# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.008 0.082 0.014 0.073 0.527 0.006 0.002 0.013 0.026 0.044 0.033 0.123 2 M 0.083 0.010 0.094 0.035 0.072 0.415 0.009 0.004 0.014 0.029 0.042 0.115 0.078 3 R 0.086 0.016 0.081 0.015 0.060 0.360 0.011 0.006 0.020 0.028 0.075 0.067 0.174 4 L 0.054 0.017 0.163 0.034 0.053 0.243 0.009 0.005 0.028 0.047 0.156 0.065 0.127 5 A 0.016 0.005 0.156 0.109 0.080 0.118 0.004 0.002 0.014 0.094 0.326 0.036 0.040 6 N 0.004 0.002 0.076 0.041 0.028 0.032 0.002 0.002 0.013 0.222 0.535 0.027 0.015 7 G 0.024 0.010 0.270 0.016 0.023 0.028 0.008 0.021 0.047 0.235 0.146 0.045 0.127 8 I 0.055 0.011 0.143 0.005 0.008 0.014 0.046 0.047 0.293 0.072 0.024 0.168 0.113 9 V 0.056 0.070 0.142 0.007 0.005 0.007 0.048 0.049 0.263 0.033 0.017 0.085 0.218 10 L 0.029 0.101 0.341 0.017 0.003 0.005 0.017 0.023 0.137 0.079 0.010 0.163 0.077 11 D 0.002 0.010 0.757 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 0.095 0.006 0.011 0.075 12 K 0.002 0.004 0.085 0.008 0.142 0.298 0.001 0.001 0.004 0.088 0.343 0.005 0.020 13 D 0.005 0.005 0.051 0.006 0.301 0.223 0.001 0.001 0.002 0.046 0.323 0.018 0.019 14 T 0.025 0.008 0.116 0.005 0.332 0.229 0.002 0.002 0.005 0.089 0.063 0.056 0.067 15 T 0.061 0.015 0.217 0.016 0.098 0.238 0.003 0.001 0.005 0.095 0.090 0.039 0.124 16 F 0.112 0.007 0.071 0.048 0.086 0.318 0.005 0.001 0.002 0.057 0.191 0.036 0.067 17 G 0.164 0.006 0.072 0.028 0.046 0.251 0.006 0.001 0.003 0.047 0.149 0.099 0.127 18 E 0.290 0.003 0.045 0.009 0.021 0.178 0.009 0.001 0.002 0.011 0.023 0.092 0.314 19 L 0.292 0.003 0.068 0.010 0.005 0.148 0.009 0.001 0.005 0.010 0.007 0.247 0.194 20 K 0.242 0.005 0.079 0.050 0.009 0.251 0.011 0.001 0.006 0.015 0.029 0.176 0.126 21 F 0.181 0.004 0.047 0.011 0.019 0.384 0.006 0.001 0.007 0.015 0.029 0.073 0.222 22 S 0.142 0.003 0.036 0.040 0.029 0.434 0.005 0.001 0.004 0.028 0.052 0.107 0.118 23 A 0.168 0.004 0.039 0.008 0.045 0.271 0.005 0.001 0.004 0.018 0.071 0.090 0.276 24 L 0.134 0.005 0.070 0.034 0.051 0.241 0.004 0.001 0.004 0.028 0.097 0.119 0.213 25 R 0.139 0.005 0.096 0.030 0.037 0.145 0.003 0.001 0.003 0.040 0.129 0.134 0.238 26 R 0.140 0.006 0.133 0.041 0.029 0.121 0.003 0.001 0.005 0.058 0.092 0.164 0.208 27 E 0.245 0.005 0.078 0.031 0.015 0.067 0.004 0.001 0.006 0.025 0.035 0.207 0.282 28 V 0.317 0.003 0.050 0.009 0.005 0.026 0.005 0.001 0.006 0.007 0.008 0.187 0.377 29 R 0.439 0.003 0.034 0.015 0.003 0.015 0.008 0.001 0.005 0.003 0.003 0.289 0.183 30 I 0.480 0.004 0.023 0.004 0.002 0.006 0.007 0.001 0.004 0.002 0.002 0.234 0.230 31 Q 0.274 0.012 0.073 0.012 0.004 0.011 0.007 0.001 0.007 0.008 0.013 0.183 0.396 32 N 0.058 0.009 0.320 0.014 0.011 0.008 0.003 0.001 0.005 0.055 0.110 0.129 0.276 33 E 