# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.752 0.004 0.003 0.009 0.019 0.017 0.005 0.001 0.051 0.105 2 M 0.035 0.136 0.089 0.017 0.068 0.071 0.048 0.005 0.007 0.382 0.143 3 R 0.162 0.061 0.069 0.034 0.043 0.076 0.054 0.010 0.016 0.271 0.204 4 L 0.482 0.032 0.011 0.015 0.019 0.024 0.056 0.013 0.004 0.046 0.299 5 A 0.065 0.009 0.004 0.024 0.027 0.069 0.115 0.004 0.002 0.028 0.651 6 N 0.003 0.003 0.001 0.030 0.027 0.088 0.110 0.001 0.001 0.016 0.723 7 G 0.004 0.003 0.001 0.159 0.099 0.128 0.109 0.001 0.001 0.035 0.464 8 I 0.005 0.003 0.001 0.261 0.277 0.155 0.054 0.001 0.001 0.037 0.206 9 V 0.006 0.003 0.001 0.193 0.140 0.162 0.064 0.001 0.001 0.055 0.376 10 L 0.018 0.003 0.001 0.283 0.070 0.090 0.081 0.001 0.001 0.070 0.382 11 D 0.250 0.010 0.002 0.151 0.034 0.037 0.066 0.004 0.001 0.102 0.345 12 K 0.093 0.019 0.002 0.037 0.019 0.024 0.128 0.006 0.001 0.042 0.630 13 D 0.037 0.022 0.004 0.014 0.018 0.029 0.104 0.002 0.001 0.043 0.726 14 T 0.051 0.062 0.005 0.025 0.061 0.075 0.093 0.004 0.001 0.050 0.574 15 T 0.056 0.241 0.002 0.026 0.062 0.125 0.065 0.006 0.001 0.050 0.367 16 F 0.062 0.262 0.002 0.018 0.043 0.084 0.059 0.005 0.001 0.053 0.410 17 G 0.018 0.173 0.001 0.023 0.175 0.275 0.048 0.002 0.001 0.039 0.248 18 E 0.012 0.098 0.001 0.035 0.097 0.303 0.043 0.002 0.001 0.202 0.206 19 L 0.014 0.120 0.003 0.059 0.214 0.176 0.056 0.002 0.001 0.203 0.153 20 K 0.021 0.448 0.004 0.038 0.131 0.134 0.026 0.005 0.001 0.078 0.114 21 F 0.062 0.500 0.006 0.022 0.059 0.098 0.027 0.014 0.002 0.061 0.149 22 S 0.106 0.301 0.016 0.031 0.071 0.120 0.044 0.012 0.005 0.095 0.198 23 A 0.082 0.122 0.035 0.028 0.099 0.170 0.050 0.010 0.005 0.087 0.313 24 L 0.133 0.107 0.009 0.042 0.107 0.121 0.077 0.008 0.002 0.050 0.342 25 R 0.132 0.070 0.007 0.012 0.045 0.065 0.084 0.006 0.002 0.046 0.530 26 R 0.022 0.049 0.001 0.030 0.082 0.144 0.112 0.002 0.001 0.036 0.521 27 E 0.033 0.056 0.004 0.035 0.053 0.142 0.089 0.004 0.001 0.053 0.529 28 V 0.009 0.007 0.001 0.039 0.256 0.247 0.102 0.001 0.001 0.047 0.291 29 R 0.037 0.019 0.002 0.096 0.147 0.253 0.050 0.003 0.001 0.065 0.326 30 I 0.035 0.007 0.002 0.059 0.190 0.204 0.078 0.002 0.001 0.054 0.369 31 Q 0.033 0.006 0.004 0.081 0.095 0.142 0.083 0.003 0.001 0.045 0.508 32 N 0.276 0.006 0.003 0.040 0.059 0.060 0.064 0.004 