# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.151 0.084 0.056 0.134 0.129 0.106 0.141 0.091 0.057 0.032 0.018 2 M 0.087 0.042 0.049 0.077 0.077 0.086 0.145 0.130 0.130 0.106 0.072 3 R 0.038 0.061 0.066 0.160 0.164 0.144 0.152 0.090 0.067 0.036 0.023 4 L 0.007 0.009 0.016 0.029 0.050 0.044 0.115 0.175 0.193 0.173 0.191 5 A 0.014 0.033 0.058 0.108 0.130 0.122 0.144 0.117 0.115 0.096 0.064 6 N 0.081 0.115 0.146 0.206 0.139 0.093 0.101 0.052 0.038 0.019 0.009 7 G 0.144 0.077 0.053 0.150 0.123 0.108 0.133 0.083 0.062 0.042 0.025 8 I 0.029 0.025 0.017 0.032 0.036 0.057 0.110 0.121 0.200 0.203 0.171 9 V 0.040 0.059 0.042 0.122 0.148 0.138 0.155 0.106 0.092 0.056 0.041 10 L 0.016 0.011 0.024 0.029 0.054 0.044 0.105 0.163 0.171 0.160 0.222 11 D 0.057 0.204 0.135 0.206 0.150 0.078 0.069 0.041 0.030 0.020 0.010 12 K 0.110 0.077 0.046 0.151 0.134 0.104 0.158 0.094 0.069 0.038 0.019 13 D 0.479 0.163 0.063 0.128 0.056 0.039 0.034 0.018 0.010 0.007 0.003 14 T 0.070 0.115 0.097 0.199 0.144 0.124 0.111 0.063 0.039 0.025 0.012 15 T 0.069 0.106 0.059 0.099 0.106 0.133 0.154 0.106 0.079 0.057 0.032 16 F 0.033 0.041 0.037 0.077 0.099 0.119 0.168 0.131 0.126 0.099 0.071 17 G 0.173 0.131 0.150 0.168 0.110 0.076 0.086 0.052 0.030 0.017 0.007 18 E 0.115 0.130 0.094 0.295 0.159 0.078 0.067 0.031 0.018 0.008 0.004 19 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.016 0.046 0.097 0.206 0.270 0.345 20 K 0.017 0.072 0.073 0.242 0.252 0.138 0.097 0.055 0.030 0.014 0.009 21 F 0.006 0.005 0.025 0.025 0.043 0.054 0.119 0.168 0.182 0.196 0.178 22 S 0.007 0.010 0.023 0.047 0.077 0.139 0.187 0.131 0.163 0.132 0.083 23 A 0.023 0.019 0.031 0.058 0.069 0.075 0.172 0.139 0.185 0.145 0.084 24 L 0.016 0.023 0.046 0.084 0.107 0.156 0.219 0.123 0.112 0.077 0.038 25 R 0.044 0.111 0.125 0.174 0.130 0.114 0.135 0.067 0.052 0.032 0.015 26 R 0.119 0.109 0.088 0.167 0.131 0.113 0.135 0.074 0.035 0.019 0.010 27 E 0.203 0.158 0.128 0.182 0.112 0.072 0.068 0.038 0.021 0.012 0.006 28 V 0.046 0.030 0.047 0.073 0.088 0.143 0.223 0.138 0.102 0.074 0.035 29 R 0.057 0.106 0.171 0.214 0.149 0.111 0.097 0.046 0.026 0.016 0.007 30 I 0.022 0.026 0.065 0.058 0.071 0.125 0.199 0.131 0.137 0.110 0.055 31 Q 0.064 0.106 0.156 0.214 0.152 0.091 0.097 0.059 0.032 0.019 0.008 32 N 0.099 0.132 0.150 0.167 0.111 0.094 0.113 0.066 0.035 0.023 0.008 33 E 0.151 0.171 0.129 0.188 0.124 0.089 0.073 0.041 0.019 0.011 0.005 34 D 0.406 0.224 0.082 0.116 0.062 0.036 0.037 0.022 0.009 0.005 0.002 35 G 0.347 0.107 0.053 0.101 0.088 0.079 0.101 0.058 0.035 0.021 0.010 36 S 0.299 0.210 0.076 0.111 0.076 0.058 0.067 0.041 0.030 0.022 0.011 37 V 0.071 0.240 0.079 0.160 0.125 0.110 0.106 0.054 0.031 0.018 0.007 38 S 0.295 0.205 0.077 0.144 0.101 0.069 0.058 0.030 0.013 0.006 0.003 39 D 0.629 0.104 0.068 0.089 0.044 0.025 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 40 E 0.134 0.145 0.081 0.251 0.161 0.088 0.085 0.036 0.013 0.005 0.002 41 I 0.006 0.008 0.009 0.011 0.019 0.028 0.076 0.105 0.221 0.267 0.250 42 K 0.027 0.076 0.141 0.242 0.228 0.127 0.096 0.038 0.015 0.007 0.002 43 E 0.062 0.106 0.522 0.202 0.061 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 