# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.333 0.003 0.024 0.010 0.028 0.071 0.011 0.001 0.032 0.361 2 M 0.033 0.115 0.023 0.120 0.042 0.109 0.099 0.005 0.018 0.152 0.283 3 R 0.118 0.028 0.021 0.039 0.059 0.060 0.095 0.005 0.012 0.121 0.442 4 L 0.237 0.010 0.002 0.059 0.018 0.027 0.088 0.010 0.001 0.072 0.474 5 A 0.094 0.004 0.002 0.051 0.011 0.019 0.107 0.004 0.001 0.060 0.648 6 N 0.011 0.003 0.001 0.069 0.007 0.034 0.116 0.001 0.001 0.030 0.729 7 G 0.007 0.003 0.001 0.065 0.035 0.074 0.091 0.001 0.001 0.047 0.676 8 I 0.008 0.001 0.001 0.285 0.217 0.114 0.064 0.001 0.001 0.043 0.266 9 V 0.012 0.005 0.001 0.277 0.059 0.114 0.085 0.001 0.001 0.086 0.359 10 L 0.022 0.006 0.001 0.240 0.026 0.042 0.122 0.002 0.001 0.069 0.469 11 D 0.218 0.020 0.002 0.070 0.012 0.023 0.112 0.010 0.002 0.217 0.314 12 K 0.102 0.031 0.001 0.014 0.005 0.012 0.125 0.007 0.001 0.039 0.664 13 D 0.030 0.027 0.001 0.013 0.012 0.027 0.122 0.002 0.001 0.073 0.692 14 T 0.017 0.059 0.002 0.041 0.084 0.118 0.113 0.002 0.001 0.093 0.470 15 T 0.051 0.174 0.004 0.030 0.076 0.128 0.099 0.008 0.001 0.083 0.346 16 F 0.049 0.120 0.004 0.018 0.094 0.073 0.096 0.007 0.001 0.080 0.459 17 G 0.021 0.198 0.003 0.049 0.096 0.215 0.073 0.003 0.001 0.042 0.299 18 E 0.025 0.131 0.003 0.043 0.067 0.260 0.066 0.003 0.001 0.160 0.243 19 L 0.013 0.168 0.009 0.041 0.158 0.116 0.094 0.004 0.002 0.118 0.277 20 K 0.058 0.487 0.005 0.021 0.089 0.075 0.032 0.013 0.001 0.040 0.178 21 F 0.089 0.511 0.004 0.016 0.035 0.052 0.031 0.010 0.001 0.040 0.210 22 S 0.046 0.403 0.011 0.028 0.064 0.070 0.049 0.006 0.003 0.089 0.230 23 A 0.091 0.327 0.010 0.020 0.031 0.058 0.061 0.007 0.002 0.088 0.306 24 L 0.096 0.305 0.012 0.018 0.052 0.055 0.064 0.018 0.002 0.078 0.299 25 R 0.087 0.177 0.007 0.019 0.036 0.055 0.088 0.010 0.003 0.080 0.437 26 R 0.051 0.183 0.006 0.026 0.070 0.189 0.079 0.008 0.001 0.050 0.337 27 E 0.050 0.083 0.004 0.026 0.066 0.227 0.074 0.008 0.001 0.056 0.405 28 V 0.023 0.020 0.005 0.049 0.158 0.386 0.056 0.006 0.002 0.067 0.227 29 R 0.027 0.006 0.001 0.028 0.152 0.286 0.061 0.002 0.001 0.069 0.367 30 I 0.007 0.002 0.001 0.033 0.188 0.250 0.066 0.001 0.001 0.056 0.396 31 Q 0.008 0.003 0.002 0.038 0.077 0.169 0.096 0.001 0.001 0.051 0.553 32 N 0.459 0.004 0.001 0.008 0.015 0.026 0.054 0.006 0.001 0.094 0.331 33 E 0.183 0.003 0.001 0.003 0.012 0.014 0.064 0.003 0.001 0.044 0.673 34 D 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.060 0.001 0.001 0.011 0.905 35 G 0.007 0.008 0.001 0.009 0.040 0.048 0.102 0.001 0.001 0.034 0.751 36 S 0.019 0.041 0.001 0.013 0.153 0.095 0.103 0.002 0.001 0.047 0.528 37 V 0.024 0.129 0.001 0.006 0.059 0.043 0.063 0.004 0.001 0.027 0.643 38 S 0.063 0.436 0.001 0.006 0.039 0.053 0.051 0.012 0.001 0.038 0.300 39 D 0.031 0.446 0.003 0.016 0.076 0.135 0.041 0.004 0.001 0.058 0.190 40 E 0.030 0.322 0.009 0.016 0.138 0.183 0.036 0.004 0.001 0.101 0.160 41 I 0.044 0.077 0.008 0.024 0.098 0.144 0.086 0.007 0.002 0.285 0.224 42 K 0.023 0.096 0.008 0.030 0.216 0.262 0.059 0.006 0.003 0.101 0.196 43 E 0.030 0.063 0.006 0.023 0.116 