# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.025 0.612 0.007 0.025 0.039 0.001 0.001 0.026 0.156 0.045 0.027 0.033 2 E 0.004 0.015 0.643 0.006 0.035 0.047 0.001 0.001 0.026 0.116 0.032 0.031 0.044 3 R 0.004 0.017 0.331 0.013 0.172 0.176 0.002 0.002 0.030 0.056 0.119 0.010 0.067 4 A 0.005 0.012 0.231 0.026 0.222 0.215 0.004 0.003 0.030 0.083 0.104 0.040 0.024 5 S 0.013 0.020 0.184 0.008 0.196 0.225 0.008 0.009 0.060 0.085 0.073 0.034 0.084 6 L 0.028 0.044 0.278 0.015 0.085 0.143 0.010 0.017 0.093 0.087 0.072 0.034 0.093 7 N 0.017 0.024 0.389 0.019 0.062 0.064 0.004 0.004 0.036 0.122 0.073 0.145 0.040 8 R 0.009 0.020 0.298 0.014 0.078 0.079 0.003 0.003 0.029 0.096 0.255 0.014 0.102 9 I 0.014 0.025 0.355 0.024 0.057 0.034 0.004 0.003 0.021 0.128 0.214 0.061 0.060 10 G 0.022 0.012 0.358 0.018 0.020 0.008 0.001 0.001 0.019 0.236 0.150 0.074 0.081 11 K 0.022 0.006 0.341 0.021 0.014 0.003 0.001 0.001 0.011 0.220 0.178 0.080 0.101 12 D 0.056 0.008 0.261 0.053 0.014 0.002 0.002 0.002 0.017 0.164 0.161 0.087 0.174 13 V 0.189 0.004 0.151 0.038 0.005 0.001 0.010 0.003 0.019 0.033 0.028 0.151 0.369 14 Y 0.589 0.001 0.021 0.015 0.001 0.001 0.037 0.006 0.028 0.003 0.002 0.135 0.162 15 Y 0.784 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.047 0.003 0.006 0.001 0.001 0.073 0.077 16 M 0.833 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.047 0.075 17 Q 0.782 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 0.002 0.005 0.001 0.001 0.115 0.071 18 I 0.544 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.018 0.002 0.007 0.002 0.001 0.069 0.344 19 K 0.206 0.003 0.081 0.060 0.002 0.001 0.006 0.001 0.010 0.025 0.040 0.304 0.261 20 G 0.023 0.003 0.055 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.174 0.545 0.098 0.057 21 E 0.010 0.008 0.100 0.008 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.238 0.512 0.041 0.066 22 G 0.025 0.031 0.330 0.013 0.012 0.005 0.001 0.001 0.006 0.202 0.067 0.135 0.174 23 T 0.044 0.026 0.243 0.009 0.005 0.008 0.003 0.001 0.011 0.037 0.011 0.390 0.211 24 I 0.057 0.031 0.144 0.018 0.007 0.008 0.007 0.001 0.008 0.017 0.010 0.063 0.630 25 E 0.033 0.009 0.191 0.053 0.006 0.008 0.004 0.001 0.007 0.022 0.011 0.554 0.103 26 K 0.029 0.016 0.167 0.010 0.018 0.015 0.004 0.001 0.008 0.038 0.036 0.072 0.586 27 V 0.025 0.032 0.314 0.015 0.032 0.018 0.004 0.001 0.010 0.073 0.086 0.202 0.188 28 D 0.008 0.012 0.295 0.021 0.030 0.014 0.001 0.001 0.006 0.125 0.323 0.083 0.081 29 G 0.003 0.006 0.084 0.008 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.173 0.661 0.017 0.022 30 R 0.006 0.018 0.214 0.013 0.016 0.007 0.001 0.001 0.004 0.373 0.267 0.050 0.033 31 N 0.028 0.023 0.353 0.013 0.011 0.005 0.002 0.001 0.008 0.139 0.058 0.122 0.237 32 L 0.129 0.028 0.191 0.068 0.011 0.008 0.010 0.002 0.026 0.033 0.028 0.137 0.330 33 R 0.211 0.008 0.066 0.026 0.006 0.005 0.018 0.003 0.014 0.013 0.018 0.398 0.214 34 N 0.388 0.004 0.032 0.023 0.003 0.003 0.029 0.004 0.009 0.006 0.006 0.076 0.417 35 Y 0.319 0.001 0.016 0.009 0.001 0.001 0.014 0.002 0.006 0.004 0.003 0.560 0.064 36 T 0.467 0.003 0.041 0.023 0.001 0.002 0.014 0.002 