# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.462 0.211 0.127 0.100 0.060 0.032 0.007 2 M 0.364 0.184 0.146 0.143 0.106 0.048 0.009 3 R 0.222 0.236 0.252 0.168 0.078 0.037 0.006 4 L 0.102 0.104 0.122 0.196 0.220 0.198 0.058 5 A 0.125 0.149 0.186 0.208 0.182 0.121 0.030 6 N 0.146 0.217 0.224 0.214 0.119 0.066 0.013 7 G 0.088 0.127 0.165 0.233 0.213 0.144 0.031 8 I 0.026 0.022 0.029 0.075 0.167 0.465 0.215 9 V 0.024 0.062 0.121 0.207 0.255 0.256 0.075 10 L 0.039 0.085 0.155 0.262 0.263 0.166 0.030 11 D 0.098 0.218 0.257 0.224 0.148 0.052 0.004 12 K 0.157 0.239 0.222 0.218 0.118 0.042 0.003 13 D 0.351 0.320 0.176 0.094 0.047 0.011 0.001 14 T 0.333 0.365 0.177 0.097 0.022 0.005 0.001 15 T 0.138 0.229 0.238 0.213 0.135 0.044 0.003 16 F 0.064 0.081 0.156 0.303 0.265 0.121 0.009 17 G 0.318 0.368 0.179 0.084 0.041 0.010 0.001 18 E 0.191 0.346 0.260 0.149 0.040 0.012 0.002 19 L 0.029 0.043 0.101 0.220 0.361 0.218 0.029 20 K 0.069 0.218 0.260 0.280 0.119 0.049 0.005 21 F 0.035 0.056 0.093 0.165 0.298 0.304 0.050 22 S 0.069 0.124 0.168 0.247 0.219 0.149 0.024 23 A 0.074 0.102 0.155 0.212 0.236 0.187 0.034 24 L 0.111 0.199 0.258 0.243 0.130 0.052 0.006 25 R 0.278 0.254 0.205 0.153 0.082 0.026 0.002 26 R 0.517 0.280 0.104 0.060 0.029 0.009 0.001 27 E 0.521 0.303 0.102 0.049 0.019 0.006 0.001 28 V 0.175 0.169 0.232 0.243 0.138 0.041 0.003 29 R 0.243 0.278 0.255 0.150 0.058 0.016 0.001 30 I 0.232 0.202 0.233 0.196 0.105 0.031 0.001 31 Q 0.370 0.272 0.171 0.114 0.058 0.014 0.001 32 N 0.475 0.270 0.139 0.077 0.031 0.007 0.001 33 E 0.593 0.249 0.090 0.047 0.017 0.004 0.001 34 D 0.594 0.267 0.092 0.033 0.011 0.002 0.001 35 G 0.430 0.248 0.190 0.100 0.028 0.005 0.001 36 S 0.566 0.291 0.094 0.035 0.011 0.002 0.001 37 V 0.314 0.248 0.216 0.155 0.056 0.011 0.001 38 S 0.444 0.290 0.154 0.079 0.028 0.005 0.001 39 D 0.610 0.305 0.061 0.018 0.005 0.001 0.001 40 E 0.225 0.352 0.246 0.135 0.035 0.006 0.001 41 I 0.064 0.073 0.177 0.289 0.300 0.094 0.004 42 K 0.203 0.358 0.252 0.137 0.043 0.007 0.001 43 E 0.491 0.384 0.085 0.028 0.010 0.002 0.001 44 R 0.052 0.131 0.238 0.359 0.173 0.045 0.002 45 T 0.067 0.186 0.253 0.270 0.159 0.061 0.003 46 Y 0.029 0.081 0.190 0.274 0.290 0.126 0.009 47 D 0.104 0.279 0.307 0.208 0.077 0.022 0.002 48 L 0.029 0.038 0.070 0.178 0.332 0.316 0.037 49 K 0.078 0.211 0.275 0.261 0.120 0.050 0.005 50 S 0.069 0.091 0.164 0.253 0.266 0.143 0.012 51 K 0.302 0.415 0.183 0.073 0.021 0.005 0.001 52 G 0.159 0.215 0.215 0.224 0.144 0.042 0.002 53 Q 0.215 0.233 0.214 0.189 0.112 0.035 0.003 54 G 0.446 0.323 0.140 0.061 0.023 0.007 0.001 55 R 0.369 0.326 0.173 0.096 0.027 0.008 0.001 56 M 0.114 0.207 0.255 0.228 0.137 0.052 0.008 57 I 0.034 0.042 0.062 0.155 0.322 0.320 0.065 58 Q 0.045 0.151 0.219 0.276 0.180 0.116 0.013 59 V 0.025 0.041 0.071 0.145 0.259 0.377 0.082 60 S 0.048 0.116 0.206 0.212 0.206 0.177 0.036 61 I 0.027 0.057 0.104 0.222 0.326 0.228 0.035 62 P 0.133 0.218 0.261 0.196 0.132 0.054 0.006 63 A 0.296 0.285 0.175 0.150 0.073 0.019 0.001 64 S 0.602 0.300 0.066 0.021 0.008 0.002 0.001 65 V 0.254 0.198 0.227 0.224 