# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.043 0.082 0.168 0.001 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 0.028 0.067 0.557 0.001 0.005 0.015 2 M 0.005 0.011 0.117 0.187 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.618 0.001 0.001 0.018 3 R 0.008 0.009 0.083 0.212 0.011 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.590 0.006 0.001 0.009 4 L 0.004 0.038 0.037 0.211 0.061 0.069 0.010 0.011 0.003 0.002 0.034 0.022 0.470 0.010 0.006 0.012 5 A 0.004 0.018 0.009 0.053 0.134 0.046 0.084 0.013 0.002 0.006 0.020 0.029 0.115 0.456 0.005 0.005 6 N 0.011 0.054 0.022 0.042 0.001 0.004 0.002 0.181 0.010 0.002 0.012 0.010 0.048 0.001 0.589 0.010 7 G 0.015 0.011 0.072 0.096 0.001 0.003 0.004 0.001 0.071 0.025 0.002 0.005 0.023 0.001 0.001 0.670 8 I 0.487 0.003 0.378 0.095 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 9 V 0.002 0.041 0.313 0.397 0.026 0.187 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.013 0.002 0.001 0.002 10 L 0.002 0.165 0.016 0.728 0.004 0.037 0.001 0.018 0.001 0.001 0.009 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.010 0.003 0.044 0.005 0.881 0.002 0.001 0.005 0.002 0.007 0.014 0.021 0.001 0.001 0.003 12 K 0.004 0.021 0.007 0.007 0.003 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.910 0.004 0.025 0.001 0.001 0.002 13 D 0.003 0.098 0.014 0.017 0.003 0.017 0.005 0.014 0.005 0.002 0.013 0.751 0.031 0.009 0.016 0.003 14 T 0.011 0.017 0.084 0.025 0.014 0.032 0.063 0.009 0.013 0.006 0.079 0.036 0.455 0.019 0.052 0.085 15 T 0.036 0.030 0.061 0.019 0.045 0.035 0.179 0.024 0.004 0.006 0.067 0.063 0.233 0.135 0.024 0.037 16 F 0.044 0.045 0.120 0.042 0.006 0.017 0.024 0.084 0.019 0.008 0.082 0.054 0.178 0.005 0.251 0.021 17 G 0.024 0.020 0.070 0.106 0.004 0.059 0.008 0.005 0.044 0.071 0.026 0.077 0.331 0.002 0.005 0.146 18 E 0.233 0.050 0.145 0.175 0.005 0.025 0.010 0.003 0.007 0.003 0.047 0.035 0.234 0.003 0.002 0.024 19 L 0.016 0.034 0.165 0.364 0.003 0.055 0.009 0.003 0.002 0.001 0.027 0.065 0.246 0.001 0.003 0.004 20 K 0.006 0.086 0.126 0.420 0.004 0.051 0.003 0.004 0.002 0.002 0.011 0.026 0.244 0.001 0.001 0.013 21 F 0.010 0.009 0.045 0.508 0.021 0.057 0.007 0.003 0.002 0.002 0.043 0.029 0.250 0.007 0.001 0.005 22 S 0.008 0.050 0.109 0.401 0.005 0.025 0.002 0.010 0.002 0.001 0.021 0.053 0.293 0.001 0.008 0.011 23 A 0.005 0.025 0.031 0.268 0.068 0.122 0.023 0.003 0.006 0.006 0.019 0.038 0.315 0.039 0.002 0.029 24 L 0.031 0.097 0.083 0.167 0.016 0.079 0.015 0.058 0.002 0.002 0.060 0.030 0.300 0.011 0.034 0.015 25 R 0.008 0.137 0.057 0.133 0.012 0.152 0.035 0.013 0.038 0.016 0.044 0.062 0.183 0.018 0.020 0.073 26 R 0.146 0.103 0.108 0.184 0.001 0.044 0.007 0.011 0.010 0.004 0.078 0.052 0.176 0.002 0.023 0.052 27 E 0.035 0.128 0.356 0.248 0.003 0.030 0.009 0.001 0.013 0.003 0.011 0.038 0.069 0.005 0.002 0.047 28 V 0.049 0.020 0.248 0.588 0.001 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.043 0.001 0.004 0.003 29 R 0.004 0.032 0.180 0.443 0.017 0.224 0.005 0.003 0.003 0.001 0.005 0.012 0.063 0.002 0.001 0.008 30 I 0.009 0.033 0.028 0.701 0.038 0.055 0.008 0.009 0.001 0.001 0.058 0.006 0.041 0.008 0.001 0.002 31 Q 0.003 0.159 0.053 0.437 0.012 0.089 0.005 0.086 0.011 0.004 