0.004 0.001 0.081 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.132 0.669 0.062 0.027 34 D 0.001 0.002 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.830 0.006 0.011 35 G 0.001 0.007 0.151 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.309 0.024 0.010 36 S 0.007 0.070 0.619 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.122 0.016 0.081 0.074 37 V 0.024 0.102 0.265 0.009 0.008 0.022 0.006 0.001 0.010 0.066 0.037 0.039 0.411 38 S 0.033 0.027 0.248 0.177 0.017 0.045 0.006 0.001 0.007 0.069 0.041 0.232 0.099 39 D 0.107 0.008 0.110 0.051 0.027 0.082 0.008 0.001 0.006 0.035 0.035 0.144 0.386 40 E 0.231 0.005 0.047 0.034 0.019 0.044 0.012 0.002 0.004 0.013 0.015 0.318 0.254 41 I 0.339 0.003 0.023 0.023 0.018 0.067 0.024 0.003 0.007 0.006 0.011 0.087 0.390 42 K 0.328 0.003 0.038 0.067 0.012 0.040 0.012 0.001 0.005 0.012 0.024 0.332 0.127 43 E 0.322 0.002 0.035 0.030 0.015 0.034 0.008 0.001 0.004 0.008 0.022 0.051 0.468 44 R 0.177 0.001 0.037 0.042 0.004 0.020 0.006 0.001 0.007 0.025 0.017 0.588 0.076 45 T 0.209 0.002 0.053 0.008 0.002 0.010 0.010 0.001 0.007 0.007 0.011 0.033 0.647 46 Y 0.188 0.003 0.067 0.013 0.001 0.008 0.007 0.001 0.012 0.007 0.002 0.628 0.062 47 D 0.206 0.005 0.079 0.013 0.002 0.022 0.014 0.002 0.018 0.012 0.006 0.127 0.494 48 L 0.215 0.009 0.105 0.015 0.012 0.054 0.013 0.003 0.017 0.017 0.018 0.230 0.292 49 K 0.182 0.009 0.127 0.076 0.027 0.061 0.013 0.002 0.018 0.036 0.049 0.198 0.202 50 S 0.086 0.011 0.149 0.012 0.080 0.086 0.005 0.001 0.008 0.058 0.111 0.095 0.297 51 K 0.029 0.013 0.158 0.014 0.083 0.061 0.003 0.001 0.005 0.095 0.290 0.105 0.143 52 G 0.027 0.015 0.249 0.008 0.078 0.031 0.002 0.001 0.003 0.130 0.247 0.076 0.133 53 Q 0.008 0.011 0.217 0.020 0.057 0.018 0.001 0.001 0.003 0.219 0.325 0.056 0.064 54 G 0.006 0.005 0.220 0.032 0.023 0.005 0.001 0.001 0.002 0.245 0.400 0.022 0.039 55 R 0.020 0.009 0.326 0.069 0.010 0.003 0.003 0.001 0.010 0.271 0.118 0.119 0.041 56 M 0.130 0.010 0.213 0.028 0.003 0.002 0.050 0.011 0.071 0.062 0.027 0.061 0.333 57 I 0.300 0.002 0.041 0.025 0.001 0.001 0.106 0.086 0.086 0.014 0.001 0.257 0.080 58 Q 0.467 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.207 0.103 0.052 0.002 0.001 0.047 0.098 59 V 0.372 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.321 0.138 0.078 0.001 0.001 0.044 0.041 60 S 0.353 0.005 0.022 0.022 0.001 0.001 0.265 0.110 0.091 0.004 0.001 0.046 0.080 61 I 0.053 0.007 0.436 0.007 0.002 0.001 0.018 0.016 0.152 0.053 0.008 0.141 0.105 62 P 0.010 0.005 0.519 0.030 0.038 0.009 0.005 0.003 0.037 0.132 0.128 0.010 0.074 63 A 0.003 0.005 0.173 0.005 0.162 0.013 0.001 0.001 0.009 0.173 0.426 0.023 0.006 64 S 0.004 0.020 0.268 0.004 0.152 0.008 0.001 0.001 0.009 