# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.092 0.222 0.264 0.007 0.044 0.012 0.031 0.009 0.005 0.049 0.047 0.075 0.003 0.024 0.020 2 E 0.032 0.043 0.101 0.119 0.012 0.333 0.011 0.007 0.019 0.024 0.047 0.064 0.153 0.004 0.004 0.026 3 R 0.037 0.047 0.037 0.126 0.013 0.100 0.007 0.011 0.004 0.001 0.389 0.059 0.150 0.007 0.005 0.007 4 A 0.008 0.132 0.043 0.137 0.003 0.042 0.007 0.014 0.008 0.003 0.063 0.392 0.117 0.004 0.016 0.011 5 S 0.013 0.049 0.134 0.149 0.015 0.034 0.047 0.004 0.017 0.002 0.029 0.056 0.326 0.020 0.015 0.090 6 L 0.031 0.047 0.287 0.188 0.009 0.025 0.036 0.021 0.004 0.002 0.022 0.024 0.216 0.014 0.030 0.042 7 N 0.018 0.034 0.147 0.094 0.011 0.314 0.020 0.018 0.012 0.012 0.016 0.026 0.215 0.006 0.017 0.040 8 R 0.038 0.037 0.031 0.081 0.128 0.043 0.069 0.010 0.009 0.004 0.332 0.013 0.090 0.086 0.005 0.025 9 I 0.029 0.179 0.103 0.146 0.009 0.017 0.014 0.118 0.007 0.001 0.023 0.138 0.030 0.006 0.168 0.013 10 G 0.013 0.030 0.286 0.120 0.015 0.037 0.055 0.009 0.083 0.051 0.010 0.013 0.063 0.007 0.013 0.195 11 K 0.285 0.088 0.156 0.207 0.004 0.050 0.007 0.039 0.012 0.003 0.036 0.012 0.055 0.002 0.016 0.027 12 D 0.034 0.252 0.151 0.381 0.001 0.067 0.001 0.008 0.036 0.004 0.012 0.020 0.011 0.001 0.002 0.020 13 V 0.040 0.142 0.237 0.552 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 14 Y 0.010 0.023 0.321 0.632 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.009 0.127 0.860 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 M 0.001 0.002 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.002 0.007 0.975 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.001 0.003 0.001 0.421 0.416 0.152 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 K 0.001 0.197 0.002 0.310 0.024 0.101 0.001 0.342 0.002 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 20 G 0.002 0.049 0.002 0.165 0.223 0.088 0.021 0.016 0.130 0.177 0.093 0.021 0.001 0.008 0.001 0.002 21 E 0.133 0.087 0.104 0.136 0.003 0.026 0.001 0.345 0.006 0.002 0.032 0.032 0.005 0.001 0.086 0.002 22 G 0.014 0.040 0.151 0.320 0.004 0.043 0.002 0.002 0.155 0.129 0.019 0.022 0.009 0.001 0.001 0.089 23 T 0.379 0.066 0.114 0.291 0.009 0.076 0.004 0.002 0.002 0.001 0.017 0.018 0.015 0.001 0.001 0.004 24 I 0.004 0.058 0.214 0.368 0.026 0.209 0.009 0.015 0.002 0.003 0.041 0.019 0.024 0.003 0.002 0.003 25 E 0.003 0.125 0.059 0.617 0.010 0.069 0.004 0.021 0.005 0.003 0.020 0.032 0.025 0.001 0.003 0.004 26 K 0.011 0.027 0.040 0.454 0.085 0.142 0.014 0.008 0.022 0.006 0.061 0.037 0.072 0.003 0.002 0.016 27 V 0.010 0.022 0.037 0.041 0.559 0.030 0.097 0.019 0.002 0.002 0.061 0.025 0.020 0.069 0.003 0.003 28 D 0.004 0.032 0.019 0.019 0.072 0.062 0.027 0.520 0.005 0.006 0.021 0.030 0.020 0.015 0.145 0.004 29 G 0.012 0.032 0.014 0.015 0.019 0.020 0.040 0.066 0.231 0.132 0.167 0.026 0.041 0.033 0.063 0.089 30 R 0.449 0.053 0.047 0.020 0.002 0.009 0.007 0.046 0.056 0.013 0.042 0.084 0.028 0.004 0.102 0.037 31 N 0.203 0.045 0.401 0.047 0.003 0.031 0.010 0.005 0.047 0.011 0.009 0.022 0.025 0.003 0.010 0.128 32 L 0.216 0.067 0.469 0.129 0.004 0.042 0.012 0.004 0.006 0.001 0.009 0.006 0.011 0.002 0.004 0.017 33 R 0.019 0.154 0.269 0.499 0.002 0.028 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 34 N 0.005 0.021 0.087 0.871 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 Y 0.007 0.006 0.059 0.902 