# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.127 0.147 0.274 0.001 0.018 0.006 0.005 0.007 0.001 0.020 0.061 0.277 0.001 0.010 0.022 2 M 0.017 0.014 0.241 0.464 0.003 0.022 0.007 0.001 0.005 0.002 0.011 0.014 0.175 0.001 0.002 0.021 3 R 0.016 0.023 0.111 0.296 0.041 0.232 0.013 0.003 0.001 0.001 0.012 0.016 0.227 0.002 0.001 0.006 4 L 0.003 0.038 0.017 0.118 0.377 0.161 0.033 0.011 0.002 0.001 0.079 0.013 0.084 0.055 0.002 0.006 5 A 0.003 0.099 0.020 0.074 0.161 0.032 0.111 0.146 0.007 0.003 0.031 0.041 0.042 0.143 0.081 0.006 6 N 0.007 0.056 0.035 0.066 0.001 0.007 0.006 0.229 0.083 0.027 0.008 0.011 0.042 0.002 0.351 0.069 7 G 0.190 0.014 0.109 0.109 0.001 0.002 0.002 0.001 0.153 0.019 0.005 0.003 0.011 0.001 0.002 0.379 8 I 0.627 0.002 0.263 0.092 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 9 V 0.008 0.019 0.235 0.562 0.046 0.108 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 10 L 0.001 0.039 0.005 0.890 0.013 0.030 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.024 0.003 0.065 0.010 0.841 0.001 0.007 0.008 0.011 0.011 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 12 K 0.006 0.090 0.012 0.038 0.004 0.016 0.003 0.009 0.009 0.002 0.770 0.019 0.017 0.001 0.001 0.003 13 D 0.013 0.109 0.066 0.061 0.004 0.041 0.007 0.004 0.009 0.002 0.011 0.625 0.022 0.002 0.019 0.006 14 T 0.029 0.035 0.442 0.075 0.019 0.031 0.018 0.006 0.010 0.004 0.025 0.008 0.112 0.008 0.012 0.165 15 T 0.035 0.032 0.072 0.038 0.171 0.175 0.236 0.010 0.003 0.004 0.046 0.033 0.053 0.078 0.004 0.009 16 F 0.012 0.194 0.078 0.068 0.002 0.016 0.005 0.381 0.010 0.002 0.036 0.023 0.049 0.001 0.116 0.009 17 G 0.017 0.024 0.048 0.269 0.001 0.024 0.002 0.004 0.244 0.078 0.030 0.037 0.060 0.001 0.002 0.161 18 E 0.309 0.029 0.272 0.340 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 0.001 0.001 0.006 19 L 0.006 0.006 0.291 0.607 0.001 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 20 K 0.001 0.059 0.048 0.698 0.006 0.139 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 21 F 0.001 0.012 0.004 0.671 0.009 0.138 0.001 0.004 0.001 0.001 0.097 0.009 0.052 0.001 0.001 0.001 22 S 0.002 0.120 0.040 0.472 0.008 0.041 0.003 0.005 0.002 0.001 0.029 0.103 0.169 0.001 0.003 0.003 23 A 0.008 0.028 0.021 0.383 0.028 0.106 0.010 0.005 0.004 0.002 0.020 0.022 0.333 0.007 0.002 0.021 24 L 0.008 0.102 0.104 0.185 0.022 0.180 0.030 0.015 0.002 0.001 0.043 0.032 0.251 0.010 0.009 0.007 25 R 0.006 0.108 0.072 0.232 0.006 0.124 0.010 0.047 0.009 0.007 0.055 0.039 0.220 0.005 0.032 0.026 26 R 0.022 0.062 0.064 0.244 0.002 0.053 0.003 0.009 0.016 0.006 0.126 0.049 0.294 0.002 0.008 0.040 27 E 0.076 0.074 0.135 0.227 0.005 0.042 0.013 0.002 0.005 0.001 0.024 0.079 0.262 0.017 0.004 0.033 28 V 0.011 0.037 0.290 0.317 0.003 0.047 0.010 0.005 0.001 0.001 0.019 0.018 0.214 0.003 0.016 0.011 29 R 0.004 0.060 0.190 0.475 0.007 0.044 0.009 0.003 0.003 0.001 0.011 0.012 0.141 0.003 0.002 0.034 30 I 0.025 0.039 0.075 0.608 0.034 0.067 0.020 0.005 0.003 0.002 0.015 0.009 0.069 0.012 0.003 0.013 31 Q 0.006 0.099 0.133 0.405 0.026 0.151 0.018 0.031 0.003 0.003 0.021 0.015 0.054 0.006 0.017 0.011 32 N 0.005 0.030 0.016 0.038 0.055 0.590 0.010 0.017 