# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.125 0.119 0.148 0.130 0.119 0.072 0.060 0.031 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 2 E 0.296 0.154 0.165 0.124 0.089 0.059 0.047 0.026 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 3 R 0.142 0.104 0.104 0.129 0.139 0.121 0.090 0.066 0.048 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002 4 A 0.149 0.100 0.108 0.111 0.124 0.107 0.098 0.073 0.053 0.039 0.024 0.010 0.004 0.002 5 S 0.108 0.095 0.105 0.141 0.149 0.120 0.094 0.081 0.047 0.030 0.017 0.007 0.003 0.002 6 L 0.036 0.030 0.038 0.068 0.098 0.130 0.127 0.147 0.126 0.090 0.053 0.034 0.017 0.005 7 N 0.117 0.110 0.110 0.145 0.141 0.118 0.097 0.072 0.042 0.024 0.015 0.005 0.002 0.002 8 R 0.179 0.130 0.136 0.137 0.128 0.101 0.066 0.051 0.034 0.019 0.014 0.005 0.002 0.001 9 I 0.053 0.058 0.061 0.123 0.181 0.162 0.132 0.114 0.056 0.029 0.017 0.007 0.005 0.002 10 G 0.048 0.077 0.087 0.171 0.194 0.160 0.104 0.072 0.051 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 11 K 0.152 0.199 0.166 0.161 0.108 0.095 0.055 0.029 0.022 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 12 D 0.154 0.170 0.184 0.145 0.107 0.100 0.061 0.030 0.027 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 13 V 0.020 0.041 0.063 0.099 0.164 0.179 0.149 0.092 0.100 0.049 0.023 0.011 0.005 0.004 14 Y 0.005 0.006 0.011 0.022 0.052 0.087 0.134 0.174 0.167 0.160 0.094 0.050 0.027 0.010 15 Y 0.005 0.005 0.008 0.018 0.042 0.052 0.092 0.137 0.147 0.152 0.157 0.086 0.054 0.045 16 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.019 0.044 0.128 0.213 0.203 0.239 0.108 0.025 17 Q 0.006 0.014 0.017 0.039 0.060 0.083 0.132 0.173 0.125 0.107 0.110 0.059 0.030 0.045 18 I 0.003 0.005 0.007 0.013 0.025 0.050 0.074 0.122 0.183 0.180 0.167 0.099 0.052 0.021 19 K 0.022 0.066 0.071 0.164 0.156 0.153 0.131 0.122 0.054 0.029 0.020 0.004 0.003 0.004 20 G 0.071 0.095 0.143 0.171 0.138 0.143 0.084 0.065 0.049 0.020 0.013 0.006 0.001 0.001 21 E 0.261 0.167 0.314 0.079 0.059 0.034 0.036 0.012 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 22 G 0.201 0.186 0.145 0.174 0.106 0.089 0.050 0.025 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 23 T 0.228 0.211 0.211 0.130 0.079 0.061 0.045 0.016 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 24 I 0.117 0.130 0.144 0.181 0.168 0.109 0.064 0.046 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 25 E 0.388 0.184 0.171 0.111 0.057 0.038 0.024 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 26 K 0.310 0.192 0.137 0.161 0.098 0.054 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.274 0.158 0.126 0.149 0.136 0.067 0.047 0.023 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.483 0.186 0.130 0.086 0.053 0.027 0.021 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.675 0.162 0.054 0.038 0.025 0.018 0.019 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.472 0.179 0.133 0.078 0.053 0.038 0.031 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.373 0.166 0.132 0.106 0.092 0.059 0.040 0.012 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.137 0.099 0.095 0.144 0.163 0.146 0.089 0.056 0.035 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 33 R 0.099 0.066 0.092 0.126 0.160 0.130 0.105 0.083 0.057 0.040 0.022 0.015 0.004 0.002 34 N 0.122 0.101 0.094 0.120 0.145 0.115 0.086 0.064 0.066 0.041 0.025 0.012 0.005 0.003 35 Y 0.031 0.022 0.033 0.049 0.073 0.103 0.112 0.140 0.125 0.118 0.097 0.059 0.030 0.007 36 T 0.057 0.067 0.078 0.120 0.159 0.130 0.126 0.099 0.064 0.049 0.030 0.011 0.005 0.006 37 L 0.029 0.024 0.031 0.052 0.069 0.102 0.095 0.119 0.159 0.135 0.075 0.069 0.032 0.008 38 P 0.090 0.095 0.116 0.122 0.140 0.123 0.111 0.084 0.060 0.028 0.022 0.005 0.002 0.002 39 A 0.070 0.055 0.070 0.107 0.123 0.129 0.126 0.098 0.100 0.052 0.037 0.021 0.008 0.004 40 Y 0.103 0.104 0.103 0.173 0.200 0.115 0.097 0.054 0.030 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 41 D 0.276 0.196 0.167 0.136 0.097 0.058 0.035 0.015 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 E 0.594 0.171 0.092 0.055 0.044 0.019 0.017 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.759 0.159 0.041 0.016 0.009 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.634 0.138 0.058 0.061 0.047 0.023 0.033 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.492 0.142 0.182 0.070 0.051 0.030 0.021 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.482 0.144 0.204 0.062 0.048 0.024 0.018 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.148 0.127 0.171 0.153 0.130 0.105 0.070 0.034 0.033 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 48 Q 0.057 0.081 0.085 0.157 0.196 0.155 0.097 0.063 0.053 0.030 0.013 0.008 0.003 0.001 49 I 0.007 0.006 0.011 0.025 0.044 0.081 0.108 0.155 0.169 0.154 0.092 0.097 0.047 0.006 50 T 0.034 0.044 0.063 0.099 0.142 0.141 0.124 0.132 0.099 0.045 0.050 0.016 0.005 0.007 51 F 0.009 0.006 0.011 0.019 0.030 0.049 0.077 0.112 0.163 0.186 0.161 0.108 0.057 0.013 52 R 0.029 0.048 0.063 0.101 0.126 0.138 0.142 0.131 0.093 0.051 0.052 0.013 0.006 0.007 53 S 0.027 0.033 0.045 0.085 0.106 0.139 0.133 0.137 0.115 0.082 0.049 0.030 0.013 0.006 54 T 0.066 0.109 0.125 0.158 0.152 0.125 0.104 0.078 0.049 0.020 0.012 0.002 0.001 0.001 55 K 0.177 0.180 0.155 0.186 0.124 0.089 0.040 