# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.010 0.003 0.047 0.047 0.084 0.098 0.001 0.001 0.005 0.656 2 E 0.038 0.010 0.002 0.055 0.060 0.100 0.116 0.001 0.001 0.004 0.613 3 R 0.047 0.016 0.002 0.071 0.066 0.129 0.092 0.001 0.001 0.004 0.572 4 A 0.041 0.030 0.002 0.082 0.096 0.131 0.114 0.002 0.001 0.005 0.499 5 S 0.065 0.034 0.002 0.075 0.109 0.148 0.116 0.003 0.001 0.006 0.442 6 L 0.104 0.041 0.006 0.085 0.074 0.129 0.078 0.003 0.001 0.006 0.473 7 N 0.073 0.040 0.005 0.083 0.124 0.182 0.157 0.002 0.001 0.009 0.324 8 R 0.087 0.029 0.004 0.072 0.079 0.110 0.085 0.002 0.001 0.020 0.511 9 I 0.040 0.037 0.009 0.073 0.070 0.095 0.245 0.002 0.001 0.009 0.420 10 G 0.124 0.028 0.004 0.072 0.098 0.176 0.198 0.002 0.001 0.017 0.281 11 K 0.103 0.037 0.006 0.063 0.105 0.157 0.100 0.003 0.001 0.007 0.420 12 D 0.028 0.008 0.002 0.048 0.111 0.140 0.069 0.002 0.001 0.004 0.586 13 V 0.034 0.003 0.003 0.040 0.087 0.135 0.066 0.001 0.001 0.002 0.629 14 Y 0.018 0.002 0.001 0.050 0.340 0.482 0.024 0.001 0.001 0.002 0.080 15 Y 0.013 0.002 0.001 0.071 0.289 0.449 0.019 0.001 0.001 0.001 0.155 16 M 0.002 0.001 0.001 0.034 0.392 0.542 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 17 Q 0.002 0.001 0.001 0.026 0.341 0.577 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 18 I 0.001 0.001 0.001 0.014 0.442 0.461 0.011 0.001 0.001 0.001 0.071 19 K 0.003 0.001 0.001 0.011 0.274 0.639 0.007 0.001 0.001 0.001 0.065 20 G 0.004 0.001 0.001 0.013 0.131 0.181 0.104 0.001 0.001 0.003 0.563 21 E 0.015 0.001 0.001 0.008 0.058 0.112 0.130 0.001 0.001 0.002 0.674 22 G 0.045 0.001 0.001 0.015 0.053 0.087 0.140 0.001 0.001 0.012 0.645 23 T 0.146 0.002 0.002 0.018 0.083 0.116 0.141 0.001 0.001 0.005 0.486 24 I 0.043 0.003 0.001 0.013 0.117 0.211 0.053 0.001 0.001 0.001 0.558 25 E 0.016 0.004 0.001 0.017 0.138 0.262 0.105 0.001 0.001 0.002 0.455 26 K 0.018 0.003 0.001 0.008 0.045 0.083 0.076 0.001 0.001 0.002 0.765 27 V 0.063 0.008 0.001 0.014 0.069 0.116 0.132 0.001 0.001 0.003 0.595 28 D 0.045 0.007 0.001 0.010 0.045 0.064 0.157 0.001 0.001 0.005 0.667 29 G 0.106 0.011 0.003 0.018 0.064 0.105 0.101 0.002 0.001 0.011 0.578 30 R 0.234 0.014 0.010 0.025 0.122 0.156 0.106 0.001 0.001 0.005 0.327 31 N 0.035 0.012 0.001 0.029 0.210 0.237 0.119 0.001 0.001 0.004 0.352 32 L 0.034 0.010 0.002 0.029 0.190 0.429 0.049 0.001 0.001 0.002 0.255 33 R 0.022 0.015 0.001 0.040 0.369 0.395 0.042 0.001 0.001 0.002 0.114 34 N 0.020 0.011 0.001 0.029 0.268 0.350 0.073 0.001 0.001 0.003 0.244 35 Y 0.012 0.008 0.001 0.030 0.374 0.492 0.011 0.001 0.001 0.002 0.070 36 T 0.011 0.004 0.002 0.042 0.154 0.481 0.056 0.001 0.001 0.003 0.245 37 L 0.017 0.003 0.002 0.077 0.389 