# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.257 0.083 0.014 0.004 0.307 0.008 0.021 0.140 0.041 0.065 0.061 2 M 0.134 0.225 0.044 0.010 0.400 0.015 0.017 0.090 0.021 0.018 0.027 3 R 0.198 0.190 0.031 0.004 0.374 0.006 0.014 0.119 0.023 0.016 0.025 4 L 0.169 0.041 0.030 0.007 0.106 0.013 0.062 0.325 0.085 0.085 0.077 5 A 0.041 0.085 0.070 0.196 0.057 0.235 0.108 0.119 0.035 0.027 0.027 6 N 0.013 0.147 0.071 0.247 0.022 0.197 0.211 0.021 0.012 0.039 0.019 7 G 0.024 0.075 0.095 0.122 0.039 0.012 0.006 0.007 0.015 0.406 0.199 8 I 0.175 0.171 0.010 0.001 0.625 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.007 9 V 0.194 0.241 0.043 0.008 0.453 0.006 0.006 0.006 0.003 0.006 0.033 10 L 0.163 0.193 0.069 0.066 0.225 0.071 0.068 0.030 0.019 0.028 0.068 11 D 0.202 0.172 0.095 0.016 0.401 0.009 0.006 0.022 0.013 0.033 0.030 12 K 0.050 0.081 0.029 0.010 0.085 0.014 0.028 0.250 0.367 0.054 0.033 13 D 0.080 0.060 0.028 0.012 0.107 0.021 0.067 0.257 0.186 0.125 0.057 14 T 0.104 0.134 0.039 0.007 0.147 0.012 0.035 0.252 0.111 0.115 0.043 15 T 0.100 0.125 0.030 0.011 0.136 0.016 0.047 0.239 0.068 0.174 0.055 16 F 0.096 0.064 0.034 0.083 0.097 0.055 0.048 0.298 0.092 0.080 0.052 17 G 0.021 0.050 0.092 0.132 0.038 0.101 0.068 0.309 0.112 0.060 0.018 18 E 0.189 0.098 0.016 0.003 0.234 0.003 0.013 0.247 0.053 0.111 0.033 19 L 0.230 0.087 0.007 0.002 0.310 0.005 0.026 0.206 0.074 0.018 0.034 20 K 0.100 0.101 0.021 0.018 0.197 0.056 0.064 0.319 0.053 0.027 0.045 21 F 0.168 0.077 0.016 0.007 0.188 0.010 0.019 0.342 0.075 0.057 0.041 22 S 0.071 0.072 0.029 0.012 0.123 0.017 0.059 0.405 0.115 0.066 0.030 23 A 0.076 0.085 0.031 0.010 0.105 0.014 0.046 0.409 0.111 0.084 0.030 24 L 0.071 0.091 0.025 0.013 0.108 0.019 0.071 0.307 0.130 0.128 0.037 25 R 0.082 0.118 0.067 0.040 0.133 0.030 0.051 0.220 0.112 0.105 0.042 26 R 0.050 0.116 0.074 0.029 0.093 0.031 0.056 0.277 0.156 0.085 0.033 27 E 0.193 0.130 0.024 0.005 0.271 0.007 0.044 0.144 0.062 0.085 0.036 28 V 0.194 0.200 0.019 0.003 0.476 0.005 0.010 0.042 0.016 0.016 0.020 29 R 0.271 0.095 0.012 0.003 0.486 0.007 0.010 0.045 0.014 0.015 0.043 30 I 0.249 0.095 0.020 0.006 0.324 0.010 0.018 0.123 0.030 0.053 0.072 31 Q 0.125 0.159 0.044 0.026 0.245 0.033 0.054 0.128 0.034 0.089 0.062 32 N 0.166 0.119 0.160 0.024 0.208 0.010 0.015 0.115 0.043 0.077 0.062 33 E 0.032 0.048 0.042 0.035 0.043 0.066 0.058 0.411 0.180 0.059 0.024 34 D 0.021 0.389 0.115 0.054 0.052 0.044 0.149 0.087 0.036 0.042 0.012 35 G 0.027 0.032 0.031 0.078 0.021 0.026 0.012 0.034 0.047 0.496 0.195 36 S 0.054 0.376 0.223 0.021 0.157 0.012 0.015 0.056 0.023 0.036 0.025 37 V 0.105 0.154 0.062 0.021 0.136 0.018 0.034 0.192 0.129 0.097 0.053 38 S 0.084 0.179 0.076 0.027 0.149 0.021 0.036 0.249 0.101 0.048 0.030 39 D 0.033 0.074 0.042 0.016 0.059 0.033 0.036 0.458 0.174 0.057 0.018 40 E 0.129 0.173 0.019 0.002 0.228 0.004 0.012 0.235 0.047 0.120 0.031 41 I 0.330 0.058 0.006 0.003 0.306 0.006 0.018 0.141 0.065 0.028 0.040 42 K 0.087 0.084 0.023 0.017 0.182 0.052 0.104 0.280 0.100 0.034 0.036 43 E 0.299 0.073 0.018 0.008 