# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.031 0.007 0.038 0.027 0.041 0.127 0.002 0.001 0.005 0.616 2 E 0.029 0.015 0.002 0.032 0.019 0.025 0.104 0.001 0.001 0.002 0.771 3 R 0.059 0.028 0.004 0.052 0.036 0.070 0.073 0.001 0.001 0.003 0.673 4 A 0.075 0.074 0.003 0.068 0.045 0.084 0.171 0.002 0.001 0.006 0.471 5 S 0.168 0.083 0.007 0.057 0.035 0.065 0.143 0.004 0.001 0.007 0.431 6 L 0.208 0.218 0.015 0.066 0.034 0.074 0.075 0.009 0.001 0.008 0.294 7 N 0.150 0.159 0.012 0.061 0.084 0.141 0.104 0.014 0.001 0.009 0.265 8 R 0.059 0.044 0.006 0.024 0.021 0.035 0.043 0.006 0.001 0.004 0.758 9 I 0.063 0.056 0.024 0.032 0.059 0.111 0.222 0.006 0.001 0.012 0.414 10 G 0.148 0.032 0.024 0.029 0.054 0.077 0.206 0.005 0.001 0.022 0.403 11 K 0.117 0.028 0.025 0.032 0.090 0.110 0.081 0.003 0.001 0.010 0.504 12 D 0.027 0.004 0.003 0.046 0.064 0.064 0.078 0.001 0.001 0.003 0.711 13 V 0.083 0.002 0.004 0.042 0.101 0.141 0.079 0.001 0.001 0.004 0.544 14 Y 0.026 0.002 0.002 0.126 0.320 0.302 0.066 0.001 0.001 0.001 0.156 15 Y 0.002 0.001 0.001 0.052 0.304 0.494 0.026 0.001 0.001 0.001 0.120 16 M 0.001 0.001 0.001 0.071 0.446 0.417 0.007 0.001 0.001 0.001 0.055 17 Q 0.001 0.001 0.001 0.040 0.408 0.427 0.011 0.001 0.001 0.001 0.113 18 I 0.001 0.001 0.001 0.029 0.377 0.493 0.013 0.001 0.001 0.001 0.086 19 K 0.001 0.001 0.001 0.030 0.237 0.476 0.043 0.001 0.001 0.001 0.212 20 G 0.003 0.001 0.001 0.031 0.066 0.141 0.096 0.001 0.001 0.003 0.659 21 E 0.028 0.001 0.001 0.022 0.020 0.029 0.148 0.001 0.001 0.012 0.740 22 G 0.099 0.001 0.001 0.014 0.028 0.029 0.151 0.001 0.001 0.017 0.659 23 T 0.071 0.003 0.002 0.016 0.049 0.051 0.157 0.001 0.001 0.008 0.644 24 I 0.021 0.004 0.001 0.017 0.091 0.205 0.048 0.001 0.001 0.003 0.609 25 E 0.010 0.006 0.001 0.020 0.210 0.358 0.084 0.001 0.001 0.004 0.307 26 K 0.023 0.003 0.001 0.013 0.087 0.186 0.032 0.001 0.001 0.003 0.651 27 V 0.049 0.011 0.003 0.031 0.213 0.331 0.058 0.001 0.001 0.004 0.300 28 D 0.033 0.011 0.003 0.023 0.084 0.114 0.110 0.001 0.001 0.006 0.614 29 G 0.094 0.012 0.006 0.030 0.051 0.095 0.087 0.001 0.001 0.020 0.604 30 R 0.107 0.004 0.005 0.022 0.029 0.038 0.272 0.001 0.001 0.027 0.495 31 N 0.289 0.004 0.006 0.017 0.072 0.052 0.166 0.001 0.001 0.014 0.379 32 L 0.042 0.006 0.009 0.038 0.098 0.161 0.094 0.001 0.001 0.005 0.547 33 R 0.009 0.003 0.002 0.042 0.322 0.522 0.037 0.001 0.001 0.002 0.061 34 N 0.012 0.003 0.001 0.057 0.175 0.325 0.049 0.001 0.001 0.002 0.377 35 Y 0.011 0.002 0.001 0.059 0.390 0.463 0.013 0.001 0.001 0.001 0.059 36 T 0.008 0.002 0.001 0.069 0.183 0.324 0.065 0.001 0.001 0.002 0.345 37 L 