# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.005 0.072 0.008 0.093 0.637 0.002 0.001 0.010 0.024 0.060 0.026 0.045 2 M 0.023 0.008 0.080 0.015 0.115 0.578 0.001 0.001 0.006 0.038 0.050 0.056 0.029 3 R 0.017 0.009 0.087 0.003 0.147 0.462 0.002 0.002 0.007 0.032 0.136 0.028 0.068 4 L 0.011 0.007 0.095 0.006 0.194 0.423 0.002 0.003 0.010 0.022 0.179 0.011 0.037 5 A 0.012 0.005 0.172 0.020 0.176 0.291 0.002 0.002 0.016 0.075 0.190 0.022 0.018 6 N 0.001 0.001 0.037 0.019 0.027 0.033 0.001 0.001 0.006 0.121 0.746 0.005 0.003 7 G 0.001 0.002 0.066 0.004 0.005 0.008 0.002 0.003 0.009 0.087 0.805 0.003 0.004 8 I 0.014 0.029 0.576 0.006 0.008 0.008 0.017 0.025 0.128 0.073 0.012 0.048 0.056 9 V 0.019 0.085 0.179 0.007 0.007 0.008 0.029 0.045 0.387 0.045 0.010 0.081 0.097 10 L 0.009 0.057 0.334 0.013 0.006 0.009 0.025 0.056 0.289 0.050 0.018 0.038 0.097 11 D 0.001 0.008 0.753 0.011 0.005 0.006 0.003 0.005 0.086 0.067 0.006 0.024 0.027 12 K 0.001 0.009 0.224 0.013 0.293 0.140 0.001 0.006 0.041 0.141 0.084 0.008 0.039 13 D 0.001 0.007 0.071 0.009 0.334 0.250 0.001 0.001 0.007 0.073 0.227 0.012 0.008 14 T 0.004 0.019 0.171 0.003 0.255 0.223 0.002 0.001 0.011 0.108 0.152 0.014 0.038 15 T 0.006 0.016 0.316 0.008 0.074 0.202 0.002 0.002 0.020 0.122 0.175 0.022 0.036 16 F 0.012 0.016 0.225 0.014 0.037 0.253 0.002 0.001 0.013 0.133 0.225 0.029 0.040 17 G 0.034 0.009 0.184 0.020 0.035 0.251 0.004 0.002 0.011 0.165 0.157 0.050 0.080 18 E 0.110 0.012 0.129 0.023 0.025 0.219 0.008 0.003 0.017 0.062 0.061 0.172 0.158 19 L 0.204 0.010 0.065 0.014 0.023 0.165 0.015 0.006 0.021 0.020 0.023 0.084 0.350 20 K 0.249 0.011 0.057 0.047 0.022 0.156 0.019 0.012 0.032 0.015 0.022 0.242 0.117 21 F 0.175 0.006 0.074 0.013 0.041 0.199 0.016 0.008 0.032 0.014 0.036 0.084 0.303 22 S 0.149 0.008 0.093 0.029 0.034 0.261 0.010 0.006 0.033 0.036 0.104 0.105 0.132 23 A 0.125 0.013 0.099 0.023 0.044 0.194 0.007 0.002 0.011 0.059 0.131 0.134 0.157 24 L 0.078 0.011 0.145 0.018 0.047 0.126 0.004 0.001 0.008 0.096 0.198 0.085 0.183 25 R 0.044 0.009 0.253 0.046 0.046 0.062 0.002 0.001 0.007 0.150 0.201 0.066 0.114 26 R 0.051 0.006 0.182 0.041 0.049 0.066 0.003 0.001 0.010 0.147 0.191 0.148 0.105 27 E 0.135 0.012 0.135 0.018 0.034 0.027 0.012 0.002 0.024 0.061 0.053 0.080 0.407 28 V 0.195 0.012 0.098 0.022 0.007 0.010 0.017 0.004 0.022 0.031 0.006 0.437 0.139 29 R 0.197 0.008 0.082 0.015 0.004 0.010 0.030 0.006 0.036 0.013 0.006 0.171 0.420 30 I 0.177 0.011 0.074 0.011 0.010 0.021 0.043 0.014 0.049 0.011 0.013 0.203 0.364 31 Q 0.112 0.028 0.150 0.053 0.022 0.030 0.017 0.006 0.056 0.035 0.052 0.172 0.267 32 N 0.020 0.010 0.385 0.011 0.027 0.024 0.003 0.001 0.020 0.136 0.062 0.111 0.189 33 E 0.003 