0.012 0.059 0.037 0.004 0.024 0.006 32 N 0.008 0.022 0.015 0.068 0.042 0.525 0.020 0.007 0.038 0.011 0.063 0.014 0.112 0.004 0.004 0.048 33 E 0.029 0.045 0.033 0.019 0.149 0.011 0.191 0.014 0.001 0.002 0.304 0.016 0.025 0.147 0.003 0.009 34 D 0.005 0.050 0.032 0.015 0.001 0.014 0.004 0.249 0.008 0.001 0.003 0.037 0.008 0.002 0.568 0.003 35 G 0.004 0.008 0.070 0.018 0.002 0.003 0.010 0.001 0.080 0.048 0.005 0.002 0.011 0.001 0.002 0.735 36 S 0.670 0.008 0.035 0.013 0.002 0.210 0.004 0.005 0.002 0.001 0.007 0.016 0.019 0.001 0.004 0.004 37 V 0.006 0.148 0.141 0.020 0.003 0.065 0.005 0.004 0.002 0.003 0.549 0.018 0.020 0.001 0.002 0.012 38 S 0.011 0.077 0.011 0.034 0.001 0.232 0.001 0.007 0.005 0.001 0.025 0.555 0.032 0.001 0.005 0.002 39 D 0.010 0.054 0.088 0.066 0.001 0.015 0.002 0.002 0.004 0.001 0.392 0.093 0.233 0.001 0.003 0.037 40 E 0.032 0.065 0.084 0.091 0.002 0.039 0.007 0.001 0.002 0.001 0.017 0.342 0.299 0.002 0.001 0.017 41 I 0.005 0.010 0.214 0.082 0.004 0.041 0.017 0.001 0.001 0.001 0.023 0.012 0.582 0.002 0.003 0.004 42 K 0.002 0.064 0.046 0.139 0.004 0.082 0.008 0.011 0.002 0.001 0.021 0.038 0.561 0.004 0.005 0.013 43 E 0.016 0.088 0.048 0.379 0.005 0.018 0.016 0.004 0.019 0.002 0.031 0.025 0.273 0.007 0.009 0.059 44 R 0.035 0.023 0.268 0.338 0.003 0.030 0.019 0.004 0.005 0.002 0.007 0.016 0.201 0.003 0.008 0.039 45 T 0.033 0.049 0.428 0.321 0.009 0.028 0.023 0.002 0.004 0.002 0.006 0.004 0.054 0.007 0.003 0.027 46 Y 0.028 0.016 0.097 0.704 0.007 0.045 0.002 0.016 0.002 0.002 0.018 0.010 0.040 0.002 0.009 0.003 47 D 0.007 0.068 0.063 0.634 0.014 0.116 0.004 0.004 0.008 0.004 0.005 0.017 0.038 0.003 0.001 0.015 48 L 0.024 0.024 0.034 0.602 0.032 0.090 0.008 0.011 0.002 0.002 0.101 0.008 0.051 0.004 0.004 0.004 49 K 0.004 0.277 0.105 0.386 0.014 0.049 0.005 0.028 0.010 0.004 0.010 0.061 0.028 0.001 0.005 0.011 50 S 0.012 0.011 0.024 0.149 0.147 0.371 0.090 0.012 0.010 0.014 0.045 0.012 0.059 0.035 0.003 0.007 51 K 0.019 0.162 0.051 0.064 0.024 0.024 0.006 0.199 0.007 0.003 0.285 0.031 0.042 0.002 0.068 0.013 52 G 0.007 0.027 0.013 0.037 0.333 0.019 0.103 0.009 0.063 0.051 0.020 0.116 0.012 0.166 0.003 0.021 53 Q 0.091 0.016 0.081 0.031 0.022 0.017 0.032 0.336 0.004 0.002 0.024 0.008 0.029 0.011 0.289 0.006 54 G 0.010 0.096 0.080 0.073 0.009 0.027 0.014 0.027 0.299 0.102 0.014 0.011 0.016 0.006 0.023 0.193 55 R 0.660 0.078 0.042 0.139 0.001 0.006 0.002 0.004 0.026 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.025 56 M 0.040 0.041 0.697 0.206 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 I 0.014 0.010 0.374 0.585 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.015 0.048 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 S 0.001 0.020 0.012 0.961 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 I 0.001 0.003 0.001 0.932 0.007 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 P 0.001 0.075 0.008 0.476 0.063 0.355 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.104 0.002 0.624 0.009 0.081 0.001 0.032 0.005 0.004 0.124 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 64 S 0.006 0.286 0.025 0.410 0.016 0.105 0.003 0.006 0.037 0.006 0.010 0.085 0.002 0.001 0.001 0.004 65 V 0.052 0.043 0.137 0.517 0.005 