# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.035 0.133 0.239 0.017 0.140 0.019 0.008 0.023 0.028 0.048 0.064 0.098 0.005 0.004 0.029 2 E 0.054 0.112 0.134 0.220 0.010 0.121 0.008 0.024 0.004 0.003 0.098 0.089 0.103 0.004 0.008 0.008 3 R 0.010 0.058 0.078 0.264 0.016 0.153 0.011 0.013 0.014 0.007 0.104 0.098 0.143 0.009 0.007 0.015 4 A 0.017 0.099 0.108 0.282 0.007 0.048 0.015 0.013 0.005 0.003 0.054 0.105 0.214 0.003 0.014 0.012 5 S 0.018 0.054 0.094 0.240 0.014 0.126 0.017 0.009 0.012 0.006 0.037 0.057 0.241 0.010 0.008 0.056 6 L 0.036 0.071 0.216 0.264 0.017 0.035 0.034 0.014 0.005 0.003 0.057 0.027 0.153 0.023 0.016 0.029 7 N 0.016 0.043 0.089 0.100 0.011 0.370 0.019 0.016 0.006 0.009 0.022 0.074 0.183 0.003 0.025 0.013 8 R 0.023 0.062 0.045 0.066 0.025 0.044 0.025 0.013 0.012 0.006 0.450 0.017 0.121 0.030 0.004 0.057 9 I 0.059 0.253 0.112 0.182 0.005 0.016 0.012 0.029 0.012 0.002 0.015 0.183 0.046 0.006 0.050 0.017 10 G 0.020 0.025 0.385 0.124 0.012 0.110 0.038 0.010 0.018 0.018 0.015 0.012 0.119 0.004 0.013 0.079 11 K 0.066 0.234 0.181 0.266 0.003 0.087 0.010 0.014 0.007 0.002 0.047 0.011 0.046 0.001 0.004 0.021 12 D 0.023 0.185 0.121 0.574 0.001 0.044 0.001 0.003 0.009 0.001 0.007 0.016 0.008 0.001 0.001 0.007 13 V 0.021 0.062 0.354 0.544 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 14 Y 0.003 0.008 0.235 0.748 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.001 0.069 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 M 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.428 0.366 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.001 0.275 0.002 0.307 0.034 0.185 0.001 0.167 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.001 0.072 0.002 0.183 0.235 0.083 0.008 0.022 0.118 0.099 0.143 0.026 0.001 0.005 0.001 0.002 21 E 0.049 0.252 0.101 0.222 0.004 0.010 0.003 0.204 0.019 0.002 0.019 0.041 0.005 0.001 0.067 0.002 22 G 0.015 0.018 0.193 0.274 0.006 0.049 0.007 0.004 0.136 0.157 0.011 0.020 0.014 0.001 0.002 0.091 23 T 0.263 0.059 0.104 0.410 0.020 0.065 0.006 0.006 0.003 0.002 0.025 0.017 0.015 0.001 0.001 0.003 24 I 0.008 0.052 0.081 0.368 0.113 0.216 0.014 0.016 0.006 0.006 0.055 0.031 0.021 0.008 0.002 0.004 25 E 0.007 0.130 0.058 0.387 0.077 0.077 0.014 0.080 0.013 0.008 0.048 0.049 0.027 0.005 0.014 0.006 26 K 0.016 0.068 0.043 0.169 0.077 0.194 0.015 0.051 0.063 0.048 0.065 0.055 0.091 0.006 0.011 0.028 27 V 0.048 0.037 0.062 0.051 0.212 0.035 0.119 0.032 0.015 0.016 0.175 0.042 0.037 0.096 0.009 0.015 28 D 0.023 0.073 0.065 0.059 0.005 0.032 0.005 0.288 0.015 0.006 0.023 0.078 0.031 0.002 0.284 0.010 29 G 0.030 0.028 0.075 0.074 0.013 0.038 0.014 0.008 0.198 0.092 0.051 0.021 0.054 0.008 0.005 0.291 30 R 0.470 0.112 0.119 0.154 0.004 0.021 0.007 0.012 0.006 0.002 0.012 0.040 0.026 0.001 0.008 0.007 31 N 0.020 0.049 0.397 0.286 0.005 0.124 0.007 0.012 0.009 0.006 0.017 0.013 0.031 0.001 0.004 0.018 32 L 0.028 0.126 0.202 0.595 0.001 0.011 0.001 0.004 0.005 0.001 0.006 0.004 0.007 0.001 0.002 0.007 33 R 0.013 0.010 0.121 0.820 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 34 N 0.006 0.024 0.165 0.789 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.003 0.017 0.961 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.001 