# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.029 0.059 0.056 0.087 0.075 0.011 0.610 2 E 0.022 0.007 0.017 0.016 0.033 0.097 0.004 0.804 3 R 0.030 0.014 0.033 0.039 0.067 0.075 0.004 0.739 4 A 0.062 0.042 0.062 0.077 0.112 0.161 0.008 0.477 5 S 0.107 0.058 0.040 0.046 0.068 0.166 0.009 0.505 6 L 0.141 0.134 0.072 0.070 0.148 0.082 0.018 0.336 7 N 0.108 0.106 0.042 0.142 0.142 0.123 0.018 0.320 8 R 0.056 0.053 0.026 0.052 0.056 0.050 0.011 0.696 9 I 0.068 0.068 0.040 0.064 0.104 0.164 0.021 0.473 10 G 0.194 0.047 0.040 0.105 0.122 0.109 0.024 0.359 11 K 0.073 0.024 0.041 0.057 0.073 0.064 0.011 0.657 12 D 0.032 0.005 0.028 0.054 0.069 0.048 0.005 0.759 13 V 0.061 0.003 0.067 0.052 0.094 0.046 0.007 0.670 14 Y 0.023 0.002 0.119 0.301 0.377 0.024 0.002 0.152 15 Y 0.008 0.001 0.180 0.246 0.397 0.028 0.001 0.137 16 M 0.004 0.001 0.122 0.457 0.334 0.009 0.001 0.073 17 Q 0.001 0.001 0.139 0.237 0.405 0.012 0.001 0.207 18 I 0.001 0.001 0.046 0.275 0.464 0.014 0.001 0.199 19 K 0.002 0.001 0.037 0.241 0.478 0.042 0.001 0.200 20 G 0.011 0.001 0.020 0.065 0.168 0.069 0.002 0.664 21 E 0.017 0.001 0.008 0.018 0.042 0.086 0.006 0.822 22 G 0.110 0.002 0.011 0.035 0.060 0.082 0.023 0.678 23 T 0.122 0.003 0.015 0.052 0.064 0.317 0.010 0.418 24 I 0.015 0.003 0.015 0.087 0.167 0.048 0.001 0.664 25 E 0.011 0.005 0.019 0.163 0.429 0.102 0.002 0.269 26 K 0.025 0.005 0.010 0.075 0.166 0.047 0.002 0.671 27 V 0.047 0.021 0.033 0.126 0.267 0.082 0.006 0.418 28 D 0.032 0.017 0.017 0.077 0.106 0.110 0.007 0.633 29 G 0.060 0.014 0.019 0.038 0.068 0.077 0.019 0.705 30 R 0.142 0.014 0.031 0.040 0.056 0.251 0.031 0.436 31 N 0.157 0.012 0.036 0.077 0.076 0.217 0.024 0.402 32 L 0.061 0.016 0.054 0.110 0.160 0.108 0.009 0.483 33 R 0.018 0.010 0.040 0.356 0.390 0.061 0.002 0.124 34 N 0.023 0.016 0.054 0.221 0.354 0.058 0.004 0.270 35 Y 0.024 0.008 0.051 0.407 0.402 0.022 0.002 0.084 36 T 0.015 0.011 0.058 0.206 0.396 0.077 0.004 0.234 37 L 0.008 0.003 0.026 0.330 0.528 0.021 0.001 0.083 38 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.983 39 A 0.008 0.001 0.008 0.263 0.490 0.023 0.001 0.207 40 Y 0.107 0.007 0.032 0.124 0.244 0.113 0.005 0.369 41 D 0.015 0.009 0.007 0.526 0.354 0.018 0.002 0.069 42 E 0.018 0.013 0.015 0.060 0.114 0.093 0.004 0.683 43 D 0.006 0.004 0.002 0.011 0.009 0.901 0.006 0.061 44 G 0.686 0.003 0.001 0.002 0.003 0.009 0.262 0.033 45 V 0.113 0.022 0.027 0.055 0.022 0.668 0.009 0.084 46 K 0.004 0.003 0.010 0.030 0.062 0.066 0.001 0.824 47 K 0.008 0.001 0.006 0.277 0.670 0.008 0.001 0.030 48 Q 0.011 0.003 0.029 0.187 0.372 0.027 0.001 0.370 49 I 0.005 0.002 0.039 0.423 0.463 0.008 0.001 0.060 50 T 0.003 0.002 0.079 0.260 0.537 0.016 0.001 0.101 51 F 0.003 0.001 0.050 0.320 0.449 0.009 0.001 0.168 52 R 0.003 0.003 0.071 0.256 0.479 0.065 0.001 0.121 53 S 0.020 0.006 0.056 0.114 0.183 0.193 0.003 0.424 54 T 0.035 0.015 0.040 0.080 0.176 0.158 0.010 0.486 55 K 0.072 