0.046 0.004 0.017 0.005 0.003 0.122 0.022 0.018 0.001 0.006 0.003 66 P 0.003 0.046 0.028 0.063 0.012 0.710 0.003 0.005 0.004 0.004 0.010 0.082 0.025 0.002 0.001 0.003 67 L 0.011 0.039 0.009 0.074 0.012 0.026 0.006 0.007 0.002 0.001 0.737 0.016 0.050 0.004 0.004 0.002 68 K 0.004 0.086 0.037 0.105 0.002 0.025 0.003 0.016 0.007 0.002 0.014 0.614 0.062 0.002 0.014 0.007 69 E 0.039 0.055 0.169 0.229 0.005 0.015 0.040 0.003 0.025 0.003 0.013 0.008 0.136 0.006 0.007 0.248 70 F 0.085 0.013 0.493 0.205 0.007 0.037 0.022 0.006 0.002 0.002 0.010 0.011 0.080 0.002 0.007 0.017 71 D 0.010 0.047 0.136 0.085 0.117 0.421 0.047 0.011 0.004 0.004 0.017 0.017 0.041 0.033 0.002 0.009 72 Y 0.013 0.072 0.015 0.136 0.006 0.110 0.003 0.136 0.005 0.003 0.400 0.024 0.034 0.002 0.036 0.005 73 N 0.009 0.315 0.038 0.111 0.003 0.054 0.005 0.004 0.123 0.015 0.020 0.192 0.034 0.003 0.005 0.071 74 A 0.330 0.058 0.182 0.259 0.001 0.012 0.004 0.004 0.006 0.001 0.034 0.021 0.058 0.001 0.008 0.024 75 R 0.012 0.031 0.746 0.165 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.010 76 V 0.017 0.008 0.198 0.655 0.018 0.060 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 77 E 0.001 0.071 0.051 0.812 0.006 0.031 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 78 L 0.003 0.011 0.011 0.561 0.069 0.280 0.006 0.003 0.002 0.003 0.017 0.005 0.022 0.004 0.001 0.002 79 I 0.005 0.339 0.066 0.423 0.003 0.017 0.001 0.072 0.006 0.001 0.019 0.018 0.018 0.001 0.009 0.003 80 N 0.008 0.020 0.033 0.399 0.003 0.368 0.004 0.002 0.039 0.020 0.007 0.020 0.048 0.001 0.001 0.028 81 P 0.118 0.061 0.216 0.125 0.006 0.058 0.002 0.006 0.001 0.001 0.297 0.018 0.079 0.001 0.002 0.008 82 I 0.006 0.220 0.077 0.450 0.006 0.051 0.004 0.003 0.004 0.001 0.013 0.129 0.026 0.002 0.002 0.005 83 A 0.009 0.031 0.140 0.395 0.011 0.153 0.013 0.006 0.002 0.001 0.030 0.026 0.170 0.002 0.003 0.005 84 D 0.007 0.145 0.066 0.478 0.003 0.073 0.003 0.008 0.004 0.001 0.023 0.026 0.145 0.001 0.002 0.014 85 T 0.023 0.020 0.035 0.432 0.004 0.086 0.003 0.003 0.005 0.003 0.103 0.062 0.210 0.002 0.001 0.008 86 V 0.010 0.122 0.166 0.407 0.004 0.026 0.003 0.003 0.003 0.001 0.011 0.063 0.165 0.002 0.003 0.011 87 A 0.005 0.010 0.057 0.473 0.008 0.109 0.011 0.003 0.002 0.002 0.014 0.012 0.283 0.006 0.002 0.006 88 T 0.009 0.173 0.098 0.274 0.007 0.075 0.006 0.014 0.004 0.001 0.024 0.024 0.256 0.004 0.011 0.020 89 A 0.015 0.034 0.037 0.396 0.040 0.062 0.041 0.007 0.007 0.006 0.085 0.041 0.159 0.038 0.006 0.025 90 T 0.043 0.122 0.164 0.125 0.078 0.047 0.060 0.041 0.008 0.002 0.030 0.053 0.142 0.021 0.031 0.034 91 Y 0.002 0.003 0.010 0.012 0.402 0.019 0.293 0.007 0.002 0.006 0.021 0.005 0.020 0.190 0.004 0.004 92 Q 0.006 0.017 0.004 0.006 0.004 0.015 0.005 0.684 0.003 0.003 0.014 0.011 0.010 0.004 0.211 0.003 93 G 0.005 0.014 0.008 0.010 0.001 0.002 0.004 0.003 0.669 0.060 0.010 0.008 0.005 0.001 0.009 0.190 94 A 0.899 0.002 0.045 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.006 95 D 0.035 0.064 0.714 0.071 0.003 0.074 0.006 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.011 96 V 0.027 0.030 0.042 0.514 0.002 0.295 0.002 0.006 0.001 0.001 0.052 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 97 D 0.001 0.599 0.034 0.321 0.001 