# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.282 0.092 0.027 0.193 0.026 0.041 0.106 0.061 0.062 0.038 2 E 0.140 0.184 0.074 0.021 0.230 0.019 0.028 0.106 0.060 0.077 0.060 3 R 0.104 0.114 0.031 0.013 0.182 0.017 0.031 0.211 0.183 0.077 0.036 4 A 0.087 0.084 0.033 0.017 0.151 0.038 0.068 0.244 0.143 0.096 0.040 5 S 0.142 0.104 0.031 0.010 0.234 0.013 0.046 0.182 0.089 0.102 0.047 6 L 0.114 0.115 0.043 0.023 0.174 0.034 0.054 0.120 0.092 0.165 0.065 7 N 0.112 0.245 0.126 0.027 0.301 0.013 0.013 0.049 0.034 0.032 0.048 8 R 0.103 0.070 0.028 0.018 0.133 0.022 0.051 0.225 0.208 0.104 0.037 9 I 0.068 0.123 0.082 0.046 0.104 0.045 0.103 0.131 0.107 0.153 0.037 10 G 0.115 0.115 0.116 0.126 0.124 0.042 0.036 0.062 0.062 0.126 0.075 11 K 0.068 0.140 0.117 0.124 0.102 0.081 0.128 0.074 0.065 0.066 0.035 12 D 0.138 0.089 0.052 0.046 0.157 0.053 0.070 0.032 0.041 0.219 0.102 13 V 0.234 0.119 0.005 0.002 0.594 0.004 0.004 0.003 0.003 0.010 0.020 14 Y 0.196 0.088 0.005 0.001 0.686 0.006 0.004 0.002 0.001 0.002 0.010 15 Y 0.298 0.038 0.005 0.001 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 16 M 0.260 0.105 0.006 0.001 0.604 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 17 Q 0.194 0.152 0.036 0.001 0.545 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 18 I 0.389 0.124 0.021 0.004 0.316 0.007 0.007 0.005 0.005 0.016 0.105 19 K 0.046 0.105 0.114 0.252 0.060 0.178 0.092 0.033 0.029 0.059 0.032 20 G 0.009 0.029 0.072 0.584 0.013 0.128 0.054 0.032 0.024 0.043 0.009 21 E 0.026 0.130 0.099 0.216 0.048 0.082 0.099 0.075 0.069 0.132 0.022 22 G 0.066 0.123 0.146 0.121 0.082 0.036 0.018 0.026 0.037 0.245 0.102 23 T 0.162 0.227 0.106 0.009 0.325 0.012 0.022 0.034 0.024 0.023 0.056 24 I 0.148 0.259 0.092 0.018 0.260 0.019 0.024 0.064 0.038 0.035 0.043 25 E 0.121 0.207 0.110 0.027 0.257 0.022 0.037 0.095 0.053 0.033 0.038 26 K 0.220 0.117 0.081 0.014 0.249 0.015 0.032 0.086 0.049 0.069 0.068 27 V 0.153 0.099 0.066 0.046 0.161 0.063 0.066 0.137 0.050 0.095 0.065 28 D 0.025 0.120 0.099 0.300 0.042 0.141 0.063 0.070 0.041 0.073 0.027 29 G 0.022 0.051 0.084 0.345 0.028 0.093 0.057 0.091 0.050 0.139 0.040 30 R 0.047 0.072 0.083 0.097 0.041 0.061 0.058 0.077 0.081 0.316 0.067 31 N 0.125 0.212 0.109 0.032 0.213 0.024 0.028 0.037 0.035 0.103 0.082 32 L 0.301 0.113 0.022 0.009 0.378 0.014 0.019 0.023 0.026 0.046 0.050 33 R 0.174 0.199 0.035 0.015 0.477 0.021 0.023 0.014 0.010 0.012 0.021 34 N 0.377 0.058 0.015 0.008 0.423 0.013 0.013 0.009 0.007 0.023 0.054 35 Y 0.216 0.147 0.016 0.005 0.566 0.006 0.005 0.004 0.003 0.007 0.026 36 T 0.214 0.175 0.063 0.010 0.430 0.010 0.008 0.006 0.005 0.011 0.068 37 L 0.102 0.393 0.164 0.012 0.267 