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 56 K 0.354 0.199 0.203 0.111 0.059 0.035 0.021 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.469 0.209 0.137 0.089 0.049 0.023 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.440 0.182 0.203 0.081 0.048 0.023 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 D 0.515 0.236 0.141 0.047 0.025 0.019 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 H 0.471 0.204 0.114 0.095 0.056 0.031 0.021 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.290 0.246 0.200 0.103 0.068 0.059 0.017 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.058 0.060 0.073 0.175 0.241 0.175 0.099 0.069 0.031 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 63 N 0.166 0.190 0.176 0.178 0.120 0.086 0.040 0.017 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 64 K 0.182 0.156 0.124 0.152 0.129 0.132 0.057 0.027 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.028 0.057 0.100 0.141 0.192 0.163 0.136 0.073 0.061 0.020 0.021 0.005 0.001 0.002 66 A 0.022 0.033 0.052 0.079 0.133 0.159 0.127 0.133 0.117 0.073 0.037 0.020 0.011 0.005 67 F 0.003 0.005 0.007 0.021 0.049 0.079 0.122 0.166 0.168 0.157 0.086 0.072 0.042 0.024 68 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.027 0.048 0.129 0.194 0.238 0.220 0.088 0.033 69 R 0.002 0.004 0.006 0.013 0.028 0.039 0.081 0.129 0.138 0.151 0.197 0.083 0.045 0.082 70 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.019 0.042 0.116 0.200 0.304 0.168 0.102 0.032 71 Y 0.003 0.008 0.011 0.034 0.050 0.100 0.147 0.200 0.147 0.121 0.072 0.047 0.034 0.028 72 V 0.003 0.008 0.012 0.032 0.052 0.095 0.129 0.153 0.196 0.137 0.085 0.066 0.020 0.010 73 D 0.049 0.114 0.131 0.186 0.150 0.140 0.093 0.077 0.034 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.228 0.198 0.213 0.168 0.075 0.058 0.031 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 75 D 0.551 0.155 0.162 0.058 0.038 0.012 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.673 0.141 0.128 0.029 0.013 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.720 0.142 0.052 0.039 0.021 0.008 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.662 0.159 0.074 0.039 0.028 0.015 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.536 0.154 0.191 0.047 0.035 0.017 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 N 0.376 0.157 0.114 0.138 0.103 0.054 0.033 0.011 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.372 0.163 0.143 0.119 0.088 0.051 0.035 0.010 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.091 0.075 0.088 0.150 0.199 0.154 0.098 0.065 0.045 0.020 0.006 0.006 0.003 0.001 83 S 0.310 0.138 0.146 0.101 0.084 0.072 0.063 0.025 0.031 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 84 S 0.276 0.201 0.105 0.113 0.101 0.099 0.049 0.021 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 85 I 0.069 0.061 0.069 0.113 0.134 0.173 0.108 0.096 0.067 0.050 0.024 0.023 0.012 0.002 86 E 0.100 0.088 0.103 0.169 0.197 0.125 0.092 0.064 0.032 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 87 V 0.059 0.036 0.042 0.079 0.120 0.136 0.137 0.125 0.112 0.070 0.044 0.025 0.011 0.004 88 K 0.177 0.128 0.140 0.133 0.143 0.095 0.069 0.049 0.030 0.016 0.013 0.004 0.001 0.001 89 S 0.217 0.146 0.127 0.127 0.121 0.098 0.069 0.032 0.031 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 90 Y 0.056 0.066 0.074 0.130 0.170 0.168 0.126 0.090 0.068 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 91 E 0.250 0.150 0.153 0.129 0.114 0.085 0.054 0.026 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 92 E 0.202 0.187 0.166 0.150 0.105 0.095 0.045 0.022 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 93 I 0.103 0.092 0.074 0.175 0.216 0.151 0.081 0.060 0.028 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 94 Q 0.282 0.252 0.170 0.123 0.072 0.061 0.022 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.356 0.171 0.182 0.116 0.073 0.055 0.031 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.664 0.136 0.118 0.039 0.021 0.010 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.592 0.176 0.183 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.108 0.094 0.119 0.199 0.198 0.147 0.078 0.032 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 99 P 0.078 0.118 0.207 0.226 0.206 0.081 0.050 0.012 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.689 0.197 0.081 0.018 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.168 0.254 0.314 0.153 0.063 0.035 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.011 0.013 0.020 0.082 0.189 0.188 0.255 0.155 0.069 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 103 K 0.134 0.251 0.308 0.159 0.081 0.044 0.013 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 D 0.758 0.177 0.030 0.015 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.054 0.097 0.138 0.255 0.221 0.151 0.060 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.064 0.049 0.083 0.146 0.253 0.187 0.106 0.076 0.024 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 107 T 0.659 0.180 0.103 0.028 0.013 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.333 0.125 0.128 0.144 0.125 0.074 0.039 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 109 K 0.328 0.155 0.174 0.119 0.097 0.056 0.042 0.012 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001