# TARGET T0466 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0466.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9667 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.071 0.059 0.167 0.149 0.143 0.145 0.072 0.053 0.029 0.017 2 M 0.042 0.027 0.036 0.056 0.072 0.091 0.173 0.141 0.159 0.117 0.086 3 R 0.037 0.105 0.129 0.258 0.223 0.092 0.080 0.037 0.023 0.012 0.005 4 L 0.003 0.005 0.019 0.018 0.015 0.030 0.083 0.115 0.211 0.233 0.269 5 A 0.019 0.035 0.058 0.197 0.213 0.147 0.150 0.069 0.055 0.038 0.019 6 N 0.131 0.219 0.159 0.219 0.117 0.063 0.048 0.021 0.014 0.008 0.003 7 G 0.083 0.060 0.041 0.165 0.142 0.173 0.163 0.072 0.054 0.031 0.017 8 I 0.013 0.010 0.010 0.017 0.018 0.033 0.102 0.142 0.244 0.230 0.181 9 V 0.027 0.092 0.068 0.217 0.197 0.114 0.124 0.070 0.048 0.030 0.013 10 L 0.007 0.013 0.029 0.027 0.026 0.043 0.103 0.121 0.195 0.227 0.208 11 D 0.057 0.179 0.072 0.206 0.167 0.090 0.096 0.049 0.037 0.028 0.017 12 K 0.135 0.184 0.049 0.139 0.136 0.101 0.105 0.064 0.042 0.027 0.018 13 D 0.616 0.131 0.048 0.110 0.058 0.016 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 14 T 0.148 0.111 0.068 0.180 0.164 0.105 0.101 0.055 0.036 0.024 0.009 15 T 0.038 0.121 0.055 0.118 0.082 0.100 0.165 0.096 0.105 0.077 0.043 16 F 0.018 0.040 0.032 0.107 0.123 0.207 0.224 0.115 0.069 0.039 0.024 17 G 0.482 0.171 0.170 0.092 0.035 0.019 0.014 0.007 0.005 0.004 0.002 18 E 0.106 0.179 0.059 0.317 0.212 0.078 0.034 0.008 0.004 0.002 0.001 19 L 0.006 0.002 0.003 0.005 0.006 0.012 0.040 0.083 0.208 0.251 0.384 20 K 0.020 0.084 0.088 0.343 0.334 0.076 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 21 F 0.007 0.037 0.161 0.090 0.058 0.061 0.111 0.099 0.168 0.129 0.080 22 S 0.017 0.022 0.043 0.087 0.131 0.132 0.261 0.117 0.098 0.063 0.029 23 A 0.121 0.164 0.191 0.179 0.100 0.061 0.078 0.041 0.033 0.024 0.009 24 L 0.013 0.022 0.044 0.086 0.099 0.155 0.223 0.136 0.103 0.076 0.044 25 R 0.121 0.202 0.168 0.190 0.114 0.062 0.071 0.031 0.021 0.015 0.005 26 R 0.139 0.080 0.110 0.162 0.152 0.125 0.135 0.060 0.022 0.012 0.004 27 E 0.350 0.148 0.231 0.153 0.048 0.031 0.020 0.008 0.005 0.004 0.001 28 V 0.012 0.013 0.034 0.059 0.074 0.167 0.287 0.162 0.101 0.058 0.031 29 R 0.069 0.082 0.295 0.197 0.131 0.064 0.074 0.036 0.025 0.019 0.006 30 I 0.014 0.030 0.189 0.112 0.134 0.160 0.177 0.076 0.057 0.035 0.015 31 Q 0.050 0.095 0.364 0.164 0.130 0.068 0.069 0.026 0.017 0.012 0.005 32 N 0.076 0.072 0.118 0.159 0.167 0.135 0.166 0.054 0.028 0.017 0.007 33 E 0.241 0.172 0.191 0.139 0.102 0.055 0.051 0.024 0.013 0.008 0.004 34 D 0.389 0.323 0.083 0.100 0.057 0.023 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 35 G 0.247 0.059 0.044 0.078 0.077 0.106 0.150 0.089 0.076 0.045 0.029 36 S 0.353 0.257 0.120 0.140 0.077 0.022 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 37 V 0.033 0.168 0.081 0.115 0.093 0.111 0.178 0.098 0.067 0.037 0.019 38 S 0.032 0.070 0.041 0.112 0.135 0.192 0.213 0.103 0.056 0.030 0.015 39 D 0.698 0.091 0.118 0.056 0.016 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 40 E 0.133 0.144 0.157 0.324 0.142 0.061 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 41 I 0.002 0.003 0.005 0.007 0.008 0.025 0.090 0.119 0.247 0.238 0.257 