# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.5051 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.171 0.087 0.105 0.150 0.171 0.143 0.079 0.047 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 2 M 0.151 0.087 0.101 0.134 0.157 0.142 0.098 0.062 0.033 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 3 R 0.201 0.139 0.140 0.143 0.115 0.098 0.065 0.047 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 4 L 0.078 0.039 0.055 0.083 0.126 0.155 0.130 0.128 0.090 0.051 0.033 0.022 0.008 0.003 5 A 0.066 0.045 0.057 0.093 0.125 0.157 0.145 0.130 0.082 0.051 0.029 0.012 0.005 0.003 6 N 0.129 0.113 0.114 0.132 0.118 0.107 0.103 0.068 0.050 0.031 0.018 0.009 0.005 0.003 7 G 0.105 0.064 0.075 0.110 0.151 0.143 0.112 0.095 0.065 0.035 0.021 0.015 0.007 0.004 8 I 0.039 0.026 0.034 0.049 0.084 0.121 0.166 0.153 0.106 0.090 0.069 0.042 0.015 0.006 9 V 0.062 0.047 0.073 0.114 0.148 0.145 0.118 0.128 0.079 0.045 0.024 0.010 0.004 0.002 10 L 0.116 0.084 0.087 0.117 0.151 0.121 0.095 0.085 0.068 0.036 0.022 0.011 0.005 0.003 11 D 0.132 0.102 0.142 0.191 0.162 0.118 0.084 0.033 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 12 K 0.114 0.106 0.152 0.172 0.155 0.129 0.083 0.042 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 13 D 0.470 0.268 0.115 0.064 0.042 0.020 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.363 0.278 0.161 0.099 0.048 0.027 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.116 0.088 0.140 0.182 0.199 0.130 0.076 0.036 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 16 F 0.061 0.059 0.094 0.160 0.224 0.176 0.106 0.064 0.033 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 17 G 0.271 0.196 0.136 0.116 0.084 0.074 0.054 0.030 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 18 E 0.118 0.164 0.140 0.149 0.133 0.097 0.081 0.056 0.031 0.014 0.009 0.004 0.004 0.001 19 L 0.024 0.017 0.024 0.038 0.083 0.119 0.156 0.166 0.145 0.083 0.062 0.056 0.022 0.004 20 K 0.053 0.051 0.074 0.141 0.217 0.143 0.131 0.099 0.049 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 21 F 0.055 0.022 0.028 0.049 0.069 0.086 0.109 0.146 0.143 0.129 0.090 0.046 0.019 0.008 22 S 0.056 0.049 0.074 0.130 0.164 0.147 0.109 0.110 0.073 0.042 0.026 0.012 0.005 0.003 23 A 0.035 0.027 0.047 0.087 0.126 0.158 0.137 0.131 0.105 0.070 0.044 0.023 0.008 0.003 24 L 0.072 0.090 0.106 0.137 0.155 0.151 0.124 0.076 0.043 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 25 R 0.312 0.220 0.155 0.111 0.071 0.047 0.043 0.018 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 26 R 0.283 0.160 0.133 0.135 0.116 0.072 0.045 0.024 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 27 E 0.254 0.158 0.134 0.139 0.120 0.078 0.057 0.029 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.125 0.075 0.114 0.146 0.156 0.138 0.104 0.072 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 29 R 0.231 0.147 0.132 0.151 0.121 0.083 0.061 0.037 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 30 I 0.108 0.062 0.100 0.136 0.168 0.156 0.102 0.076 0.044 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 31 Q 0.235 0.141 0.137 0.168 0.121 0.088 0.058 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 32 N 0.409 0.153 0.126 0.107 0.078 0.053 0.037 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 33 E 0.496 0.159 0.102 0.098 0.068 0.036 0.023 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.588 0.189 0.091 0.058 0.035 0.017 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 G 0.378 0.153 0.148 0.134 0.088 0.052 0.028 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.499 0.182 0.122 0.084 0.055 0.027 0.021 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.213 0.125 0.154 0.159 0.150 0.102 0.057 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 S 0.325 0.217 0.150 0.117 0.091 0.047 0.032 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.569 0.194 0.098 0.055 0.039 0.021 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 E 0.165 0.171 0.173 0.184 0.161 0.077 0.036 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 41 I 0.040 0.029 0.056 0.099 0.206 0.191 0.154 0.119 0.059 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 