# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.277 0.105 0.036 0.093 0.091 0.094 0.107 0.077 0.058 0.039 0.022 2 E 0.309 0.225 0.063 0.132 0.098 0.055 0.047 0.028 0.022 0.014 0.007 3 R 0.173 0.109 0.049 0.142 0.130 0.102 0.114 0.074 0.054 0.031 0.021 4 A 0.108 0.069 0.043 0.099 0.107 0.114 0.142 0.103 0.097 0.071 0.048 5 S 0.080 0.125 0.081 0.230 0.166 0.112 0.094 0.050 0.034 0.019 0.009 6 L 0.035 0.030 0.033 0.074 0.065 0.083 0.159 0.160 0.158 0.123 0.081 7 N 0.048 0.047 0.039 0.130 0.127 0.138 0.170 0.104 0.100 0.065 0.032 8 R 0.137 0.167 0.093 0.190 0.123 0.096 0.085 0.041 0.037 0.022 0.011 9 I 0.071 0.046 0.033 0.084 0.078 0.104 0.163 0.115 0.121 0.104 0.082 10 G 0.117 0.093 0.037 0.110 0.097 0.094 0.139 0.097 0.091 0.069 0.058 11 K 0.215 0.325 0.067 0.161 0.109 0.042 0.035 0.019 0.013 0.009 0.005 12 D 0.326 0.139 0.044 0.136 0.107 0.081 0.076 0.039 0.027 0.015 0.010 13 V 0.162 0.113 0.049 0.184 0.164 0.127 0.083 0.042 0.036 0.027 0.013 14 Y 0.008 0.020 0.017 0.074 0.083 0.150 0.213 0.183 0.124 0.079 0.048 15 Y 0.006 0.026 0.037 0.114 0.116 0.130 0.171 0.143 0.118 0.090 0.049 16 M 0.002 0.004 0.011 0.012 0.018 0.027 0.085 0.191 0.216 0.249 0.187 17 Q 0.014 0.059 0.105 0.261 0.236 0.103 0.093 0.047 0.038 0.034 0.011 18 I 0.001 0.003 0.005 0.009 0.010 0.029 0.077 0.124 0.212 0.256 0.274 19 K 0.059 0.232 0.063 0.299 0.214 0.053 0.040 0.017 0.011 0.009 0.003 20 G 0.349 0.277 0.041 0.091 0.078 0.046 0.052 0.028 0.020 0.013 0.007 21 E 0.414 0.353 0.026 0.125 0.059 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.212 0.072 0.020 0.071 0.071 0.079 0.154 0.116 0.106 0.059 0.041 23 T 0.086 0.391 0.057 0.220 0.160 0.035 0.028 0.011 0.007 0.004 0.001 24 I 0.019 0.035 0.023 0.076 0.076 0.142 0.232 0.165 0.127 0.060 0.043 25 E 0.333 0.229 0.115 0.164 0.077 0.034 0.023 0.012 0.007 0.005 0.002 26 K 0.193 0.212 0.066 0.192 0.126 0.088 0.072 0.029 0.013 0.007 0.003 27 V 0.206 0.109 0.046 0.105 0.105 0.093 0.111 0.089 0.064 0.045 0.029 28 D 0.339 0.246 0.091 0.139 0.085 0.043 0.031 0.013 0.007 0.004 0.001 29 G 0.300 0.150 0.112 0.146 0.103 0.062 0.060 0.035 0.019 0.010 0.005 30 R 0.219 0.121 0.060 0.121 0.122 0.112 0.106 0.055 0.044 0.028 0.012 31 N 0.139 0.136 0.073 0.200 0.138 0.115 0.106 0.043 0.029 0.015 0.006 32 L 0.055 0.058 0.060 0.122 0.124 0.143 0.156 0.100 0.093 0.057 0.034 33 R 0.046 0.050 0.053 0.104 0.117 0.175 0.192 0.099 0.082 0.052 0.029 34 N 0.066 0.102 0.129 0.278 0.187 0.099 0.070 0.028 0.020 0.014 0.006 35 Y 0.006 0.006 0.011 0.017 0.023 0.045 0.108 0.226 0.213 0.180 0.165 36 T 0.060 0.219 0.119 0.281 0.164 0.060 0.046 0.019 0.015 0.013 0.003 37 L 0.010 0.013 0.016 0.035 0.049 0.098 0.173 0.187 0.182 