# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.252 0.115 0.049 0.105 0.098 0.076 0.101 0.076 0.058 0.041 0.029 2 E 0.329 0.213 0.068 0.137 0.085 0.049 0.049 0.030 0.020 0.012 0.007 3 R 0.122 0.072 0.045 0.126 0.130 0.121 0.145 0.096 0.071 0.045 0.027 4 A 0.129 0.089 0.070 0.132 0.119 0.108 0.128 0.092 0.065 0.043 0.025 5 S 0.058 0.100 0.082 0.215 0.170 0.119 0.113 0.065 0.043 0.023 0.012 6 L 0.012 0.011 0.015 0.024 0.034 0.048 0.110 0.137 0.204 0.214 0.191 7 N 0.060 0.078 0.084 0.199 0.181 0.122 0.113 0.066 0.049 0.031 0.016 8 R 0.132 0.122 0.145 0.187 0.131 0.098 0.086 0.044 0.029 0.018 0.009 9 I 0.049 0.034 0.029 0.066 0.082 0.099 0.170 0.147 0.133 0.107 0.084 10 G 0.093 0.128 0.040 0.091 0.080 0.088 0.144 0.101 0.102 0.086 0.047 11 K 0.197 0.200 0.090 0.211 0.130 0.064 0.047 0.026 0.017 0.011 0.006 12 D 0.337 0.160 0.069 0.136 0.091 0.069 0.066 0.034 0.020 0.012 0.006 13 V 0.066 0.073 0.046 0.170 0.164 0.148 0.131 0.086 0.057 0.039 0.020 14 Y 0.011 0.022 0.020 0.038 0.052 0.122 0.217 0.169 0.168 0.130 0.051 15 Y 0.011 0.020 0.030 0.106 0.131 0.162 0.189 0.120 0.110 0.075 0.047 16 M 0.007 0.004 0.013 0.010 0.014 0.027 0.082 0.122 0.217 0.261 0.243 17 Q 0.018 0.052 0.067 0.278 0.259 0.124 0.102 0.049 0.029 0.013 0.008 18 I 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.013 0.059 0.125 0.191 0.247 0.347 19 K 0.047 0.268 0.127 0.290 0.162 0.059 0.023 0.011 0.007 0.004 0.002 20 G 0.400 0.178 0.055 0.110 0.071 0.059 0.066 0.031 0.017 0.008 0.004 21 E 0.637 0.178 0.026 0.086 0.035 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 22 G 0.224 0.085 0.027 0.055 0.056 0.077 0.135 0.098 0.108 0.084 0.051 23 T 0.113 0.274 0.088 0.238 0.132 0.075 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 24 I 0.031 0.043 0.032 0.066 0.077 0.140 0.195 0.137 0.131 0.096 0.051 25 E 0.284 0.179 0.090 0.191 0.111 0.059 0.044 0.024 0.010 0.005 0.002 26 K 0.168 0.152 0.096 0.233 0.126 0.086 0.068 0.037 0.019 0.011 0.005 27 V 0.042 0.036 0.020 0.049 0.061 0.110 0.164 0.142 0.148 0.140 0.089 28 D 0.186 0.248 0.063 0.159 0.112 0.074 0.074 0.042 0.024 0.014 0.006 29 G 0.321 0.206 0.085 0.147 0.085 0.055 0.047 0.026 0.014 0.009 0.005 30 R 0.494 0.147 0.047 0.111 0.070 0.041 0.039 0.024 0.014 0.008 0.005 31 N 0.266 0.176 0.042 0.159 0.108 0.076 0.076 0.048 0.025 0.014 0.007 32 L 0.035 0.043 0.031 0.090 0.116 0.142 0.153 0.137 0.108 0.093 0.053 33 R 0.032 0.046 0.048 0.104 0.122 0.178 0.219 0.116 0.074 0.043 0.017 34 N 0.057 0.094 0.123 0.234 0.163 0.118 0.101 0.051 0.030 0.020 0.010 35 Y 0.006 0.005 0.009 0.012 0.022 0.061 0.134 0.139 0.241 0.226 0.145 36 T 0.090 0.207 0.085 0.287 0.156 0.064 0.051 0.028 0.018 0.009 0.005 37 L 0.007 0.005 0.009 0.014 0.025 0.050 0.125 0.151 