0.005 0.005 0.006 0.007 0.006 0.035 38 P 0.141 0.316 0.108 0.014 0.259 0.013 0.023 0.038 0.033 0.016 0.038 39 A 0.145 0.233 0.062 0.004 0.280 0.008 0.050 0.068 0.045 0.049 0.056 40 Y 0.067 0.305 0.070 0.022 0.308 0.020 0.038 0.066 0.026 0.045 0.033 41 D 0.084 0.139 0.553 0.037 0.113 0.004 0.006 0.031 0.013 0.005 0.015 42 E 0.006 0.007 0.007 0.007 0.009 0.026 0.043 0.558 0.315 0.019 0.005 43 D 0.003 0.737 0.140 0.025 0.015 0.015 0.032 0.015 0.010 0.006 0.002 44 G 0.017 0.004 0.005 0.016 0.005 0.004 0.002 0.005 0.007 0.486 0.449 45 V 0.055 0.500 0.102 0.014 0.222 0.014 0.027 0.018 0.012 0.018 0.019 46 K 0.525 0.047 0.006 0.004 0.311 0.009 0.006 0.007 0.008 0.020 0.056 47 K 0.148 0.224 0.017 0.016 0.495 0.041 0.030 0.007 0.006 0.005 0.012 48 Q 0.328 0.027 0.004 0.001 0.609 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.020 49 I 0.245 0.085 0.003 0.001 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 50 T 0.210 0.099 0.029 0.001 0.580 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 51 F 0.288 0.205 0.026 0.003 0.378 0.005 0.004 0.006 0.005 0.009 0.071 52 R 0.183 0.147 0.081 0.045 0.207 0.059 0.063 0.033 0.034 0.063 0.085 53 S 0.110 0.253 0.158 0.032 0.194 0.030 0.031 0.039 0.043 0.052 0.058 54 T 0.085 0.251 0.090 0.041 0.172 0.029 0.046 0.103 0.080 0.067 0.036 55 K 0.065 0.127 0.080 0.055 0.117 0.049 0.065 0.125 0.119 0.144 0.053 56 K 0.100 0.221 0.145 0.034 0.205 0.018 0.028 0.096 0.058 0.052 0.043 57 E 0.063 0.070 0.046 0.031 0.078 0.059 0.094 0.274 0.139 0.105 0.039 58 N 0.053 0.163 0.099 0.058 0.102 0.052 0.063 0.154 0.096 0.119 0.039 59 D 0.099 0.062 0.028 0.024 0.099 0.020 0.022 0.166 0.173 0.233 0.075 60 H 0.054 0.225 0.064 0.020 0.160 0.022 0.039 0.200 0.117 0.071 0.029 61 K 0.157 0.090 0.036 0.012 0.185 0.014 0.039 0.171 0.071 0.152 0.073 62 L 0.131 0.215 0.059 0.025 0.248 0.018 0.029 0.123 0.054 0.060 0.037 63 N 0.118 0.116 0.160 0.091 0.139 0.041 0.027 0.137 0.082 0.046 0.041 64 K 0.026 0.097 0.049 0.031 0.059 0.048 0.213 0.298 0.129 0.034 0.013 65 Y 0.100 0.032 0.021 0.021 0.057 0.021 0.025 0.058 0.056 0.455 0.155 66 A 0.064 0.417 0.013 0.006 0.403 0.010 0.016 0.026 0.014 0.014 0.016 67 F 0.390 0.043 0.008 0.003 0.479 0.005 0.008 0.013 0.006 0.013 0.031 68 L 0.287 0.087 0.006 0.004 0.575 0.006 0.006 0.007 0.004 0.003 0.015 69 R 0.251 0.064 0.011 0.002 0.628 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.026 70 L 0.274 0.109 0.007 0.001 0.570 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.028 71 Y 0.317 0.112 0.026 0.002 0.420 0.004 0.008 0.007 0.004 0.008 0.093 72 V 0.126 0.283 0.099 0.020 0.259 0.027 0.023 0.027 0.020 0.033 0.083 73 D 0.058 0.228 0.186 0.145 0.120 0.040 0.043 0.057 