0.146 0.091 38 P 0.316 0.164 0.127 0.247 0.086 0.032 0.015 0.005 0.004 0.003 0.001 39 A 0.009 0.013 0.020 0.045 0.044 0.065 0.153 0.154 0.197 0.194 0.106 40 Y 0.008 0.054 0.032 0.067 0.079 0.073 0.159 0.166 0.155 0.128 0.079 41 D 0.014 0.103 0.091 0.164 0.155 0.170 0.178 0.061 0.035 0.022 0.008 42 E 0.573 0.130 0.162 0.080 0.027 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 43 D 0.585 0.202 0.045 0.090 0.043 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.125 0.128 0.032 0.094 0.065 0.097 0.151 0.085 0.097 0.077 0.050 45 V 0.067 0.188 0.105 0.211 0.156 0.132 0.100 0.026 0.010 0.004 0.002 46 K 0.327 0.160 0.326 0.134 0.034 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 47 K 0.040 0.034 0.074 0.094 0.119 0.273 0.226 0.073 0.036 0.023 0.010 48 Q 0.053 0.131 0.142 0.330 0.187 0.082 0.048 0.013 0.008 0.005 0.002 49 I 0.001 0.002 0.013 0.009 0.021 0.041 0.116 0.261 0.215 0.172 0.151 50 T 0.016 0.120 0.472 0.231 0.124 0.016 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 51 F 0.003 0.009 0.033 0.031 0.043 0.121 0.257 0.149 0.159 0.123 0.072 52 R 0.247 0.148 0.193 0.269 0.093 0.022 0.015 0.005 0.004 0.003 0.001 53 S 0.018 0.025 0.029 0.061 0.076 0.136 0.270 0.145 0.130 0.070 0.040 54 T 0.070 0.331 0.134 0.196 0.128 0.042 0.045 0.021 0.016 0.011 0.005 55 K 0.085 0.107 0.088 0.144 0.151 0.154 0.175 0.056 0.025 0.011 0.004 56 K 0.393 0.171 0.219 0.133 0.050 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 57 E 0.353 0.227 0.083 0.124 0.079 0.050 0.053 0.018 0.007 0.004 0.002 58 N 0.162 0.238 0.071 0.129 0.106 0.090 0.108 0.052 0.025 0.013 0.007 59 D 0.234 0.223 0.096 0.183 0.112 0.074 0.051 0.017 0.007 0.003 0.001 60 H 0.253 0.106 0.176 0.124 0.087 0.092 0.091 0.038 0.019 0.010 0.004 61 K 0.242 0.224 0.117 0.218 0.106 0.052 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 62 L 0.003 0.003 0.006 0.012 0.013 0.038 0.118 0.144 0.210 0.201 0.254 63 N 0.039 0.106 0.152 0.239 0.215 0.099 0.075 0.033 0.022 0.014 0.006 64 K 0.055 0.179 0.259 0.184 0.127 0.082 0.062 0.021 0.017 0.010 0.004 65 Y 0.133 0.061 0.106 0.191 0.172 0.144 0.099 0.039 0.028 0.017 0.009 66 A 0.005 0.014 0.024 0.067 0.100 0.178 0.268 0.178 0.096 0.050 0.021 67 F 0.002 0.012 0.049 0.076 0.097 0.094 0.162 0.184 0.146 0.119 0.059 68 L 0.001 0.001 0.011 0.008 0.012 0.032 0.116 0.179 0.234 0.244 0.162 69 R 0.001 0.010 0.106 0.218 0.258 0.113 0.126 0.061 0.057 0.035 0.013 70 L 0.001 0.002 0.010 0.008 0.011 0.033 0.112 0.181 0.247 0.224 0.171 71 Y 0.006 0.018 0.052 0.099 0.100 0.104 0.217 0.128 0.125 0.106 0.045 72 V 0.002 0.005 0.013 0.017 0.020 0.041 0.127 0.215 0.228 0.205 0.127 73 D 0.036 0.108 0.123 0.269 0.241 0.086 0.073 0.031 