0.018 0.016 0.036 0.072 0.156 0.011 0.619 56 K 0.088 0.058 0.020 0.062 0.099 0.230 0.014 0.430 57 E 0.101 0.109 0.016 0.030 0.071 0.208 0.018 0.448 58 N 0.150 0.144 0.020 0.035 0.069 0.123 0.032 0.426 59 D 0.171 0.098 0.021 0.018 0.028 0.058 0.030 0.576 60 H 0.108 0.101 0.026 0.041 0.036 0.185 0.021 0.481 61 K 0.100 0.067 0.010 0.017 0.023 0.282 0.014 0.486 62 L 0.123 0.205 0.034 0.046 0.082 0.080 0.015 0.414 63 N 0.064 0.190 0.046 0.045 0.067 0.180 0.011 0.398 64 K 0.070 0.089 0.025 0.028 0.038 0.068 0.010 0.673 65 Y 0.121 0.156 0.074 0.046 0.098 0.057 0.029 0.418 66 A 0.163 0.089 0.089 0.206 0.168 0.049 0.019 0.217 67 F 0.028 0.069 0.169 0.192 0.284 0.036 0.009 0.212 68 L 0.012 0.014 0.079 0.410 0.434 0.012 0.002 0.036 69 R 0.006 0.011 0.103 0.324 0.452 0.011 0.002 0.090 70 L 0.004 0.004 0.056 0.428 0.449 0.009 0.001 0.049 71 Y 0.002 0.005 0.041 0.294 0.574 0.010 0.001 0.073 72 V 0.004 0.004 0.022 0.311 0.580 0.010 0.001 0.068 73 D 0.005 0.005 0.014 0.257 0.509 0.031 0.003 0.177 74 Q 0.029 0.008 0.017 0.158 0.331 0.097 0.012 0.349 75 D 0.049 0.007 0.011 0.055 0.092 0.277 0.020 0.490 76 D 0.065 0.007 0.006 0.021 0.028 0.199 0.028 0.647 77 N 0.105 0.013 0.012 0.020 0.022 0.292 0.037 0.499 78 S 0.099 0.010 0.009 0.016 0.021 0.437 0.016 0.393 79 K 0.076 0.013 0.015 0.023 0.036 0.266 0.014 0.557 80 N 0.138 0.018 0.034 0.089 0.134 0.207 0.013 0.365 81 E 0.086 0.014 0.029 0.066 0.082 0.205 0.007 0.510 82 I 0.030 0.015 0.054 0.123 0.164 0.081 0.005 0.527 83 S 0.030 0.010 0.035 0.072 0.117 0.270 0.006 0.459 84 S 0.069 0.011 0.044 0.063 0.092 0.244 0.013 0.464 85 I 0.147 0.016 0.140 0.136 0.151 0.073 0.017 0.320 86 E 0.022 0.008 0.077 0.192 0.122 0.303 0.004 0.272 87 V 0.005 0.003 0.031 0.112 0.204 0.012 0.001 0.632 88 K 0.007 0.007 0.056 0.248 0.508 0.066 0.001 0.106 89 S 0.021 0.008 0.027 0.144 0.218 0.081 0.003 0.499 90 Y 0.015 0.017 0.019 0.103 0.287 0.018 0.003 0.537 91 E 0.016 0.023 0.010 0.138 0.155 0.483 0.003 0.172 92 E 0.048 0.044 0.006 0.064 0.106 0.195 0.005 0.532 93 I 0.034 0.246 0.026 0.164 0.414 0.017 0.003 0.096 94 Q 0.020 0.497 0.037 0.098 0.221 0.019 0.004 0.104 95 K 0.075 0.435 0.008 0.029 0.081 0.011 0.010 0.350 96 A 0.081 0.592 0.008 0.018 0.039 0.040 0.029 0.193 97 D 0.390 0.142 0.006 0.006 0.015 0.034 0.121 0.286 98 L 0.315 0.159 0.067 0.010 0.012 0.067 0.039 0.331 99 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 100 E 0.017 0.025 0.005 0.005 0.009 0.107 0.002 0.830 101 K 0.111 0.156 0.017 0.003 0.004 0.127 0.004 0.579 102 V 0.153 0.501 0.015 0.007 0.015 0.030 0.006 0.274 103 K 0.029 0.867 0.023 0.004 0.008 0.007 0.002 0.059 104 D 0.053 0.714 0.006 0.004 0.007 0.021 0.013 0.182 105 K 0.170 0.690 0.006 0.002 0.004 0.008 0.030 0.091 106 F 0.078 0.735 0.052 0.009 0.010 0.010 0.024 0.082 107 T 0.074 0.414 0.075 0.030 0.027 0.087 0.034 0.260 108 I 0.118 0.310 0.094 0.040 0.039 0.026 0.017 0.355 109 K 0.062 0.201 0.079 0.035 0.043 0.067 0.017 0.495