0.215 0.212 0.188 38 P 0.169 0.244 0.131 0.258 0.128 0.039 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 39 A 0.039 0.016 0.024 0.043 0.068 0.071 0.157 0.198 0.153 0.128 0.104 40 Y 0.025 0.042 0.027 0.090 0.108 0.130 0.189 0.151 0.108 0.084 0.045 41 D 0.052 0.174 0.093 0.144 0.111 0.123 0.163 0.057 0.046 0.027 0.010 42 E 0.424 0.206 0.133 0.142 0.058 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 43 D 0.701 0.196 0.026 0.046 0.015 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 44 G 0.333 0.120 0.030 0.078 0.072 0.053 0.085 0.074 0.068 0.053 0.034 45 V 0.184 0.248 0.086 0.186 0.118 0.085 0.055 0.023 0.009 0.005 0.002 46 K 0.051 0.115 0.302 0.273 0.132 0.072 0.028 0.014 0.007 0.005 0.002 47 K 0.014 0.025 0.052 0.063 0.087 0.227 0.300 0.136 0.057 0.031 0.008 48 Q 0.024 0.079 0.140 0.322 0.186 0.107 0.070 0.040 0.019 0.010 0.003 49 I 0.003 0.002 0.009 0.005 0.010 0.047 0.147 0.164 0.240 0.255 0.118 50 T 0.025 0.133 0.233 0.386 0.153 0.040 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 51 F 0.003 0.001 0.007 0.004 0.010 0.019 0.087 0.160 0.201 0.219 0.288 52 R 0.069 0.160 0.207 0.303 0.174 0.049 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 53 S 0.039 0.021 0.035 0.043 0.064 0.080 0.212 0.196 0.138 0.097 0.074 54 T 0.141 0.153 0.108 0.227 0.159 0.075 0.058 0.037 0.020 0.013 0.008 55 K 0.237 0.178 0.080 0.125 0.087 0.078 0.114 0.049 0.030 0.016 0.006 56 K 0.326 0.201 0.108 0.180 0.090 0.041 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 57 E 0.378 0.227 0.062 0.107 0.073 0.047 0.050 0.028 0.014 0.009 0.005 58 N 0.196 0.195 0.060 0.132 0.113 0.082 0.091 0.060 0.036 0.022 0.013 59 D 0.269 0.164 0.068 0.137 0.114 0.084 0.080 0.042 0.022 0.012 0.005 60 H 0.277 0.111 0.114 0.159 0.103 0.084 0.082 0.038 0.019 0.009 0.004 61 K 0.177 0.205 0.140 0.265 0.115 0.047 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 62 L 0.004 0.002 0.006 0.008 0.015 0.025 0.080 0.125 0.208 0.242 0.285 63 N 0.022 0.132 0.191 0.274 0.200 0.088 0.048 0.023 0.011 0.008 0.003 64 K 0.021 0.064 0.202 0.231 0.182 0.133 0.089 0.042 0.019 0.012 0.004 65 Y 0.086 0.051 0.097 0.157 0.154 0.155 0.146 0.082 0.037 0.024 0.010 66 A 0.015 0.026 0.043 0.083 0.084 0.144 0.279 0.144 0.106 0.058 0.018 67 F 0.003 0.006 0.027 0.043 0.064 0.102 0.160 0.136 0.183 0.171 0.106 68 L 0.001 0.001 0.009 0.005 0.009 0.028 0.088 0.094 0.258 0.318 0.189 69 R 0.003 0.015 0.049 0.127 0.180 0.202 0.199 0.090 0.072 0.041 0.024 70 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.012 0.044 0.104 0.187 0.280 0.356 71 Y 0.005 0.014 0.029 0.111 0.148 0.189 0.227 0.133 0.078 0.047 0.017 72 V 0.002 0.003 0.006 0.006 0.010 0.029 0.107 0.131 0.251 0.269 0.188 73 D 0.085 0.232 0.167 0.277 0.134 0.056 