0.010 0.001 0.001 0.033 0.358 0.460 0.019 0.001 0.001 0.001 0.117 38 P 0.001 0.001 0.001 0.018 0.039 0.102 0.022 0.001 0.001 0.001 0.817 39 A 0.008 0.001 0.001 0.029 0.277 0.456 0.031 0.001 0.001 0.002 0.195 40 Y 0.017 0.004 0.001 0.019 0.121 0.139 0.084 0.001 0.001 0.006 0.608 41 D 0.018 0.004 0.004 0.042 0.248 0.437 0.046 0.001 0.001 0.005 0.196 42 E 0.019 0.011 0.002 0.046 0.098 0.111 0.236 0.001 0.001 0.007 0.469 43 D 0.008 0.005 0.001 0.016 0.020 0.027 0.410 0.001 0.001 0.047 0.465 44 G 0.399 0.003 0.009 0.005 0.031 0.042 0.076 0.001 0.001 0.359 0.075 45 V 0.382 0.009 0.018 0.018 0.042 0.035 0.295 0.001 0.001 0.019 0.181 46 K 0.007 0.002 0.003 0.044 0.102 0.169 0.072 0.001 0.001 0.001 0.601 47 K 0.005 0.001 0.001 0.020 0.438 0.477 0.014 0.001 0.001 0.002 0.043 48 Q 0.010 0.001 0.001 0.047 0.125 0.267 0.047 0.001 0.001 0.001 0.502 49 I 0.009 0.001 0.001 0.132 0.379 0.397 0.013 0.001 0.001 0.001 0.066 50 T 0.002 0.001 0.001 0.094 0.290 0.328 0.040 0.001 0.001 0.001 0.245 51 F 0.001 0.001 0.001 0.084 0.350 0.400 0.021 0.001 0.001 0.001 0.141 52 R 0.002 0.001 0.001 0.082 0.229 0.417 0.070 0.001 0.001 0.002 0.196 53 S 0.006 0.002 0.001 0.060 0.123 0.221 0.113 0.001 0.001 0.006 0.469 54 T 0.016 0.004 0.001 0.060 0.062 0.105 0.197 0.001 0.001 0.009 0.544 55 K 0.042 0.006 0.002 0.026 0.033 0.066 0.225 0.001 0.001 0.022 0.576 56 K 0.087 0.014 0.004 0.025 0.027 0.046 0.327 0.001 0.001 0.020 0.448 57 E 0.048 0.018 0.003 0.015 0.019 0.029 0.178 0.001 0.001 0.007 0.682 58 N 0.062 0.038 0.004 0.014 0.042 0.053 0.177 0.002 0.001 0.009 0.598 59 D 0.098 0.043 0.005 0.013 0.016 0.025 0.121 0.002 0.001 0.013 0.663 60 H 0.148 0.072 0.015 0.015 0.036 0.057 0.230 0.003 0.001 0.019 0.405 61 K 0.059 0.027 0.004 0.012 0.018 0.021 0.273 0.002 0.001 0.005 0.578 62 L 0.116 0.093 0.021 0.018 0.065 0.106 0.080 0.004 0.001 0.007 0.490 63 N 0.045 0.087 0.012 0.025 0.055 0.079 0.168 0.003 0.001 0.006 0.520 64 K 0.095 0.077 0.009 0.014 0.036 0.066 0.075 0.002 0.001 0.006 0.621 65 Y 0.131 0.063 0.011 0.029 0.085 0.163 0.096 0.002 0.001 0.009 0.411 66 A 0.201 0.052 0.012 0.030 0.211 0.188 0.090 0.002 0.001 0.004 0.209 67 F 0.025 0.044 0.006 0.050 0.254 0.309 0.048 0.001 0.001 0.001 0.261 68 L 0.005 0.011 0.002 0.032 0.433 0.484 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 69 R 0.003 0.011 0.001 0.036 0.351 0.528 0.014 0.001 0.001 0.001 0.057 70 L 0.002 0.006 0.001 0.031 0.418 0.497 0.006 0.001 0.001 0.001 0.040 71 Y 0.002 0.005 0.001 0.026 0.349 0.551 0.009 0.001 0.001 0.001 0.056 72 V 0.002 0.006 0.001 0.044 0.367 0.477 0.017 0.001 0.001 0.001 0.085 73 D 0.003 0.005 0.002 