0.425 0.014 0.001 0.001 0.003 0.069 38 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.067 0.037 0.001 0.001 0.001 0.849 39 A 0.006 0.002 0.001 0.023 0.305 0.562 0.011 0.001 0.001 0.001 0.090 40 Y 0.029 0.013 0.005 0.050 0.225 0.226 0.084 0.005 0.001 0.004 0.360 41 D 0.109 0.001 0.001 0.005 0.258 0.600 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 42 E 0.017 0.004 0.001 0.018 0.033 0.093 0.284 0.001 0.001 0.010 0.539 43 D 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.917 0.001 0.001 0.009 0.056 44 G 0.134 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.796 0.045 45 V 0.157 0.008 0.231 0.011 0.011 0.009 0.485 0.001 0.001 0.016 0.071 46 K 0.008 0.001 0.002 0.005 0.014 0.019 0.121 0.001 0.001 0.003 0.826 47 K 0.023 0.001 0.001 0.013 0.238 0.652 0.009 0.001 0.001 0.001 0.061 48 Q 0.010 0.001 0.001 0.026 0.022 0.041 0.062 0.001 0.001 0.001 0.835 49 I 0.020 0.001 0.001 0.060 0.369 0.469 0.008 0.001 0.001 0.001 0.073 50 T 0.003 0.001 0.001 0.072 0.212 0.338 0.048 0.001 0.001 0.001 0.324 51 F 0.003 0.001 0.001 0.034 0.351 0.507 0.012 0.001 0.001 0.001 0.092 52 R 0.008 0.002 0.001 0.046 0.271 0.473 0.033 0.001 0.001 0.001 0.166 53 S 0.009 0.002 0.001 0.029 0.162 0.277 0.110 0.001 0.001 0.003 0.407 54 T 0.016 0.005 0.001 0.022 0.059 0.160 0.240 0.001 0.001 0.008 0.491 55 K 0.158 0.007 0.002 0.023 0.027 0.066 0.163 0.001 0.001 0.021 0.534 56 K 0.045 0.020 0.002 0.008 0.023 0.030 0.279 0.001 0.001 0.006 0.586 57 E 0.056 0.030 0.002 0.008 0.024 0.041 0.214 0.002 0.001 0.006 0.617 58 N 0.177 0.157 0.005 0.012 0.030 0.072 0.091 0.006 0.001 0.008 0.443 59 D 0.275 0.128 0.007 0.012 0.018 0.043 0.058 0.007 0.001 0.019 0.433 60 H 0.275 0.112 0.029 0.014 0.019 0.020 0.169 0.007 0.001 0.009 0.346 61 K 0.116 0.067 0.011 0.013 0.011 0.018 0.133 0.007 0.001 0.005 0.617 62 L 0.115 0.163 0.022 0.048 0.044 0.103 0.089 0.004 0.001 0.004 0.408 63 N 0.046 0.110 0.006 0.038 0.072 0.104 0.156 0.004 0.001 0.005 0.460 64 K 0.034 0.032 0.001 0.012 0.017 0.031 0.094 0.004 0.001 0.002 0.773 65 Y 0.176 0.096 0.005 0.034 0.080 0.142 0.084 0.004 0.001 0.006 0.374 66 A 0.210 0.089 0.008 0.048 0.207 0.179 0.079 0.003 0.001 0.007 0.170 67 F 0.075 0.048 0.010 0.061 0.286 0.269 0.051 0.003 0.001 0.004 0.193 68 L 0.020 0.014 0.002 0.050 0.377 0.496 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 69 R 0.008 0.005 0.001 0.056 0.362 0.521 0.010 0.001 0.001 0.001 0.036 70 L 0.002 0.002 0.001 0.040 0.438 0.457 0.008 0.001 0.001 0.001 0.051 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.041 0.294 0.641 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 72 V 0.002 0.002 0.001 0.035 0.387 0.498 0.012 0.001 0.001 0.001 0.063 73 D 