44 R 0.008 0.012 0.025 0.048 0.078 0.222 0.292 0.156 0.088 0.053 0.019 45 T 0.066 0.118 0.094 0.165 0.120 0.095 0.117 0.102 0.064 0.043 0.015 46 Y 0.014 0.013 0.044 0.049 0.066 0.143 0.273 0.179 0.116 0.078 0.026 47 D 0.090 0.153 0.313 0.268 0.106 0.036 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 48 L 0.007 0.003 0.009 0.008 0.017 0.028 0.089 0.149 0.205 0.209 0.278 49 K 0.045 0.121 0.097 0.239 0.228 0.098 0.083 0.048 0.023 0.011 0.006 50 S 0.008 0.009 0.017 0.017 0.030 0.044 0.131 0.143 0.199 0.199 0.202 51 K 0.194 0.196 0.188 0.253 0.116 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 52 G 0.402 0.135 0.060 0.104 0.068 0.051 0.084 0.045 0.027 0.015 0.008 53 Q 0.040 0.065 0.037 0.126 0.129 0.119 0.155 0.125 0.092 0.064 0.047 54 G 0.214 0.196 0.103 0.142 0.102 0.082 0.078 0.039 0.023 0.014 0.006 55 R 0.137 0.133 0.163 0.224 0.125 0.091 0.069 0.032 0.015 0.008 0.004 56 M 0.117 0.104 0.091 0.162 0.125 0.094 0.130 0.078 0.051 0.031 0.016 57 I 0.012 0.011 0.013 0.025 0.032 0.060 0.142 0.150 0.232 0.205 0.118 58 Q 0.038 0.134 0.161 0.266 0.172 0.095 0.058 0.033 0.023 0.013 0.008 59 V 0.010 0.006 0.015 0.018 0.030 0.042 0.099 0.169 0.200 0.213 0.199 60 S 0.039 0.068 0.053 0.149 0.175 0.121 0.132 0.110 0.073 0.048 0.031 61 I 0.011 0.009 0.011 0.024 0.042 0.040 0.120 0.205 0.204 0.182 0.152 62 P 0.087 0.127 0.098 0.208 0.163 0.094 0.080 0.053 0.042 0.030 0.019 63 A 0.103 0.050 0.044 0.095 0.110 0.099 0.200 0.128 0.094 0.047 0.032 64 S 0.309 0.340 0.079 0.154 0.059 0.024 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 65 V 0.043 0.034 0.020 0.050 0.070 0.081 0.155 0.127 0.159 0.130 0.130 66 P 0.463 0.264 0.068 0.126 0.047 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 67 L 0.065 0.068 0.069 0.137 0.122 0.139 0.148 0.086 0.079 0.057 0.031 68 K 0.077 0.104 0.076 0.147 0.142 0.141 0.136 0.088 0.048 0.029 0.014 69 E 0.106 0.206 0.115 0.249 0.130 0.075 0.063 0.031 0.015 0.008 0.003 70 F 0.020 0.007 0.013 0.020 0.037 0.084 0.200 0.180 0.186 0.156 0.097 71 D 0.149 0.446 0.159 0.174 0.048 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 72 Y 0.030 0.042 0.033 0.083 0.126 0.155 0.250 0.142 0.074 0.044 0.021 73 N 0.589 0.223 0.066 0.071 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 74 A 0.150 0.112 0.071 0.153 0.105 0.134 0.155 0.070 0.032 0.014 0.005 75 R 0.171 0.255 0.125 0.261 0.111 0.036 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 76 V 0.004 0.002 0.005 0.006 0.012 0.031 0.102 0.126 0.234 0.255 0.222 77 E 0.016 0.137 0.277 0.344 0.151 0.048 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 78 L 0.002 0.002 0.013 0.012 0.024 0.034 0.083 0.138 0.194 0.221 0.276 79 I 0.009 0.019 0.030 0.063 0.099 0.130 0.180 0.156 0.141 0.108 0.065 80 N 0.019 0.025 0.043 0.081 0.087 0.100 0.174 0.142 0.152 0.110 0.067 81 P 0.031 0.025 0.059 0.091 0.109 0.113 0.166 0.153 0.112 0.085 0.057 82 I 0.024 0.048 0.046 0.118 0.132 0.116 0.191 0.135 0.099 0.059 0.032 83 A 0.008 0.007 0.011 0.018 0.027 0.033 0.091 0.156 0.212 0.220 0.217 84 D 0.057 0.086 0.086 0.212 0.193 0.125 0.106 0.055 0.041 0.024 0.017 85 T 0.016 0.012 0.024 0.032 0.045 0.049 