# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.062 0.132 0.637 2 E 0.081 0.165 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.072 0.101 0.458 3 R 0.157 0.117 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.099 0.101 0.442 4 A 0.062 0.081 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.165 0.102 0.108 0.459 5 S 0.059 0.123 0.007 0.002 0.003 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.088 0.066 0.125 0.500 6 L 0.040 0.071 0.015 0.002 0.003 0.005 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 0.093 0.110 0.546 7 N 0.285 0.067 0.023 0.004 0.010 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.146 0.072 0.329 8 R 0.141 0.021 0.027 0.003 0.043 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.075 0.112 0.512 9 I 0.059 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.041 0.127 0.676 10 G 0.130 0.003 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.092 0.126 0.514 11 K 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.042 0.154 0.666 12 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.383 0.032 0.091 0.476 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.514 0.040 0.078 0.340 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.905 0.020 0.010 0.053 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.006 0.008 0.813 0.027 0.018 0.100 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.894 0.014 0.007 0.049 17 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 0.084 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.635 0.062 0.023 0.096 18 I 0.014 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.608 0.044 0.042 0.240 19 K 0.262 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.103 0.071 0.424 20 G 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.043 0.126 0.703 21 E 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.015 0.129 0.785 22 G 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.048 0.109 0.514 23 T 0.037 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.061 0.183 0.048 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.074 0.081 0.089 0.376 24 I 0.037 0.011 0.002 0.001 0.003 0.009 0.031 0.008 0.002 0.002 0.023 0.003 0.069 0.024 0.009 0.002 0.061 0.082 0.088 0.533 25 E 0.025 0.012 0.006 0.002 0.028 0.066 0.023 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 0.121 0.092 0.011 0.035 0.066 0.082 0.375 26 K 0.076 0.006 0.011 0.001 0.087 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.003 0.028 0.045 0.087 0.616 27 V 0.199 0.003 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.063 0.076 0.600 28 D 0.228 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.062 0.078 0.608 29 G 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.024 0.109 0.812 30 R 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.038 0.116 0.723 31 N 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.094 0.036 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.277 0.070 0.063 0.275 32 L 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.019 0.005 0.022 0.012 0.003 0.002 0.160 0.077 0.114 0.549 33 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.082 0.074 0.040 0.006 0.618 0.027 0.024 0.117 34 N 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.052 0.045 0.024 0.403 0.048 0.051 0.348 35 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.827 0.014 0.018 0.130 36 T 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.562 0.044 0.055 0.303 37 L 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.618 0.042 0.057 0.258 38 P 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.453 0.028 0.071 0.390 39 A 0.004 0.003 0.001 0.001 0.038 0.341 0.235 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.022 0.055 0.192 40 Y 0.004 0.003 0.006 0.002 0.081 0.035 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.037 0.100 0.520 41 D 0.591 0.010 0.009 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.104 0.029 0.202 42 E 0.204 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.043 0.068 0.646 43 D 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.104 0.847 44 G 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.047 0.107 0.648 45 V 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.476 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.059 0.034 0.109 46 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.124 0.006 0.039 0.006 0.002 0.001 0.098 0.045 0.087 0.568 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.068 0.179 0.062 0.009 0.601 0.020 0.010 0.044 48 Q 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.071 0.096 0.032 0.353 0.050 0.050 0.316 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.934 0.009 0.005 0.039 50 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.807 0.051 0.033 0.091 51 F 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.777 0.034 0.033 0.142 52 R 0.057 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.078 0.079 0.271 53 S 0.036 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.058 0.137 0.537 54 T 0.056 0.033 0.002 0.001 0.004 0.024 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.130 0.131 0.523 55 K 0.031 0.026 0.006 0.001 0.015 0.013 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.098 0.131 0.619 56 K 0.227 0.024 0.008 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.049 0.081 0.569 57 E 0.252 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 0.068 0.598 58 N 0.077 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.040 0.091 0.737 59 D 0.045 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.041 0.119 0.756 60 H 0.035 0.047 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.042 0.046 0.016 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.083 0.068 0.123 0.518 61 K 0.036 0.030 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.020 0.030 0.022 0.005 0.008 0.005 0.003 0.004 0.069 0.056 0.113 0.582 62 L 0.045 0.009 0.020 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.031 0.036 0.021 0.005 0.118 0.073 0.085 0.525 63 N 0.229 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.033 0.031 0.009 0.104 0.089 0.092 0.378 64 K 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.181 0.030 0.119 0.637 65 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.020 0.148 0.344 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.017 0.020 0.052 67 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.858 0.021 0.021 0.086 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.004 0.003 0.019 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.955 0.012 0.004 0.022 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.010 0.006 0.029 71 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.018 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.831 0.028 0.013 0.049 72 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.024 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.630 0.026 0.049 0.195 73 D 0.083 0.012 0.003 0.003 0.027 0.032 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.088 0.090 0.404 74 Q 0.086 0.011 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.056 0.114 0.681 75 D 0.077 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.078 0.771 76 D 0.051 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.088 0.790 77 N 0.053 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.070 0.088 0.710 78 S 0.166 0.063 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.030 0.033 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.066 0.071 0.529 79 K 0.090 0.016 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.004 0.006 0.010 0.006 0.002 0.017 0.083 0.087 0.642 80 N 0.038 0.008 0.010 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.021 0.040 0.026 0.006 0.035 0.117 0.128 0.543 81 E 0.090 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.007 0.030 0.030 0.009 0.071 0.065 0.104 0.567 82 I 0.104 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.007 0.004 0.067 0.061 0.114 0.616 83 S 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.181 0.035 0.121 0.630 84 S 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.178 0.041 0.114 0.639 85 I 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.353 0.060 0.097 0.460 86 E 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.670 0.042 0.034 0.214 87 V 0.015 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.265 0.012 0.096 0.575 88 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.704 0.022 0.049 0.210 89 S 0.226 0.194 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.067 0.075 0.307 90 Y 0.238 0.206 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.072 0.078 0.268 91 E 0.023 0.180 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.019 0.083 0.553 92 E 0.034 0.190 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.035 0.077 0.383 93 I 0.013 0.047 0.038 0.002 0.011 0.006 0.004 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.084 0.126 0.517 94 Q 0.593 0.119 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.061 0.030 0.140 95 K 0.450 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.061 0.038 0.376 96 A 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.027 0.111 0.820 97 D 0.010 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 0.071 0.801 98 L 0.034 0.519 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.124 0.050 0.256 99 P 0.068 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.061 100 E 0.024 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.041 101 K 0.018 0.859 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.012 0.048 102 V 0.118 0.794 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.006 0.028 103 K 0.040 0.060 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.767 0.010 0.097 104 D 0.099 0.320 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.074 0.081 0.373 105 K 0.105 0.175 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.095 0.085 0.473 106 F 0.065 0.062 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.103 0.134 0.532 107 T 0.075 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.047 0.107 0.681 108 I 0.025 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.025 0.124 0.778 109 K 0.037 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.064 0.138 0.596