0.048 0.156 0.006 0.005 0.004 0.026 0.027 0.227 0.014 0.010 0.018 0.420 88 K 0.012 0.019 0.282 0.038 0.002 0.002 0.007 0.004 0.170 0.039 0.002 0.409 0.016 89 S 0.001 0.007 0.532 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.074 0.073 0.010 0.009 0.283 90 Y 0.005 0.010 0.392 0.039 0.117 0.103 0.003 0.001 0.018 0.130 0.100 0.024 0.058 91 E 0.010 0.006 0.149 0.021 0.292 0.212 0.004 0.001 0.029 0.045 0.105 0.107 0.019 92 E 0.015 0.025 0.240 0.004 0.193 0.208 0.004 0.001 0.031 0.036 0.071 0.017 0.155 93 I 0.014 0.034 0.601 0.008 0.036 0.105 0.002 0.001 0.032 0.037 0.008 0.078 0.044 94 Q 0.006 0.016 0.694 0.005 0.025 0.064 0.001 0.001 0.006 0.046 0.026 0.012 0.097 95 K 0.003 0.009 0.137 0.004 0.406 0.308 0.001 0.001 0.003 0.032 0.068 0.009 0.021 96 A 0.001 0.003 0.066 0.002 0.236 0.390 0.001 0.001 0.002 0.030 0.258 0.005 0.007 97 D 0.001 0.007 0.112 0.001 0.146 0.304 0.001 0.001 0.002 0.068 0.349 0.004 0.006 98 L 0.001 0.014 0.563 0.001 0.014 0.199 0.001 0.001 0.003 0.167 0.030 0.004 0.005 99 P 0.001 0.004 0.428 0.001 0.022 0.506 0.001 0.001 0.001 0.028 0.008 0.001 0.002 100 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.061 0.905 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 104 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 105 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.902 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 106 F 0.001 0.001 0.066 0.001 0.016 0.633 0.001 0.001 0.001 0.029 0.246 0.003 0.003 107 T 0.002 0.007 0.304 0.001 0.025 0.255 0.001 0.001 0.006 0.042 0.339 0.008 0.011 108 I 0.002 0.018 0.714 0.001 0.006 0.062 0.001 0.001 0.021 0.111 0.037 0.011 0.019 109 K 0.001 0.004 0.878 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.015 0.070 0.010 0.005 0.007