0.028 0.011 0.006 0.003 0.002 74 Q 0.354 0.164 0.091 0.129 0.083 0.059 0.063 0.030 0.015 0.008 0.004 75 D 0.428 0.180 0.050 0.110 0.073 0.052 0.045 0.029 0.015 0.010 0.007 76 D 0.231 0.236 0.057 0.131 0.097 0.072 0.078 0.048 0.025 0.016 0.010 77 N 0.299 0.173 0.077 0.132 0.100 0.067 0.059 0.041 0.023 0.016 0.011 78 S 0.359 0.194 0.081 0.126 0.077 0.050 0.050 0.030 0.017 0.010 0.006 79 K 0.293 0.187 0.064 0.161 0.105 0.060 0.057 0.037 0.020 0.011 0.007 80 N 0.286 0.132 0.050 0.113 0.099 0.069 0.081 0.070 0.047 0.030 0.023 81 E 0.265 0.199 0.066 0.163 0.109 0.062 0.060 0.038 0.020 0.010 0.007 82 I 0.181 0.098 0.056 0.130 0.122 0.088 0.106 0.086 0.061 0.040 0.031 83 S 0.240 0.177 0.078 0.139 0.111 0.069 0.076 0.051 0.031 0.017 0.011 84 S 0.151 0.124 0.068 0.190 0.155 0.092 0.096 0.059 0.035 0.018 0.011 85 I 0.145 0.054 0.043 0.079 0.089 0.089 0.153 0.136 0.100 0.068 0.044 86 E 0.172 0.212 0.114 0.263 0.128 0.046 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 87 V 0.015 0.008 0.018 0.025 0.043 0.049 0.146 0.184 0.188 0.178 0.147 88 K 0.058 0.108 0.159 0.246 0.195 0.098 0.062 0.033 0.021 0.013 0.006 89 S 0.036 0.238 0.203 0.203 0.114 0.076 0.071 0.031 0.016 0.009 0.003 90 Y 0.030 0.018 0.030 0.076 0.130 0.193 0.242 0.128 0.085 0.045 0.023 91 E 0.734 0.091 0.083 0.050 0.018 0.008 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 92 E 0.022 0.044 0.172 0.260 0.186 0.126 0.129 0.037 0.016 0.006 0.002 93 I 0.005 0.002 0.011 0.005 0.012 0.026 0.107 0.118 0.218 0.281 0.214 94 Q 0.011 0.194 0.340 0.267 0.114 0.045 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 95 K 0.013 0.095 0.431 0.218 0.118 0.072 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 96 A 0.572 0.084 0.101 0.098 0.058 0.037 0.030 0.014 0.004 0.002 0.001 97 D 0.400 0.223 0.125 0.153 0.058 0.021 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 98 L 0.004 0.026 0.022 0.012 0.023 0.051 0.141 0.147 0.184 0.222 0.167 99 P 0.051 0.095 0.092 0.188 0.242 0.150 0.128 0.036 0.013 0.004 0.002 100 E 0.840 0.033 0.113 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.063 0.074 0.123 0.360 0.230 0.082 0.053 0.012 0.003 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.034 0.103 0.230 0.298 0.320 103 K 0.003 0.009 0.144 0.181 0.298 0.222 0.101 0.029 0.008 0.004 0.001 104 D 0.001 0.008 0.946 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.004 0.007 0.047 0.079 0.126 0.238 0.315 0.124 0.039 0.017 0.005 106 F 0.005 0.002 0.005 0.004 0.006 0.017 0.106 0.157 0.270 0.278 0.150 107 T 0.018 0.085 0.643 0.186 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.054 0.050 0.416 0.119 0.116 0.084 0.095 0.038 0.015 0.009 0.004 109 K 0.364 0.221 0.112 0.107 0.066 0.046 0.046 0.022 0.010 0.004 0.002