0.008 0.183 0.011 0.046 0.028 0.001 0.001 0.007 0.211 0.445 0.020 0.037 34 D 0.002 0.010 0.207 0.003 0.028 0.013 0.001 0.001 0.003 0.203 0.508 0.009 0.012 35 G 0.002 0.019 0.454 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.002 0.346 0.114 0.021 0.017 36 S 0.002 0.019 0.751 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.002 0.112 0.063 0.010 0.027 37 V 0.005 0.026 0.473 0.007 0.031 0.092 0.001 0.001 0.003 0.118 0.148 0.031 0.064 38 S 0.007 0.008 0.264 0.013 0.071 0.285 0.001 0.001 0.006 0.067 0.177 0.036 0.065 39 D 0.022 0.008 0.085 0.013 0.088 0.486 0.001 0.001 0.004 0.048 0.081 0.053 0.110 40 E 0.063 0.017 0.073 0.009 0.052 0.380 0.003 0.001 0.009 0.021 0.043 0.209 0.121 41 I 0.163 0.012 0.040 0.011 0.039 0.228 0.008 0.001 0.007 0.008 0.029 0.054 0.400 42 K 0.133 0.006 0.051 0.062 0.022 0.185 0.003 0.001 0.008 0.019 0.042 0.393 0.075 43 E 0.139 0.004 0.060 0.035 0.029 0.141 0.004 0.001 0.006 0.028 0.080 0.058 0.415 44 R 0.096 0.004 0.085 0.021 0.014 0.083 0.005 0.001 0.008 0.045 0.059 0.494 0.086 45 T 0.155 0.008 0.074 0.008 0.011 0.034 0.007 0.001 0.014 0.020 0.022 0.047 0.599 46 Y 0.116 0.012 0.088 0.023 0.004 0.015 0.006 0.001 0.006 0.044 0.011 0.588 0.086 47 D 0.084 0.012 0.215 0.013 0.013 0.019 0.010 0.001 0.013 0.031 0.024 0.075 0.489 48 L 0.067 0.014 0.196 0.019 0.049 0.056 0.009 0.002 0.017 0.041 0.111 0.201 0.217 49 K 0.059 0.029 0.174 0.035 0.074 0.040 0.004 0.001 0.014 0.074 0.168 0.077 0.252 50 S 0.026 0.016 0.313 0.010 0.052 0.019 0.002 0.001 0.006 0.164 0.069 0.208 0.114 51 K 0.011 0.023 0.228 0.010 0.055 0.020 0.001 0.001 0.007 0.126 0.389 0.030 0.099 52 G 0.013 0.030 0.187 0.015 0.043 0.014 0.001 0.001 0.004 0.184 0.382 0.059 0.068 53 Q 0.012 0.023 0.348 0.017 0.038 0.006 0.001 0.001 0.004 0.189 0.135 0.149 0.078 54 G 0.012 0.014 0.355 0.037 0.026 0.003 0.002 0.001 0.009 0.148 0.216 0.027 0.152 55 R 0.029 0.008 0.245 0.064 0.016 0.001 0.007 0.001 0.019 0.176 0.173 0.213 0.049 56 M 0.122 0.009 0.138 0.031 0.006 0.001 0.024 0.003 0.048 0.040 0.008 0.056 0.513 57 I 0.195 0.006 0.067 0.021 0.001 0.001 0.046 0.011 0.048 0.017 0.001 0.503 0.084 58 Q 0.415 0.003 0.014 0.026 0.001 0.001 0.132 0.039 0.037 0.002 0.001 0.068 0.263 59 V 0.348 0.002 0.017 0.010 0.001 0.001 0.204 0.055 0.054 0.002 0.001 0.226 0.082 60 S 0.341 0.006 0.026 0.022 0.001 0.001 0.208 0.050 0.084 0.004 0.001 0.042 0.215 61 I 0.070 0.007 0.160 0.026 0.003 0.001 0.019 0.010 0.067 0.032 0.005 0.522 0.078 62 P 0.013 0.007 0.463 0.012 0.022 0.002 0.007 0.001 0.043 0.070 0.039 0.016 0.305 63 A 0.006 0.008 0.188 0.051 0.071 0.007 0.002 0.001 0.018 0.292 0.222 0.112 0.022 64 S 0.009 0.029 0.298 0.006 0.079 0.006 0.003 0.001 0.016 0.281 0.140 0.022 0.112 65 V 