42 K 0.018 0.046 0.167 0.245 0.241 0.149 0.096 0.024 0.009 0.005 0.001 43 E 0.047 0.047 0.742 0.110 0.034 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 R 0.013 0.015 0.068 0.064 0.095 0.198 0.271 0.136 0.076 0.042 0.022 45 T 0.045 0.073 0.119 0.119 0.109 0.109 0.166 0.088 0.080 0.068 0.023 46 Y 0.012 0.019 0.129 0.082 0.108 0.152 0.184 0.124 0.092 0.066 0.030 47 D 0.068 0.101 0.389 0.248 0.127 0.035 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 48 L 0.014 0.012 0.026 0.023 0.027 0.062 0.168 0.140 0.211 0.191 0.127 49 K 0.048 0.099 0.068 0.188 0.190 0.104 0.126 0.065 0.060 0.033 0.020 50 S 0.016 0.025 0.049 0.053 0.053 0.088 0.151 0.118 0.186 0.142 0.119 51 K 0.146 0.152 0.174 0.265 0.169 0.041 0.028 0.012 0.007 0.004 0.002 52 G 0.250 0.148 0.060 0.105 0.081 0.083 0.115 0.066 0.048 0.028 0.014 53 Q 0.058 0.070 0.034 0.146 0.123 0.133 0.150 0.091 0.085 0.067 0.041 54 G 0.279 0.163 0.069 0.137 0.095 0.088 0.079 0.041 0.027 0.015 0.009 55 R 0.193 0.176 0.100 0.195 0.122 0.096 0.062 0.026 0.017 0.011 0.004 56 M 0.086 0.081 0.050 0.169 0.151 0.148 0.125 0.071 0.056 0.036 0.026 57 I 0.004 0.005 0.007 0.014 0.021 0.039 0.099 0.209 0.214 0.207 0.181 58 Q 0.038 0.132 0.127 0.298 0.209 0.088 0.052 0.023 0.016 0.012 0.004 59 V 0.002 0.004 0.010 0.009 0.012 0.022 0.061 0.120 0.220 0.288 0.252 60 S 0.083 0.142 0.077 0.259 0.187 0.088 0.071 0.032 0.028 0.025 0.009 61 I 0.009 0.012 0.013 0.025 0.029 0.045 0.114 0.158 0.203 0.214 0.178 62 P 0.084 0.276 0.072 0.241 0.153 0.066 0.049 0.023 0.017 0.013 0.006 63 A 0.137 0.094 0.045 0.107 0.133 0.122 0.161 0.086 0.056 0.037 0.021 64 S 0.522 0.271 0.050 0.104 0.033 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 65 V 0.024 0.022 0.014 0.047 0.053 0.137 0.190 0.156 0.156 0.118 0.084 66 P 0.374 0.366 0.078 0.116 0.043 0.009 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 67 L 0.127 0.097 0.059 0.148 0.137 0.164 0.130 0.061 0.041 0.025 0.012 68 K 0.193 0.208 0.148 0.166 0.127 0.060 0.047 0.021 0.015 0.011 0.004 69 E 0.084 0.163 0.077 0.214 0.155 0.113 0.121 0.037 0.022 0.010 0.004 70 F 0.031 0.022 0.045 0.059 0.084 0.129 0.214 0.171 0.125 0.072 0.049 71 D 0.241 0.340 0.196 0.153 0.040 0.014 0.008 0.003 0.002 0.002 0.001 72 Y 0.006 0.019 0.020 0.061 0.061 0.206 0.288 0.154 0.101 0.049 0.034 73 N 0.477 0.213 0.103 0.140 0.040 0.012 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 74 A 0.177 0.131 0.108 0.174 0.133 0.149 0.092 0.020 0.009 0.005 0.002 75 R 0.094 0.215 0.134 0.322 0.171 0.037 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 76 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.027 0.085 0.125 0.249 0.220 0.282 77 E 0.012 0.063 0.264 0.417 0.214 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.009 0.038 0.026 0.023 0.046 0.096 0.121 0.206 0.242 0.193 79 I 0.004 0.010 0.021 0.046 0.054 0.062 0.146 0.162 0.186 0.173 0.138 80 N 0.035 0.107 0.127 0.169 0.134 0.116 0.125 0.066 0.058 0.043 0.019 81 P 0.066 0.060 0.120 0.158 0.132 0.126 0.129 0.064 0.063 0.051 0.030 82 I 0.068 0.073 0.047 0.167 0.170 0.142 0.154 0.072 0.059 0.033 0.016 83 A 0.002 0.003 0.004 0.009 0.008 0.016 0.048 0.097 0.222 0.277 0.314 84 D 0.022 0.068 0.065 0.207 0.230 0.133 0.116 0.060 0.049 0.032 0.019 85 T 