# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.127 0.082 0.118 0.551 2 E 0.064 0.082 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.007 0.010 0.003 0.007 0.006 0.003 0.002 0.182 0.129 0.090 0.394 3 R 0.103 0.067 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.003 0.134 0.109 0.092 0.457 4 A 0.073 0.047 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.004 0.168 0.061 0.095 0.522 5 S 0.053 0.039 0.004 0.001 0.005 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.157 0.061 0.110 0.544 6 L 0.043 0.018 0.003 0.001 0.004 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.050 0.108 0.669 7 N 0.245 0.026 0.004 0.001 0.007 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.105 0.091 0.419 8 R 0.112 0.011 0.004 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.062 0.105 0.616 9 I 0.054 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.061 0.112 0.680 10 G 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.059 0.114 0.620 11 K 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.030 0.139 0.693 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.513 0.034 0.079 0.355 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.571 0.056 0.045 0.302 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.853 0.045 0.013 0.071 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.009 0.855 0.030 0.009 0.077 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.900 0.017 0.005 0.035 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.059 0.040 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.670 0.022 0.012 0.085 18 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.073 0.009 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.577 0.074 0.037 0.196 19 K 0.165 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 0.133 0.086 0.391 20 G 0.084 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.053 0.116 0.661 21 E 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.017 0.115 0.791 22 G 0.018 0.010 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.005 0.176 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.049 0.098 0.439 23 T 0.019 0.005 0.001 0.001 0.008 0.018 0.026 0.006 0.057 0.102 0.023 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.050 0.029 0.098 0.548 24 I 0.117 0.012 0.003 0.001 0.023 0.064 0.033 0.008 0.001 0.006 0.017 0.005 0.093 0.031 0.005 0.003 0.034 0.067 0.074 0.404 25 E 0.067 0.011 0.006 0.001 0.024 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.035 0.012 0.005 0.026 0.048 0.088 0.611 26 K 0.189 0.023 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 0.055 0.090 0.604 27 V 0.209 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.132 0.102 0.504 28 D 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.056 0.134 0.670 29 G 0.033 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.062 0.133 0.581 30 R 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.045 0.035 0.008 0.008 0.007 0.004 0.003 0.182 0.121 0.096 0.432 31 N 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.023 0.006 0.025 0.014 0.009 0.006 0.447 0.120 0.051 0.258 32 L 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.005 0.040 0.046 0.020 0.009 0.237 0.093 0.085 0.433 33 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.011 0.007 0.814 0.039 0.019 0.087 34 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.437 0.042 0.072 0.422 35 Y 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.683 0.028 0.051 0.224 36 T 0.018 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.347 0.109 0.083 0.411 37 L 0.068 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.344 0.117 0.079 0.334 38 P 0.041 0.013 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.044 0.087 0.611 39 A 0.006 0.008 0.002 0.001 0.077 0.515 0.100 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.042 0.037 0.154 40 Y 0.002 0.002 0.010 0.001 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.023 0.075 0.763 41 D 0.883 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.003 0.031 42 E 0.233 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.050 0.676 43 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.044 0.938 44 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.025 0.087 0.749 45 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.840 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.007 0.051 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.114 0.003 0.030 0.010 0.004 0.003 0.080 0.015 0.049 0.685 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.512 0.045 0.010 0.343 0.007 0.004 0.036 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.243 0.052 0.390 0.040 0.021 0.238 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.895 0.015 0.006 0.050 50 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.860 0.029 0.012 0.081 51 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.759 0.056 0.027 0.137 52 R 0.060 0.023 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.531 0.097 0.041 0.223 53 S 0.041 0.061 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.049 0.097 0.528 54 T 0.033 0.103 0.004 0.001 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.141 0.090 0.531 55 K 0.094 0.156 0.043 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.219 0.064 0.369 56 K 0.246 0.175 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.052 0.068 0.415 57 E 0.142 0.214 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.044 0.545 58 N 0.054 0.199 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.063 0.635 59 D 0.081 0.221 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.071 0.519 60 H 0.138 0.233 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.141 0.087 0.327 61 K 0.077 0.154 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.070 0.074 0.572 62 L 0.203 0.114 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.047 0.087 0.081 0.450 63 N 0.247 0.081 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.107 0.079 0.442 64 K 0.114 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.063 0.111 0.542 65 Y 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.053 0.137 0.572 66 A 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.709 0.058 0.044 0.172 67 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.622 0.090 0.041 0.231 68 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.863 0.045 0.011 0.068 69 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.885 0.033 0.008 0.058 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.856 0.031 0.010 0.060 71 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.040 0.066 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.693 0.041 0.018 0.094 72 V 0.034 0.007 0.001 0.002 0.022 0.054 0.061 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.124 0.052 0.198 73 D 0.119 0.028 0.005 0.002 0.012 0.023 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.181 0.082 0.375 74 Q 0.077 0.033 0.006 0.001 0.004 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.102 0.100 0.610 75 D 0.055 0.029 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.052 0.090 0.731 76 D 0.031 0.016 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 0.070 0.786 77 N 0.037 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.055 0.811 78 S 0.225 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.024 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.007 0.057 0.054 0.576 79 K 0.068 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.004 0.006 0.005 0.002 0.001 0.012 0.038 0.097 0.731 80 N 0.015 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.003 0.005 0.004 0.006 0.003 0.079 0.058 0.105 0.698 81 E 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.002 0.003 0.005 0.009 0.002 0.061 0.053 0.116 0.679 82 I 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.085 0.030 0.153 0.650 83 S 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.005 0.265 0.025 0.134 0.547 84 S 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.279 0.047 0.081 0.567 85 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.410 0.030 0.106 0.429 86 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.820 0.023 0.026 0.121 87 V 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.306 0.034 0.075 0.559 88 K 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.578 0.022 0.082 0.300 89 S 0.134 0.335 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.103 0.034 0.231 90 Y 0.204 0.256 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.067 0.075 0.327 91 E 0.017 0.235 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.362 0.032 0.041 0.305 92 E 0.111 0.164 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.096 0.066 0.392 93 I 0.070 0.047 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.101 0.081 0.366 94 Q 0.339 0.083 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.114 0.062 0.354 95 K 0.367 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.048 0.512 96 A 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.013 0.074 0.868 97 D 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.017 0.130 0.775 98 L 0.022 0.178 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.082 0.165 0.502 99 P 0.121 0.763 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.011 0.066 100 E 0.156 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 0.010 0.065 101 K 0.043 0.764 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.011 0.122 102 V 0.245 0.531 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 0.027 0.146 103 K 0.056 0.091 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.462 0.078 0.287 104 D 0.145 0.078 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.135 0.106 0.485 105 K 0.094 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.046 0.074 0.709 106 F 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.053 0.127 0.663 107 T 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.026 0.107 0.776 108 I 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.019 0.103 0.822 109 K 0.053 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.033 0.108 0.694