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.001 0.032 0.035 0.913 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.001 0.005 0.011 0.789 0.035 0.150 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 P 0.002 0.157 0.029 0.686 0.014 0.062 0.001 0.017 0.001 0.001 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 39 A 0.002 0.052 0.013 0.869 0.007 0.026 0.001 0.002 0.008 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 40 Y 0.009 0.105 0.302 0.548 0.004 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 41 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 43 D 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.412 0.001 0.001 0.550 0.001 44 G 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.949 45 V 0.949 0.006 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.006 46 K 0.010 0.038 0.751 0.040 0.001 0.111 0.004 0.002 0.005 0.002 0.003 0.003 0.010 0.003 0.003 0.014 47 K 0.014 0.144 0.101 0.706 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 48 Q 0.006 0.016 0.059 0.913 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 I 0.003 0.002 0.247 0.742 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 T 0.001 0.009 0.028 0.917 0.015 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.001 0.007 0.002 0.881 0.032 0.063 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.001 0.131 0.009 0.596 0.044 0.147 0.001 0.032 0.007 0.004 0.014 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.008 0.052 0.017 0.403 0.077 0.223 0.006 0.031 0.016 0.017 0.107 0.030 0.008 0.001 0.001 0.002 54 T 0.014 0.151 0.057 0.121 0.088 0.182 0.016 0.065 0.012 0.014 0.119 0.115 0.029 0.007 0.008 0.005 55 K 0.024 0.111 0.071 0.216 0.016 0.067 0.009 0.063 0.029 0.013 0.185 0.093 0.049 0.002 0.026 0.025 56 K 0.035 0.028 0.079 0.053 0.131 0.099 0.120 0.007 0.024 0.037 0.081 0.145 0.085 0.042 0.006 0.028 57 E 0.033 0.050 0.087 0.057 0.051 0.049 0.053 0.133 0.003 0.002 0.176 0.070 0.118 0.031 0.075 0.011 58 N 0.008 0.052 0.023 0.059 0.008 0.081 0.025 0.061 0.100 0.067 0.070 0.176 0.155 0.017 0.058 0.040 59 D 0.127 0.039 0.050 0.037 0.007 0.052 0.027 0.014 0.063 0.018 0.137 0.083 0.246 0.020 0.031 0.050 60 H 0.113 0.037 0.073 0.065 0.001 0.026 0.005 0.013 0.011 0.005 0.174 0.164 0.238 0.005 0.029 0.039 61 K 0.033 0.062 0.382 0.115 0.003 0.026 0.008 0.001 0.013 0.001 0.011 0.073 0.093 0.003 0.007 0.169 62 L 0.041 0.046 0.497 0.235 0.005 0.015 0.020 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.083 0.002 0.005 0.030 63 N 0.005 0.019 0.137 0.042 0.063 0.538 0.057 0.007 0.001 0.002 0.014 0.010 0.084 0.014 0.001 0.006 64 K 0.008 0.039 0.015 0.189 0.003 0.022 0.002 0.080 0.003 0.001 0.570 0.009 0.042 0.002 0.012 0.004 65 Y 0.004 0.125 0.035 0.090 0.001 0.020 0.002 0.002 0.065 0.003 0.010 0.602 0.018 0.001 0.004 0.019 66 A 0.107 0.062 0.282 0.402 0.001 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.006 0.083 0.001 0.007 0.028 67 F 0.014 0.037 0.548 0.334 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 68 L 0.007 0.045 0.235 0.706 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 69 R 0.001 0.004 0.045 0.947 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.003 0.015 0.972 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.014 0.009 0.952 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.019 0.004 0.877 0.014 0.075 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.057 