# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.020 0.099 0.681 2 E 0.017 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.006 0.118 0.741 3 R 0.005 0.005 0.002 0.002 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.127 0.002 0.023 0.813 4 A 0.039 0.021 0.002 0.001 0.009 0.016 0.019 0.012 0.002 0.001 0.003 0.003 0.010 0.014 0.007 0.007 0.518 0.009 0.096 0.214 5 S 0.055 0.020 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.007 0.003 0.015 0.020 0.014 0.009 0.155 0.008 0.090 0.586 6 L 0.055 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.007 0.003 0.010 0.010 0.007 0.006 0.327 0.010 0.074 0.441 7 N 0.066 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.036 0.043 0.010 0.031 0.017 0.006 0.007 0.168 0.018 0.151 0.363 8 R 0.029 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.062 0.010 0.075 0.784 9 I 0.038 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.015 0.354 0.469 10 G 0.359 0.038 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.068 0.179 0.258 11 K 0.153 0.032 0.011 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.029 0.139 0.532 12 D 0.039 0.006 0.014 0.003 0.013 0.006 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.011 0.174 0.544 13 V 0.025 0.003 0.003 0.002 0.004 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.005 0.059 0.543 14 Y 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.814 0.003 0.031 0.106 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.882 0.001 0.019 0.072 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.009 0.880 0.001 0.015 0.062 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.017 0.007 0.907 0.001 0.013 0.019 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.012 0.011 0.017 0.007 0.783 0.001 0.021 0.137 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.851 0.001 0.018 0.085 20 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.188 0.002 0.175 0.578 21 E 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.004 0.142 0.709 22 G 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.100 0.018 0.075 0.716 23 T 0.173 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.010 0.007 0.043 0.018 0.212 0.499 24 I 0.016 0.004 0.002 0.003 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.027 0.027 0.006 0.051 0.004 0.038 0.762 25 E 0.014 0.006 0.001 0.002 0.045 0.057 0.018 0.008 0.006 0.014 0.055 0.015 0.069 0.040 0.015 0.009 0.040 0.004 0.090 0.493 26 K 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.037 0.117 0.026 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.018 0.004 0.033 0.714 27 V 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.087 0.784 28 D 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.116 0.820 29 G 0.270 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.048 0.064 0.567 30 R 0.167 0.011 0.023 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.021 0.269 0.445 31 N 0.023 0.009 0.002 0.005 0.056 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.010 0.141 0.464 32 L 0.014 0.008 0.005 0.003 0.082 0.159 0.056 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.006 0.059 0.438 33 R 0.013 0.006 0.001 0.001 0.009 0.049 0.041 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.631 0.004 0.092 0.127 34 N 0.017 0.005 0.002 0.001 0.003 0.005 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.347 0.004 0.044 0.540 35 Y 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.912 0.001 0.016 0.049 36 T 0.011 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.442 0.002 0.109 0.417 37 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.017 0.807 0.001 0.018 0.109 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.017 0.001 0.012 0.961 39 A 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.135 0.221 0.331 0.033 0.063 0.004 0.048 0.132 40 Y 0.086 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.003 0.045 0.012 0.002 0.002 0.308 0.007 0.054 0.432 41 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.769 0.154 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.019 42 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.068 0.886 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.045 44 G 0.294 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.681 0.017 0.005 45 V 0.293 0.100 0.099 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.035 0.294 0.139 46 K 0.001 0.001 0.130 0.019 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.003 0.042 0.646 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.706 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.001 0.013 0.012 48 Q 0.005 0.001 0.002 0.003 0.013 0.009 0.225 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.148 0.001 0.025 0.558 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.006 0.018 50 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.674 0.001 0.062 0.241 51 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.912 0.001 0.009 0.071 52 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.803 0.001 0.068 0.105 53 S 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.552 0.004 0.120 0.279 54 T 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.300 0.008 0.228 0.406 55 K 0.062 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.085 0.008 0.226 0.593 56 K 0.026 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.355 0.549 57 E 0.126 0.069 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.028 0.291 0.443 58 N 0.170 0.376 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.032 0.065 0.317 59 D 0.237 0.202 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.043 0.047 0.428 60 H 0.239 0.111 0.037 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.162 0.400 61 K 0.109 0.109 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.020 0.162 0.551 62 L 0.213 0.238 0.016 0.003 0.005 0.006 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.028 0.117 0.293 63 N 0.100 0.223 0.009 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.018 0.137 0.404 64 K 0.086 0.135 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.012 0.079 0.557 65 Y 0.082 0.197 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.032 0.184 0.293 66 A 0.332 0.041 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.342 0.049 0.090 0.129 67 F 0.053 0.026 0.078 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.514 0.006 0.100 0.205 68 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.001 0.011 0.031 69 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.912 0.001 0.013 0.038 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.012 0.867 0.001 0.007 0.064 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.085 0.099 0.021 0.725 0.001 0.008 0.031 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.005 0.087 0.158 0.104 0.023 0.543 0.001 0.023 0.039 73 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.017 0.161 0.018 0.116 0.101 0.032 0.016 0.346 0.002 0.053 0.106 74 Q 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.088 0.082 0.015 0.031 0.021 0.012 0.005 0.253 0.005 0.099 0.350 75 D 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.008 0.026 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 0.006 0.367 0.514 76 D 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 0.047 0.293 0.529 77 N 0.180 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.075 0.144 0.573 78 S 0.059 0.010 0.009 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.482 0.377 79 K 0.104 0.012 0.003 0.003 0.009 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.123 0.687 80 N 0.047 0.018 0.004 0.004 0.030 0.068 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.022 0.355 0.377 81 E 0.206 0.012 0.009 0.005 0.014 0.025 0.020 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.025 0.191 0.409 82 I 0.084 0.028 0.011 0.005 0.006 0.030 0.026 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.006 0.145 0.409 83 S 0.013 0.014 0.002 0.001 0.005 0.007 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.005 0.163 0.424 84 S 0.035 0.007 0.002 0.001 0.002 0.008 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.008 0.088 0.550 85 I 0.067 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.549 0.009 0.094 0.251 86 E 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.644 0.003 0.137 0.187 87 V 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.317 0.001 0.020 0.632 88 K 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.834 0.002 0.059 0.076 89 S 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.120 0.783 90 Y 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.428 0.001 0.039 0.519 91 E 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.001 0.620 0.245 92 E 0.089 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 0.603 0.242 93 I 0.070 0.622 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.010 0.011 0.173 94 Q 0.034 0.570 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.006 0.019 0.144 95 K 0.023 0.300 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.012 0.028 0.550 96 A 0.046 0.351 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.032 0.056 0.462 97 D 0.432 0.145 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.079 0.047 0.279 98 L 0.337 0.238 0.187 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.037 0.167 99 P 0.004 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.935 100 E 0.029 0.103 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.051 0.786 101 K 0.056 0.253 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.041 0.641 102 V 0.101 0.580 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.059 0.248 103 K 0.046 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.082 104 D 0.069 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.110 105 K 0.226 0.620 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.003 0.091 106 F 0.196 0.593 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.013 0.116 107 T 0.109 0.338 0.061 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.054 0.066 0.325 108 I 0.122 0.162 0.069 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 0.035 0.056 0.481 109 K 0.082 0.113 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.019 0.074 0.590