# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.107 0.006 0.058 0.071 0.170 0.064 0.003 0.001 0.006 0.457 2 M 0.069 0.111 0.005 0.086 0.197 0.276 0.029 0.002 0.001 0.003 0.223 3 R 0.030 0.127 0.004 0.056 0.179 0.210 0.052 0.003 0.001 0.004 0.335 4 L 0.054 0.180 0.005 0.066 0.193 0.276 0.032 0.002 0.001 0.003 0.189 5 A 0.054 0.229 0.002 0.064 0.109 0.239 0.061 0.011 0.001 0.005 0.226 6 N 0.155 0.146 0.010 0.059 0.088 0.128 0.072 0.017 0.001 0.011 0.314 7 G 0.265 0.084 0.015 0.065 0.044 0.075 0.053 0.022 0.001 0.017 0.359 8 I 0.247 0.025 0.072 0.119 0.107 0.112 0.080 0.005 0.001 0.010 0.222 9 V 0.010 0.009 0.009 0.124 0.062 0.086 0.063 0.002 0.001 0.005 0.630 10 L 0.014 0.005 0.010 0.192 0.107 0.279 0.044 0.001 0.001 0.004 0.345 11 D 0.008 0.007 0.001 0.134 0.073 0.134 0.184 0.001 0.001 0.004 0.455 12 K 0.002 0.001 0.001 0.017 0.005 0.013 0.025 0.001 0.001 0.001 0.935 13 D 0.005 0.005 0.001 0.023 0.012 0.023 0.588 0.001 0.001 0.004 0.340 14 T 0.299 0.008 0.001 0.015 0.006 0.010 0.356 0.001 0.001 0.022 0.281 15 T 0.223 0.216 0.002 0.021 0.020 0.024 0.144 0.001 0.001 0.007 0.342 16 F 0.100 0.261 0.017 0.033 0.074 0.076 0.081 0.003 0.001 0.010 0.345 17 G 0.060 0.203 0.008 0.030 0.047 0.070 0.108 0.004 0.001 0.008 0.462 18 E 0.126 0.167 0.024 0.027 0.037 0.075 0.146 0.006 0.001 0.007 0.385 19 L 0.092 0.322 0.012 0.033 0.106 0.127 0.055 0.005 0.001 0.006 0.241 20 K 0.055 0.265 0.021 0.043 0.138 0.186 0.046 0.007 0.001 0.006 0.233 21 F 0.044 0.306 0.014 0.039 0.109 0.143 0.036 0.003 0.001 0.002 0.304 22 S 0.056 0.202 0.002 0.045 0.147 0.259 0.034 0.002 0.001 0.002 0.251 23 A 0.059 0.275 0.006 0.028 0.097 0.124 0.081 0.008 0.001 0.007 0.315 24 L 0.093 0.277 0.008 0.031 0.063 0.171 0.073 0.009 0.001 0.004 0.271 25 R 0.110 0.264 0.008 0.028 0.052 0.160 0.082 0.016 0.001 0.008 0.272 26 R 0.128 0.245 0.016 0.019 0.052 0.089 0.044 0.011 0.001 0.009 0.387 27 E 0.137 0.173 0.023 0.021 0.048 0.086 0.110 0.013 0.001 0.007 0.380 28 V 0.093 0.165 0.027 0.037 0.141 0.171 0.047 0.004 0.001 0.006 0.308 29 R 0.033 0.108 0.005 0.041 0.247 0.318 0.038 0.003 0.001 0.003 0.203 30 I 0.040 0.101 0.008 0.042 0.258 0.264 0.031 0.002 0.001 0.002 0.251 31 Q 0.033 0.112 0.002 0.053 0.188 0.324 0.058 0.004 0.001 0.003 0.224 32 N 0.066 0.065 0.003 0.031 0.177 0.223 0.057 0.007 0.001 0.010 0.362 33 E 0.119 0.055 0.010 0.031 0.048 0.065 0.071 0.004 0.001 0.008 0.590 34 D 0.029 0.017 0.003 0.010 0.029 0.041 0.159 0.004 0.001 0.010 0.697 35 G 0.245 0.013 0.024 0.023 0.028 0.060 0.162 0.003 0.001 0.044 0.399 36 S 0.075 0.013 0.008 0.008 0.039 0.035 0.478 0.002 0.001 0.015 0.328 37 V 0.055 0.009 0.024 0.011 0.010 0.028 0.123 0.001 0.001 0.014 0.727 38 S 0.007 0.016 0.001 0.009 0.021 0.037 0.467 0.001 0.001 0.005 0.436 39 D 0.124 0.016 0.004 0.010 0.026 0.030 0.198 0.001 0.001 0.025 0.567 40 E 0.075 0.127 0.003 0.016 0.022 0.033 0.335 0.001 0.001 0.005 0.383 41 I 0.058 0.217 0.004 0.021 0.144 0.206 0.089 0.001 0.001 0.005 0.255 42 K 0.035 0.433 0.002 0.025 0.105 0.174 0.056 0.002 0.001 0.004 0.164 43 E 