# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.586 0.193 0.140 0.060 0.015 0.004 0.001 2 E 0.708 0.189 0.080 0.016 0.004 0.001 0.001 3 R 0.267 0.259 0.220 0.164 0.067 0.021 0.001 4 A 0.258 0.229 0.209 0.169 0.098 0.034 0.002 5 S 0.205 0.251 0.227 0.187 0.091 0.034 0.004 6 L 0.099 0.092 0.121 0.226 0.268 0.177 0.017 7 N 0.189 0.264 0.256 0.190 0.074 0.024 0.002 8 R 0.253 0.327 0.227 0.119 0.051 0.021 0.002 9 I 0.062 0.092 0.202 0.319 0.222 0.097 0.005 10 G 0.076 0.177 0.228 0.262 0.181 0.070 0.006 11 K 0.251 0.382 0.206 0.109 0.039 0.011 0.002 12 D 0.364 0.397 0.154 0.063 0.017 0.005 0.001 13 V 0.047 0.188 0.338 0.256 0.123 0.045 0.004 14 Y 0.002 0.012 0.048 0.201 0.490 0.235 0.012 15 Y 0.003 0.013 0.063 0.128 0.369 0.361 0.063 16 M 0.003 0.018 0.042 0.064 0.161 0.615 0.098 17 Q 0.007 0.079 0.228 0.442 0.196 0.044 0.004 18 I 0.006 0.014 0.041 0.172 0.463 0.285 0.019 19 K 0.121 0.263 0.358 0.178 0.066 0.013 0.001 20 G 0.490 0.326 0.120 0.052 0.009 0.002 0.001 21 E 0.708 0.196 0.085 0.009 0.002 0.001 0.001 22 G 0.382 0.310 0.185 0.103 0.017 0.003 0.001 23 T 0.543 0.335 0.098 0.019 0.004 0.001 0.001 24 I 0.200 0.244 0.195 0.265 0.086 0.010 0.001 25 E 0.649 0.219 0.098 0.028 0.005 0.001 0.001 26 K 0.538 0.349 0.082 0.025 0.006 0.001 0.001 27 V 0.315 0.188 0.216 0.194 0.078 0.008 0.001 28 D 0.516 0.272 0.140 0.058 0.012 0.002 0.001 29 G 0.735 0.185 0.060 0.016 0.004 0.001 0.001 30 R 0.740 0.191 0.053 0.013 0.003 0.001 0.001 31 N 0.415 0.296 0.179 0.067 0.034 0.008 0.001 32 L 0.127 0.316 0.193 0.225 0.105 0.033 0.002 33 R 0.065 0.122 0.165 0.267 0.271 0.103 0.008 34 N 0.096 0.208 0.270 0.247 0.127 0.044 0.006 35 Y 0.020 0.039 0.094 0.193 0.359 0.253 0.042 36 T 0.035 0.108 0.236 0.285 0.205 0.109 0.023 37 L 0.023 0.043 0.089 0.191 0.336 0.279 0.040 38 P 0.088 0.266 0.338 0.191 0.078 0.035 0.004 39 A 0.048 0.131 0.205 0.246 0.238 0.126 0.007 40 Y 0.050 0.110 0.218 0.329 0.223 0.068 0.002 41 D 0.291 0.401 0.214 0.076 0.016 0.002 0.001 42 E 0.671 0.261 0.055 0.011 0.002 0.001 0.001 43 D 0.734 0.224 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 44 G 0.510 0.364 0.084 0.039 0.004 0.001 0.001 45 V 0.589 0.312 0.081 0.015 0.003 0.001 0.001 46 K 0.311 0.507 0.105 0.069 0.007 0.001 0.001 47 K 0.215 0.324 0.247 0.144 0.067 0.003 0.001 48 Q 0.154 0.492 0.194 0.131 0.026 0.003 0.001 49 I 0.010 0.033 0.122 0.314 0.402 0.117 0.002 50 T 0.069 0.280 0.376 0.209 0.056 0.010 0.001 51 F 0.013 0.043 0.087 0.259 0.375 0.214 0.010 52 R 0.161 0.284 0.330 0.145 0.060 0.018 0.001 53 S 0.100 0.172 0.189 0.292 0.175 0.069 0.003 54 T 0.351 0.282 0.221 0.097 0.037 0.010 