0.008 0.014 0.089 0.026 0.085 0.004 0.004 0.011 33 E 0.005 0.026 0.006 0.005 0.103 0.004 0.131 0.006 0.002 0.002 0.258 0.022 0.009 0.416 0.002 0.003 34 D 0.001 0.012 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.912 0.001 35 G 0.003 0.003 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.018 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.876 36 S 0.938 0.007 0.021 0.014 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 37 V 0.014 0.041 0.445 0.062 0.006 0.341 0.006 0.006 0.001 0.003 0.034 0.014 0.022 0.001 0.001 0.003 38 S 0.004 0.100 0.019 0.074 0.002 0.593 0.001 0.007 0.004 0.002 0.084 0.073 0.032 0.001 0.002 0.001 39 D 0.004 0.065 0.020 0.091 0.001 0.015 0.001 0.004 0.004 0.001 0.645 0.088 0.058 0.001 0.001 0.003 40 E 0.019 0.041 0.093 0.124 0.002 0.032 0.003 0.001 0.004 0.001 0.018 0.467 0.186 0.001 0.001 0.009 41 I 0.003 0.005 0.170 0.063 0.001 0.104 0.010 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.604 0.001 0.001 0.003 42 K 0.001 0.497 0.038 0.127 0.001 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.249 0.001 0.001 0.004 43 E 0.006 0.009 0.024 0.753 0.002 0.022 0.002 0.003 0.002 0.001 0.016 0.004 0.141 0.003 0.003 0.011 44 R 0.007 0.027 0.589 0.207 0.002 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.006 0.116 0.001 0.004 0.010 45 T 0.007 0.032 0.063 0.754 0.007 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.074 0.004 0.001 0.015 46 Y 0.009 0.032 0.082 0.764 0.004 0.043 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.046 0.001 0.003 0.003 47 D 0.004 0.038 0.035 0.388 0.026 0.419 0.005 0.003 0.003 0.005 0.012 0.008 0.046 0.002 0.001 0.006 48 L 0.008 0.126 0.019 0.429 0.014 0.097 0.003 0.020 0.002 0.001 0.220 0.014 0.043 0.001 0.002 0.003 49 K 0.004 0.235 0.074 0.445 0.014 0.037 0.005 0.010 0.016 0.004 0.011 0.092 0.035 0.005 0.004 0.010 50 S 0.018 0.012 0.075 0.146 0.146 0.238 0.101 0.015 0.005 0.008 0.035 0.016 0.141 0.019 0.011 0.013 51 K 0.010 0.146 0.096 0.089 0.020 0.052 0.005 0.183 0.008 0.005 0.227 0.022 0.087 0.003 0.030 0.017 52 G 0.019 0.014 0.013 0.030 0.324 0.017 0.091 0.007 0.041 0.024 0.023 0.048 0.020 0.297 0.002 0.030 53 Q 0.025 0.015 0.045 0.018 0.010 0.013 0.011 0.398 0.002 0.002 0.017 0.009 0.027 0.003 0.404 0.003 54 G 0.005 0.023 0.031 0.024 0.002 0.016 0.004 0.020 0.332 0.125 0.012 0.006 0.017 0.004 0.007 0.373 55 R 0.835 0.029 0.016 0.067 0.001 0.006 0.002 0.002 0.010 0.003 0.004 0.012 0.007 0.001 0.002 0.005 56 M 0.055 0.043 0.641 0.224 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 57 I 0.029 0.003 0.242 0.719 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.001 0.004 0.092 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 S 0.001 0.004 0.007 0.979 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 I 0.001 0.006 0.002 0.959 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 P 0.001 0.019 0.002 0.122 0.045 0.797 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.152 0.003 0.135 0.004 0.038 0.001 0.057 0.003 0.002 0.595 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 64 S 0.007 0.343 0.036 0.201 0.007 0.031 0.005 0.003 0.094 0.005 0.007 0.245 0.004 0.001 0.002 0.009 65 V 0.041 0.035 0.478 0.368 0.002 0.011 