0.003 0.031 0.539 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.210 0.009 0.158 0.031 66 P 0.002 0.019 0.818 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.041 0.018 0.015 0.064 67 L 0.006 0.019 0.398 0.020 0.168 0.034 0.002 0.001 0.007 0.116 0.053 0.030 0.148 68 K 0.006 0.010 0.242 0.022 0.230 0.036 0.002 0.001 0.011 0.142 0.080 0.181 0.037 69 E 0.011 0.016 0.295 0.002 0.093 0.023 0.002 0.001 0.023 0.102 0.067 0.019 0.345 70 F 0.005 0.041 0.607 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.131 0.010 0.159 0.023 71 D 0.003 0.007 0.871 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.033 0.016 0.009 0.046 72 Y 0.005 0.011 0.284 0.020 0.128 0.045 0.001 0.001 0.008 0.119 0.282 0.028 0.069 73 N 0.005 0.005 0.415 0.024 0.107 0.025 0.002 0.001 0.015 0.108 0.233 0.031 0.030 74 A 0.017 0.005 0.282 0.025 0.086 0.018 0.005 0.002 0.043 0.199 0.124 0.086 0.108 75 R 0.056 0.015 0.221 0.020 0.010 0.004 0.022 0.010 0.170 0.066 0.059 0.158 0.187 76 V 0.240 0.011 0.137 0.020 0.001 0.001 0.056 0.025 0.073 0.019 0.002 0.146 0.267 77 E 0.260 0.006 0.042 0.037 0.001 0.001 0.084 0.035 0.063 0.007 0.001 0.402 0.060 78 L 0.235 0.002 0.018 0.004 0.002 0.002 0.108 0.097 0.097 0.002 0.004 0.025 0.402 79 I 0.284 0.007 0.044 0.189 0.003 0.004 0.098 0.105 0.081 0.014 0.013 0.115 0.041 80 N 0.115 0.004 0.265 0.036 0.010 0.010 0.028 0.031 0.124 0.087 0.019 0.114 0.158 81 P 0.077 0.004 0.144 0.066 0.021 0.026 0.034 0.011 0.051 0.119 0.245 0.049 0.153 82 I 0.117 0.013 0.105 0.065 0.022 0.045 0.021 0.008 0.042 0.099 0.270 0.135 0.059 83 A 0.192 0.013 0.172 0.013 0.018 0.059 0.024 0.008 0.033 0.073 0.025 0.096 0.275 84 D 0.134 0.019 0.148 0.033 0.014 0.094 0.018 0.014 0.049 0.046 0.025 0.231 0.177 85 T 0.132 0.006 0.076 0.018 0.032 0.248 0.026 0.011 0.043 0.020 0.051 0.052 0.286 86 V 0.145 0.005 0.060 0.070 0.032 0.323 0.021 0.010 0.043 0.025 0.061 0.113 0.093 87 A 0.166 0.006 0.060 0.023 0.051 0.311 0.010 0.005 0.023 0.024 0.070 0.078 0.171 88 T 0.177 0.011 0.099 0.031 0.041 0.280 0.009 0.004 0.019 0.036 0.091 0.079 0.124 89 A 0.094 0.018 0.119 0.011 0.057 0.249 0.009 0.007 0.021 0.049 0.129 0.110 0.127 90 T 0.063 0.015 0.149 0.015 0.078 0.206 0.005 0.004 0.019 0.044 0.249 0.028 0.125 91 Y 0.040 0.013 0.269 0.019 0.057 0.121 0.003 0.002 0.010 0.124 0.197 0.079 0.063 92 Q 0.006 0.002 0.055 0.034 0.019 0.039 0.001 0.001 0.003 0.128 0.686 0.011 0.015 93 G 0.004 0.002 0.077 0.005 0.008 0.016 0.001 0.001 0.003 0.111 0.756 0.008 0.008 94 A 0.018 0.015 0.631 0.005 0.010 0.019 0.004 0.002 0.018 0.142 0.037 0.041 0.056 95 D 0.066 0.041 0.340 0.017 0.011 0.021 0.015 0.007 0.069 0.106 0.022 0.091 0.195 96 V 0.082 0.011 0.202 0.067 0.019 0.043 0.031 0.027 0.137 0.065 0.031 