0.079 0.016 0.001 66 P 0.561 0.348 0.062 0.019 0.008 0.002 0.001 67 L 0.208 0.204 0.268 0.229 0.075 0.016 0.001 68 K 0.324 0.313 0.192 0.108 0.053 0.008 0.001 69 E 0.303 0.399 0.196 0.071 0.025 0.005 0.001 70 F 0.070 0.091 0.249 0.385 0.182 0.023 0.001 71 D 0.505 0.386 0.083 0.019 0.006 0.001 0.001 72 Y 0.192 0.208 0.278 0.249 0.063 0.010 0.001 73 N 0.670 0.273 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 74 A 0.439 0.384 0.112 0.055 0.009 0.001 0.001 75 R 0.152 0.330 0.305 0.158 0.046 0.009 0.001 76 V 0.027 0.042 0.088 0.215 0.389 0.223 0.015 77 E 0.052 0.230 0.284 0.282 0.112 0.037 0.002 78 L 0.015 0.029 0.061 0.138 0.258 0.389 0.109 79 I 0.008 0.026 0.053 0.100 0.229 0.398 0.185 80 N 0.017 0.043 0.083 0.162 0.243 0.276 0.176 81 P 0.030 0.075 0.113 0.166 0.212 0.248 0.157 82 I 0.030 0.067 0.107 0.182 0.224 0.254 0.135 83 A 0.017 0.023 0.035 0.082 0.193 0.396 0.254 84 D 0.064 0.135 0.166 0.201 0.180 0.165 0.089 85 T 0.051 0.060 0.081 0.145 0.230 0.293 0.140 86 V 0.076 0.121 0.140 0.183 0.198 0.186 0.095 87 A 0.057 0.069 0.082 0.142 0.228 0.300 0.124 88 T 0.092 0.178 0.235 0.236 0.155 0.084 0.020 89 A 0.122 0.190 0.224 0.225 0.146 0.079 0.014 90 T 0.090 0.134 0.150 0.210 0.233 0.154 0.029 91 Y 0.078 0.113 0.163 0.244 0.235 0.144 0.024 92 Q 0.186 0.270 0.240 0.166 0.084 0.047 0.007 93 G 0.133 0.214 0.260 0.221 0.101 0.058 0.014 94 A 0.040 0.037 0.059 0.138 0.286 0.337 0.103 95 D 0.042 0.114 0.188 0.238 0.190 0.170 0.059 96 V 0.012 0.022 0.034 0.074 0.167 0.418 0.274 97 D 0.024 0.091 0.181 0.264 0.224 0.156 0.059 98 W 0.005 0.017 0.029 0.066 0.221 0.448 0.215 99 Y 0.006 0.028 0.072 0.173 0.233 0.323 0.164 100 I 0.004 0.009 0.018 0.062 0.170 0.449 0.289 101 K 0.006 0.038 0.115 0.206 0.236 0.253 0.145 102 A 0.003 0.008 0.020 0.055 0.191 0.454 0.268 103 D 0.010 0.056 0.115 0.188 0.289 0.262 0.081 104 D 0.006 0.025 0.046 0.121 0.271 0.415 0.116 105 I 0.004 0.009 0.021 0.057 0.199 0.486 0.224 106 V 0.008 0.029 0.056 0.105 0.218 0.430 0.152 107 L 0.014 0.048 0.139 0.241 0.324 0.204 0.030 108 T 0.063 0.187 0.302 0.305 0.112 0.030 0.001 109 K 0.420 0.322 0.138 0.076 0.038 0.006 0.001 110 D 0.661 0.253 0.052 0.024 0.007 0.001 0.001 111 S 0.585 0.260 0.102 0.041 0.011 0.001 0.001 112 S 0.581 0.290 0.092 0.032 0.005 0.001 0.001 113 S 0.505 0.292 0.131 0.054 0.016 0.002 0.001 114 F 0.297 0.222 0.236 0.172 0.063 0.010 0.001 115 K 0.530 0.284 0.122 0.046 0.015 0.002 0.001 116 A 0.518 0.277 0.124 0.059 0.019 0.003 0.001 117 Q 0.498 0.267 0.140 0.068 0.023 0.004 0.001 118 P 0.521 0.265 0.132 0.060 0.018 0.003 0.001 119 Q 0.605 0.254 0.094 0.036 0.009 0.002 0.001 120 A 0.530 0.240 0.138 0.069 0.020 0.003 0.001 121 K 0.610 0.235 0.101 0.041 0.011 0.002 0.001 122 K 0.697 0.222 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 123 E 0.632 0.243 0.084 0.032 0.008 0.001 0.001 124 P 0.645 0.235 0.082 0.030 0.007 0.001 0.001 125 T 0.730 0.197 0.053 0.016 0.003 0.001 0.001 126 Q 0.741 0.173 0.060 0.022 0.004 0.001 0.001 127 D 0.795 0.150 0.040 0.012 0.003 0.001 0.001 128 K 0.779 0.173 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001