# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.056 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.019 0.078 0.547 2 E 0.028 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.008 0.158 0.673 3 R 0.047 0.016 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.008 0.062 0.761 4 A 0.067 0.056 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.175 0.010 0.143 0.526 5 S 0.126 0.051 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.076 0.015 0.130 0.575 6 L 0.154 0.121 0.012 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.004 0.003 0.003 0.007 0.010 0.007 0.004 0.217 0.023 0.106 0.312 7 N 0.069 0.127 0.009 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.008 0.018 0.003 0.007 0.006 0.004 0.003 0.138 0.024 0.147 0.418 8 R 0.042 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.102 0.013 0.070 0.705 9 I 0.040 0.037 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 0.013 0.436 0.365 10 G 0.180 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.041 0.297 0.306 11 K 0.219 0.071 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.045 0.118 0.359 12 D 0.118 0.019 0.006 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.016 0.186 0.511 13 V 0.070 0.008 0.005 0.001 0.006 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.007 0.103 0.712 14 Y 0.023 0.004 0.007 0.002 0.007 0.009 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.683 0.005 0.058 0.167 15 Y 0.004 0.002 0.002 0.001 0.010 0.007 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.525 0.001 0.055 0.362 16 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.007 0.868 0.001 0.018 0.069 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.055 0.110 0.075 0.015 0.589 0.001 0.032 0.111 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.002 0.082 0.014 0.008 0.009 0.712 0.001 0.015 0.120 19 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.136 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.499 0.001 0.036 0.236 20 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.086 0.741 21 E 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.079 0.866 22 G 0.165 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.047 0.087 0.610 23 T 0.186 0.008 0.035 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.119 0.007 0.269 0.352 24 I 0.011 0.011 0.004 0.007 0.134 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.005 0.120 0.002 0.081 0.578 25 E 0.007 0.005 0.001 0.003 0.095 0.223 0.056 0.022 0.001 0.001 0.004 0.005 0.050 0.118 0.053 0.014 0.079 0.003 0.052 0.208 26 K 0.016 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.005 0.002 0.005 0.026 0.003 0.051 0.052 0.032 0.011 0.037 0.004 0.057 0.665 27 V 0.042 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 0.186 0.055 0.009 0.030 0.008 0.003 0.005 0.273 0.007 0.070 0.241 28 D 0.021 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.070 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.008 0.174 0.444 29 G 0.041 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.028 0.133 0.687 30 R 0.111 0.018 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.068 0.195 0.546 31 N 0.218 0.011 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.031 0.237 0.411 32 L 0.061 0.018 0.022 0.012 0.042 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.006 0.174 0.463 33 R 0.010 0.006 0.003 0.003 0.086 0.059 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.494 0.002 0.117 0.189 34 N 0.015 0.005 0.002 0.001 0.022 0.057 0.050 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.338 0.003 0.066 0.420 35 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.001 0.013 0.053 36 T 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.485 0.004 0.069 0.396 37 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.806 0.002 0.027 0.143 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.005 0.001 0.003 0.981 39 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.121 0.539 0.174 0.007 0.066 0.001 0.013 0.070 40 Y 0.044 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.153 0.003 0.178 0.023 0.011 0.003 0.172 0.003 0.057 0.317 41 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.847 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.025 42 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.320 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.137 0.468 43 D 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.037 0.652 0.252 44 G 0.472 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.410 0.031 0.064 45 V 0.188 0.013 0.044 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.006 0.528 0.153 46 K 0.004 0.004 0.003 0.005 0.254 0.027 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.001 0.124 0.471 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.742 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.006 0.017 48 Q 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.274 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.185 0.003 0.050 0.421 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.001 0.007 0.022 50 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.004 0.791 0.001 0.034 0.144 51 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.007 0.757 0.001 0.025 0.180 52 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.780 0.001 0.057 0.138 53 S 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.007 