0.017 0.013 0.004 74 Q 0.120 0.101 0.082 0.149 0.139 0.110 0.149 0.072 0.041 0.027 0.010 75 D 0.287 0.217 0.064 0.138 0.088 0.067 0.064 0.028 0.023 0.015 0.008 76 D 0.307 0.186 0.058 0.116 0.100 0.065 0.084 0.040 0.023 0.013 0.008 77 N 0.383 0.242 0.073 0.108 0.066 0.037 0.038 0.024 0.015 0.009 0.005 78 S 0.182 0.252 0.062 0.148 0.116 0.089 0.081 0.034 0.020 0.010 0.006 79 K 0.417 0.243 0.058 0.117 0.075 0.033 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 80 N 0.542 0.135 0.053 0.090 0.060 0.050 0.037 0.017 0.009 0.005 0.002 81 E 0.098 0.114 0.070 0.214 0.162 0.130 0.112 0.046 0.029 0.018 0.009 82 I 0.015 0.019 0.017 0.033 0.039 0.069 0.152 0.194 0.184 0.157 0.122 83 S 0.155 0.247 0.130 0.183 0.107 0.084 0.051 0.020 0.011 0.008 0.003 84 S 0.261 0.163 0.100 0.208 0.107 0.069 0.043 0.019 0.013 0.009 0.005 85 I 0.079 0.035 0.019 0.046 0.072 0.092 0.159 0.166 0.139 0.109 0.084 86 E 0.117 0.295 0.074 0.224 0.163 0.058 0.037 0.014 0.009 0.006 0.002 87 V 0.010 0.007 0.016 0.021 0.020 0.034 0.086 0.131 0.207 0.236 0.232 88 K 0.152 0.162 0.138 0.234 0.158 0.064 0.044 0.021 0.013 0.012 0.003 89 S 0.090 0.411 0.113 0.145 0.069 0.051 0.059 0.022 0.019 0.015 0.006 90 Y 0.026 0.031 0.013 0.083 0.111 0.247 0.246 0.129 0.068 0.029 0.018 91 E 0.633 0.091 0.128 0.068 0.027 0.020 0.016 0.006 0.005 0.004 0.001 92 E 0.052 0.102 0.149 0.397 0.200 0.059 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.013 0.053 0.122 0.225 0.270 0.305 94 Q 0.018 0.243 0.270 0.279 0.124 0.033 0.022 0.005 0.002 0.002 0.001 95 K 0.017 0.115 0.294 0.228 0.200 0.086 0.046 0.010 0.003 0.001 0.001 96 A 0.876 0.024 0.059 0.022 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.130 0.137 0.096 0.289 0.216 0.073 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 98 L 0.001 0.009 0.016 0.011 0.008 0.018 0.067 0.107 0.264 0.244 0.256 99 P 0.007 0.093 0.108 0.223 0.304 0.151 0.092 0.016 0.004 0.001 0.001 100 E 0.696 0.049 0.239 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.112 0.083 0.114 0.307 0.203 0.124 0.045 0.007 0.003 0.002 0.001 102 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.004 0.016 0.081 0.091 0.243 0.267 0.285 103 K 0.002 0.010 0.077 0.176 0.330 0.238 0.121 0.031 0.010 0.004 0.001 104 D 0.032 0.026 0.904 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.007 0.033 0.090 0.163 0.186 0.216 0.223 0.043 0.023 0.011 0.004 106 F 0.005 0.004 0.007 0.006 0.008 0.025 0.122 0.184 0.245 0.195 0.199 107 T 0.092 0.166 0.427 0.199 0.084 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 108 I 0.044 0.076 0.361 0.156 0.098 0.114 0.081 0.032 0.022 0.011 0.005 109 K 0.538 0.149 0.082 0.098 0.056 0.026 0.026 0.010 0.008 0.005 0.002