0.037 0.552 0.005 0.013 0.074 0.106 0.033 0.006 0.001 0.002 0.173 44 R 0.178 0.405 0.003 0.021 0.078 0.126 0.022 0.009 0.001 0.003 0.157 45 T 0.098 0.423 0.014 0.018 0.070 0.090 0.021 0.012 0.001 0.005 0.249 46 Y 0.061 0.191 0.055 0.044 0.167 0.182 0.035 0.006 0.001 0.004 0.257 47 D 0.048 0.110 0.013 0.047 0.098 0.160 0.099 0.010 0.001 0.006 0.409 48 L 0.076 0.126 0.025 0.061 0.112 0.180 0.070 0.004 0.001 0.005 0.341 49 K 0.039 0.097 0.005 0.040 0.065 0.133 0.245 0.007 0.001 0.006 0.363 50 S 0.130 0.089 0.006 0.027 0.065 0.085 0.159 0.007 0.001 0.013 0.418 51 K 0.149 0.167 0.003 0.024 0.042 0.052 0.048 0.005 0.001 0.007 0.502 52 G 0.085 0.086 0.010 0.018 0.030 0.035 0.207 0.010 0.001 0.011 0.509 53 Q 0.176 0.065 0.010 0.028 0.031 0.051 0.252 0.010 0.001 0.015 0.362 54 G 0.120 0.035 0.009 0.025 0.049 0.070 0.046 0.008 0.001 0.014 0.623 55 R 0.117 0.008 0.016 0.031 0.071 0.066 0.089 0.003 0.001 0.011 0.588 56 M 0.021 0.002 0.007 0.046 0.042 0.050 0.059 0.001 0.001 0.004 0.767 57 I 0.011 0.002 0.001 0.179 0.313 0.336 0.039 0.001 0.001 0.003 0.115 58 Q 0.004 0.002 0.001 0.280 0.264 0.254 0.038 0.001 0.001 0.002 0.155 59 V 0.005 0.001 0.001 0.324 0.228 0.352 0.010 0.001 0.001 0.001 0.080 60 S 0.002 0.001 0.001 0.356 0.142 0.333 0.023 0.001 0.001 0.002 0.141 61 I 0.003 0.001 0.001 0.182 0.255 0.306 0.034 0.001 0.001 0.001 0.219 62 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 63 A 0.004 0.001 0.001 0.047 0.047 0.197 0.120 0.001 0.001 0.003 0.582 64 S 0.154 0.001 0.001 0.031 0.010 0.042 0.106 0.001 0.001 0.012 0.643 65 V 0.355 0.003 0.004 0.025 0.040 0.049 0.052 0.001 0.001 0.005 0.466 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 67 L 0.004 0.001 0.001 0.012 0.017 0.053 0.023 0.001 0.001 0.001 0.888 68 K 0.070 0.009 0.001 0.050 0.054 0.075 0.090 0.001 0.001 0.003 0.647 69 E 0.235 0.018 0.001 0.024 0.034 0.064 0.072 0.002 0.001 0.004 0.547 70 F 0.278 0.039 0.003 0.087 0.073 0.109 0.044 0.001 0.001 0.003 0.363 71 D 0.046 0.023 0.002 0.036 0.100 0.084 0.133 0.003 0.001 0.007 0.567 72 Y 0.022 0.015 0.007 0.041 0.023 0.052 0.050 0.001 0.001 0.004 0.786 73 N 0.030 0.017 0.001 0.053 0.067 0.114 0.255 0.003 0.001 0.010 0.448 74 A 0.354 0.012 0.010 0.032 0.037 0.036 0.111 0.001 0.001 0.027 0.378 75 R 0.073 0.036 0.004 0.089 0.054 0.077 0.206 0.002 0.001 0.005 0.453 76 V 0.062 0.021 0.009 0.143 0.178 0.237 0.038 0.001 0.001 0.006 0.303 77 E 0.009 0.018 0.001 0.334 0.280 0.214 0.032 0.001 0.001 0.003 0.108 78 L 0.007 0.010 0.003 0.143 0.140 0.166 0.037 0.001 0.001 0.001 0.492 79 I 0.012 0.009 0.001 0.393 0.091 0.297 0.043 0.001 0.001 0.002 0.152 80 N 0.005 0.019 0.002 0.263 0.116 0.212 0.062 0.001 0.001 0.007 0.313 81 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 82 I 0.018 0.010 0.001 0.107 0.030 0.126 0.297 0.001 0.001 0.006 0.405 83 A 0.110 0.037 0.005 0.068 0.039 0.068 0.093 0.001 0.001 0.014 0.564 84 D 0.134 0.087 0.004 0.062 0.067 0.089 0.061 0.002 0.001 0.005 0.490 85 T 0.085 0.210 0.012 0.071 0.069 0.072 0.057 0.001 0.001 0.004 0.418 86 V 0.050 0.339 