0.001 0.059 0.429 33 E 0.100 0.006 0.001 0.033 0.023 0.027 0.106 0.003 0.001 0.025 0.675 34 D 0.020 0.004 0.001 0.013 0.018 0.022 0.113 0.001 0.001 0.029 0.780 35 G 0.010 0.006 0.001 0.027 0.044 0.049 0.138 0.001 0.001 0.038 0.684 36 S 0.054 0.061 0.001 0.026 0.041 0.046 0.109 0.005 0.001 0.060 0.596 37 V 0.128 0.192 0.002 0.012 0.034 0.039 0.077 0.013 0.001 0.058 0.445 38 S 0.068 0.327 0.003 0.008 0.029 0.051 0.065 0.005 0.001 0.067 0.376 39 D 0.040 0.238 0.003 0.015 0.053 0.120 0.061 0.003 0.001 0.084 0.383 40 E 0.074 0.191 0.006 0.025 0.066 0.173 0.072 0.006 0.002 0.101 0.285 41 I 0.073 0.038 0.012 0.020 0.083 0.136 0.089 0.007 0.004 0.204 0.335 42 K 0.057 0.038 0.007 0.047 0.157 0.218 0.075 0.003 0.001 0.069 0.329 43 E 0.054 0.036 0.002 0.019 0.058 0.097 0.077 0.002 0.001 0.052 0.601 44 R 0.017 0.029 0.002 0.051 0.180 0.174 0.095 0.002 0.001 0.041 0.410 45 T 0.022 0.058 0.002 0.038 0.085 0.207 0.086 0.003 0.001 0.057 0.441 46 Y 0.007 0.009 0.001 0.035 0.227 0.233 0.091 0.001 0.001 0.051 0.346 47 D 0.015 0.015 0.002 0.070 0.165 0.299 0.059 0.001 0.001 0.097 0.278 48 L 0.036 0.015 0.002 0.034 0.127 0.167 0.094 0.003 0.001 0.075 0.447 49 K 0.093 0.017 0.005 0.042 0.099 0.133 0.077 0.006 0.002 0.081 0.447 50 S 0.247 0.010 0.007 0.023 0.035 0.063 0.064 0.004 0.002 0.077 0.468 51 K 0.059 0.003 0.004 0.014 0.038 0.040 0.084 0.001 0.001 0.039 0.716 52 G 0.099 0.003 0.004 0.010 0.029 0.037 0.091 0.003 0.001 0.049 0.674 53 Q 0.059 0.002 0.002 0.013 0.063 0.070 0.118 0.001 0.001 0.055 0.617 54 G 0.009 0.001 0.001 0.019 0.035 0.063 0.126 0.001 0.001 0.045 0.701 55 R 0.002 0.001 0.001 0.059 0.239 0.323 0.077 0.001 0.001 0.042 0.257 56 M 0.001 0.001 0.001 0.129 0.173 0.337 0.057 0.001 0.001 0.050 0.252 57 I 0.001 0.001 0.001 0.235 0.385 0.257 0.018 0.001 0.001 0.015 0.089 58 Q 0.003 0.001 0.001 0.306 0.223 0.278 0.021 0.001 0.001 0.028 0.140 59 V 0.001 0.001 0.001 0.223 0.333 0.236 0.045 0.001 0.001 0.019 0.143 60 S 0.005 0.001 0.001 0.276 0.175 0.198 0.044 0.001 0.001 0.044 0.255 61 I 0.059 0.004 0.001 0.206 0.132 0.090 0.088 0.005 0.001 0.058 0.356 62 P 0.313 0.005 0.003 0.039 0.014 0.016 0.102 0.008 0.001 0.061 0.438 63 A 0.006 0.002 0.001 0.019 0.022 0.053 0.164 0.001 0.001 0.010 0.723 64 S 0.022 0.010 0.001 0.012 0.003 0.010 0.061 0.001 0.001 0.015 