0.025 0.034 0.928 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.001 0.004 0.008 0.954 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 P 0.001 0.029 0.036 0.879 0.008 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.002 0.043 0.007 0.870 0.007 0.052 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 40 Y 0.002 0.081 0.024 0.857 0.004 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 43 D 0.001 0.015 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.051 0.002 0.001 0.001 0.267 0.002 0.001 0.653 0.001 44 G 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.927 45 V 0.878 0.022 0.025 0.021 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.013 0.001 0.001 0.006 46 K 0.036 0.078 0.625 0.095 0.001 0.095 0.008 0.007 0.003 0.002 0.005 0.008 0.024 0.001 0.005 0.007 47 K 0.007 0.164 0.152 0.637 0.001 0.010 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 48 Q 0.003 0.004 0.113 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.003 0.001 0.214 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.001 0.002 0.016 0.960 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.001 0.007 0.002 0.843 0.027 0.114 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.129 0.003 0.668 0.036 0.115 0.001 0.013 0.006 0.005 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.009 0.087 0.014 0.475 0.054 0.202 0.004 0.030 0.014 0.011 0.060 0.029 0.007 0.001 0.001 0.002 54 T 0.009 0.202 0.087 0.210 0.024 0.175 0.007 0.060 0.013 0.010 0.107 0.057 0.024 0.003 0.007 0.006 55 K 0.020 0.089 0.056 0.183 0.030 0.161 0.015 0.037 0.028 0.019 0.144 0.113 0.067 0.009 0.012 0.018 56 K 0.026 0.056 0.077 0.079 0.034 0.097 0.026 0.030 0.011 0.012 0.225 0.135 0.145 0.013 0.017 0.015 57 E 0.021 0.074 0.067 0.065 0.042 0.062 0.049 0.042 0.013 0.010 0.102 0.157 0.171 0.059 0.030 0.036 58 N 0.019 0.039 0.055 0.054 0.009 0.086 0.025 0.064 0.012 0.009 0.077 0.108 0.270 0.018 0.124 0.033 59 D 0.032 0.072 0.093 0.057 0.002 0.040 0.020 0.015 0.037 0.017 0.061 0.074 0.299 0.014 0.040 0.129 60 H 0.154 0.023 0.074 0.064 0.002 0.046 0.018 0.006 0.011 0.006 0.113 0.132 0.295 0.004 0.015 0.038 61 K 0.068 0.115 0.347 0.073 0.006 0.028 0.026 0.003 0.009 0.001 0.026 0.044 0.116 0.016 0.006 0.116 62 L 0.021 0.065 0.518 0.274 0.004 0.011 0.011 0.005 0.001 0.001 0.004 0.013 0.046 0.001 0.012 0.014 63 N 0.004 0.007 0.075 0.019 0.171 0.563 0.086 0.004 0.001 0.006 0.005 0.004 0.038 0.011 0.001 0.005 64 K 0.004 0.027 0.005 0.015 0.001 0.051 0.001 0.292 0.001 0.001 0.574 0.003 0.014 0.001 0.012 0.001 65 Y 0.003 0.463 0.013 0.045 0.001 0.003 0.001 0.001 0.240 0.005 0.002 0.190 0.005 0.001 0.001 0.028 66 A 0.366 0.019 0.370 0.203 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.020 67 F 0.001 0.001 0.958 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.012 0.088 0.896 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.008 0.986 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.003 0.002 0.978 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.018 0.002 0.855 0.052 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.050 0.002 0.130 0.015 0.757 0.001 0.029 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.002 0.199 0.005 0.079 0.022 0.083 0.002 0.016 0.023 