# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.205 0.108 0.029 0.233 0.022 0.027 0.099 0.049 0.065 0.047 2 E 0.137 0.216 0.064 0.017 0.265 0.018 0.026 0.119 0.044 0.046 0.049 3 R 0.172 0.101 0.028 0.014 0.197 0.018 0.026 0.190 0.128 0.061 0.064 4 A 0.048 0.065 0.040 0.026 0.089 0.065 0.083 0.318 0.166 0.075 0.025 5 S 0.096 0.102 0.049 0.016 0.168 0.015 0.046 0.282 0.102 0.095 0.029 6 L 0.099 0.129 0.039 0.020 0.154 0.027 0.046 0.146 0.118 0.168 0.055 7 N 0.084 0.259 0.212 0.017 0.256 0.014 0.016 0.056 0.032 0.031 0.024 8 R 0.054 0.068 0.029 0.010 0.063 0.026 0.100 0.316 0.242 0.067 0.025 9 I 0.074 0.120 0.073 0.046 0.102 0.049 0.120 0.129 0.094 0.158 0.037 10 G 0.135 0.133 0.078 0.097 0.151 0.048 0.041 0.052 0.050 0.142 0.073 11 K 0.141 0.131 0.098 0.063 0.169 0.040 0.034 0.062 0.071 0.114 0.077 12 D 0.130 0.203 0.057 0.013 0.292 0.028 0.068 0.052 0.046 0.067 0.043 13 V 0.303 0.101 0.008 0.003 0.510 0.006 0.021 0.008 0.007 0.011 0.023 14 Y 0.209 0.058 0.003 0.002 0.690 0.007 0.013 0.002 0.001 0.003 0.011 15 Y 0.359 0.030 0.002 0.001 0.578 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 16 M 0.176 0.083 0.008 0.001 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 17 Q 0.229 0.082 0.004 0.001 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 18 I 0.374 0.094 0.016 0.014 0.214 0.007 0.004 0.002 0.002 0.013 0.257 19 K 0.033 0.077 0.120 0.334 0.045 0.191 0.142 0.016 0.010 0.017 0.016 20 G 0.039 0.037 0.117 0.434 0.047 0.078 0.046 0.037 0.048 0.084 0.036 21 E 0.042 0.149 0.106 0.269 0.067 0.063 0.037 0.033 0.059 0.130 0.044 22 G 0.050 0.172 0.243 0.117 0.111 0.034 0.021 0.017 0.029 0.137 0.069 23 T 0.152 0.273 0.088 0.010 0.358 0.003 0.008 0.013 0.013 0.023 0.058 24 I 0.247 0.224 0.059 0.020 0.282 0.016 0.015 0.026 0.021 0.021 0.069 25 E 0.052 0.183 0.157 0.139 0.092 0.138 0.097 0.060 0.028 0.026 0.027 26 K 0.098 0.086 0.196 0.095 0.098 0.028 0.036 0.097 0.056 0.132 0.078 27 V 0.042 0.080 0.074 0.061 0.065 0.055 0.070 0.270 0.145 0.104 0.035 28 D 0.043 0.159 0.147 0.141 0.076 0.068 0.047 0.078 0.048 0.153 0.039 29 G 0.086 0.071 0.058 0.087 0.102 0.035 0.035 0.127 0.093 0.213 0.093 30 R 0.105 0.160 0.077 0.038 0.192 0.032 0.031 0.136 0.095 0.084 0.049 31 N 0.151 0.164 0.069 0.027 0.231 0.034 0.048 0.097 0.055 0.070 0.054 32 L 0.294 0.118 0.028 0.014 0.292 0.015 0.024 0.066 0.043 0.044 0.063 33 R 0.155 0.164 0.043 0.017 0.363 0.038 0.043 0.061 0.035 0.035 0.046 34 N 0.291 0.120 0.021 0.011 0.398 0.015 0.026 0.024 0.016 0.024 0.056 35 Y 0.183 0.159 0.031 0.008 0.517 0.012 0.015 0.013 0.009 0.019 0.035 36 T 0.289 0.130 0.023 0.008 0.422 0.008 0.011 0.011 0.008 0.026 0.064 37 L 0.225 