# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.318 0.278 0.076 0.128 0.022 0.019 0.006 0.027 0.007 0.001 2 E 0.154 0.205 0.367 0.070 0.044 0.081 0.035 0.006 0.028 0.006 0.004 3 R 0.313 0.297 0.234 0.065 0.032 0.027 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 4 A 0.369 0.178 0.200 0.142 0.034 0.030 0.024 0.005 0.012 0.003 0.002 5 S 0.225 0.271 0.144 0.147 0.103 0.032 0.041 0.007 0.026 0.003 0.001 6 L 0.161 0.364 0.239 0.114 0.044 0.034 0.011 0.001 0.029 0.001 0.001 7 N 0.114 0.184 0.405 0.078 0.057 0.064 0.032 0.007 0.045 0.011 0.003 8 R 0.512 0.087 0.223 0.081 0.022 0.031 0.014 0.004 0.016 0.006 0.004 9 I 0.250 0.234 0.173 0.263 0.017 0.013 0.030 0.001 0.017 0.001 0.001 10 G 0.052 0.066 0.166 0.043 0.153 0.023 0.162 0.219 0.019 0.093 0.002 11 K 0.077 0.320 0.355 0.083 0.076 0.018 0.036 0.010 0.017 0.006 0.003 12 D 0.031 0.401 0.368 0.059 0.068 0.039 0.014 0.005 0.012 0.002 0.001 13 V 0.014 0.637 0.174 0.058 0.083 0.016 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 14 Y 0.002 0.744 0.101 0.006 0.133 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.815 0.079 0.003 0.084 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 16 M 0.001 0.851 0.047 0.001 0.093 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.826 0.107 0.001 0.031 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 18 I 0.004 0.749 0.156 0.002 0.013 0.045 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 19 K 0.043 0.412 0.381 0.048 0.028 0.035 0.020 0.001 0.026 0.003 0.003 20 G 0.051 0.063 0.111 0.023 0.227 0.014 0.034 0.114 0.018 0.342 0.002 21 E 0.131 0.196 0.331 0.184 0.024 0.016 0.085 0.003 0.021 0.002 0.008 22 G 0.034 0.038 0.090 0.026 0.216 0.011 0.065 0.380 0.005 0.133 0.002 23 T 0.082 0.339 0.396 0.072 0.044 0.037 0.009 0.002 0.015 0.002 0.002 24 I 0.050 0.467 0.349 0.034 0.034 0.033 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 25 E 0.188 0.296 0.344 0.037 0.029 0.070 0.006 0.001 0.022 0.003 0.005 26 K 0.258 0.248 0.283 0.063 0.068 0.037 0.013 0.004 0.021 0.003 0.003 27 V 0.244 0.419 0.186 0.056 0.041 0.016 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 28 D 0.087 0.153 0.270 0.243 0.034 0.037 0.125 0.007 0.033 0.006 0.006 29 G 0.010 0.005 0.016 0.010 0.062 0.003 0.041 0.569 0.002 0.283 0.001 30 R 0.098 0.162 0.218 0.311 0.052 0.021 0.089 0.025 0.013 0.008 0.003 31 N 0.033 0.361 0.329 0.076 0.111 0.034 0.025 0.009 0.018 0.003 0.001 32 L 0.039 0.517 0.306 0.052 0.043 0.021 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 33 R 0.013 0.629 0.161 0.022 0.151 0.008 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 34 N 0.011 0.664 0.150 0.017 0.101 0.026 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 35 Y 0.004 0.718 0.135 0.010 0.106 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 36 T 0.009 0.695 0.195 0.015 0.025 0.040 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 37 L 0.005 0.673 0.201 0.002 0.023 0.022 0.003 0.001 0.070 0.001 0.001 38 P 0.094 0.053 0.720 0.017 0.031 0.036 0.007 0.001 0.005 0.009 0.027 39 A 0.061 0.313 0.175 0.061 0.309 0.019 0.018 0.014 0.023 0.005 0.002 40 Y 0.029 0.575 0.212 0.039 0.071 0.039 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 41 D 0.042 0.187 0.438 0.022 0.076 0.124 0.018 0.003 0.072 0.012 0.005 42 E 0.932 0.017 0.023 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 D 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.202 0.785 0.001 0.010 0.001 45 V 0.012 0.205 0.701 0.031 0.007 0.024 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 46 K 0.028 0.411 0.463 0.051 0.004 0.038 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 47 K 0.027 0.635 0.136 0.068 0.104 0.018 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 48 Q 0.002 0.803 0.047 0.004 0.128 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 49 I 0.001 0.857 0.076 0.001 0.049 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 50 T 0.003 0.767 0.136 0.003 0.053 0.022 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 51 F 0.005 0.728 0.118 0.008 0.098 0.021 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 52 R 0.037 0.498 0.181 0.042 0.106 0.071 0.030 0.003 0.026 0.004 0.002 53 S 0.133 0.390 0.176 0.045 0.175 0.015 0.018 0.007 0.030 0.011 0.001 54 T 0.249 0.232 0.190 0.211 0.035 0.032 0.024 0.002 0.020 0.002 0.003 55 K 0.173 