0.016 0.008 0.006 0.036 0.381 37 L 0.123 0.002 0.118 0.032 0.003 0.002 0.005 0.001 0.009 0.021 0.007 0.603 0.075 38 P 0.096 0.003 0.063 0.011 0.004 0.003 0.007 0.001 0.007 0.013 0.012 0.031 0.751 39 A 0.165 0.011 0.036 0.011 0.009 0.007 0.010 0.001 0.006 0.010 0.008 0.636 0.091 40 Y 0.335 0.023 0.051 0.006 0.004 0.004 0.005 0.001 0.009 0.017 0.005 0.068 0.472 41 D 0.009 0.003 0.581 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.132 0.236 42 E 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.966 0.001 0.004 43 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.943 0.003 0.001 44 G 0.005 0.028 0.113 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.602 0.176 0.015 0.044 45 V 0.017 0.024 0.384 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.059 0.013 0.346 0.141 46 K 0.051 0.013 0.078 0.033 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.008 0.011 0.040 0.753 47 K 0.077 0.001 0.026 0.092 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.005 0.007 0.739 0.042 48 Q 0.302 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.634 49 I 0.511 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.411 0.040 50 T 0.597 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.034 0.003 0.008 0.001 0.001 0.086 0.255 51 F 0.524 0.003 0.017 0.022 0.001 0.002 0.033 0.003 0.009 0.003 0.002 0.190 0.190 52 R 0.311 0.004 0.074 0.040 0.004 0.007 0.019 0.003 0.026 0.020 0.018 0.261 0.215 53 S 0.146 0.011 0.121 0.020 0.015 0.015 0.009 0.001 0.018 0.080 0.073 0.148 0.342 54 T 0.036 0.018 0.325 0.019 0.013 0.017 0.002 0.001 0.012 0.169 0.131 0.119 0.138 55 K 0.011 0.019 0.428 0.009 0.023 0.022 0.001 0.001 0.007 0.197 0.088 0.080 0.115 56 K 0.005 0.024 0.454 0.005 0.052 0.057 0.001 0.001 0.005 0.159 0.110 0.037 0.093 57 E 0.003 0.027 0.237 0.008 0.105 0.161 0.001 0.001 0.004 0.130 0.253 0.022 0.050 58 N 0.002 0.013 0.243 0.008 0.101 0.136 0.001 0.001 0.004 0.118 0.317 0.023 0.034 59 D 0.001 0.009 0.165 0.005 0.105 0.172 0.001 0.001 0.002 0.113 0.397 0.006 0.023 60 H 0.003 0.020 0.257 0.005 0.120 0.188 0.001 0.001 0.006 0.151 0.159 0.052 0.038 61 K 0.005 0.047 0.277 0.005 0.068 0.183 0.002 0.001 0.010 0.086 0.129 0.022 0.168 62 L 0.006 0.052 0.427 0.009 0.063 0.151 0.002 0.001 0.011 0.085 0.069 0.063 0.062 63 N 0.005 0.008 0.603 0.009 0.040 0.081 0.001 0.001 0.005 0.089 0.041 0.065 0.053 64 K 0.008 0.007 0.105 0.019 0.162 0.119 0.001 0.001 0.004 0.080 0.417 0.016 0.064 65 Y 0.042 0.004 0.127 0.038 0.048 0.029 0.001 0.001 0.003 0.090 0.465 0.080 0.074 66 A 0.193 0.006 0.154 0.028 0.031 0.023 0.002 0.001 0.005 0.065 0.085 0.156 0.251 67 F 0.526 0.002 0.019 0.007 0.002 0.004 0.005 0.001 0.004 0.004 0.012 0.098 0.316 68 L 0.803 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.111 69 R 0.803 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.040 70 L 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.102 71 Y 0.734 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.071 72 V 0.584 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.305 73 D 0.139 0.001 0.069 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.011 0.327 0.421 74 Q 