0.004 0.069 0.081 0.104 0.082 0.003 0.001 0.004 0.265 87 A 0.083 0.334 0.010 0.090 0.086 0.160 0.047 0.006 0.001 0.004 0.179 88 T 0.048 0.431 0.004 0.059 0.117 0.150 0.027 0.005 0.001 0.003 0.155 89 A 0.088 0.327 0.011 0.051 0.090 0.112 0.038 0.009 0.001 0.004 0.271 90 T 0.074 0.277 0.005 0.039 0.094 0.120 0.071 0.016 0.001 0.006 0.299 91 Y 0.161 0.188 0.024 0.051 0.067 0.103 0.065 0.013 0.001 0.015 0.313 92 Q 0.069 0.105 0.009 0.034 0.041 0.060 0.116 0.014 0.001 0.007 0.544 93 G 0.178 0.023 0.027 0.028 0.018 0.039 0.069 0.009 0.001 0.025 0.585 94 A 0.235 0.024 0.055 0.056 0.045 0.045 0.159 0.004 0.001 0.016 0.361 95 D 0.022 0.007 0.005 0.034 0.038 0.069 0.115 0.002 0.001 0.007 0.701 96 V 0.036 0.013 0.028 0.122 0.105 0.190 0.072 0.001 0.001 0.005 0.429 97 D 0.005 0.017 0.002 0.101 0.201 0.158 0.149 0.001 0.001 0.003 0.362 98 W 0.031 0.016 0.003 0.126 0.088 0.141 0.140 0.001 0.001 0.004 0.451 99 Y 0.036 0.061 0.001 0.184 0.127 0.203 0.089 0.001 0.001 0.002 0.299 100 I 0.013 0.148 0.002 0.174 0.232 0.193 0.044 0.001 0.001 0.010 0.183 101 K 0.034 0.305 0.003 0.090 0.079 0.136 0.091 0.003 0.001 0.004 0.255 102 A 0.065 0.343 0.007 0.065 0.083 0.238 0.066 0.004 0.001 0.003 0.126 103 D 0.053 0.399 0.002 0.025 0.047 0.101 0.033 0.010 0.001 0.005 0.327 104 D 0.115 0.238 0.008 0.016 0.018 0.042 0.066 0.027 0.001 0.008 0.462 105 I 0.405 0.255 0.017 0.026 0.025 0.035 0.045 0.024 0.001 0.005 0.163 106 V 0.144 0.266 0.036 0.066 0.096 0.145 0.041 0.019 0.001 0.007 0.182 107 L 0.035 0.133 0.053 0.071 0.130 0.182 0.041 0.007 0.001 0.002 0.347 108 T 0.041 0.065 0.006 0.110 0.124 0.244 0.040 0.004 0.001 0.003 0.363 109 K 0.034 0.057 0.002 0.046 0.068 0.091 0.079 0.007 0.001 0.006 0.608 110 D 0.042 0.032 0.004 0.027 0.035 0.047 0.143 0.004 0.001 0.007 0.659 111 S 0.058 0.017 0.009 0.024 0.018 0.029 0.199 0.002 0.001 0.016 0.628 112 S 0.139 0.011 0.009 0.017 0.017 0.021 0.256 0.002 0.001 0.026 0.502 113 S 0.115 0.014 0.010 0.015 0.015 0.021 0.273 0.001 0.001 0.015 0.520 114 F 0.063 0.035 0.007 0.028 0.040 0.058 0.195 0.002 0.001 0.010 0.562 115 K 0.077 0.037 0.005 0.027 0.042 0.076 0.176 0.003 0.001 0.009 0.548 116 A 0.124 0.052 0.011 0.027 0.031 0.057 0.126 0.006 0.001 0.009 0.557 117 Q 0.107 0.048 0.009 0.021 0.038 0.055 0.120 0.003 0.001 0.005 0.592 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 119 Q 0.027 0.022 0.002 0.016 0.037 0.087 0.188 0.002 0.001 0.005 0.614 120 A 0.315 0.048 0.003 0.015 0.020 0.028 0.076 0.003 0.001 0.005 0.487 121 K 0.256 0.096 0.003 0.016 0.028 0.051 0.066 0.005 0.001 0.004 0.475 122 K 0.181 0.049 0.018 0.018 0.019 0.030 0.079 0.007 0.001 0.009 0.591 123 E 0.185 0.034 0.010 0.016 0.026 0.030 0.102 0.003 0.001 0.005 0.589 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 T 0.016 0.007 0.002 0.015 0.032 0.086 0.136 0.001 0.001 0.005 0.702 126 Q 0.118 0.009 0.002 0.010 0.008 0.016 0.041 0.001 0.001 0.003 0.791 127 D 0.100 0.030 0.001 0.011 0.023 0.034 0.091 0.001 0.001 0.004 0.704 128 K 0.193 0.027 0.006 0.015 0.017 0.027 0.108 0.001 0.001 0.009 0.596