0.001 55 K 0.515 0.289 0.139 0.044 0.010 0.002 0.001 56 K 0.608 0.232 0.106 0.041 0.011 0.002 0.001 57 E 0.634 0.236 0.085 0.036 0.008 0.001 0.001 58 N 0.613 0.239 0.108 0.031 0.008 0.001 0.001 59 D 0.550 0.296 0.120 0.026 0.007 0.001 0.001 60 H 0.287 0.451 0.101 0.132 0.027 0.003 0.001 61 K 0.295 0.347 0.219 0.099 0.036 0.005 0.001 62 L 0.027 0.042 0.131 0.354 0.351 0.094 0.002 63 N 0.061 0.303 0.317 0.209 0.095 0.014 0.001 64 K 0.083 0.409 0.186 0.207 0.093 0.020 0.002 65 Y 0.082 0.268 0.208 0.275 0.126 0.038 0.004 66 A 0.015 0.083 0.200 0.307 0.267 0.117 0.011 67 F 0.003 0.017 0.079 0.188 0.357 0.292 0.064 68 L 0.001 0.004 0.012 0.035 0.152 0.583 0.213 69 R 0.005 0.032 0.115 0.223 0.256 0.237 0.132 70 L 0.002 0.006 0.013 0.029 0.107 0.541 0.301 71 Y 0.004 0.016 0.063 0.185 0.357 0.316 0.059 72 V 0.007 0.025 0.064 0.197 0.371 0.299 0.037 73 D 0.100 0.229 0.334 0.193 0.103 0.039 0.002 74 Q 0.364 0.299 0.213 0.090 0.026 0.008 0.001 75 D 0.650 0.196 0.106 0.038 0.008 0.002 0.001 76 D 0.788 0.137 0.058 0.013 0.003 0.001 0.001 77 N 0.753 0.166 0.065 0.014 0.002 0.001 0.001 78 S 0.768 0.158 0.059 0.011 0.003 0.001 0.001 79 K 0.679 0.262 0.037 0.018 0.003 0.001 0.001 80 N 0.530 0.209 0.131 0.080 0.043 0.008 0.001 81 E 0.396 0.308 0.156 0.096 0.034 0.009 0.001 82 I 0.179 0.163 0.208 0.232 0.173 0.042 0.004 83 S 0.262 0.329 0.157 0.157 0.072 0.020 0.003 84 S 0.327 0.288 0.182 0.122 0.058 0.021 0.002 85 I 0.168 0.153 0.175 0.232 0.193 0.071 0.007 86 E 0.143 0.301 0.255 0.191 0.077 0.030 0.003 87 V 0.088 0.105 0.176 0.245 0.273 0.106 0.007 88 K 0.285 0.346 0.175 0.140 0.041 0.012 0.001 89 S 0.271 0.373 0.202 0.099 0.042 0.012 0.001 90 Y 0.081 0.107 0.208 0.328 0.211 0.063 0.002 91 E 0.242 0.380 0.224 0.119 0.028 0.006 0.001 92 E 0.162 0.569 0.172 0.073 0.020 0.004 0.001 93 I 0.039 0.051 0.165 0.422 0.290 0.034 0.001 94 Q 0.303 0.492 0.134 0.064 0.006 0.001 0.001 95 K 0.652 0.248 0.079 0.017 0.004 0.001 0.001 96 A 0.717 0.214 0.056 0.011 0.001 0.001 0.001 97 D 0.531 0.359 0.092 0.016 0.002 0.001 0.001 98 L 0.051 0.136 0.331 0.359 0.115 0.008 0.001 99 P 0.328 0.404 0.197 0.062 0.008 0.001 0.001 100 E 0.610 0.312 0.060 0.015 0.003 0.001 0.001 101 K 0.379 0.429 0.146 0.038 0.008 0.001 0.001 102 V 0.019 0.044 0.153 0.359 0.372 0.052 0.001 103 K 0.173 0.390 0.295 0.124 0.016 0.001 0.001 104 D 0.515 0.390 0.074 0.017 0.003 0.001 0.001 105 K 0.281 0.434 0.199 0.068 0.017 0.001 0.001 106 F 0.043 0.058 0.170 0.408 0.294 0.028 0.001 107 T 0.580 0.312 0.089 0.017 0.002 0.001 0.001 108 I 0.657 0.231 0.088 0.020 0.004 0.001 0.001 109 K 0.760 0.187 0.044 0.007 0.001 0.001 0.001