42 K 0.167 0.198 0.181 0.200 0.112 0.078 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 E 0.455 0.236 0.113 0.075 0.046 0.027 0.024 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 44 R 0.039 0.046 0.094 0.166 0.211 0.182 0.110 0.079 0.040 0.016 0.009 0.006 0.003 0.001 45 T 0.047 0.044 0.072 0.117 0.215 0.170 0.128 0.104 0.056 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 46 Y 0.057 0.038 0.039 0.061 0.101 0.123 0.145 0.153 0.111 0.084 0.053 0.021 0.010 0.003 47 D 0.157 0.144 0.120 0.142 0.128 0.082 0.072 0.061 0.043 0.023 0.015 0.007 0.005 0.002 48 L 0.036 0.018 0.024 0.034 0.068 0.086 0.103 0.126 0.143 0.121 0.104 0.092 0.034 0.009 49 K 0.062 0.051 0.073 0.139 0.172 0.155 0.135 0.105 0.052 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 50 S 0.080 0.049 0.053 0.082 0.125 0.108 0.114 0.120 0.103 0.083 0.046 0.022 0.010 0.005 51 K 0.298 0.171 0.128 0.145 0.100 0.063 0.042 0.022 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 52 G 0.108 0.071 0.117 0.168 0.163 0.149 0.099 0.054 0.033 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 53 Q 0.080 0.079 0.112 0.155 0.181 0.155 0.101 0.066 0.039 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 54 G 0.220 0.179 0.143 0.153 0.106 0.081 0.052 0.028 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 55 R 0.082 0.073 0.092 0.126 0.141 0.141 0.126 0.080 0.068 0.035 0.020 0.010 0.004 0.002 56 M 0.027 0.028 0.046 0.095 0.156 0.155 0.157 0.133 0.085 0.050 0.035 0.019 0.009 0.005 57 I 0.005 0.006 0.008 0.011 0.022 0.041 0.082 0.110 0.154 0.180 0.176 0.119 0.066 0.021 58 Q 0.015 0.013 0.020 0.047 0.086 0.094 0.117 0.160 0.169 0.108 0.082 0.050 0.025 0.015 59 V 0.003 0.002 0.003 0.003 0.007 0.014 0.034 0.053 0.107 0.204 0.240 0.192 0.092 0.048 60 S 0.010 0.011 0.017 0.027 0.047 0.066 0.092 0.139 0.168 0.150 0.129 0.078 0.043 0.023 61 I 0.009 0.012 0.017 0.037 0.063 0.075 0.096 0.133 0.151 0.151 0.121 0.079 0.036 0.019 62 P 0.013 0.024 0.039 0.064 0.111 0.134 0.146 0.143 0.127 0.096 0.055 0.027 0.012 0.009 63 A 0.048 0.081 0.110 0.129 0.143 0.138 0.112 0.094 0.063 0.039 0.023 0.012 0.006 0.003 64 S 0.165 0.218 0.147 0.130 0.119 0.070 0.061 0.033 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 65 V 0.119 0.089 0.132 0.156 0.169 0.140 0.080 0.053 0.037 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 66 P 0.252 0.187 0.157 0.137 0.113 0.062 0.053 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 L 0.144 0.123 0.144 0.165 0.157 0.109 0.063 0.046 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 68 K 0.289 0.172 0.149 0.149 0.097 0.072 0.040 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 69 E 0.274 0.241 0.176 0.110 0.084 0.047 0.040 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.120 0.074 0.103 0.169 0.226 0.143 0.076 0.048 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 71 D 0.473 0.199 0.127 0.082 0.055 0.025 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.154 0.090 0.157 0.220 0.166 0.109 0.053 0.028 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 73 N 0.567 0.198 0.086 0.071 0.038 0.017 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.318 0.245 0.193 0.117 0.053 0.036 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.111 0.140 0.151 0.156 0.172 0.113 0.088 0.039 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 76 V 0.025 0.023 0.040 0.067 0.149 0.159 0.196 0.165 0.085 0.044 0.024 0.016 0.007 0.001 77 E 0.108 0.099 0.116 0.152 0.160 0.110 0.094 0.071 0.044 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 78 L 0.025 0.011 0.018 0.033 0.057 0.080 0.098 0.151 0.153 0.135 0.109 0.087 0.031 0.012 79 I 0.024 0.025 0.030 0.047 0.071 0.108 0.134 0.148 0.135 0.119 0.086 0.041 0.021 0.011 80 N 0.037 0.043 0.062 0.098 0.115 0.122 0.119 0.124 0.101 0.076 0.051 0.029 0.014 0.008 81 P 0.032 0.031 0.041 0.064 0.104 0.117 0.124 0.134 0.121 0.099 0.063 0.039 0.018 0.013 82 I 0.022 0.030 0.046 0.084 0.118 0.149 0.151 0.145 0.094 0.066 0.050 0.027 0.013 0.007 83 A 0.015 0.014 0.021 0.039 0.068 0.106 0.143 0.175 0.166 0.121 0.071 0.036 0.016 0.009 84 D 0.039 0.049 0.069 0.095 0.132 0.140 0.134 0.118 0.091 0.059 