# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.617 0.202 0.055 0.067 0.034 0.011 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 2 M 0.513 0.280 0.072 0.032 0.072 0.009 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 3 R 0.430 0.268 0.148 0.040 0.049 0.039 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 4 L 0.611 0.154 0.123 0.053 0.015 0.025 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 5 A 0.584 0.099 0.108 0.145 0.018 0.015 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 6 N 0.166 0.032 0.087 0.284 0.041 0.017 0.317 0.032 0.010 0.015 0.001 7 G 0.097 0.146 0.153 0.127 0.140 0.021 0.157 0.104 0.021 0.033 0.001 8 I 0.091 0.472 0.303 0.047 0.027 0.039 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 9 V 0.072 0.487 0.271 0.037 0.029 0.077 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 10 L 0.158 0.376 0.257 0.068 0.041 0.064 0.005 0.001 0.027 0.001 0.002 11 D 0.086 0.097 0.319 0.076 0.087 0.147 0.070 0.004 0.099 0.014 0.001 12 K 0.775 0.025 0.068 0.089 0.015 0.008 0.005 0.001 0.006 0.004 0.004 13 D 0.639 0.042 0.066 0.175 0.018 0.021 0.021 0.005 0.009 0.003 0.001 14 T 0.537 0.092 0.120 0.146 0.029 0.024 0.028 0.006 0.014 0.004 0.001 15 T 0.614 0.106 0.096 0.118 0.016 0.017 0.012 0.002 0.016 0.002 0.001 16 F 0.376 0.083 0.191 0.213 0.040 0.015 0.060 0.006 0.012 0.005 0.001 17 G 0.248 0.025 0.062 0.036 0.100 0.011 0.105 0.271 0.004 0.138 0.001 18 E 0.577 0.198 0.123 0.052 0.025 0.013 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 19 L 0.384 0.314 0.197 0.027 0.030 0.026 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 20 K 0.494 0.254 0.125 0.033 0.045 0.028 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 21 F 0.458 0.219 0.128 0.058 0.075 0.031 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 22 S 0.671 0.132 0.062 0.081 0.027 0.008 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 23 A 0.544 0.065 0.088 0.102 0.117 0.020 0.028 0.006 0.022 0.009 0.001 24 L 0.522 0.095 0.118 0.198 0.016 0.020 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 25 R 0.355 0.097 0.189 0.211 0.028 0.028 0.065 0.006 0.017 0.004 0.001 26 R 0.421 0.123 0.172 0.138 0.051 0.019 0.047 0.007 0.016 0.005 0.001 27 E 0.258 0.211 0.255 0.145 0.046 0.039 0.025 0.002 0.017 0.001 0.001 28 V 0.094 0.572 0.228 0.028 0.026 0.021 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 29 R 0.081 0.386 0.388 0.019 0.029 0.075 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 30 I 0.107 0.569 0.172 0.039 0.043 0.033 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 31 Q 0.158 0.447 0.172 0.083 0.065 0.033 0.008 0.001 0.031 0.002 0.001 32 N 0.091 0.117 0.275 0.090 0.128 0.083 0.096 0.009 0.076 0.033 0.001 33 E 0.649 0.070 0.092 0.123 0.019 0.013 0.011 0.002 0.013 0.005 0.004 34 D 0.116 0.035 0.094 0.622 0.015 0.016 0.083 0.005 0.010 0.003 0.001 35 G 0.027 0.014 0.037 0.032 0.038 0.006 0.107 0.595 0.004 0.140 0.001 36 S 0.077 0.165 0.461 0.099 0.056 0.073 0.030 0.007 0.020 0.011 0.001 37 V 0.191 0.246 0.326 0.124 0.031 0.046 0.007 0.003 0.020 0.004 0.003 38 S 0.402 0.145 0.220 0.092 0.053 0.036 0.017 0.003 0.023 0.008 0.001 39 D 0.691 0.049 0.116 0.060 0.040 0.015 0.012 0.003 0.009 0.004 0.001 40 E 0.666 0.079 0.112 0.084 0.022 0.016 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 41 I 0.617 0.152 0.128 0.055 0.017 0.015 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 