0.040 0.005 0.115 0.024 0.018 0.008 0.001 0.001 0.002 0.086 0.348 0.094 0.258 75 D 0.010 0.013 0.071 0.006 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.174 0.522 0.120 0.046 76 D 0.004 0.028 0.160 0.003 0.028 0.011 0.001 0.001 0.001 0.291 0.387 0.027 0.060 77 N 0.002 0.041 0.319 0.006 0.023 0.013 0.001 0.001 0.001 0.262 0.272 0.031 0.030 78 S 0.002 0.034 0.354 0.008 0.029 0.025 0.001 0.001 0.003 0.212 0.250 0.033 0.050 79 K 0.005 0.047 0.261 0.012 0.049 0.030 0.001 0.001 0.003 0.174 0.316 0.030 0.073 80 N 0.009 0.047 0.362 0.017 0.042 0.024 0.001 0.001 0.005 0.187 0.127 0.113 0.066 81 E 0.012 0.048 0.434 0.011 0.038 0.031 0.003 0.001 0.009 0.097 0.088 0.058 0.171 82 I 0.020 0.055 0.447 0.019 0.044 0.024 0.004 0.002 0.016 0.092 0.055 0.085 0.137 83 S 0.013 0.015 0.394 0.044 0.033 0.027 0.003 0.001 0.027 0.132 0.125 0.124 0.061 84 S 0.011 0.014 0.304 0.037 0.047 0.023 0.003 0.001 0.016 0.138 0.285 0.020 0.101 85 I 0.017 0.015 0.509 0.020 0.023 0.015 0.005 0.002 0.018 0.159 0.040 0.113 0.063 86 E 0.076 0.026 0.265 0.009 0.013 0.019 0.014 0.009 0.136 0.069 0.015 0.163 0.187 87 V 0.059 0.035 0.318 0.016 0.012 0.024 0.018 0.011 0.069 0.045 0.028 0.066 0.300 88 K 0.042 0.013 0.438 0.100 0.007 0.024 0.011 0.006 0.052 0.073 0.020 0.159 0.055 89 S 0.032 0.006 0.328 0.013 0.022 0.028 0.005 0.003 0.147 0.071 0.027 0.066 0.250 90 Y 0.007 0.004 0.240 0.039 0.065 0.166 0.006 0.001 0.037 0.035 0.244 0.012 0.147 91 E 0.020 0.009 0.143 0.025 0.131 0.206 0.013 0.002 0.045 0.050 0.038 0.274 0.047 92 E 0.045 0.015 0.094 0.003 0.019 0.154 0.009 0.002 0.038 0.033 0.012 0.028 0.546 93 I 0.029 0.048 0.332 0.011 0.007 0.144 0.007 0.002 0.054 0.064 0.015 0.186 0.102 94 Q 0.004 0.002 0.785 0.003 0.006 0.073 0.001 0.001 0.011 0.030 0.005 0.035 0.046 95 K 0.001 0.001 0.038 0.003 0.352 0.486 0.001 0.001 0.002 0.009 0.087 0.001 0.020 96 A 0.001 0.001 0.018 0.003 0.384 0.447 0.001 0.001 0.001 0.009 0.130 0.004 0.003 97 D 0.001 0.005 0.063 0.001 0.328 0.441 0.001 0.001 0.003 0.040 0.098 0.004 0.016 98 L 0.001 0.028 0.576 0.001 0.022 0.162 0.001 0.001 0.005 0.152 0.026 0.011 0.016 99 P 0.001 0.002 0.635 0.001 0.007 0.302 0.001 0.001 0.001 0.034 0.013 0.002 0.004 100 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.047 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.046 0.914 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.119 0.861 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 103 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.059 0.891 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.003 104 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.086 0.803 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 105 K 0.001 0.002 0.022 0.001 0.078 0.766 0.001 0.001 0.002 0.015 0.104 0.002 0.006 106 F 0.003 0.011 0.173 0.003 0.031 0.491 0.001 0.001 0.009 0.080 0.152 0.012 0.032 107 T 0.004 0.012 0.416 0.003 0.015 0.155 0.002 0.001 0.034 0.110 0.153 0.071 0.022 108 I 0.005 0.031 0.589 0.003 0.014 0.056 0.002 0.004 0.074 0.089 0.049 0.013 0.070 109 K 0.001 0.003 0.891 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.008 0.048 0.006 0.019 0.010