0.005 0.006 0.002 0.001 0.010 0.004 0.019 0.001 0.007 0.011 66 P 0.007 0.017 0.129 0.105 0.010 0.664 0.004 0.003 0.003 0.008 0.009 0.015 0.021 0.001 0.001 0.005 67 L 0.011 0.062 0.010 0.097 0.011 0.230 0.005 0.008 0.001 0.001 0.506 0.014 0.038 0.003 0.001 0.001 68 K 0.003 0.347 0.027 0.140 0.004 0.012 0.005 0.014 0.014 0.001 0.026 0.369 0.023 0.002 0.008 0.005 69 E 0.031 0.037 0.258 0.297 0.006 0.016 0.019 0.006 0.027 0.003 0.008 0.012 0.112 0.006 0.018 0.144 70 F 0.038 0.010 0.723 0.152 0.004 0.011 0.008 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.023 0.001 0.003 0.014 71 D 0.025 0.039 0.079 0.147 0.136 0.445 0.028 0.010 0.002 0.007 0.015 0.011 0.033 0.011 0.001 0.007 72 Y 0.009 0.034 0.013 0.117 0.011 0.175 0.003 0.162 0.005 0.003 0.412 0.012 0.031 0.003 0.010 0.003 73 N 0.005 0.503 0.024 0.089 0.001 0.022 0.004 0.006 0.100 0.012 0.014 0.175 0.018 0.002 0.007 0.019 74 A 0.204 0.073 0.162 0.370 0.001 0.019 0.005 0.005 0.013 0.002 0.022 0.014 0.055 0.001 0.011 0.043 75 R 0.011 0.016 0.854 0.102 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 76 V 0.020 0.009 0.286 0.664 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 77 E 0.001 0.004 0.062 0.921 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.002 0.003 0.247 0.427 0.307 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 79 I 0.001 0.338 0.007 0.357 0.005 0.016 0.001 0.233 0.002 0.001 0.030 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 80 N 0.003 0.030 0.006 0.164 0.007 0.414 0.002 0.007 0.162 0.114 0.014 0.052 0.017 0.001 0.001 0.009 81 P 0.084 0.042 0.075 0.061 0.002 0.046 0.002 0.009 0.001 0.002 0.603 0.028 0.043 0.001 0.001 0.002 82 I 0.007 0.140 0.081 0.215 0.004 0.046 0.002 0.003 0.006 0.001 0.029 0.421 0.036 0.002 0.001 0.005 83 A 0.009 0.019 0.087 0.292 0.005 0.119 0.006 0.004 0.002 0.001 0.052 0.037 0.357 0.001 0.004 0.004 84 D 0.002 0.244 0.056 0.173 0.002 0.100 0.005 0.002 0.003 0.001 0.018 0.077 0.309 0.001 0.001 0.007 85 T 0.007 0.024 0.018 0.321 0.002 0.087 0.003 0.003 0.001 0.001 0.131 0.031 0.361 0.002 0.002 0.005 86 V 0.005 0.083 0.198 0.300 0.005 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.012 0.046 0.299 0.003 0.007 0.014 87 A 0.006 0.016 0.061 0.508 0.005 0.035 0.006 0.003 0.002 0.001 0.006 0.008 0.315 0.004 0.005 0.019 88 T 0.010 0.057 0.121 0.347 0.029 0.109 0.021 0.004 0.003 0.001 0.016 0.009 0.240 0.011 0.004 0.018 89 A 0.012 0.051 0.061 0.376 0.058 0.099 0.021 0.030 0.003 0.003 0.066 0.017 0.165 0.013 0.011 0.014 90 T 0.012 0.094 0.080 0.210 0.106 0.106 0.023 0.040 0.018 0.013 0.050 0.053 0.128 0.018 0.017 0.032 91 Y 0.018 0.023 0.024 0.042 0.366 0.029 0.158 0.017 0.008 0.007 0.031 0.013 0.041 0.196 0.009 0.019 92 Q 0.013 0.036 0.034 0.034 0.003 0.011 0.006 0.535 0.007 0.005 0.017 0.013 0.017 0.002 0.260 0.008 93 G 0.027 0.033 0.043 0.050 0.002 0.008 0.003 0.004 0.428 0.073 0.006 0.006 0.012 0.002 0.003 0.299 94 A 0.825 0.006 0.049 0.085 0.001 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.006 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 95 D 0.010 0.220 0.460 0.258 0.001 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 96 V 0.009 0.004 0.023 0.874 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 