0.073 0.211 97 D 0.087 0.004 0.148 0.159 0.014 0.043 0.039 0.052 0.155 0.049 0.023 0.112 0.117 98 W 0.150 0.002 0.060 0.024 0.019 0.045 0.080 0.085 0.278 0.016 0.013 0.077 0.151 99 Y 0.300 0.003 0.017 0.015 0.006 0.027 0.090 0.097 0.210 0.005 0.011 0.114 0.104 100 I 0.492 0.007 0.019 0.017 0.002 0.010 0.107 0.078 0.069 0.006 0.007 0.068 0.118 101 K 0.244 0.007 0.171 0.041 0.004 0.013 0.048 0.044 0.111 0.031 0.015 0.151 0.121 102 A 0.098 0.004 0.247 0.027 0.034 0.038 0.021 0.020 0.079 0.062 0.078 0.040 0.254 103 D 0.088 0.003 0.176 0.147 0.033 0.041 0.014 0.006 0.053 0.112 0.204 0.075 0.047 104 D 0.163 0.007 0.142 0.041 0.043 0.034 0.033 0.010 0.052 0.115 0.121 0.090 0.148 105 I 0.279 0.012 0.108 0.023 0.019 0.019 0.077 0.025 0.062 0.035 0.027 0.126 0.188 106 V 0.257 0.020 0.070 0.021 0.011 0.016 0.062 0.045 0.098 0.019 0.018 0.167 0.195 107 L 0.165 0.025 0.134 0.024 0.008 0.023 0.046 0.029 0.097 0.027 0.028 0.117 0.277 108 T 0.050 0.027 0.350 0.016 0.011 0.024 0.012 0.007 0.043 0.100 0.040 0.139 0.182 109 K 0.008 0.015 0.444 0.011 0.030 0.029 0.003 0.001 0.016 0.180 0.145 0.033 0.085 110 D 0.002 0.007 0.249 0.009 0.043 0.038 0.001 0.001 0.005 0.177 0.444 0.013 0.012 111 S 0.001 0.012 0.195 0.005 0.082 0.045 0.001 0.001 0.004 0.206 0.429 0.007 0.013 112 S 0.003 0.032 0.316 0.004 0.114 0.079 0.001 0.001 0.007 0.199 0.198 0.025 0.023 113 S 0.004 0.044 0.353 0.004 0.114 0.119 0.001 0.001 0.009 0.140 0.127 0.024 0.061 114 F 0.005 0.031 0.385 0.008 0.102 0.126 0.001 0.001 0.008 0.130 0.111 0.042 0.050 115 K 0.005 0.019 0.338 0.004 0.106 0.146 0.001 0.001 0.009 0.124 0.179 0.030 0.038 116 A 0.004 0.027 0.425 0.004 0.047 0.103 0.001 0.001 0.007 0.182 0.152 0.015 0.035 117 Q 0.001 0.014 0.640 0.002 0.029 0.059 0.001 0.001 0.004 0.172 0.046 0.022 0.010 118 P 0.001 0.013 0.272 0.001 0.163 0.218 0.001 0.001 0.005 0.076 0.228 0.003 0.020 119 Q 0.001 0.013 0.188 0.003 0.175 0.193 0.001 0.001 0.004 0.103 0.306 0.010 0.005 120 A 0.001 0.013 0.309 0.002 0.184 0.151 0.001 0.001 0.006 0.152 0.162 0.006 0.015 121 K 0.001 0.016 0.418 0.001 0.075 0.118 0.001 0.001 0.007 0.169 0.175 0.012 0.008 122 K 0.001 0.028 0.421 0.002 0.056 0.069 0.001 0.001 0.008 0.194 0.200 0.005 0.016 123 E 0.001 0.013 0.593 0.002 0.036 0.035 0.001 0.001 0.004 0.199 0.095 0.018 0.005 124 P 0.001 0.014 0.478 0.001 0.081 0.058 0.001 0.001 0.005 0.125 0.218 0.002 0.015 125 T 0.001 0.021 0.464 0.002 0.077 0.047 0.001 0.001 0.006 0.197 0.167 0.012 0.006 126 Q 0.001 0.020 0.483 0.001 0.081 0.057 0.001 0.001 0.007 0.185 0.143 0.008 0.013 127 D 0.001 0.021 0.571 0.001 0.034 0.038 0.001 0.001 0.005 0.209 0.103 0.007 0.010 128 K 0.001 0.014 0.629 0.002 0.040 0.051 0.001 0.001 0.005 0.164 0.082 0.007 0.006