# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.264 0.037 0.049 0.100 0.073 0.011 0.356 2 M 0.054 0.428 0.032 0.088 0.118 0.038 0.007 0.236 3 R 0.044 0.327 0.038 0.080 0.128 0.045 0.013 0.326 4 L 0.059 0.309 0.085 0.126 0.193 0.034 0.014 0.180 5 A 0.076 0.231 0.092 0.121 0.117 0.063 0.034 0.267 6 N 0.128 0.101 0.091 0.061 0.078 0.079 0.073 0.389 7 G 0.355 0.031 0.147 0.030 0.040 0.062 0.071 0.264 8 I 0.101 0.011 0.366 0.126 0.086 0.100 0.011 0.198 9 V 0.005 0.002 0.257 0.189 0.276 0.046 0.002 0.223 10 L 0.005 0.001 0.163 0.216 0.282 0.053 0.001 0.278 11 D 0.004 0.002 0.095 0.113 0.185 0.245 0.001 0.355 12 K 0.002 0.002 0.019 0.012 0.037 0.077 0.002 0.849 13 D 0.010 0.002 0.010 0.006 0.012 0.719 0.017 0.224 14 T 0.675 0.002 0.009 0.005 0.003 0.126 0.096 0.085 15 T 0.286 0.079 0.016 0.026 0.017 0.341 0.018 0.217 16 F 0.028 0.059 0.047 0.076 0.185 0.167 0.005 0.433 17 G 0.017 0.033 0.027 0.107 0.199 0.320 0.006 0.290 18 E 0.112 0.034 0.021 0.071 0.127 0.226 0.019 0.390 19 L 0.055 0.173 0.051 0.154 0.321 0.025 0.006 0.215 20 K 0.017 0.130 0.140 0.174 0.307 0.060 0.005 0.166 21 F 0.024 0.174 0.083 0.130 0.225 0.055 0.010 0.298 22 S 0.035 0.186 0.073 0.173 0.334 0.031 0.009 0.160 23 A 0.075 0.230 0.035 0.109 0.174 0.065 0.019 0.293 24 L 0.063 0.172 0.105 0.106 0.164 0.110 0.019 0.260 25 R 0.074 0.204 0.043 0.076 0.146 0.091 0.017 0.348 26 R 0.061 0.127 0.018 0.037 0.075 0.063 0.018 0.600 27 E 0.160 0.105 0.042 0.049 0.081 0.167 0.030 0.367 28 V 0.164 0.133 0.057 0.083 0.087 0.073 0.020 0.384 29 R 0.038 0.077 0.070 0.200 0.263 0.061 0.009 0.282 30 I 0.027 0.066 0.066 0.133 0.199 0.045 0.007 0.459 31 Q 0.019 0.048 0.105 0.164 0.286 0.078 0.008 0.292 32 N 0.039 0.049 0.056 0.121 0.159 0.093 0.016 0.466 33 E 0.040 0.038 0.059 0.053 0.080 0.077 0.015 0.639 34 D 0.045 0.022 0.037 0.038 0.065 0.183 0.026 0.585 35 G 0.265 0.018 0.041 0.040 0.054 0.106 0.043 0.434 36 S 0.079 0.022 0.030 0.052 0.056 0.268 0.013 0.478 37 V 0.033 0.011 0.030 0.040 0.065 0.136 0.006 0.680 38 S 0.020 0.013 0.014 0.027 0.065 0.303 0.005 0.554 39 D 0.046 0.015 0.012 0.022 0.042 0.122 0.009 0.732 40 E 0.080 0.102 0.023 0.055 0.075 0.226 0.009 0.431 41 I 0.069 0.171 0.037 0.101 0.152 0.141 0.009 0.320 42 K 0.028 0.241 0.044 0.175 0.271 0.054 0.006 0.180 43 E 0.027 0.311 0.026 0.079 0.164 0.030 0.011 0.352 44 R 0.101 0.195 0.056 0.146 0.240 0.040 0.029 0.193 45 T 0.079 0.115 0.067 0.154 0.191 0.035 0.033 0.326 46 Y 0.023 0.048 0.125 0.299 0.270 0.034 0.009 0.192 47 D 0.017 0.039 0.043 0.151 0.172 0.135 0.009 0.435 48 L 0.056 0.053 0.072 0.090 0.271 0.052 0.010 0.396 49 K 0.027 0.045 0.059 0.100 0.150 0.291 0.012 0.317 50 S 0.120 0.046 0.035 0.082 0.122 0.148 0.032 0.415 51 K 0.082 0.152 0.036 0.044 0.095 0.068 0.014 0.510 52 G 0.079 0.061 0.033 0.063 0.084 0.299 0.030 0.351 53 Q 0.243 0.043 0.045 0.057 0.070 0.144 0.040 0.359 54 G 0.051 0.022 0.035 0.040 0.049 0.052 0.016 0.736 55 R 0.126 0.007 0.061 0.099 0.092 0.141 0.016 0.457 56 M 0.032 0.002 0.097 0.033 0.044 0.053 0.005 0.733 57 I 0.009 0.001 0.216 0.296 0.283 0.035 0.002 0.159 58 Q 0.003 0.001 0.308 0.196 0.216 0.033 0.001 0.243 59 V 0.002 0.001 0.322 0.280 0.267 0.019 0.001 0.110 60 S 0.001 0.001 0.445 0.096 0.251 0.026 0.001 0.180 61 I 0.003 0.001 0.330 0.176 0.233 0.049 0.001 0.208 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 63 A 0.003 0.001 0.073 0.073 0.193 0.183 0.002 0.472 64 S 0.138 0.004 0.021 0.022 0.046 0.090 0.018 0.660 65 V 