0.265 0.053 0.009 0.362 0.010 0.007 0.014 0.011 0.010 0.034 38 P 0.132 0.209 0.074 0.021 0.368 0.026 0.029 0.038 0.026 0.027 0.051 39 A 0.205 0.121 0.045 0.012 0.216 0.008 0.022 0.114 0.105 0.091 0.062 40 Y 0.047 0.262 0.039 0.027 0.253 0.067 0.059 0.103 0.047 0.074 0.022 41 D 0.050 0.218 0.571 0.018 0.081 0.004 0.005 0.027 0.012 0.006 0.007 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.044 0.645 0.289 0.006 0.003 43 D 0.006 0.696 0.132 0.036 0.020 0.016 0.053 0.013 0.007 0.019 0.001 44 G 0.013 0.003 0.007 0.031 0.005 0.008 0.001 0.006 0.009 0.482 0.434 45 V 0.024 0.566 0.155 0.007 0.163 0.005 0.026 0.019 0.015 0.014 0.007 46 K 0.508 0.059 0.005 0.002 0.362 0.006 0.006 0.003 0.004 0.005 0.039 47 K 0.122 0.159 0.016 0.019 0.581 0.027 0.050 0.005 0.003 0.004 0.012 48 Q 0.391 0.023 0.001 0.001 0.568 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 49 I 0.186 0.077 0.007 0.001 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 50 T 0.281 0.050 0.002 0.001 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 51 F 0.360 0.085 0.009 0.004 0.426 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.106 52 R 0.195 0.140 0.052 0.056 0.269 0.066 0.058 0.013 0.009 0.053 0.088 53 S 0.131 0.190 0.115 0.056 0.235 0.028 0.029 0.044 0.054 0.061 0.057 54 T 0.079 0.239 0.111 0.061 0.168 0.044 0.034 0.072 0.064 0.087 0.040 55 K 0.082 0.143 0.082 0.025 0.181 0.023 0.039 0.123 0.124 0.125 0.053 56 K 0.082 0.170 0.095 0.015 0.152 0.022 0.054 0.205 0.120 0.050 0.035 57 E 0.077 0.102 0.066 0.041 0.089 0.050 0.090 0.213 0.101 0.119 0.050 58 N 0.058 0.180 0.095 0.072 0.106 0.040 0.049 0.145 0.093 0.124 0.038 59 D 0.051 0.050 0.035 0.032 0.055 0.030 0.036 0.221 0.186 0.249 0.055 60 H 0.035 0.138 0.078 0.013 0.107 0.016 0.048 0.282 0.159 0.102 0.022 61 K 0.091 0.092 0.030 0.008 0.141 0.013 0.049 0.300 0.107 0.130 0.038 62 L 0.115 0.208 0.060 0.027 0.183 0.025 0.036 0.126 0.071 0.099 0.050 63 N 0.102 0.175 0.263 0.044 0.164 0.038 0.017 0.090 0.038 0.039 0.032 64 K 0.015 0.031 0.013 0.006 0.024 0.018 0.077 0.491 0.288 0.031 0.007 65 Y 0.090 0.070 0.031 0.011 0.093 0.020 0.050 0.184 0.096 0.299 0.055 66 A 0.126 0.156 0.022 0.005 0.377 0.014 0.047 0.114 0.041 0.058 0.038 67 F 0.365 0.050 0.004 0.002 0.445 0.006 0.022 0.041 0.018 0.011 0.035 68 L 0.197 0.091 0.008 0.004 0.630 0.010 0.014 0.017 0.008 0.006 0.016 69 R 0.262 0.047 0.003 0.001 0.649 0.003 0.006 0.005 0.002 0.003 0.018 70 L 0.282 0.114 0.014 0.003 0.491 0.003 0.003 0.005 0.003 0.009 0.074 71 Y 0.284 0.114 0.030 0.011 0.419 0.009 0.015 0.010 0.004 0.018 0.087 72 V 0.118 0.339 0.095 0.036 0.253 0.023 0.022 0.019 0.018 0.028 0.050 73 D 0.093 0.197 0.165 