0.296 0.011 0.037 0.107 0.035 0.070 0.045 44 R 0.143 0.218 0.047 0.005 0.430 0.009 0.021 0.051 0.020 0.026 0.031 45 T 0.318 0.072 0.014 0.006 0.372 0.009 0.016 0.034 0.016 0.044 0.099 46 Y 0.149 0.273 0.050 0.012 0.389 0.013 0.015 0.036 0.014 0.021 0.029 47 D 0.242 0.112 0.021 0.005 0.487 0.006 0.012 0.035 0.013 0.022 0.046 48 L 0.256 0.101 0.024 0.005 0.317 0.009 0.020 0.109 0.047 0.043 0.069 49 K 0.112 0.136 0.063 0.048 0.184 0.073 0.089 0.108 0.038 0.078 0.071 50 S 0.114 0.281 0.129 0.029 0.217 0.017 0.018 0.067 0.035 0.057 0.036 51 K 0.045 0.078 0.062 0.045 0.061 0.038 0.102 0.221 0.232 0.074 0.043 52 G 0.075 0.046 0.074 0.068 0.056 0.058 0.116 0.141 0.095 0.225 0.046 53 Q 0.058 0.287 0.166 0.089 0.123 0.047 0.057 0.044 0.036 0.069 0.026 54 G 0.076 0.078 0.087 0.200 0.079 0.076 0.051 0.041 0.047 0.184 0.080 55 R 0.046 0.219 0.160 0.092 0.119 0.054 0.043 0.037 0.039 0.149 0.043 56 M 0.272 0.141 0.019 0.005 0.503 0.004 0.008 0.004 0.005 0.016 0.024 57 I 0.195 0.078 0.006 0.001 0.710 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 58 Q 0.230 0.038 0.002 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 59 V 0.250 0.105 0.010 0.001 0.583 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 60 S 0.248 0.186 0.058 0.009 0.384 0.008 0.008 0.002 0.002 0.018 0.078 61 I 0.035 0.475 0.238 0.058 0.101 0.024 0.021 0.005 0.011 0.016 0.017 62 P 0.106 0.334 0.178 0.012 0.309 0.005 0.006 0.009 0.017 0.014 0.011 63 A 0.020 0.162 0.042 0.009 0.063 0.021 0.069 0.126 0.434 0.038 0.015 64 S 0.091 0.075 0.046 0.020 0.108 0.019 0.061 0.040 0.057 0.358 0.126 65 V 0.029 0.532 0.216 0.018 0.110 0.013 0.009 0.013 0.014 0.031 0.015 66 P 0.073 0.343 0.164 0.019 0.199 0.011 0.026 0.049 0.052 0.030 0.033 67 L 0.147 0.052 0.015 0.005 0.147 0.011 0.033 0.148 0.319 0.078 0.046 68 K 0.037 0.228 0.070 0.022 0.163 0.058 0.107 0.155 0.098 0.041 0.022 69 E 0.227 0.066 0.028 0.008 0.235 0.009 0.032 0.057 0.038 0.200 0.099 70 F 0.055 0.453 0.188 0.012 0.197 0.009 0.010 0.020 0.015 0.022 0.018 71 D 0.144 0.208 0.101 0.021 0.256 0.019 0.028 0.085 0.048 0.042 0.049 72 Y 0.059 0.121 0.038 0.017 0.102 0.020 0.050 0.246 0.223 0.094 0.033 73 N 0.070 0.060 0.035 0.043 0.103 0.044 0.071 0.243 0.113 0.159 0.060 74 A 0.075 0.221 0.086 0.011 0.187 0.016 0.026 0.204 0.087 0.058 0.028 75 R 0.289 0.083 0.006 0.002 0.376 0.005 0.017 0.112 0.026 0.046 0.037 76 V 0.260 0.109 0.013 0.004 0.433 0.008 0.015 0.071 0.039 0.012 0.036 77 E 0.151 0.095 0.014 0.007 0.336 0.025 0.039 0.211 0.050 0.020 0.053 78 L 0.220 0.043 0.008 0.003 0.199 0.007 0.040 0.281 0.052 0.092 0.056 79 I 0.087 0.202 0.041 0.017 0.219 0.028 0.066 0.168 0.047 0.080 0.043 80 N 0.224 0.098 0.034 0.012 0.337 0.010 0.012 0.172 0.044 0.028 0.030 81 P 0.017 0.028 0.009 0.002 0.036 0.007 0.019 0.597 0.260 0.015 0.008 82 I 0.049 0.024 0.005 0.001 0.044 0.004 0.049 0.609 0.106 0.087 0.022 83 A 0.061 0.117 0.016 0.003 0.093 0.007 0.019 0.520 0.089 0.045 0.029 84 D 0.057 0.038 0.009 0.008 0.068 0.015 0.027 0.636 0.077 0.037 0.028 85 T 0.069 0.061 0.008 0.001 0.098 0.003 0.011 0.648 0.064 0.027 0.011 86 V 