0.004 0.220 0.003 0.107 0.625 54 T 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.010 0.019 0.013 0.005 0.195 0.010 0.157 0.535 55 K 0.096 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.003 0.028 0.011 0.004 0.003 0.069 0.024 0.136 0.591 56 K 0.086 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.066 0.018 0.319 0.421 57 E 0.078 0.053 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.022 0.191 0.540 58 N 0.076 0.073 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.023 0.136 0.638 59 D 0.077 0.045 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.071 0.714 60 H 0.200 0.040 0.072 0.006 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.037 0.242 0.365 61 K 0.061 0.050 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.237 0.601 62 L 0.094 0.092 0.010 0.005 0.025 0.017 0.008 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.144 0.014 0.157 0.412 63 N 0.069 0.117 0.003 0.002 0.004 0.011 0.005 0.004 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.016 0.148 0.488 64 K 0.118 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.020 0.099 0.515 65 Y 0.126 0.099 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.019 0.090 0.460 66 A 0.100 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.014 0.088 0.179 67 F 0.067 0.023 0.011 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.504 0.008 0.074 0.301 68 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.001 0.010 0.028 69 R 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.817 0.002 0.027 0.130 70 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.005 0.915 0.001 0.011 0.044 71 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.039 0.052 0.012 0.765 0.001 0.028 0.077 72 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.007 0.056 0.070 0.050 0.019 0.633 0.002 0.023 0.114 73 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.091 0.011 0.038 0.042 0.024 0.011 0.305 0.002 0.109 0.317 74 Q 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.050 0.041 0.012 0.024 0.016 0.007 0.005 0.161 0.008 0.185 0.439 75 D 0.031 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.019 0.039 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.027 0.023 0.251 0.571 76 D 0.092 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.033 0.095 0.268 0.423 77 N 0.078 0.020 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.048 0.318 0.462 78 S 0.059 0.015 0.035 0.011 0.010 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.426 0.384 79 K 0.071 0.019 0.020 0.010 0.020 0.019 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.112 0.669 80 N 0.092 0.023 0.019 0.011 0.026 0.043 0.069 0.016 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.037 0.017 0.248 0.381 81 E 0.080 0.020 0.004 0.005 0.018 0.032 0.029 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.009 0.166 0.562 82 I 0.086 0.038 0.006 0.004 0.012 0.031 0.057 0.016 0.009 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.152 0.011 0.171 0.393 83 S 0.059 0.030 0.002 0.002 0.002 0.011 0.019 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.012 0.170 0.400 84 S 0.073 0.019 0.002 0.001 0.002 0.003 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.009 0.120 0.546 85 I 0.081 0.018 0.005 0.001 0.002 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.360 0.009 0.089 0.411 86 E 0.014 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.480 0.003 0.168 0.304 87 V 0.010 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.204 0.002 0.030 0.734 88 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.849 0.001 0.036 0.097 89 S 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.002 0.075 0.722 90 Y 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.495 0.004 0.063 0.410 91 E 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.002 0.351 0.427 92 E 0.050 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.058 0.004 0.108 0.756 93 I 0.082 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 0.006 0.001 0.001 0.509 0.004 0.053 0.202 94 Q 0.012 0.259 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.003 0.070 0.553 95 K 0.039 0.162 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.010 0.022 0.411 96 A 0.034 0.424 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.136 0.357 97 D 0.731 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.091 0.015 0.134 98 L 0.211 0.081 0.405 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.037 0.247 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 100 E 0.008 0.020 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.035 0.910 101 K 0.042 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.778 102 V 0.127 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.020 0.234 103 K 0.032 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.005 0.081 104 D 0.053 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.004 0.083 105 K 0.182 0.650 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 0.002 0.087 106 F 0.113 0.684 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.039 0.006 0.062 107 T 0.074 0.500 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.032 0.041 0.223 108 I 0.137 0.312 0.063 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.032 0.030 0.333 109 K 0.049 0.220 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.010 0.104 0.461