0.155 0.061 0.004 0.001 0.071 0.469 44 R 0.020 0.072 0.007 0.047 0.136 0.233 0.081 0.005 0.001 0.062 0.337 45 T 0.040 0.071 0.004 0.039 0.092 0.190 0.070 0.012 0.001 0.066 0.415 46 Y 0.019 0.028 0.004 0.050 0.184 0.220 0.058 0.004 0.001 0.059 0.373 47 D 0.030 0.029 0.003 0.049 0.140 0.200 0.058 0.003 0.001 0.100 0.385 48 L 0.050 0.024 0.004 0.039 0.106 0.114 0.100 0.006 0.001 0.073 0.483 49 K 0.057 0.032 0.004 0.046 0.079 0.100 0.089 0.008 0.004 0.053 0.528 50 S 0.204 0.015 0.009 0.013 0.027 0.044 0.071 0.008 0.010 0.078 0.520 51 K 0.190 0.006 0.002 0.013 0.023 0.034 0.087 0.005 0.002 0.048 0.591 52 G 0.113 0.002 0.001 0.011 0.011 0.018 0.078 0.002 0.001 0.025 0.739 53 Q 0.020 0.002 0.001 0.019 0.018 0.029 0.148 0.001 0.001 0.016 0.747 54 G 0.006 0.001 0.001 0.023 0.016 0.051 0.140 0.001 0.001 0.029 0.733 55 R 0.002 0.001 0.001 0.081 0.287 0.338 0.066 0.001 0.001 0.035 0.189 56 M 0.001 0.001 0.001 0.266 0.087 0.292 0.033 0.001 0.001 0.082 0.237 57 I 0.001 0.001 0.001 0.223 0.347 0.259 0.014 0.001 0.001 0.053 0.103 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.376 0.188 0.248 0.011 0.001 0.001 0.083 0.092 59 V 0.001 0.001 0.001 0.234 0.394 0.241 0.010 0.001 0.001 0.037 0.082 60 S 0.001 0.001 0.001 0.219 0.215 0.248 0.031 0.001 0.001 0.069 0.214 61 I 0.016 0.001 0.001 0.160 0.151 0.127 0.072 0.002 0.001 0.056 0.412 62 P 0.454 0.002 0.001 0.029 0.019 0.025 0.063 0.005 0.001 0.106 0.295 63 A 0.006 0.002 0.001 0.015 0.009 0.016 0.127 0.001 0.001 0.013 0.810 64 S 0.033 0.016 0.001 0.010 0.006 0.014 0.117 0.002 0.001 0.018 0.783 65 V 0.047 0.018 0.006 0.021 0.108 0.036 0.152 0.007 0.002 0.064 0.538 66 P 0.171 0.052 0.003 0.031 0.024 0.048 0.109 0.010 0.001 0.044 0.507 67 L 0.215 0.019 0.001 0.017 0.031 0.056 0.078 0.009 0.001 0.067 0.506 68 K 0.028 0.012 0.001 0.060 0.048 0.084 0.113 0.002 0.001 0.040 0.612 69 E 0.018 0.008 0.001 0.030 0.027 0.071 0.084 0.002 0.001 0.071 0.689 70 F 0.015 0.010 0.002 0.043 0.099 0.055 0.111 0.002 0.001 0.031 0.631 71 D 0.367 0.038 0.002 0.032 0.030 0.034 0.061 0.009 0.001 0.073 0.351 72 Y 0.116 0.029 0.001 0.017 0.018 0.033 0.117 0.006 0.001 0.036 0.625 73 N 0.033 0.025 0.001 0.024 0.020 0.059 0.126 0.003 0.001 0.048 0.660 74 A 0.016 0.021 0.002 0.059 0.148 0.227 0.100 0.002 0.001 0.059 0.366 75 R 0.010 0.015 0.002 0.083 0.120 0.233 0.071 0.003 0.001 0.077 0.386 76 V 0.011 0.008 0.001 0.085 0.255 0.238 0.040 0.002 0.001 0.070 0.290 77 E 0.009 0.008 0.001 0.140 0.237 0.255 0.042 0.001 0.001 0.076 0.229 78 L 0.009 0.018 0.002 0.183 0.135 0.168 0.064 0.002 0.001 0.077 0.341 79 I 0.023 0.060 0.003 0.092 0.130 0.125 0.062 0.008 0.001 0.103 0.392 80 N 0.080 0.195 0.004 0.047 0.075 0.063 0.067 0.009 0.001 0.126 0.332 81 P 0.021 0.050 0.003 0.037 0.030 0.039 0.076 0.003 0.001 0.537 0.203 82 I 0.021 0.259 0.006 0.030 0.029 0.042 0.092 0.007 0.001 0.214 0.299 83 A 0.067 0.431 0.006 0.029 0.029 0.036 0.067 0.022 0.001 0.091 0.222 84 D 0.021 0.131 0.006 0.036 0.031 0.063 0.073 0.005 0.002 0.452 0.180 85 T 0.025 0.264 0.008 0.053 0.050 0.113 0.069 0.008 0.002 0.204 0.205 86 V 0.062 0.083 