0.051 0.037 0.006 0.003 0.073 0.007 0.032 0.683 0.053 0.039 0.018 87 A 0.091 0.052 0.010 0.004 0.099 0.009 0.025 0.558 0.090 0.036 0.025 88 T 0.046 0.059 0.020 0.011 0.082 0.019 0.051 0.522 0.121 0.042 0.026 89 A 0.071 0.087 0.021 0.004 0.125 0.006 0.036 0.490 0.081 0.063 0.017 90 T 0.088 0.071 0.052 0.011 0.101 0.013 0.087 0.343 0.095 0.089 0.051 91 Y 0.060 0.050 0.067 0.119 0.054 0.131 0.067 0.272 0.059 0.078 0.044 92 Q 0.014 0.243 0.116 0.179 0.035 0.123 0.190 0.046 0.019 0.024 0.009 93 G 0.037 0.011 0.021 0.097 0.019 0.014 0.006 0.013 0.025 0.538 0.219 94 A 0.045 0.484 0.128 0.012 0.225 0.011 0.018 0.029 0.020 0.017 0.011 95 D 0.328 0.076 0.016 0.008 0.354 0.009 0.020 0.027 0.017 0.056 0.090 96 V 0.191 0.218 0.053 0.017 0.313 0.017 0.040 0.031 0.038 0.016 0.065 97 D 0.221 0.094 0.024 0.015 0.465 0.052 0.041 0.040 0.011 0.012 0.026 98 W 0.225 0.176 0.016 0.002 0.515 0.003 0.005 0.020 0.014 0.008 0.017 99 Y 0.331 0.045 0.002 0.001 0.579 0.002 0.004 0.012 0.004 0.006 0.014 100 I 0.183 0.212 0.029 0.008 0.455 0.014 0.014 0.029 0.010 0.011 0.035 101 K 0.228 0.101 0.043 0.023 0.244 0.026 0.043 0.043 0.026 0.081 0.143 102 A 0.108 0.226 0.118 0.052 0.208 0.028 0.032 0.061 0.059 0.059 0.047 103 D 0.042 0.104 0.075 0.076 0.081 0.085 0.146 0.143 0.121 0.092 0.035 104 D 0.084 0.188 0.092 0.025 0.155 0.018 0.035 0.094 0.098 0.157 0.053 105 I 0.207 0.139 0.015 0.002 0.531 0.004 0.012 0.032 0.023 0.017 0.018 106 V 0.189 0.152 0.022 0.003 0.542 0.005 0.009 0.023 0.010 0.012 0.033 107 L 0.319 0.091 0.021 0.006 0.329 0.011 0.018 0.034 0.016 0.049 0.107 108 T 0.099 0.221 0.157 0.073 0.174 0.044 0.041 0.058 0.024 0.052 0.057 109 K 0.079 0.122 0.113 0.115 0.108 0.058 0.072 0.141 0.062 0.086 0.042 110 D 0.062 0.128 0.099 0.078 0.102 0.039 0.043 0.125 0.109 0.167 0.047 111 S 0.047 0.114 0.072 0.053 0.082 0.039 0.052 0.163 0.153 0.172 0.054 112 S 0.072 0.136 0.082 0.035 0.118 0.026 0.051 0.154 0.116 0.146 0.063 113 S 0.109 0.131 0.075 0.025 0.151 0.020 0.040 0.147 0.104 0.136 0.062 114 F 0.089 0.168 0.082 0.032 0.153 0.032 0.048 0.156 0.097 0.092 0.049 115 K 0.074 0.116 0.078 0.051 0.112 0.042 0.076 0.170 0.095 0.132 0.054 116 A 0.088 0.146 0.117 0.049 0.137 0.029 0.041 0.083 0.051 0.199 0.058 117 Q 0.087 0.300 0.199 0.024 0.212 0.011 0.014 0.051 0.034 0.043 0.027 118 P 0.056 0.137 0.066 0.025 0.101 0.027 0.056 0.228 0.210 0.062 0.031 119 Q 0.056 0.113 0.068 0.030 0.092 0.025 0.062 0.192 0.168 0.155 0.041 120 A 0.073 0.115 0.064 0.025 0.122 0.025 0.044 0.146 0.125 0.201 0.060 121 K 0.091 0.184 0.102 0.026 0.177 0.020 0.038 0.113 0.082 0.116 0.050 122 K 0.085 0.128 0.089 0.046 0.135 0.037 0.046 0.094 0.089 0.189 0.062 123 E 0.078 0.299 0.182 0.025 0.215 0.013 0.020 0.051 0.038 0.052 0.026 124 P 0.093 0.179 0.092 0.026 0.171 0.023 0.042 0.112 0.102 0.110 0.050 125 T 0.091 0.270 0.151 0.020 0.221 0.013 0.020 0.067 0.052 0.062 0.032 126 Q 0.082 0.151 0.064 0.020 0.157 0.024 0.043 0.189 0.145 0.085 0.041 127 D 0.094 0.133 0.085 0.026 0.162 0.022 0.040 0.157 0.106 0.127 0.046 128 K 0.077 0.157 0.077 0.025 0.153 0.026 0.040 0.167 0.116 0.117 0.045