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.003 98 W 0.008 0.002 0.012 0.962 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.004 0.008 0.567 0.399 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 100 I 0.001 0.002 0.019 0.931 0.017 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 101 K 0.001 0.057 0.018 0.670 0.031 0.190 0.002 0.008 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.003 102 A 0.008 0.029 0.004 0.246 0.028 0.444 0.003 0.024 0.005 0.005 0.165 0.014 0.021 0.001 0.001 0.001 103 D 0.005 0.444 0.015 0.171 0.003 0.058 0.001 0.020 0.017 0.003 0.075 0.157 0.026 0.001 0.002 0.004 104 D 0.031 0.113 0.049 0.490 0.001 0.041 0.002 0.003 0.022 0.004 0.031 0.088 0.094 0.001 0.004 0.026 105 I 0.030 0.019 0.550 0.241 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.086 0.001 0.002 0.014 106 V 0.009 0.029 0.268 0.564 0.004 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.067 0.002 0.001 0.006 107 L 0.002 0.032 0.081 0.595 0.033 0.144 0.010 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.074 0.005 0.001 0.007 108 T 0.005 0.074 0.028 0.197 0.074 0.410 0.019 0.031 0.003 0.002 0.050 0.012 0.069 0.012 0.006 0.008 109 K 0.009 0.209 0.037 0.117 0.039 0.060 0.024 0.067 0.015 0.010 0.252 0.046 0.041 0.021 0.026 0.027 110 D 0.026 0.090 0.047 0.062 0.008 0.213 0.017 0.046 0.045 0.016 0.049 0.172 0.090 0.015 0.068 0.036 111 S 0.057 0.086 0.104 0.030 0.004 0.048 0.012 0.011 0.021 0.008 0.244 0.040 0.176 0.008 0.032 0.120 112 S 0.115 0.104 0.095 0.052 0.005 0.056 0.013 0.009 0.008 0.004 0.063 0.270 0.145 0.017 0.019 0.025 113 S 0.034 0.089 0.273 0.084 0.008 0.065 0.033 0.012 0.007 0.002 0.042 0.056 0.212 0.016 0.032 0.033 114 F 0.023 0.049 0.188 0.163 0.020 0.094 0.048 0.016 0.011 0.005 0.047 0.041 0.216 0.014 0.025 0.038 115 K 0.047 0.089 0.126 0.260 0.012 0.080 0.030 0.028 0.011 0.006 0.049 0.042 0.156 0.010 0.018 0.037 116 A 0.042 0.108 0.162 0.383 0.007 0.033 0.016 0.014 0.030 0.007 0.026 0.028 0.074 0.003 0.011 0.055 117 Q 0.049 0.020 0.150 0.249 0.027 0.221 0.033 0.008 0.011 0.008 0.025 0.043 0.128 0.012 0.004 0.012 118 P 0.023 0.099 0.091 0.182 0.033 0.123 0.012 0.063 0.004 0.003 0.183 0.036 0.110 0.016 0.014 0.007 119 Q 0.012 0.145 0.028 0.291 0.013 0.074 0.010 0.037 0.043 0.011 0.066 0.137 0.078 0.010 0.021 0.024 120 A 0.053 0.057 0.151 0.197 0.014 0.069 0.049 0.011 0.027 0.010 0.043 0.057 0.169 0.013 0.018 0.062 121 K 0.066 0.099 0.207 0.201 0.009 0.093 0.031 0.026 0.008 0.004 0.047 0.029 0.117 0.008 0.024 0.029 122 K 0.037 0.135 0.221 0.370 0.005 0.030 0.017 0.011 0.027 0.005 0.021 0.020 0.045 0.004 0.008 0.045 123 E 0.057 0.025 0.226 0.450 0.010 0.093 0.018 0.006 0.008 0.005 0.013 0.023 0.047 0.004 0.005 0.010 124 P 0.022 0.077 0.212 0.457 0.016 0.073 0.007 0.024 0.005 0.003 0.035 0.016 0.037 0.004 0.004 0.009 125 T 0.016 0.066 0.037 0.500 0.021 0.194 0.010 0.014 0.018 0.005 0.029 0.038 0.037 0.004 0.004 0.007 126 Q 0.025 0.089 0.085 0.287 0.042 0.118 0.026 0.028 0.008 0.006 0.140 0.048 0.072 0.008 0.006 0.012 127 D 0.018 0.121 0.049 0.157 0.058 0.178 0.038 0.066 0.018 0.009 0.071 0.111 0.059 0.019 0.017 0.010 128 K 0.026 0.071 0.083 0.166 0.030 0.056 0.049 0.058 0.037 0.015 0.184 0.054 0.087 0.014 0.037 0.034