0.012 0.042 0.054 0.062 0.103 0.012 0.003 0.329 0.239 87 A 0.026 0.086 0.010 0.099 0.060 0.186 0.101 0.009 0.004 0.150 0.267 88 T 0.064 0.066 0.005 0.048 0.056 0.079 0.106 0.006 0.003 0.087 0.478 89 A 0.032 0.020 0.025 0.067 0.068 0.100 0.111 0.006 0.011 0.091 0.469 90 T 0.119 0.020 0.004 0.039 0.031 0.062 0.119 0.009 0.003 0.058 0.538 91 Y 0.235 0.006 0.004 0.020 0.018 0.025 0.096 0.005 0.002 0.057 0.533 92 Q 0.030 0.004 0.001 0.037 0.021 0.041 0.126 0.001 0.001 0.025 0.714 93 G 0.023 0.004 0.001 0.022 0.013 0.046 0.113 0.001 0.001 0.033 0.744 94 A 0.011 0.004 0.001 0.047 0.190 0.125 0.126 0.001 0.001 0.027 0.467 95 D 0.018 0.010 0.001 0.107 0.065 0.155 0.099 0.002 0.001 0.069 0.473 96 V 0.012 0.010 0.001 0.067 0.195 0.288 0.071 0.003 0.001 0.056 0.296 97 D 0.009 0.013 0.001 0.106 0.133 0.242 0.074 0.002 0.001 0.061 0.358 98 W 0.004 0.009 0.001 0.136 0.193 0.484 0.022 0.001 0.001 0.031 0.118 99 Y 0.016 0.027 0.001 0.092 0.226 0.256 0.041 0.001 0.001 0.055 0.283 100 I 0.005 0.022 0.002 0.119 0.407 0.282 0.021 0.001 0.001 0.030 0.109 101 K 0.041 0.347 0.003 0.058 0.125 0.164 0.033 0.005 0.001 0.084 0.137 102 A 0.082 0.393 0.003 0.018 0.048 0.077 0.062 0.027 0.001 0.070 0.218 103 D 0.041 0.266 0.004 0.025 0.085 0.069 0.090 0.007 0.001 0.058 0.354 104 D 0.030 0.077 0.001 0.084 0.028 0.421 0.050 0.002 0.001 0.189 0.117 105 I 0.046 0.073 0.007 0.061 0.120 0.114 0.117 0.008 0.002 0.199 0.254 106 V 0.040 0.023 0.011 0.166 0.149 0.281 0.056 0.006 0.004 0.068 0.196 107 L 0.043 0.017 0.003 0.038 0.056 0.121 0.082 0.003 0.001 0.061 0.576 108 T 0.064 0.013 0.003 0.037 0.029 0.052 0.134 0.004 0.001 0.094 0.568 109 K 0.062 0.009 0.001 0.015 0.010 0.019 0.138 0.003 0.001 0.067 0.675 110 D 0.028 0.012 0.001 0.007 0.006 0.014 0.111 0.003 0.001 0.033 0.785 111 S 0.067 0.024 0.001 0.011 0.016 0.016 0.102 0.005 0.001 0.027 0.731 112 S 0.100 0.031 0.004 0.024 0.026 0.038 0.102 0.008 0.002 0.061 0.604 113 S 0.083 0.019 0.002 0.021 0.020 0.039 0.102 0.005 0.001 0.042 0.664 114 F 0.117 0.009 0.001 0.022 0.025 0.034 0.101 0.002 0.001 0.059 0.629 115 K 0.011 0.009 0.001 0.025 0.028 0.049 0.135 0.001 0.001 0.032 0.708 116 A 0.020 0.025 0.001 0.017 0.020 0.028 0.100 0.003 0.001 0.025 0.760 117 Q 0.257 0.073 0.007 0.015 0.040 0.028 0.093 0.021 0.004 0.070 0.392 118 P 0.181 0.031 0.004 0.014 0.010 0.016 0.093 0.011 0.002 0.039 0.599 119 Q 0.264 0.016 0.002 0.013 0.010 0.020 0.071 0.008 0.001 0.040 0.553 120 A 0.114 0.005 0.001 0.013 0.011 0.015 0.089 0.002 0.001 0.046 0.704 121 K 0.008 0.003 0.001 0.009 0.007 0.014 0.117 0.001 0.001 0.051 0.790 122 K 0.015 0.010 0.001 0.009 0.018 0.014 0.099 0.002 0.001 0.030 0.802 123 E 0.194 0.015 0.003 0.010 0.022 0.016 0.105 0.009 0.002 0.086 0.539 124 P 0.075 0.007 0.001 0.010 0.011 0.016 0.105 0.004 0.001 0.037 0.732 125 T 0.130 0.005 0.001 0.011 0.008 0.016 0.097 0.002 0.001 0.038 0.692 126 Q 0.035 0.004 0.001 0.018 0.015 0.017 0.124 0.001 0.001 0.030 0.754 127 D 0.027 0.006 0.001 0.012 0.007 0.013 0.113 0.002 0.001 0.027 0.794 128 K 0.037 0.010 0.001 0.019 0.035 0.025 0.134 0.002 0.001 0.039 0.698