# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.033 0.003 0.031 0.041 0.041 0.133 0.005 0.001 0.067 0.616 2 E 0.086 0.075 0.004 0.035 0.048 0.091 0.104 0.013 0.002 0.089 0.453 3 R 0.127 0.054 0.003 0.035 0.052 0.047 0.088 0.009 0.001 0.063 0.521 4 A 0.054 0.031 0.003 0.069 0.070 0.082 0.085 0.005 0.001 0.056 0.544 5 S 0.043 0.034 0.002 0.034 0.036 0.075 0.112 0.004 0.001 0.042 0.616 6 L 0.074 0.036 0.004 0.028 0.053 0.060 0.089 0.009 0.002 0.037 0.608 7 N 0.245 0.032 0.004 0.027 0.054 0.068 0.104 0.009 0.002 0.060 0.396 8 R 0.083 0.016 0.002 0.018 0.031 0.054 0.100 0.003 0.001 0.045 0.646 9 I 0.050 0.010 0.004 0.021 0.028 0.033 0.184 0.002 0.001 0.060 0.606 10 G 0.076 0.010 0.003 0.030 0.048 0.096 0.119 0.002 0.001 0.057 0.559 11 K 0.024 0.003 0.001 0.018 0.044 0.065 0.132 0.001 0.001 0.049 0.663 12 D 0.005 0.002 0.001 0.044 0.174 0.325 0.081 0.001 0.001 0.027 0.342 13 V 0.002 0.001 0.001 0.043 0.188 0.464 0.045 0.001 0.001 0.022 0.235 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.046 0.289 0.589 0.010 0.001 0.001 0.013 0.051 15 Y 0.001 0.001 0.001 0.039 0.385 0.475 0.016 0.001 0.001 0.013 0.072 16 M 0.001 0.001 0.001 0.055 0.372 0.527 0.007 0.001 0.001 0.009 0.030 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.044 0.321 0.495 0.028 0.001 0.001 0.021 0.089 18 I 0.011 0.002 0.001 0.027 0.250 0.466 0.044 0.001 0.001 0.032 0.167 19 K 0.148 0.002 0.001 0.019 0.084 0.176 0.060 0.001 0.001 0.046 0.463 20 G 0.111 0.006 0.001 0.014 0.049 0.083 0.082 0.001 0.001 0.024 0.630 21 E 0.009 0.002 0.001 0.005 0.018 0.053 0.110 0.001 0.001 0.012 0.791 22 G 0.011 0.010 0.001 0.014 0.080 0.129 0.139 0.001 0.001 0.028 0.589 23 T 0.043 0.016 0.001 0.017 0.130 0.301 0.065 0.002 0.001 0.026 0.398 24 I 0.039 0.025 0.001 0.013 0.157 0.152 0.073 0.001 0.001 0.030 0.510 25 E 0.031 0.018 0.001 0.032 0.181 0.253 0.068 0.001 0.001 0.039 0.377 26 K 0.061 0.022 0.002 0.019 0.072 0.197 0.121 0.001 0.001 0.073 0.432 27 V 0.154 0.008 0.002 0.012 0.068 0.108 0.074 0.003 0.001 0.060 0.510 28 D 0.136 0.008 0.001 0.010 0.038 0.054 0.135 0.001 0.001 0.034 0.582 29 G 0.030 0.006 0.001 0.014 0.036 0.096 0.080 0.001 0.001 0.025 0.713 30 R 0.011 0.003 0.001 0.016 0.076 0.130 0.161 0.001 0.001 0.034 0.569 31 N 0.015 0.004 0.001 0.032 0.145 0.441 0.061 0.001 0.001 0.035 0.266 32 L 0.008 0.001 0.001 0.022 0.231 0.241 0.068 0.001 0.001 0.045 0.383 33 R 0.005 0.001 0.001 0.041 0.306 0.419 0.038 0.001 0.001 0.019 0.170 34 N 0.002 0.001 0.001 0.041 0.208 0.412 0.049 0.001 0.001 0.023 0.264 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.041 0.298 0.495 0.034 0.001 0.001 0.011 0.118 36 T 0.009 0.006 0.001 0.039 