0.002 0.002 0.001 0.031 0.290 0.508 0.026 0.001 0.001 0.001 0.139 74 Q 0.024 0.003 0.001 0.038 0.163 0.387 0.060 0.001 0.001 0.004 0.319 75 D 0.038 0.005 0.002 0.028 0.059 0.103 0.226 0.001 0.001 0.007 0.532 76 D 0.073 0.004 0.002 0.013 0.026 0.045 0.239 0.001 0.001 0.017 0.580 77 N 0.184 0.009 0.004 0.023 0.021 0.041 0.202 0.002 0.001 0.036 0.478 78 S 0.053 0.004 0.003 0.009 0.006 0.010 0.349 0.002 0.001 0.006 0.559 79 K 0.152 0.008 0.004 0.018 0.019 0.032 0.213 0.002 0.001 0.014 0.539 80 N 0.163 0.023 0.008 0.044 0.058 0.089 0.183 0.003 0.001 0.016 0.413 81 E 0.124 0.015 0.009 0.052 0.064 0.107 0.166 0.005 0.001 0.009 0.448 82 I 0.106 0.019 0.009 0.083 0.139 0.210 0.090 0.002 0.001 0.004 0.338 83 S 0.016 0.010 0.001 0.037 0.124 0.214 0.164 0.001 0.001 0.004 0.429 84 S 0.065 0.009 0.002 0.059 0.084 0.155 0.098 0.002 0.001 0.013 0.513 85 I 0.097 0.017 0.007 0.077 0.132 0.197 0.152 0.001 0.001 0.009 0.312 86 E 0.030 0.008 0.002 0.127 0.171 0.154 0.276 0.001 0.001 0.017 0.214 87 V 0.025 0.017 0.004 0.072 0.099 0.140 0.088 0.001 0.001 0.003 0.551 88 K 0.031 0.018 0.002 0.101 0.210 0.400 0.052 0.001 0.001 0.004 0.182 89 S 0.009 0.009 0.001 0.020 0.047 0.069 0.211 0.001 0.001 0.002 0.631 90 Y 0.040 0.021 0.002 0.027 0.032 0.126 0.041 0.001 0.001 0.005 0.706 91 E 0.017 0.036 0.002 0.017 0.049 0.052 0.530 0.001 0.001 0.009 0.288 92 E 0.118 0.125 0.002 0.008 0.027 0.042 0.311 0.002 0.001 0.007 0.359 93 I 0.084 0.590 0.002 0.010 0.030 0.077 0.013 0.002 0.001 0.001 0.191 94 Q 0.016 0.561 0.005 0.007 0.089 0.073 0.059 0.003 0.001 0.001 0.186 95 K 0.030 0.587 0.003 0.008 0.055 0.036 0.009 0.004 0.001 0.002 0.265 96 A 0.048 0.561 0.001 0.002 0.010 0.028 0.022 0.010 0.001 0.001 0.317 97 D 0.608 0.126 0.005 0.002 0.001 0.004 0.037 0.030 0.001 0.005 0.183 98 L 0.315 0.351 0.119 0.005 0.004 0.005 0.028 0.011 0.001 0.001 0.161 99 P 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.977 100 E 0.005 0.050 0.002 0.004 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.001 0.886 101 K 0.026 0.237 0.001 0.004 0.003 0.003 0.039 0.002 0.001 0.002 0.683 102 V 0.125 0.448 0.003 0.004 0.001 0.006 0.016 0.004 0.001 0.001 0.392 103 K 0.027 0.901 0.001 0.006 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.055 104 D 0.023 0.900 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.065 105 K 0.124 0.810 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.045 106 F 0.090 0.808 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.066 107 T 0.160 0.448 0.053 0.011 0.010 0.014 0.027 0.045 0.001 0.003 0.230 108 I 0.082 0.289 0.054 0.019 0.019 0.017 0.041 0.021 0.001 0.001 0.457 109 K 0.051 0.133 0.007 0.026 0.028 0.033 0.058 0.011 0.001 0.002 0.651