0.011 0.027 0.039 0.052 0.054 0.078 0.139 0.144 0.180 0.151 0.125 86 V 0.025 0.035 0.036 0.118 0.113 0.129 0.157 0.103 0.119 0.100 0.064 87 A 0.005 0.005 0.008 0.013 0.012 0.025 0.078 0.147 0.225 0.236 0.246 88 T 0.020 0.055 0.053 0.197 0.173 0.126 0.135 0.085 0.073 0.051 0.034 89 A 0.021 0.021 0.024 0.038 0.037 0.066 0.127 0.129 0.186 0.183 0.168 90 T 0.103 0.111 0.057 0.263 0.195 0.098 0.083 0.036 0.027 0.017 0.010 91 Y 0.033 0.022 0.014 0.032 0.028 0.050 0.091 0.114 0.191 0.221 0.206 92 Q 0.110 0.262 0.049 0.242 0.149 0.086 0.054 0.019 0.014 0.009 0.005 93 G 0.280 0.170 0.046 0.143 0.095 0.068 0.066 0.043 0.039 0.027 0.024 94 A 0.047 0.040 0.020 0.061 0.078 0.114 0.161 0.132 0.127 0.117 0.103 95 D 0.088 0.225 0.061 0.278 0.171 0.077 0.050 0.020 0.014 0.010 0.005 96 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.013 0.037 0.103 0.188 0.247 0.400 97 D 0.070 0.176 0.077 0.377 0.209 0.054 0.020 0.007 0.005 0.004 0.002 98 W 0.005 0.009 0.010 0.022 0.024 0.042 0.090 0.140 0.213 0.224 0.221 99 Y 0.021 0.053 0.046 0.220 0.221 0.145 0.107 0.057 0.057 0.044 0.029 100 I 0.001 0.002 0.007 0.007 0.007 0.016 0.050 0.104 0.223 0.298 0.283 101 K 0.008 0.045 0.077 0.227 0.236 0.123 0.114 0.068 0.051 0.037 0.016 102 A 0.002 0.004 0.010 0.013 0.014 0.031 0.074 0.121 0.234 0.289 0.206 103 D 0.032 0.056 0.076 0.250 0.237 0.119 0.105 0.045 0.039 0.030 0.010 104 D 0.017 0.030 0.040 0.085 0.085 0.106 0.190 0.161 0.142 0.095 0.050 105 I 0.011 0.017 0.024 0.048 0.048 0.063 0.139 0.144 0.199 0.186 0.122 106 V 0.012 0.024 0.041 0.067 0.071 0.088 0.184 0.162 0.166 0.121 0.066 107 L 0.014 0.045 0.077 0.132 0.131 0.134 0.169 0.107 0.089 0.070 0.034 108 T 0.061 0.086 0.079 0.177 0.185 0.115 0.135 0.067 0.045 0.034 0.016 109 K 0.318 0.270 0.077 0.121 0.088 0.039 0.040 0.023 0.013 0.008 0.004 110 D 0.403 0.299 0.047 0.100 0.063 0.030 0.030 0.014 0.007 0.005 0.002 111 S 0.318 0.164 0.052 0.126 0.098 0.075 0.081 0.043 0.024 0.013 0.006 112 S 0.519 0.185 0.075 0.108 0.053 0.023 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 113 S 0.147 0.151 0.082 0.168 0.118 0.115 0.120 0.046 0.030 0.016 0.007 114 F 0.041 0.061 0.042 0.094 0.108 0.142 0.217 0.119 0.090 0.054 0.032 115 K 0.194 0.182 0.158 0.194 0.113 0.066 0.053 0.022 0.010 0.006 0.002 116 A 0.290 0.156 0.182 0.140 0.077 0.057 0.052 0.024 0.012 0.007 0.003 117 Q 0.155 0.162 0.086 0.148 0.113 0.110 0.126 0.050 0.028 0.017 0.007 118 P 0.247 0.124 0.090 0.130 0.098 0.094 0.117 0.053 0.026 0.014 0.006 119 Q 0.294 0.193 0.204 0.141 0.069 0.040 0.033 0.014 0.007 0.004 0.001 120 A 0.155 0.154 0.137 0.145 0.111 0.104 0.113 0.046 0.021 0.011 0.005 121 K 0.294 0.219 0.127 0.124 0.077 0.053 0.059 0.025 0.011 0.006 0.002 122 K 0.196 0.171 0.146 0.152 0.101 0.099 0.085 0.031 0.012 0.005 0.002 123 E 0.383 0.153 0.191 0.112 0.056 0.042 0.037 0.016 0.007 0.004 0.001 124 P 0.277 0.145 0.148 0.143 0.088 0.081 0.073 0.026 0.011 0.006 0.002 125 T 0.099 0.126 0.148 0.139 0.115 0.129 0.130 0.056 0.031 0.018 0.009 126 Q 0.222 0.226 0.205 0.132 0.083 0.055 0.047 0.018 0.008 0.004 0.002 127 D 0.428 0.172 0.180 0.097 0.051 0.033 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 128 K 0.390 0.143 0.146 0.119 0.077 0.057 0.039 0.016 0.008 0.004 0.002