0.103 0.169 0.054 0.043 0.039 0.026 0.065 0.046 74 Q 0.043 0.073 0.075 0.033 0.070 0.022 0.064 0.279 0.229 0.075 0.037 75 D 0.042 0.103 0.085 0.042 0.074 0.053 0.069 0.228 0.135 0.130 0.039 76 D 0.043 0.210 0.111 0.060 0.097 0.042 0.061 0.133 0.081 0.126 0.036 77 N 0.045 0.064 0.077 0.050 0.053 0.030 0.043 0.118 0.095 0.331 0.093 78 S 0.054 0.276 0.241 0.023 0.145 0.014 0.022 0.081 0.053 0.062 0.030 79 K 0.042 0.133 0.056 0.041 0.072 0.044 0.079 0.205 0.181 0.103 0.044 80 N 0.039 0.139 0.140 0.078 0.078 0.037 0.059 0.145 0.100 0.147 0.037 81 E 0.101 0.134 0.072 0.022 0.132 0.014 0.032 0.132 0.067 0.203 0.090 82 I 0.174 0.211 0.086 0.027 0.239 0.020 0.020 0.063 0.055 0.061 0.046 83 S 0.043 0.183 0.106 0.086 0.092 0.141 0.086 0.119 0.070 0.051 0.022 84 S 0.182 0.079 0.036 0.020 0.210 0.009 0.024 0.090 0.074 0.163 0.114 85 I 0.116 0.268 0.067 0.006 0.314 0.012 0.017 0.078 0.063 0.032 0.025 86 E 0.158 0.148 0.021 0.007 0.444 0.015 0.041 0.072 0.027 0.033 0.034 87 V 0.401 0.075 0.011 0.008 0.254 0.007 0.009 0.035 0.023 0.030 0.147 88 K 0.051 0.228 0.165 0.047 0.176 0.109 0.076 0.055 0.020 0.049 0.025 89 S 0.161 0.389 0.092 0.005 0.268 0.002 0.003 0.021 0.009 0.020 0.031 90 Y 0.104 0.052 0.007 0.005 0.106 0.008 0.008 0.276 0.345 0.046 0.045 91 E 0.010 0.021 0.009 0.006 0.031 0.041 0.128 0.495 0.236 0.019 0.004 92 E 0.060 0.031 0.012 0.005 0.083 0.005 0.027 0.384 0.191 0.174 0.028 93 I 0.092 0.156 0.055 0.011 0.185 0.013 0.032 0.187 0.117 0.122 0.031 94 Q 0.062 0.414 0.192 0.004 0.158 0.005 0.010 0.091 0.029 0.016 0.018 95 K 0.014 0.054 0.010 0.002 0.030 0.005 0.025 0.396 0.426 0.030 0.007 96 A 0.004 0.018 0.007 0.003 0.010 0.017 0.122 0.503 0.272 0.041 0.003 97 D 0.017 0.018 0.008 0.004 0.025 0.004 0.029 0.267 0.118 0.479 0.031 98 L 0.045 0.310 0.100 0.005 0.082 0.003 0.008 0.200 0.070 0.143 0.033 99 P 0.022 0.091 0.032 0.001 0.059 0.002 0.004 0.616 0.155 0.012 0.005 100 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.737 0.241 0.003 0.001 101 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.837 0.091 0.045 0.002 102 V 0.012 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.746 0.133 0.073 0.009 103 K 0.004 0.006 0.003 0.001 0.007 0.003 0.007 0.813 0.141 0.013 0.002 104 D 0.004 0.011 0.004 0.001 0.010 0.003 0.034 0.789 0.117 0.026 0.002 105 K 0.027 0.023 0.011 0.003 0.036 0.006 0.066 0.610 0.126 0.073 0.017 106 F 0.058 0.208 0.047 0.010 0.136 0.014 0.041 0.269 0.097 0.081 0.038 107 T 0.106 0.095 0.040 0.013 0.150 0.016 0.043 0.241 0.073 0.130 0.093 108 I 0.078 0.276 0.079 0.012 0.196 0.014 0.039 0.156 0.072 0.048 0.029 109 K 0.106 0.201 0.115 0.028 0.217 0.041 0.058 0.104 0.039 0.044 0.045