0.110 0.153 0.192 0.181 0.185 86 V 0.028 0.050 0.045 0.151 0.186 0.133 0.148 0.102 0.077 0.047 0.032 87 A 0.010 0.009 0.015 0.023 0.032 0.042 0.111 0.131 0.208 0.212 0.207 88 T 0.045 0.066 0.108 0.216 0.187 0.132 0.106 0.057 0.042 0.026 0.016 89 A 0.066 0.063 0.069 0.124 0.119 0.118 0.168 0.104 0.081 0.055 0.033 90 T 0.058 0.074 0.050 0.113 0.103 0.096 0.132 0.105 0.109 0.091 0.071 91 Y 0.055 0.055 0.031 0.087 0.104 0.129 0.179 0.117 0.104 0.086 0.052 92 Q 0.224 0.196 0.120 0.191 0.101 0.060 0.050 0.029 0.016 0.009 0.004 93 G 0.163 0.138 0.058 0.170 0.132 0.117 0.110 0.052 0.031 0.019 0.012 94 A 0.028 0.017 0.011 0.023 0.029 0.048 0.097 0.119 0.205 0.204 0.219 95 D 0.097 0.179 0.067 0.242 0.181 0.090 0.071 0.035 0.021 0.011 0.007 96 V 0.003 0.004 0.007 0.011 0.019 0.031 0.068 0.102 0.207 0.229 0.321 97 D 0.069 0.096 0.069 0.215 0.210 0.118 0.096 0.056 0.035 0.021 0.014 98 W 0.007 0.009 0.017 0.036 0.048 0.081 0.170 0.172 0.199 0.158 0.102 99 Y 0.011 0.019 0.029 0.090 0.122 0.126 0.157 0.130 0.126 0.099 0.090 100 I 0.004 0.004 0.009 0.014 0.021 0.033 0.088 0.117 0.231 0.245 0.234 101 K 0.012 0.040 0.069 0.180 0.204 0.142 0.150 0.082 0.061 0.036 0.025 102 A 0.002 0.003 0.010 0.014 0.027 0.034 0.093 0.145 0.217 0.231 0.223 103 D 0.021 0.050 0.068 0.140 0.134 0.127 0.153 0.106 0.100 0.067 0.034 104 D 0.009 0.015 0.025 0.057 0.076 0.096 0.184 0.172 0.162 0.122 0.082 105 I 0.012 0.013 0.019 0.032 0.043 0.069 0.110 0.120 0.191 0.210 0.181 106 V 0.009 0.012 0.020 0.044 0.077 0.084 0.162 0.156 0.174 0.146 0.115 107 L 0.004 0.005 0.014 0.019 0.035 0.046 0.101 0.134 0.217 0.237 0.188 108 T 0.020 0.056 0.077 0.148 0.154 0.133 0.172 0.088 0.077 0.049 0.025 109 K 0.128 0.164 0.113 0.190 0.119 0.094 0.096 0.045 0.028 0.015 0.008 110 D 0.299 0.282 0.068 0.144 0.071 0.047 0.045 0.022 0.011 0.007 0.004 111 S 0.345 0.168 0.040 0.107 0.078 0.070 0.079 0.049 0.031 0.021 0.012 112 S 0.533 0.198 0.053 0.094 0.051 0.027 0.022 0.012 0.006 0.003 0.002 113 S 0.159 0.147 0.071 0.147 0.111 0.115 0.110 0.060 0.041 0.026 0.012 114 F 0.061 0.079 0.039 0.083 0.087 0.134 0.183 0.118 0.104 0.075 0.037 115 K 0.196 0.210 0.115 0.216 0.120 0.057 0.042 0.024 0.011 0.005 0.002 116 A 0.211 0.167 0.096 0.150 0.097 0.086 0.087 0.053 0.027 0.017 0.008 117 Q 0.164 0.173 0.067 0.179 0.131 0.089 0.090 0.055 0.029 0.016 0.007 118 P 0.376 0.145 0.063 0.119 0.084 0.063 0.071 0.043 0.020 0.011 0.004 119 Q 0.221 0.170 0.133 0.193 0.107 0.070 0.055 0.028 0.013 0.008 0.003 120 A 0.105 0.121 0.077 0.127 0.105 0.112 0.149 0.092 0.058 0.038 0.016 121 K 0.137 0.170 0.100 0.182 0.131 0.094 0.089 0.051 0.025 0.014 0.006 122 K 0.269 0.216 0.152 0.159 0.082 0.046 0.039 0.021 0.009 0.005 0.002 123 E 0.269 0.158 0.105 0.171 0.109 0.066 0.061 0.035 0.015 0.008 0.003 124 P 0.279 0.163 0.070 0.122 0.091 0.075 0.090 0.056 0.029 0.017 0.007 125 T 0.177 0.203 0.108 0.163 0.110 0.079 0.076 0.044 0.022 0.013 0.005 126 Q 0.228 0.197 0.123 0.160 0.103 0.065 0.064 0.035 0.015 0.008 0.003 127 D 0.315 0.253 0.117 0.141 0.070 0.039 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 128 K 0.346 0.172 0.083 0.148 0.098 0.053 0.050 0.029 0.012 0.005 0.003