42 K 0.599 0.159 0.119 0.061 0.021 0.014 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 43 E 0.402 0.209 0.131 0.114 0.090 0.014 0.014 0.002 0.024 0.001 0.001 44 R 0.162 0.464 0.174 0.074 0.057 0.023 0.009 0.001 0.032 0.001 0.001 45 T 0.112 0.415 0.310 0.056 0.028 0.057 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 46 Y 0.088 0.617 0.104 0.059 0.073 0.024 0.007 0.002 0.025 0.001 0.001 47 D 0.052 0.275 0.371 0.035 0.057 0.142 0.023 0.001 0.043 0.001 0.001 48 L 0.243 0.292 0.266 0.078 0.037 0.044 0.006 0.001 0.029 0.001 0.003 49 K 0.204 0.382 0.175 0.087 0.070 0.038 0.012 0.002 0.027 0.003 0.001 50 S 0.130 0.274 0.284 0.071 0.079 0.071 0.021 0.002 0.061 0.005 0.003 51 K 0.443 0.080 0.230 0.148 0.030 0.015 0.026 0.003 0.013 0.010 0.002 52 G 0.209 0.035 0.084 0.096 0.083 0.023 0.098 0.196 0.012 0.163 0.001 53 Q 0.121 0.115 0.243 0.420 0.023 0.014 0.038 0.004 0.016 0.004 0.001 54 G 0.025 0.024 0.067 0.018 0.032 0.007 0.134 0.443 0.003 0.246 0.001 55 R 0.128 0.172 0.277 0.216 0.092 0.027 0.055 0.008 0.013 0.010 0.002 56 M 0.029 0.423 0.225 0.100 0.139 0.023 0.030 0.006 0.021 0.003 0.002 57 I 0.006 0.776 0.154 0.006 0.037 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 58 Q 0.002 0.673 0.247 0.003 0.010 0.060 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 59 V 0.002 0.892 0.068 0.002 0.018 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 S 0.005 0.644 0.228 0.005 0.028 0.076 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 61 I 0.002 0.457 0.312 0.001 0.046 0.015 0.002 0.001 0.163 0.001 0.001 62 P 0.047 0.008 0.827 0.004 0.007 0.022 0.001 0.001 0.008 0.004 0.071 63 A 0.401 0.104 0.339 0.070 0.044 0.013 0.008 0.002 0.011 0.002 0.005 64 S 0.158 0.154 0.208 0.339 0.043 0.056 0.017 0.006 0.012 0.002 0.004 65 V 0.022 0.369 0.451 0.008 0.035 0.009 0.005 0.001 0.098 0.002 0.001 66 P 0.064 0.009 0.843 0.006 0.003 0.036 0.001 0.001 0.006 0.001 0.031 67 L 0.465 0.049 0.372 0.062 0.013 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.007 68 K 0.477 0.163 0.189 0.087 0.034 0.021 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 69 E 0.176 0.166 0.241 0.285 0.036 0.053 0.019 0.002 0.021 0.001 0.002 70 F 0.101 0.468 0.210 0.082 0.047 0.027 0.017 0.004 0.043 0.003 0.001 71 D 0.076 0.192 0.458 0.052 0.042 0.102 0.024 0.001 0.043 0.006 0.004 72 Y 0.400 0.113 0.191 0.206 0.029 0.022 0.013 0.003 0.013 0.004 0.005 73 N 0.148 0.154 0.192 0.228 0.093 0.042 0.069 0.028 0.031 0.014 0.001 74 A 0.141 0.304 0.298 0.090 0.101 0.018 0.020 0.005 0.015 0.004 0.003 75 R 0.083 0.556 0.205 0.052 0.040 0.041 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 76 V 0.016 0.725 0.183 0.009 0.028 0.028 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 77 E 0.009 0.750 0.164 0.003 0.021 0.035 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 78 L 0.011 0.382 0.424 0.006 0.013 0.149 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 79 I 0.052 0.727 0.100 0.029 0.044 0.014 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 80 N 0.014 0.237 0.271 0.011 0.207 0.035 0.036 0.001 0.174 0.014 0.001 81 P 0.475 0.034 0.324 0.068 0.030 0.023 0.005 0.001 0.008 0.003 0.031 82 I 0.326 0.316 0.118 0.126 0.058 0.025 0.007 0.004 0.019 0.001 0.001 83 A 0.219 0.288 0.309 0.071 0.043 0.041 0.007 0.001 0.018 0.001 0.002 84 D 0.241 0.199 0.273 0.086 0.061 0.076 0.029 0.004 0.027 0.003 0.001 85 T 0.396 0.268 0.159 0.067 0.051 