0.408 0.010 0.027 0.052 0.085 0.067 0.008 0.344 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 67 L 0.024 0.004 0.017 0.053 0.145 0.112 0.003 0.643 68 K 0.167 0.022 0.012 0.054 0.081 0.084 0.008 0.572 69 E 0.167 0.035 0.010 0.039 0.063 0.069 0.013 0.604 70 F 0.186 0.059 0.054 0.078 0.147 0.064 0.013 0.399 71 D 0.062 0.057 0.023 0.096 0.091 0.172 0.010 0.489 72 Y 0.023 0.021 0.015 0.034 0.079 0.046 0.008 0.773 73 N 0.033 0.026 0.021 0.023 0.034 0.413 0.013 0.437 74 A 0.468 0.018 0.034 0.040 0.044 0.084 0.054 0.259 75 R 0.182 0.070 0.117 0.071 0.078 0.146 0.017 0.321 76 V 0.021 0.020 0.185 0.169 0.220 0.049 0.004 0.332 77 E 0.006 0.006 0.215 0.303 0.382 0.018 0.002 0.068 78 L 0.022 0.019 0.155 0.122 0.160 0.042 0.005 0.473 79 I 0.010 0.007 0.397 0.118 0.305 0.025 0.003 0.136 80 N 0.014 0.014 0.238 0.131 0.198 0.074 0.005 0.326 81 P 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.007 0.001 0.979 82 I 0.033 0.008 0.126 0.032 0.075 0.290 0.006 0.430 83 A 0.113 0.058 0.180 0.028 0.063 0.113 0.009 0.436 84 D 0.044 0.151 0.088 0.040 0.110 0.122 0.006 0.440 85 T 0.061 0.162 0.073 0.026 0.058 0.144 0.006 0.471 86 V 0.050 0.389 0.042 0.028 0.057 0.125 0.007 0.303 87 A 0.059 0.459 0.041 0.043 0.067 0.127 0.012 0.192 88 T 0.060 0.647 0.025 0.031 0.048 0.044 0.013 0.133 89 A 0.089 0.666 0.020 0.024 0.037 0.017 0.017 0.129 90 T 0.089 0.623 0.018 0.029 0.042 0.028 0.028 0.143 91 Y 0.146 0.360 0.068 0.059 0.062 0.047 0.047 0.212 92 Q 0.077 0.198 0.051 0.063 0.060 0.133 0.039 0.378 93 G 0.157 0.060 0.048 0.025 0.042 0.092 0.042 0.535 94 A 0.180 0.046 0.097 0.039 0.056 0.114 0.028 0.440 95 D 0.073 0.010 0.176 0.063 0.058 0.128 0.013 0.478 96 V 0.028 0.008 0.208 0.137 0.147 0.078 0.005 0.389 97 D 0.011 0.008 0.199 0.167 0.224 0.082 0.004 0.306 98 W 0.038 0.012 0.240 0.111 0.168 0.087 0.008 0.336 99 Y 0.018 0.011 0.473 0.140 0.168 0.071 0.003 0.117 100 I 0.005 0.007 0.445 0.169 0.237 0.037 0.002 0.096 101 K 0.010 0.019 0.252 0.112 0.226 0.086 0.005 0.290 102 A 0.019 0.013 0.296 0.108 0.303 0.062 0.005 0.194 103 D 0.013 0.023 0.087 0.210 0.182 0.174 0.010 0.300 104 D 0.100 0.032 0.058 0.073 0.134 0.120 0.026 0.458 105 I 0.159 0.128 0.103 0.158 0.182 0.075 0.011 0.186 106 V 0.034 0.082 0.131 0.144 0.314 0.070 0.006 0.218 107 L 0.019 0.032 0.101 0.198 0.395 0.029 0.005 0.221 108 T 0.020 0.022 0.130 0.191 0.357 0.038 0.007 0.235 109 K 0.023 0.026 0.035 0.098 0.127 0.125 0.010 0.555 110 D 0.030 0.018 0.048 0.032 0.068 0.158 0.015 0.631 111 S 0.050 0.015 0.025 0.015 0.024 0.216 0.019 0.637 112 S 0.143 0.014 0.014 0.011 0.016 0.264 0.028 0.509 113 S 0.130 0.030 0.018 0.019 0.026 0.318 0.016 0.443 114 F 0.097 0.062 0.022 0.030 0.048 0.253 0.009 0.478 115 K 0.072 0.081 0.016 0.030 0.061 0.135 0.008 0.597 116 A 0.104 0.089 0.016 0.020 0.051 0.108 0.019 0.593 117 Q 0.209 0.094 0.025 0.039 0.064 0.108 0.015 0.446 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 119 Q 0.033 0.029 0.014 0.019 0.041 0.153 0.010 0.702 120 A 0.403 0.056 0.019 0.014 0.018 0.066 0.018 0.406 121 K 0.181 0.123 0.027 0.030 0.041 0.074 0.015 0.510 122 K 0.134 0.067 0.027 0.018 0.030 0.074 0.018 0.631 123 E 0.195 0.052 0.026 0.030 0.041 0.080 0.013 0.564 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 125 T 0.039 0.013 0.023 0.026 0.058 0.147 0.008 0.686 126 Q 0.178 0.016 0.024 0.014 0.018 0.060 0.010 0.681 127 D 0.063 0.034 0.022 0.023 0.037 0.125 0.007 0.689 128 K 0.081 0.028 0.025 0.014 0.028 0.100 0.010 0.713