0.866 65 V 0.020 0.011 0.002 0.012 0.061 0.049 0.203 0.002 0.001 0.034 0.607 66 P 0.119 0.113 0.003 0.016 0.014 0.034 0.092 0.011 0.001 0.050 0.547 67 L 0.395 0.042 0.001 0.005 0.009 0.014 0.056 0.008 0.001 0.032 0.436 68 K 0.053 0.040 0.002 0.015 0.023 0.048 0.108 0.002 0.001 0.034 0.674 69 E 0.018 0.013 0.004 0.012 0.017 0.060 0.087 0.001 0.001 0.064 0.723 70 F 0.050 0.013 0.004 0.024 0.069 0.072 0.157 0.002 0.001 0.048 0.559 71 D 0.290 0.030 0.005 0.011 0.022 0.034 0.062 0.008 0.002 0.061 0.475 72 Y 0.082 0.020 0.002 0.017 0.030 0.047 0.108 0.004 0.001 0.034 0.654 73 N 0.044 0.015 0.003 0.016 0.021 0.047 0.090 0.001 0.001 0.038 0.725 74 A 0.009 0.005 0.001 0.063 0.153 0.185 0.112 0.001 0.001 0.039 0.432 75 R 0.007 0.008 0.001 0.138 0.096 0.226 0.089 0.001 0.001 0.065 0.369 76 V 0.007 0.004 0.001 0.131 0.203 0.201 0.074 0.001 0.001 0.043 0.335 77 E 0.009 0.005 0.001 0.297 0.162 0.223 0.045 0.001 0.001 0.043 0.215 78 L 0.003 0.005 0.001 0.212 0.134 0.154 0.066 0.001 0.001 0.062 0.362 79 I 0.018 0.044 0.001 0.254 0.101 0.098 0.083 0.003 0.001 0.054 0.343 80 N 0.171 0.188 0.003 0.056 0.046 0.056 0.066 0.013 0.001 0.133 0.269 81 P 0.037 0.103 0.003 0.046 0.018 0.033 0.123 0.005 0.001 0.285 0.346 82 I 0.018 0.327 0.005 0.062 0.019 0.048 0.073 0.005 0.001 0.191 0.252 83 A 0.032 0.668 0.003 0.019 0.011 0.019 0.035 0.014 0.001 0.058 0.140 84 D 0.039 0.161 0.006 0.013 0.012 0.019 0.029 0.007 0.002 0.627 0.085 85 T 0.028 0.516 0.007 0.018 0.019 0.037 0.040 0.006 0.002 0.178 0.150 86 V 0.031 0.226 0.011 0.019 0.020 0.033 0.052 0.009 0.002 0.448 0.149 87 A 0.058 0.170 0.027 0.033 0.052 0.078 0.115 0.018 0.007 0.189 0.253 88 T 0.125 0.145 0.008 0.017 0.031 0.061 0.077 0.006 0.004 0.160 0.366 89 A 0.056 0.036 0.032 0.030 0.032 0.061 0.098 0.014 0.007 0.104 0.530 90 T 0.291 0.021 0.011 0.017 0.027 0.042 0.138 0.005 0.003 0.080 0.364 91 Y 0.176 0.007 0.004 0.014 0.015 0.019 0.094 0.003 0.001 0.034 0.631 92 Q 0.041 0.008 0.001 0.016 0.011 0.017 0.125 0.001 0.001 0.021 0.758 93 G 0.046 0.008 0.002 0.017 0.016 0.024 0.127 0.002 0.001 0.032 0.725 94 A 0.010 0.007 0.001 0.022 0.073 0.078 0.174 0.001 0.001 0.031 0.603 95 D 0.044 0.062 0.002 0.055 0.060 0.148 0.093 0.004 0.001 0.063 0.468 96 V 0.029 0.056 0.001 0.065 0.120 0.174 0.089 0.003 0.001 0.048 0.416 97 D 0.018 