0.017 0.529 0.020 0.002 0.001 0.001 0.002 75 D 0.018 0.124 0.025 0.040 0.035 0.087 0.017 0.020 0.011 0.004 0.082 0.510 0.008 0.009 0.007 0.002 76 D 0.008 0.092 0.173 0.036 0.016 0.081 0.029 0.075 0.013 0.007 0.141 0.081 0.078 0.011 0.119 0.040 77 N 0.031 0.127 0.109 0.095 0.008 0.029 0.013 0.039 0.053 0.026 0.091 0.127 0.088 0.007 0.041 0.117 78 S 0.122 0.016 0.057 0.028 0.024 0.268 0.040 0.012 0.015 0.023 0.057 0.117 0.174 0.016 0.010 0.023 79 K 0.029 0.070 0.087 0.028 0.008 0.040 0.021 0.046 0.006 0.003 0.374 0.066 0.157 0.018 0.030 0.019 80 N 0.017 0.068 0.068 0.073 0.006 0.038 0.020 0.018 0.039 0.010 0.029 0.380 0.149 0.009 0.032 0.044 81 E 0.060 0.038 0.240 0.095 0.008 0.031 0.038 0.012 0.011 0.005 0.039 0.029 0.259 0.012 0.021 0.101 82 I 0.043 0.065 0.438 0.163 0.009 0.029 0.035 0.010 0.006 0.003 0.017 0.024 0.084 0.011 0.015 0.047 83 S 0.053 0.061 0.241 0.224 0.005 0.188 0.020 0.022 0.008 0.012 0.021 0.024 0.081 0.004 0.015 0.021 84 S 0.037 0.293 0.143 0.246 0.002 0.097 0.006 0.006 0.017 0.004 0.046 0.026 0.049 0.001 0.005 0.022 85 I 0.037 0.097 0.227 0.548 0.001 0.008 0.001 0.002 0.003 0.001 0.030 0.018 0.013 0.001 0.002 0.010 86 E 0.015 0.015 0.487 0.424 0.003 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.012 0.001 0.001 0.005 87 V 0.008 0.014 0.094 0.328 0.046 0.436 0.009 0.002 0.001 0.001 0.025 0.002 0.029 0.001 0.001 0.003 88 K 0.001 0.581 0.021 0.347 0.002 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 89 S 0.002 0.009 0.006 0.104 0.003 0.811 0.001 0.008 0.005 0.007 0.009 0.016 0.019 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.004 0.017 0.041 0.022 0.001 0.039 0.001 0.004 0.001 0.001 0.826 0.008 0.032 0.001 0.001 0.001 91 E 0.005 0.060 0.014 0.087 0.001 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.042 0.722 0.048 0.001 0.003 0.002 92 E 0.018 0.035 0.168 0.247 0.004 0.020 0.017 0.001 0.010 0.001 0.007 0.017 0.320 0.012 0.006 0.119 93 I 0.008 0.044 0.532 0.335 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.004 0.013 94 Q 0.001 0.002 0.007 0.011 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.955 0.015 0.001 0.002 0.001 97 D 0.003 0.004 0.022 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.028 0.721 0.002 0.009 0.193 98 L 0.011 0.003 0.316 0.008 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.611 0.001 0.003 0.017 99 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.369 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.594 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.671 0.017 0.300 0.001 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.572 0.423 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.980 0.002 0.003 0.002 104 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.017 0.004 0.008 105 K 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.854 0.056 0.013 0.041 106 F 0.002 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.878 0.007 0.020 0.026 107 T 0.007 0.012 0.097 0.010 0.001 0.007 0.037 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.634 0.036 0.010 0.138 108 I 0.023 0.017 0.062 0.019 0.029 0.042 0.171 0.004 0.001 0.001 0.034 0.007 0.389 0.138 0.024 0.037 109 K 0.007 0.092 0.155 0.017 0.016 0.031 0.095 0.061 0.002 0.002 0.090 0.026 0.167 0.062 0.149 0.029