0.006 0.241 0.023 0.597 0.001 0.021 0.006 0.004 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.009 0.070 0.006 0.079 0.082 0.135 0.005 0.015 0.007 0.005 0.530 0.044 0.008 0.003 0.001 0.002 75 D 0.004 0.113 0.014 0.010 0.300 0.032 0.095 0.026 0.003 0.003 0.058 0.184 0.008 0.137 0.011 0.003 76 D 0.004 0.024 0.035 0.015 0.004 0.017 0.016 0.179 0.007 0.003 0.033 0.031 0.031 0.005 0.572 0.023 77 N 0.027 0.024 0.072 0.010 0.002 0.008 0.015 0.004 0.190 0.084 0.029 0.036 0.040 0.005 0.010 0.444 78 S 0.683 0.013 0.042 0.012 0.006 0.037 0.015 0.006 0.005 0.003 0.028 0.037 0.076 0.009 0.013 0.013 79 K 0.026 0.119 0.426 0.056 0.010 0.032 0.025 0.027 0.012 0.005 0.080 0.041 0.056 0.022 0.027 0.034 80 N 0.051 0.142 0.159 0.244 0.004 0.071 0.015 0.029 0.028 0.008 0.021 0.081 0.049 0.003 0.055 0.041 81 E 0.063 0.045 0.270 0.216 0.013 0.079 0.019 0.005 0.026 0.007 0.041 0.017 0.073 0.004 0.005 0.118 82 I 0.101 0.083 0.159 0.210 0.016 0.245 0.014 0.014 0.004 0.002 0.044 0.043 0.043 0.006 0.004 0.012 83 S 0.010 0.401 0.140 0.230 0.005 0.098 0.004 0.019 0.008 0.004 0.012 0.032 0.026 0.001 0.005 0.006 84 S 0.046 0.089 0.070 0.404 0.017 0.122 0.012 0.005 0.033 0.005 0.089 0.020 0.063 0.006 0.002 0.018 85 I 0.037 0.050 0.347 0.465 0.001 0.007 0.001 0.013 0.002 0.001 0.024 0.023 0.018 0.001 0.008 0.003 86 E 0.004 0.011 0.142 0.790 0.002 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.013 87 V 0.026 0.011 0.060 0.666 0.021 0.165 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.028 0.001 0.001 0.003 88 K 0.001 0.186 0.032 0.735 0.002 0.017 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 89 S 0.002 0.003 0.001 0.040 0.002 0.912 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.006 0.005 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.012 0.027 0.001 0.001 0.001 91 E 0.001 0.041 0.004 0.053 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.840 0.031 0.001 0.005 0.003 92 E 0.002 0.013 0.189 0.100 0.001 0.013 0.010 0.001 0.002 0.001 0.004 0.024 0.450 0.001 0.009 0.182 93 I 0.008 0.020 0.463 0.179 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.268 0.001 0.002 0.027 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.093 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 96 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.015 0.001 0.010 0.001 97 D 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.337 0.001 0.002 0.606 98 L 0.041 0.001 0.104 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.818 0.001 0.003 0.017 99 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.804 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.011 0.424 0.001 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.687 0.308 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.001 0.002 104 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.013 0.011 0.009 105 K 0.001 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.496 0.157 0.012 0.281 106 F 0.041 0.005 0.108 0.022 0.001 0.003 0.017 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.433 0.011 0.260 0.089 107 T 0.011 0.015 0.230 0.028 0.008 0.037 0.027 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.201 0.017 0.005 0.405 108 I 0.104 0.046 0.037 0.104 0.088 0.105 0.073 0.021 0.002 0.002 0.093 0.015 0.184 0.091 0.018 0.017 109 K 0.007 0.236 0.112 0.108 0.015 0.077 0.025 0.109 0.012 0.006 0.041 0.085 0.070 0.012 0.063 0.022