0.178 0.414 0.057 0.001 0.001 0.017 0.279 37 L 0.047 0.022 0.001 0.044 0.229 0.298 0.053 0.003 0.001 0.036 0.268 38 P 0.042 0.032 0.001 0.086 0.114 0.182 0.077 0.001 0.001 0.034 0.431 39 A 0.011 0.024 0.001 0.092 0.096 0.218 0.118 0.001 0.001 0.081 0.357 40 Y 0.019 0.010 0.006 0.036 0.082 0.125 0.174 0.004 0.001 0.101 0.441 41 D 0.786 0.025 0.005 0.010 0.021 0.036 0.015 0.005 0.002 0.023 0.071 42 E 0.407 0.004 0.001 0.006 0.014 0.014 0.057 0.002 0.001 0.015 0.481 43 D 0.009 0.003 0.001 0.007 0.013 0.033 0.092 0.001 0.001 0.015 0.828 44 G 0.019 0.003 0.001 0.009 0.031 0.071 0.151 0.001 0.001 0.036 0.680 45 V 0.017 0.002 0.001 0.015 0.216 0.317 0.068 0.001 0.001 0.027 0.337 46 K 0.005 0.001 0.001 0.008 0.121 0.235 0.077 0.001 0.001 0.032 0.521 47 K 0.001 0.001 0.001 0.044 0.409 0.353 0.031 0.001 0.001 0.018 0.142 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.033 0.223 0.573 0.031 0.001 0.001 0.028 0.112 49 I 0.001 0.001 0.001 0.039 0.307 0.571 0.010 0.001 0.001 0.025 0.047 50 T 0.001 0.001 0.001 0.040 0.325 0.534 0.013 0.001 0.001 0.028 0.058 51 F 0.005 0.003 0.001 0.053 0.290 0.461 0.030 0.001 0.001 0.052 0.105 52 R 0.022 0.006 0.001 0.090 0.173 0.318 0.055 0.001 0.001 0.046 0.289 53 S 0.031 0.017 0.001 0.048 0.110 0.198 0.100 0.001 0.001 0.045 0.450 54 T 0.025 0.020 0.001 0.030 0.077 0.137 0.112 0.001 0.001 0.047 0.550 55 K 0.035 0.045 0.002 0.027 0.068 0.098 0.149 0.002 0.001 0.062 0.511 56 K 0.143 0.064 0.002 0.015 0.040 0.073 0.081 0.006 0.001 0.052 0.523 57 E 0.207 0.069 0.002 0.008 0.022 0.025 0.057 0.005 0.001 0.037 0.567 58 N 0.115 0.106 0.002 0.010 0.027 0.044 0.092 0.004 0.001 0.033 0.566 59 D 0.050 0.092 0.001 0.009 0.028 0.067 0.078 0.003 0.001 0.043 0.629 60 H 0.050 0.096 0.005 0.016 0.084 0.086 0.084 0.005 0.002 0.076 0.496 61 K 0.050 0.096 0.012 0.013 0.074 0.090 0.122 0.005 0.003 0.066 0.469 62 L 0.096 0.065 0.008 0.010 0.040 0.055 0.082 0.007 0.002 0.083 0.552 63 N 0.204 0.096 0.007 0.024 0.048 0.060 0.130 0.006 0.003 0.093 0.329 64 K 0.027 0.058 0.003 0.027 0.057 0.108 0.125 0.002 0.001 0.077 0.515 65 Y 0.013 0.043 0.004 0.055 0.107 0.157 0.113 0.002 0.001 0.109 0.397 66 A 0.013 0.020 0.003 0.087 0.168 0.455 0.059 0.002 0.001 0.055 0.138 67 F 0.005 0.006 0.001 0.077 0.239 0.360 0.043 0.001 0.001 0.041 0.228 68 L 0.002 0.002 0.001 0.116 0.310 0.459 0.020 0.001 0.001 0.021 0.068 69 R 0.001 0.002 0.001 0.125 0.328 0.392 0.024 0.001 0.001 0.025 0.102 70 L 0.001 0.002 0.001 0.124 0.372 0.360 0.022 0.001 0.001 0.023 0.095 71 Y 0.008 0.004 0.001 0.112 0.227 0.388 0.052 0.001 0.001 0.039 0.168 72 V 0.030 0.011 0.002 0.095 0.178 0.237 0.061 0.002 0.001 0.056 0.327 73 D 0.152 