0.169 0.321 0.005 0.038 65 V 0.004 0.040 0.537 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.006 0.290 0.030 0.053 0.010 66 P 0.001 0.031 0.816 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.005 0.068 0.017 0.004 0.041 67 L 0.003 0.027 0.336 0.015 0.355 0.069 0.001 0.001 0.007 0.068 0.076 0.011 0.031 68 K 0.004 0.010 0.163 0.020 0.394 0.075 0.002 0.001 0.014 0.069 0.175 0.057 0.018 69 E 0.007 0.028 0.167 0.003 0.321 0.078 0.003 0.001 0.015 0.050 0.191 0.009 0.127 70 F 0.006 0.059 0.459 0.007 0.033 0.044 0.002 0.001 0.037 0.142 0.027 0.149 0.034 71 D 0.003 0.020 0.747 0.003 0.015 0.015 0.001 0.001 0.011 0.063 0.013 0.016 0.092 72 Y 0.004 0.017 0.198 0.025 0.295 0.170 0.001 0.001 0.012 0.064 0.154 0.023 0.037 73 N 0.004 0.005 0.133 0.048 0.204 0.118 0.001 0.001 0.008 0.084 0.354 0.014 0.026 74 A 0.016 0.006 0.219 0.031 0.164 0.158 0.003 0.002 0.021 0.130 0.134 0.057 0.059 75 R 0.083 0.016 0.159 0.043 0.033 0.123 0.026 0.009 0.120 0.056 0.050 0.089 0.194 76 V 0.230 0.008 0.070 0.015 0.013 0.058 0.061 0.056 0.114 0.021 0.012 0.096 0.245 77 E 0.218 0.007 0.066 0.155 0.018 0.095 0.051 0.042 0.072 0.026 0.021 0.129 0.101 78 L 0.220 0.005 0.030 0.010 0.013 0.080 0.102 0.049 0.156 0.017 0.031 0.121 0.165 79 I 0.124 0.013 0.102 0.072 0.025 0.157 0.067 0.055 0.090 0.041 0.056 0.033 0.166 80 N 0.025 0.006 0.380 0.022 0.006 0.065 0.007 0.006 0.057 0.145 0.025 0.207 0.049 81 P 0.012 0.007 0.256 0.019 0.028 0.180 0.003 0.004 0.036 0.114 0.192 0.023 0.127 82 I 0.022 0.016 0.198 0.025 0.069 0.287 0.004 0.004 0.026 0.104 0.149 0.047 0.049 83 A 0.040 0.009 0.182 0.029 0.069 0.246 0.012 0.007 0.058 0.115 0.048 0.046 0.138 84 D 0.091 0.010 0.130 0.053 0.054 0.321 0.010 0.009 0.023 0.062 0.068 0.060 0.110 85 T 0.189 0.006 0.050 0.042 0.042 0.323 0.025 0.016 0.034 0.032 0.042 0.084 0.116 86 V 0.268 0.005 0.038 0.041 0.037 0.269 0.032 0.021 0.025 0.016 0.035 0.046 0.165 87 A 0.340 0.004 0.042 0.025 0.026 0.203 0.036 0.015 0.032 0.016 0.024 0.152 0.087 88 T 0.298 0.008 0.077 0.036 0.035 0.161 0.026 0.013 0.023 0.025 0.051 0.064 0.184 89 A 0.140 0.015 0.155 0.020 0.037 0.150 0.010 0.005 0.021 0.074 0.109 0.164 0.099 90 T 0.043 0.020 0.247 0.015 0.041 0.083 0.006 0.002 0.018 0.129 0.178 0.047 0.170 91 Y 0.012 0.010 0.328 0.015 0.052 0.049 0.002 0.001 0.007 0.193 0.213 0.061 0.057 92 Q 0.003 0.005 0.102 0.015 0.037 0.024 0.001 0.001 0.003 0.229 0.526 0.029 0.026 93 G 0.005 0.010 0.177 0.007 0.029 0.012 0.001 0.001 0.002 0.242 0.446 0.017 0.050 94 A 0.014 0.018 0.369 0.020 0.017 0.009 0.002 0.001 0.010 0.275 0.073 0.138 0.053 95 D 0.040 0.024 0.343 0.017 0.008 0.007 0.009 0.002 0.028 0.082 0.040 0.057 0.343 96 V 0.097 0.015 0.262 0.092 0.010 0.014 0.026 0.008 0.056 0.079 0.030 