0.028 0.315 0.435 0.040 0.001 0.001 0.002 0.171 74 Q 0.009 0.004 0.003 0.036 0.143 0.315 0.084 0.001 0.001 0.005 0.400 75 D 0.024 0.004 0.002 0.031 0.046 0.063 0.252 0.001 0.001 0.011 0.566 76 D 0.038 0.004 0.002 0.013 0.012 0.015 0.191 0.001 0.001 0.019 0.707 77 N 0.126 0.011 0.007 0.014 0.014 0.018 0.319 0.002 0.001 0.079 0.411 78 S 0.154 0.015 0.008 0.012 0.012 0.013 0.426 0.001 0.001 0.039 0.319 79 K 0.052 0.024 0.004 0.020 0.017 0.020 0.280 0.001 0.001 0.018 0.562 80 N 0.047 0.023 0.007 0.024 0.070 0.080 0.333 0.002 0.001 0.044 0.372 81 E 0.217 0.032 0.008 0.030 0.081 0.106 0.213 0.003 0.001 0.028 0.280 82 I 0.085 0.045 0.026 0.089 0.094 0.183 0.123 0.002 0.001 0.008 0.344 83 S 0.018 0.017 0.002 0.081 0.173 0.201 0.185 0.001 0.001 0.004 0.318 84 S 0.078 0.009 0.005 0.051 0.086 0.117 0.057 0.002 0.001 0.012 0.585 85 I 0.168 0.010 0.015 0.235 0.137 0.171 0.041 0.001 0.001 0.007 0.214 86 E 0.010 0.004 0.004 0.141 0.131 0.104 0.310 0.001 0.001 0.002 0.293 87 V 0.013 0.003 0.007 0.171 0.210 0.298 0.041 0.001 0.001 0.004 0.253 88 K 0.006 0.005 0.001 0.175 0.277 0.362 0.058 0.001 0.001 0.003 0.113 89 S 0.004 0.003 0.001 0.050 0.059 0.082 0.114 0.001 0.001 0.001 0.686 90 Y 0.017 0.013 0.001 0.084 0.066 0.214 0.091 0.001 0.001 0.004 0.511 91 E 0.018 0.020 0.001 0.027 0.050 0.114 0.398 0.001 0.001 0.009 0.363 92 E 0.067 0.039 0.001 0.013 0.013 0.025 0.348 0.001 0.001 0.005 0.488 93 I 0.092 0.351 0.008 0.019 0.065 0.095 0.098 0.004 0.001 0.004 0.263 94 Q 0.022 0.586 0.011 0.005 0.070 0.073 0.038 0.005 0.001 0.001 0.186 95 K 0.025 0.570 0.002 0.006 0.025 0.053 0.009 0.010 0.001 0.001 0.298 96 A 0.196 0.373 0.006 0.014 0.033 0.099 0.021 0.019 0.001 0.003 0.236 97 D 0.544 0.113 0.016 0.010 0.007 0.015 0.039 0.046 0.001 0.004 0.206 98 L 0.152 0.219 0.413 0.004 0.010 0.007 0.047 0.015 0.001 0.005 0.127 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 100 E 0.015 0.003 0.001 0.007 0.002 0.016 0.060 0.001 0.001 0.001 0.896 101 K 0.339 0.024 0.001 0.007 0.001 0.001 0.103 0.001 0.001 0.003 0.521 102 V 0.479 0.150 0.005 0.006 0.002 0.003 0.038 0.002 0.001 0.001 0.314 103 K 0.132 0.365 0.018 0.022 0.005 0.011 0.037 0.005 0.001 0.002 0.404 104 D 0.067 0.409 0.002 0.018 0.004 0.008 0.034 0.007 0.001 0.001 0.449 105 K 0.239 0.513 0.002 0.009 0.002 0.004 0.014 0.012 0.001 0.001 0.203 106 F 0.194 0.597 0.011 0.018 0.005 0.008 0.020 0.021 0.001 0.001 0.124 107 T 0.083 0.367 0.018 0.018 0.012 0.016 0.042 0.030 0.001 0.002 0.410 108 I 0.093 0.247 0.046 0.033 0.012 0.024 0.028 0.016 0.001 0.002 0.498 109 K 0.063 0.188 0.008 0.045 0.020 0.032 0.093 0.012 0.001 0.004 0.536