0.221 0.180 0.150 0.095 0.039 0.092 0.016 0.026 0.006 0.002 56 K 0.147 0.313 0.347 0.036 0.056 0.032 0.018 0.003 0.040 0.006 0.002 57 E 0.387 0.110 0.347 0.075 0.014 0.029 0.013 0.001 0.014 0.003 0.007 58 N 0.326 0.076 0.126 0.213 0.094 0.040 0.034 0.046 0.017 0.027 0.002 59 D 0.329 0.058 0.076 0.407 0.027 0.030 0.045 0.013 0.011 0.003 0.002 60 H 0.291 0.147 0.126 0.308 0.050 0.017 0.037 0.006 0.015 0.002 0.001 61 K 0.226 0.183 0.198 0.193 0.021 0.067 0.083 0.004 0.022 0.001 0.002 62 L 0.104 0.360 0.332 0.095 0.036 0.027 0.019 0.001 0.025 0.001 0.001 63 N 0.104 0.241 0.425 0.029 0.059 0.053 0.021 0.007 0.040 0.017 0.003 64 K 0.310 0.179 0.346 0.096 0.022 0.021 0.009 0.001 0.013 0.002 0.003 65 Y 0.101 0.183 0.158 0.276 0.091 0.038 0.103 0.028 0.016 0.005 0.001 66 A 0.035 0.424 0.258 0.046 0.190 0.011 0.016 0.004 0.014 0.001 0.001 67 F 0.013 0.683 0.198 0.019 0.061 0.012 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 68 L 0.001 0.848 0.065 0.003 0.069 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 69 R 0.001 0.845 0.058 0.001 0.081 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 70 L 0.001 0.824 0.118 0.001 0.016 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 71 Y 0.010 0.683 0.161 0.005 0.048 0.065 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 72 V 0.028 0.658 0.181 0.013 0.077 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 73 D 0.081 0.185 0.311 0.061 0.064 0.197 0.042 0.007 0.033 0.013 0.007 74 Q 0.302 0.223 0.175 0.112 0.077 0.024 0.029 0.010 0.036 0.011 0.002 75 D 0.528 0.118 0.126 0.107 0.027 0.014 0.038 0.009 0.016 0.013 0.004 76 D 0.204 0.063 0.071 0.514 0.044 0.014 0.058 0.013 0.010 0.006 0.002 77 N 0.088 0.052 0.087 0.144 0.072 0.017 0.318 0.159 0.021 0.042 0.002 78 S 0.210 0.145 0.373 0.092 0.052 0.030 0.043 0.017 0.019 0.016 0.003 79 K 0.348 0.142 0.213 0.217 0.013 0.022 0.027 0.003 0.010 0.002 0.004 80 N 0.135 0.229 0.255 0.168 0.096 0.046 0.035 0.011 0.021 0.004 0.001 81 E 0.198 0.251 0.314 0.111 0.023 0.061 0.021 0.002 0.015 0.001 0.002 82 I 0.098 0.431 0.278 0.102 0.034 0.025 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 83 S 0.198 0.194 0.284 0.096 0.086 0.057 0.038 0.009 0.025 0.011 0.002 84 S 0.118 0.282 0.228 0.154 0.107 0.044 0.041 0.007 0.017 0.002 0.001 85 I 0.057 0.599 0.221 0.028 0.053 0.024 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 86 E 0.049 0.590 0.233 0.022 0.031 0.047 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 87 V 0.016 0.723 0.166 0.010 0.026 0.042 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 88 K 0.033 0.659 0.139 0.023 0.105 0.022 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 89 S 0.015 0.404 0.276 0.023 0.142 0.055 0.021 0.001 0.060 0.002 0.001 90 Y 0.143 0.304 0.376 0.044 0.041 0.076 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 91 E 0.335 0.370 0.099 0.150 0.016 0.016 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 92 E 0.090 0.618 0.109 0.042 0.097 0.014 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 93 I 0.077 0.630 0.171 0.023 0.040 0.034 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 94 Q 0.085 0.214 0.503 0.016 0.030 0.086 0.005 0.001 0.057 0.002 0.001 95 K 0.773 0.027 0.142 0.032 0.004 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 96 A 0.777 0.050 0.057 0.083 0.008 0.007 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 97 D 0.348 0.052 0.073 0.466 0.019 0.016 0.016 0.004 0.005 0.001 0.001 98 L 0.051 0.215 0.365 0.008 0.038 0.015 0.004 0.001 0.301 0.002 0.001 99 P 0.376 0.001 0.583 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 100 E 0.976 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.951 0.007 0.012 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.974 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.990 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 D 0.952 0.005 0.002 0.036 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.838 0.007 0.015 0.125 0.003 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 106 F 0.487 0.059 0.131 0.269 0.007 0.016 0.018 0.002 0.011 0.001 0.001 107 T 0.375 0.115 0.195 0.145 0.015 0.050 0.085 0.005 0.011 0.002 0.001 108 I 0.193 0.324 0.295 0.108 0.021 0.038 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 109 K 0.220 0.255 0.301 0.092 0.030 0.060 0.015 0.003 0.020 0.002 0.002