0.163 0.149 97 D 0.166 0.005 0.123 0.224 0.004 0.010 0.048 0.015 0.046 0.052 0.020 0.174 0.113 98 W 0.383 0.001 0.016 0.008 0.002 0.004 0.123 0.051 0.068 0.006 0.002 0.112 0.224 99 Y 0.520 0.001 0.008 0.037 0.001 0.004 0.159 0.082 0.037 0.003 0.001 0.071 0.076 100 I 0.486 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.200 0.080 0.061 0.001 0.001 0.070 0.088 101 K 0.354 0.006 0.046 0.060 0.004 0.007 0.091 0.062 0.070 0.012 0.011 0.081 0.195 102 A 0.164 0.008 0.213 0.029 0.011 0.014 0.032 0.017 0.079 0.068 0.041 0.114 0.211 103 D 0.039 0.006 0.269 0.103 0.038 0.031 0.009 0.004 0.044 0.163 0.157 0.058 0.079 104 D 0.052 0.010 0.200 0.037 0.096 0.066 0.007 0.004 0.028 0.155 0.174 0.092 0.079 105 I 0.099 0.012 0.202 0.032 0.096 0.093 0.016 0.011 0.037 0.089 0.073 0.050 0.192 106 V 0.225 0.016 0.095 0.018 0.038 0.102 0.031 0.014 0.040 0.035 0.034 0.253 0.098 107 L 0.206 0.033 0.120 0.013 0.026 0.068 0.029 0.012 0.036 0.026 0.028 0.060 0.344 108 T 0.086 0.034 0.292 0.036 0.024 0.069 0.012 0.006 0.031 0.063 0.054 0.199 0.093 109 K 0.019 0.019 0.370 0.015 0.026 0.061 0.003 0.002 0.019 0.123 0.156 0.043 0.144 110 D 0.005 0.010 0.320 0.009 0.040 0.068 0.001 0.001 0.005 0.175 0.299 0.025 0.042 111 S 0.003 0.008 0.234 0.007 0.044 0.064 0.001 0.001 0.003 0.250 0.344 0.024 0.018 112 S 0.004 0.023 0.294 0.004 0.072 0.097 0.001 0.001 0.003 0.211 0.242 0.023 0.027 113 S 0.005 0.039 0.373 0.004 0.110 0.135 0.001 0.001 0.004 0.117 0.159 0.013 0.038 114 F 0.006 0.029 0.412 0.006 0.090 0.118 0.001 0.001 0.005 0.137 0.142 0.027 0.028 115 K 0.004 0.026 0.444 0.004 0.070 0.097 0.001 0.001 0.003 0.102 0.200 0.018 0.031 116 A 0.003 0.032 0.465 0.004 0.059 0.080 0.001 0.001 0.002 0.151 0.164 0.016 0.024 117 Q 0.001 0.020 0.652 0.002 0.024 0.044 0.001 0.001 0.003 0.177 0.039 0.023 0.014 118 P 0.001 0.024 0.573 0.002 0.073 0.076 0.001 0.001 0.002 0.101 0.120 0.005 0.023 119 Q 0.001 0.019 0.406 0.002 0.112 0.083 0.001 0.001 0.002 0.097 0.267 0.006 0.005 120 A 0.001 0.010 0.336 0.001 0.137 0.097 0.001 0.001 0.002 0.104 0.304 0.003 0.005 121 K 0.001 0.016 0.324 0.001 0.097 0.076 0.001 0.001 0.002 0.129 0.347 0.004 0.005 122 K 0.001 0.024 0.467 0.001 0.051 0.038 0.001 0.001 0.003 0.250 0.150 0.007 0.008 123 E 0.001 0.021 0.680 0.001 0.022 0.017 0.001 0.001 0.003 0.186 0.053 0.008 0.009 124 P 0.001 0.028 0.641 0.002 0.061 0.029 0.001 0.001 0.004 0.087 0.129 0.004 0.013 125 T 0.001 0.028 0.618 0.002 0.072 0.033 0.001 0.001 0.007 0.095 0.126 0.009 0.008 126 Q 0.001 0.021 0.659 0.002 0.056 0.035 0.001 0.001 0.008 0.118 0.073 0.009 0.017 127 D 0.001 0.024 0.620 0.003 0.032 0.026 0.001 0.001 0.007 0.156 0.105 0.009 0.016 128 K 0.001 0.021 0.656 0.003 0.026 0.030 0.001 0.001 0.009 0.168 0.056 0.018 0.012