97 D 0.002 0.265 0.235 0.483 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 98 W 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.002 0.004 0.221 0.755 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 I 0.001 0.002 0.006 0.986 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.001 0.006 0.001 0.253 0.163 0.569 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.016 0.001 0.034 0.038 0.497 0.001 0.089 0.001 0.001 0.317 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 103 D 0.001 0.605 0.003 0.032 0.001 0.006 0.001 0.032 0.040 0.007 0.027 0.239 0.001 0.001 0.005 0.001 104 D 0.110 0.043 0.071 0.208 0.002 0.035 0.010 0.009 0.128 0.012 0.022 0.071 0.098 0.003 0.034 0.147 105 I 0.033 0.008 0.880 0.026 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.015 0.001 0.001 0.017 106 V 0.027 0.034 0.439 0.400 0.004 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.027 0.002 0.002 0.009 107 L 0.008 0.045 0.110 0.622 0.030 0.114 0.019 0.003 0.002 0.002 0.006 0.003 0.022 0.004 0.001 0.008 108 T 0.005 0.105 0.054 0.383 0.026 0.315 0.011 0.021 0.004 0.003 0.029 0.011 0.020 0.002 0.004 0.007 109 K 0.008 0.259 0.076 0.199 0.022 0.141 0.015 0.023 0.015 0.012 0.144 0.043 0.021 0.003 0.003 0.014 110 D 0.033 0.195 0.092 0.142 0.008 0.186 0.011 0.027 0.014 0.009 0.074 0.149 0.033 0.003 0.013 0.011 111 S 0.024 0.109 0.157 0.072 0.005 0.182 0.011 0.016 0.014 0.010 0.187 0.088 0.084 0.003 0.014 0.026 112 S 0.041 0.116 0.095 0.080 0.005 0.098 0.012 0.010 0.011 0.004 0.198 0.199 0.097 0.005 0.007 0.021 113 S 0.036 0.121 0.176 0.129 0.005 0.065 0.016 0.011 0.009 0.003 0.059 0.176 0.149 0.008 0.013 0.024 114 F 0.016 0.038 0.249 0.147 0.009 0.086 0.034 0.009 0.006 0.004 0.049 0.066 0.239 0.008 0.014 0.027 115 K 0.019 0.063 0.180 0.196 0.009 0.065 0.020 0.021 0.006 0.003 0.071 0.038 0.249 0.008 0.013 0.039 116 A 0.027 0.088 0.165 0.411 0.004 0.024 0.010 0.012 0.013 0.005 0.025 0.037 0.120 0.007 0.010 0.043 117 Q 0.034 0.026 0.205 0.249 0.020 0.183 0.032 0.005 0.006 0.006 0.017 0.026 0.155 0.007 0.007 0.021 118 P 0.017 0.074 0.137 0.161 0.026 0.156 0.022 0.024 0.002 0.003 0.173 0.025 0.146 0.010 0.008 0.014 119 Q 0.013 0.131 0.042 0.181 0.025 0.134 0.019 0.031 0.014 0.008 0.092 0.154 0.099 0.025 0.014 0.017 120 A 0.024 0.082 0.090 0.138 0.015 0.081 0.039 0.030 0.015 0.009 0.102 0.088 0.190 0.017 0.049 0.031 121 K 0.032 0.117 0.170 0.125 0.005 0.068 0.026 0.025 0.023 0.010 0.056 0.068 0.142 0.009 0.033 0.092 122 K 0.070 0.122 0.299 0.256 0.002 0.019 0.010 0.007 0.014 0.004 0.022 0.032 0.067 0.004 0.014 0.060 123 E 0.060 0.023 0.349 0.215 0.006 0.184 0.017 0.003 0.005 0.005 0.013 0.022 0.076 0.002 0.003 0.017 124 P 0.025 0.133 0.203 0.276 0.012 0.104 0.011 0.009 0.002 0.002 0.116 0.020 0.071 0.004 0.003 0.010 125 T 0.010 0.119 0.056 0.410 0.032 0.133 0.013 0.013 0.010 0.003 0.042 0.087 0.048 0.010 0.004 0.010 126 Q 0.012 0.119 0.179 0.341 0.016 0.067 0.018 0.026 0.008 0.004 0.045 0.034 0.097 0.004 0.019 0.014 127 D 0.016 0.040 0.087 0.132 0.059 0.293 0.039 0.016 0.016 0.020 0.063 0.060 0.119 0.011 0.006 0.024 128 K 0.036 0.115 0.074 0.110 0.035 0.050 0.028 0.057 0.007 0.005 0.286 0.054 0.086 0.025 0.019 0.014