0.038 0.021 0.010 0.006 85 T 0.048 0.031 0.040 0.049 0.072 0.093 0.111 0.125 0.134 0.119 0.086 0.056 0.027 0.012 86 V 0.036 0.039 0.062 0.106 0.139 0.144 0.130 0.120 0.091 0.061 0.037 0.021 0.010 0.005 87 A 0.039 0.030 0.042 0.055 0.083 0.116 0.128 0.139 0.130 0.105 0.067 0.037 0.018 0.010 88 T 0.083 0.092 0.105 0.130 0.153 0.133 0.109 0.080 0.052 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 89 A 0.123 0.123 0.136 0.148 0.131 0.104 0.071 0.058 0.050 0.027 0.015 0.007 0.004 0.002 90 T 0.078 0.069 0.096 0.131 0.161 0.151 0.124 0.081 0.055 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 91 Y 0.083 0.086 0.113 0.141 0.162 0.144 0.109 0.073 0.044 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 92 Q 0.201 0.180 0.143 0.125 0.112 0.083 0.061 0.039 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 93 G 0.114 0.105 0.109 0.132 0.143 0.126 0.096 0.075 0.049 0.024 0.014 0.007 0.004 0.002 94 A 0.046 0.038 0.050 0.069 0.117 0.135 0.151 0.136 0.093 0.068 0.048 0.031 0.013 0.004 95 D 0.055 0.059 0.078 0.141 0.167 0.134 0.107 0.102 0.066 0.042 0.028 0.013 0.006 0.003 96 V 0.020 0.015 0.024 0.040 0.070 0.097 0.118 0.149 0.156 0.128 0.095 0.052 0.025 0.012 97 D 0.022 0.026 0.040 0.088 0.147 0.151 0.142 0.144 0.101 0.059 0.043 0.021 0.010 0.006 98 W 0.006 0.007 0.010 0.017 0.030 0.052 0.089 0.120 0.166 0.203 0.167 0.082 0.036 0.016 99 Y 0.012 0.015 0.022 0.059 0.104 0.123 0.136 0.165 0.132 0.095 0.075 0.037 0.015 0.012 100 I 0.003 0.005 0.008 0.012 0.021 0.040 0.070 0.094 0.143 0.187 0.186 0.144 0.059 0.027 101 K 0.006 0.011 0.025 0.058 0.104 0.131 0.162 0.195 0.136 0.080 0.050 0.025 0.012 0.007 102 A 0.002 0.003 0.004 0.009 0.018 0.040 0.082 0.129 0.184 0.203 0.171 0.086 0.044 0.026 103 D 0.003 0.005 0.009 0.023 0.051 0.086 0.142 0.188 0.192 0.130 0.088 0.045 0.022 0.016 104 D 0.004 0.007 0.014 0.030 0.055 0.069 0.099 0.124 0.156 0.163 0.115 0.095 0.041 0.027 105 I 0.002 0.003 0.005 0.006 0.012 0.025 0.058 0.097 0.139 0.238 0.192 0.133 0.064 0.027 106 V 0.007 0.011 0.019 0.030 0.049 0.073 0.103 0.181 0.171 0.158 0.099 0.056 0.032 0.012 107 L 0.008 0.014 0.022 0.042 0.082 0.102 0.121 0.167 0.163 0.141 0.073 0.035 0.018 0.010 108 T 0.036 0.064 0.099 0.151 0.163 0.153 0.150 0.088 0.046 0.028 0.013 0.006 0.002 0.002 109 K 0.125 0.153 0.169 0.160 0.133 0.096 0.077 0.037 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 110 D 0.311 0.211 0.133 0.114 0.096 0.056 0.037 0.018 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 111 S 0.394 0.190 0.147 0.110 0.073 0.041 0.024 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 S 0.581 0.186 0.090 0.067 0.038 0.018 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 S 0.402 0.195 0.138 0.112 0.069 0.041 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.170 0.108 0.164 0.171 0.147 0.117 0.076 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 115 K 0.418 0.213 0.135 0.096 0.063 0.034 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.422 0.175 0.134 0.100 0.078 0.045 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.355 0.176 0.143 0.131 0.089 0.052 0.034 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 P 0.433 0.179 0.137 0.099 0.073 0.039 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.532 0.197 0.103 0.074 0.047 0.023 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.429 0.185 0.136 0.104 0.072 0.037 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 K 0.430 0.196 0.134 0.106 0.066 0.035 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 K 0.479 0.185 0.124 0.087 0.064 0.031 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.496 0.204 0.116 0.085 0.052 0.025 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 P 0.478 0.188 0.131 0.090 0.059 0.028 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 T 0.530 0.183 0.112 0.080 0.051 0.023 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 Q 0.514 0.182 0.118 0.083 0.054 0.025 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 D 0.564 0.188 0.107 0.063 0.039 0.019 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 K 0.478 0.209 0.123 0.079 0.057 0.027 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001