0.018 0.002 0.060 0.078 0.118 0.094 0.005 0.001 0.062 0.409 74 Q 0.145 0.016 0.001 0.030 0.024 0.040 0.082 0.004 0.001 0.049 0.608 75 D 0.072 0.007 0.001 0.014 0.011 0.016 0.119 0.002 0.001 0.042 0.716 76 D 0.045 0.014 0.001 0.009 0.010 0.016 0.122 0.002 0.001 0.036 0.744 77 N 0.085 0.016 0.002 0.011 0.019 0.024 0.106 0.005 0.001 0.051 0.681 78 S 0.142 0.030 0.001 0.014 0.040 0.067 0.089 0.005 0.001 0.044 0.569 79 K 0.045 0.013 0.001 0.020 0.036 0.058 0.117 0.002 0.001 0.086 0.622 80 N 0.013 0.010 0.005 0.041 0.116 0.096 0.139 0.001 0.001 0.074 0.504 81 E 0.096 0.011 0.002 0.029 0.069 0.216 0.119 0.003 0.001 0.071 0.383 82 I 0.072 0.005 0.001 0.033 0.070 0.084 0.094 0.002 0.001 0.045 0.594 83 S 0.009 0.008 0.001 0.066 0.093 0.112 0.164 0.001 0.001 0.018 0.528 84 S 0.016 0.009 0.001 0.069 0.050 0.260 0.098 0.001 0.001 0.062 0.433 85 I 0.005 0.009 0.001 0.154 0.151 0.077 0.103 0.001 0.001 0.051 0.447 86 E 0.009 0.011 0.001 0.212 0.092 0.224 0.121 0.001 0.001 0.074 0.255 87 V 0.020 0.028 0.001 0.119 0.065 0.079 0.081 0.002 0.001 0.059 0.546 88 K 0.050 0.087 0.002 0.205 0.100 0.083 0.062 0.004 0.001 0.041 0.365 89 S 0.039 0.439 0.001 0.039 0.022 0.058 0.033 0.004 0.001 0.026 0.339 90 Y 0.044 0.484 0.002 0.029 0.036 0.040 0.032 0.008 0.001 0.057 0.268 91 E 0.027 0.627 0.002 0.030 0.035 0.053 0.028 0.004 0.001 0.042 0.151 92 E 0.025 0.441 0.004 0.022 0.032 0.058 0.047 0.004 0.001 0.099 0.266 93 I 0.056 0.190 0.032 0.020 0.084 0.062 0.078 0.015 0.011 0.153 0.298 94 Q 0.343 0.371 0.013 0.006 0.014 0.020 0.021 0.017 0.009 0.026 0.161 95 K 0.525 0.080 0.002 0.004 0.008 0.009 0.022 0.015 0.002 0.022 0.309 96 A 0.025 0.062 0.001 0.006 0.006 0.010 0.076 0.003 0.001 0.020 0.789 97 D 0.018 0.319 0.004 0.006 0.004 0.006 0.077 0.005 0.002 0.025 0.534 98 L 0.066 0.541 0.007 0.004 0.006 0.006 0.059 0.027 0.003 0.040 0.240 99 P 0.072 0.846 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.013 0.050 100 E 0.084 0.760 0.004 0.003 0.002 0.002 0.010 0.007 0.002 0.041 0.085 101 K 0.033 0.796 0.009 0.003 0.001 0.002 0.015 0.005 0.005 0.032 0.099 102 V 0.163 0.623 0.015 0.004 0.002 0.004 0.014 0.014 0.008 0.049 0.104 103 K 0.196 0.104 0.019 0.010 0.014 0.015 0.056 0.020 0.009 0.201 0.356 104 D 0.124 0.090 0.013 0.015 0.016 0.026 0.108 0.010 0.007 0.096 0.495 105 K 0.080 0.023 0.005 0.015 0.017 0.019 0.074 0.005 0.002 0.047 0.714 106 F 0.047 0.009 0.003 0.026 0.021 0.028 0.117 0.004 0.001 0.042 0.704 107 T 0.026 0.006 0.001 0.016 0.012 0.029 0.100 0.002 0.001 0.026 0.781 108 I 0.016 0.007 0.001 0.019 0.023 0.019 0.119 0.001 0.001 0.027 0.768 109 K 0.040 0.014 0.001 0.051 0.028 0.041 0.141 0.003 0.001 0.054 0.627