0.067 0.002 0.118 0.118 0.295 0.056 0.003 0.001 0.058 0.265 98 W 0.021 0.031 0.001 0.142 0.179 0.352 0.044 0.002 0.001 0.034 0.193 99 Y 0.025 0.015 0.002 0.239 0.179 0.221 0.046 0.002 0.001 0.103 0.168 100 I 0.005 0.015 0.007 0.254 0.231 0.202 0.052 0.001 0.001 0.058 0.174 101 K 0.116 0.107 0.006 0.098 0.123 0.193 0.056 0.009 0.001 0.072 0.219 102 A 0.326 0.070 0.004 0.058 0.067 0.113 0.077 0.017 0.001 0.069 0.199 103 D 0.013 0.027 0.003 0.051 0.072 0.221 0.137 0.003 0.001 0.060 0.413 104 D 0.008 0.010 0.002 0.145 0.115 0.350 0.074 0.001 0.001 0.097 0.197 105 I 0.008 0.011 0.002 0.195 0.250 0.242 0.059 0.001 0.001 0.068 0.165 106 V 0.010 0.015 0.002 0.144 0.259 0.215 0.054 0.002 0.001 0.054 0.244 107 L 0.028 0.008 0.003 0.103 0.151 0.188 0.073 0.003 0.001 0.090 0.353 108 T 0.097 0.008 0.003 0.106 0.073 0.099 0.103 0.004 0.001 0.142 0.364 109 K 0.070 0.010 0.003 0.049 0.027 0.032 0.134 0.004 0.001 0.082 0.590 110 D 0.072 0.018 0.003 0.019 0.023 0.026 0.142 0.005 0.001 0.039 0.652 111 S 0.088 0.033 0.003 0.014 0.014 0.019 0.104 0.006 0.001 0.042 0.675 112 S 0.074 0.041 0.004 0.025 0.020 0.031 0.107 0.008 0.001 0.056 0.634 113 S 0.078 0.039 0.003 0.027 0.022 0.042 0.110 0.010 0.001 0.064 0.605 114 F 0.082 0.018 0.002 0.016 0.024 0.034 0.120 0.004 0.001 0.074 0.625 115 K 0.010 0.017 0.001 0.016 0.035 0.049 0.139 0.001 0.001 0.055 0.676 116 A 0.037 0.069 0.003 0.010 0.013 0.025 0.102 0.006 0.001 0.046 0.688 117 Q 0.312 0.101 0.006 0.015 0.014 0.016 0.090 0.026 0.005 0.070 0.346 118 P 0.218 0.082 0.008 0.010 0.006 0.010 0.075 0.020 0.007 0.037 0.527 119 Q 0.195 0.033 0.005 0.015 0.010 0.021 0.075 0.011 0.002 0.040 0.593 120 A 0.106 0.013 0.003 0.009 0.006 0.011 0.099 0.004 0.001 0.040 0.707 121 K 0.020 0.007 0.002 0.008 0.013 0.018 0.154 0.001 0.001 0.043 0.734 122 K 0.019 0.013 0.001 0.007 0.009 0.014 0.111 0.002 0.001 0.029 0.794 123 E 0.119 0.024 0.003 0.009 0.014 0.017 0.114 0.008 0.002 0.046 0.645 124 P 0.087 0.014 0.003 0.009 0.013 0.019 0.101 0.006 0.002 0.037 0.708 125 T 0.136 0.008 0.004 0.010 0.013 0.023 0.078 0.003 0.001 0.036 0.688 126 Q 0.060 0.005 0.001 0.013 0.013 0.023 0.102 0.001 0.001 0.022 0.759 127 D 0.037 0.004 0.001 0.011 0.007 0.013 0.098 0.001 0.001 0.018 0.810 128 K 0.016 0.004 0.001 0.016 0.020 0.029 0.129 0.001 0.001 0.019 0.766