0.031 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 86 V 0.476 0.289 0.090 0.065 0.042 0.013 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 87 A 0.458 0.159 0.145 0.048 0.120 0.031 0.014 0.003 0.020 0.003 0.001 88 T 0.528 0.223 0.101 0.074 0.033 0.017 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 89 A 0.558 0.134 0.105 0.078 0.071 0.020 0.010 0.001 0.022 0.002 0.001 90 T 0.468 0.161 0.098 0.191 0.031 0.018 0.011 0.001 0.019 0.002 0.001 91 Y 0.345 0.150 0.149 0.174 0.062 0.028 0.039 0.005 0.039 0.007 0.001 92 Q 0.154 0.077 0.236 0.327 0.030 0.027 0.119 0.007 0.016 0.007 0.001 93 G 0.031 0.021 0.045 0.063 0.068 0.009 0.121 0.489 0.004 0.148 0.001 94 A 0.087 0.322 0.337 0.073 0.092 0.028 0.015 0.011 0.022 0.011 0.001 95 D 0.050 0.270 0.434 0.066 0.040 0.101 0.015 0.002 0.018 0.002 0.003 96 V 0.070 0.625 0.146 0.049 0.058 0.018 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 97 D 0.048 0.382 0.270 0.047 0.167 0.046 0.017 0.001 0.018 0.001 0.002 98 W 0.032 0.699 0.105 0.023 0.105 0.016 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 99 Y 0.015 0.816 0.104 0.004 0.030 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 100 I 0.009 0.728 0.174 0.004 0.022 0.053 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 101 K 0.014 0.541 0.283 0.007 0.027 0.095 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 102 A 0.192 0.285 0.257 0.042 0.099 0.049 0.016 0.002 0.048 0.008 0.002 103 D 0.354 0.108 0.136 0.214 0.070 0.022 0.063 0.007 0.014 0.011 0.002 104 D 0.135 0.095 0.097 0.358 0.092 0.030 0.146 0.019 0.019 0.008 0.001 105 I 0.119 0.466 0.250 0.051 0.057 0.015 0.020 0.003 0.016 0.001 0.001 106 V 0.058 0.637 0.226 0.012 0.019 0.030 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 107 L 0.042 0.208 0.580 0.011 0.008 0.135 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 108 T 0.264 0.350 0.222 0.058 0.027 0.027 0.006 0.001 0.043 0.001 0.001 109 K 0.256 0.158 0.139 0.150 0.118 0.037 0.080 0.009 0.039 0.013 0.001 110 D 0.175 0.081 0.136 0.337 0.059 0.034 0.117 0.015 0.031 0.016 0.001 111 S 0.276 0.095 0.183 0.205 0.046 0.029 0.084 0.032 0.020 0.028 0.001 112 S 0.348 0.119 0.200 0.192 0.038 0.032 0.034 0.009 0.016 0.010 0.002 113 S 0.389 0.114 0.176 0.210 0.031 0.029 0.023 0.007 0.014 0.005 0.002 114 F 0.338 0.164 0.174 0.199 0.034 0.028 0.026 0.006 0.025 0.005 0.001 115 K 0.324 0.148 0.244 0.145 0.037 0.032 0.037 0.004 0.022 0.004 0.002 116 A 0.191 0.144 0.278 0.214 0.041 0.052 0.036 0.011 0.023 0.007 0.003 117 Q 0.049 0.215 0.490 0.010 0.031 0.014 0.007 0.001 0.177 0.006 0.001 118 P 0.470 0.006 0.452 0.019 0.002 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 119 Q 0.424 0.077 0.165 0.240 0.023 0.032 0.017 0.009 0.011 0.002 0.001 120 A 0.297 0.115 0.258 0.188 0.036 0.031 0.035 0.009 0.023 0.007 0.001 121 K 0.299 0.128 0.239 0.221 0.027 0.028 0.032 0.002 0.018 0.003 0.003 122 K 0.198 0.148 0.329 0.187 0.024 0.046 0.034 0.006 0.019 0.004 0.004 123 E 0.028 0.250 0.484 0.008 0.024 0.012 0.006 0.001 0.185 0.003 0.001 124 P 0.136 0.007 0.762 0.014 0.003 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 125 T 0.119 0.285 0.374 0.094 0.033 0.050 0.008 0.005 0.030 0.001 0.001 126 Q 0.234 0.201 0.399 0.066 0.036 0.027 0.007 0.001 0.022 0.003 0.003 127 D 0.213 0.144 0.308 0.150 0.057 0.058 0.029 0.003 0.033 0.004 0.002 128 K 0.256 0.176 0.272 0.140 0.053 0.036 0.023 0.007 0.030 0.006 0.003