0.040 0.050 0.032 74 Q 0.047 0.087 0.117 0.079 0.058 0.048 0.098 0.188 0.139 0.102 0.037 75 D 0.031 0.138 0.139 0.094 0.067 0.059 0.064 0.163 0.108 0.103 0.033 76 D 0.028 0.238 0.118 0.106 0.063 0.056 0.095 0.110 0.070 0.084 0.031 77 N 0.036 0.042 0.082 0.105 0.035 0.034 0.022 0.057 0.055 0.406 0.127 78 S 0.082 0.233 0.132 0.031 0.172 0.021 0.032 0.109 0.077 0.076 0.034 79 K 0.106 0.083 0.039 0.021 0.116 0.031 0.039 0.159 0.188 0.159 0.059 80 N 0.076 0.174 0.077 0.047 0.164 0.042 0.044 0.122 0.107 0.107 0.041 81 E 0.202 0.083 0.031 0.010 0.271 0.014 0.033 0.080 0.069 0.142 0.064 82 I 0.254 0.116 0.049 0.022 0.267 0.022 0.025 0.050 0.054 0.075 0.066 83 S 0.069 0.170 0.109 0.098 0.139 0.113 0.119 0.053 0.039 0.054 0.037 84 S 0.301 0.081 0.012 0.006 0.460 0.005 0.009 0.014 0.015 0.050 0.048 85 I 0.195 0.141 0.004 0.002 0.621 0.004 0.005 0.006 0.005 0.005 0.011 86 E 0.149 0.107 0.026 0.001 0.661 0.004 0.008 0.004 0.002 0.002 0.036 87 V 0.496 0.051 0.004 0.001 0.368 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.062 88 K 0.091 0.314 0.088 0.017 0.331 0.051 0.037 0.011 0.007 0.012 0.041 89 S 0.202 0.208 0.055 0.001 0.480 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.045 90 Y 0.175 0.089 0.008 0.004 0.203 0.007 0.007 0.124 0.298 0.051 0.034 91 E 0.027 0.095 0.050 0.014 0.083 0.062 0.161 0.311 0.161 0.024 0.012 92 E 0.225 0.078 0.017 0.003 0.229 0.005 0.021 0.192 0.048 0.117 0.065 93 I 0.159 0.245 0.024 0.009 0.350 0.009 0.032 0.110 0.017 0.019 0.026 94 Q 0.123 0.314 0.121 0.011 0.234 0.010 0.013 0.071 0.026 0.018 0.059 95 K 0.063 0.113 0.019 0.010 0.130 0.015 0.029 0.403 0.168 0.029 0.022 96 A 0.011 0.058 0.024 0.016 0.026 0.039 0.113 0.443 0.214 0.045 0.011 97 D 0.036 0.028 0.015 0.006 0.030 0.007 0.110 0.157 0.064 0.490 0.057 98 L 0.011 0.665 0.199 0.006 0.046 0.003 0.004 0.013 0.005 0.033 0.015 99 P 0.070 0.543 0.104 0.013 0.168 0.003 0.002 0.055 0.014 0.008 0.020 100 E 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.668 0.300 0.005 0.001 101 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.887 0.066 0.022 0.001 102 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.805 0.134 0.047 0.002 103 K 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.006 0.012 0.809 0.147 0.007 0.003 104 D 0.003 0.008 0.005 0.002 0.008 0.009 0.055 0.741 0.123 0.045 0.002 105 K 0.071 0.020 0.013 0.005 0.045 0.006 0.131 0.519 0.062 0.114 0.014 106 F 0.122 0.263 0.031 0.008 0.247 0.010 0.029 0.168 0.047 0.037 0.038 107 T 0.177 0.105 0.037 0.013 0.186 0.018 0.045 0.218 0.073 0.055 0.074 108 I 0.134 0.155 0.043 0.014 0.220 0.017 0.038 0.183 0.076 0.074 0.046 109 K 0.089 0.159 0.073 0.026 0.158 0.042 0.090 0.181 0.076 0.060 0.047